genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99381888--99381942	16	3.4	16	89	0	83	27	29	7	36	1.84
99383027--99383226	17	11.5	18	72	9	130	42	11	15	31	1.83
99383027--99383226	35	5.8	36	72	8	119	42	11	15	31	1.83
99383255--99383300	19	2.5	19	82	10	51	45	6	13	34	1.69
99383298--99383337	18	2.3	19	83	12	50	50	17	12	20	1.78
99383274--99383479	17	11.5	18	67	16	81	48	11	11	29	1.74
99383371--99383410	21	2.0	21	85	5	55	62	12	2	22	1.42
99383401--99383475	35	2.1	35	87	4	107	41	13	14	30	1.84
99383472--99383527	20	2.7	21	73	10	53	37	10	12	39	1.78
99384105--99384141	7	5.0	7	90	9	56	0	18	0	81	0.70
99384095--99384158	20	3.1	20	82	6	74	0	21	0	78	0.76
99384105--99384141	15	2.5	14	91	8	56	0	18	0	81	0.70
99384432--99384472	3	13.0	3	90	10	64	0	34	0	65	0.93
99384422--99384471	16	3.1	16	91	0	73	0	28	0	72	0.86
99384432--99384472	19	2.2	19	95	0	73	0	34	0	65	0.93
99384840--99384940	30	3.4	30	86	4	134	44	3	21	29	1.70
99385210--99385330	47	2.4	52	82	15	155	35	20	14	28	1.93
99385376--99385410	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
99385709--99386500	189	4.2	191	98	1	1508	35	20	13	30	1.92
99385709--99386500	380	2.1	379	97	1	1502	35	20	13	30	1.92
99398206--99398309	17	6.2	16	70	15	68	49	13	9	27	1.73
99398415--99398458	18	2.4	19	88	3	63	29	6	13	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99398483--99398559	18	4.4	18	85	9	106	46	9	10	33	1.70
99398335--99398870	35	14.6	35	66	18	148	45	10	12	32	1.75
99398335--99398559	17	12.9	18	73	9	146	44	11	13	31	1.79
99398642--99398687	19	2.5	19	82	10	51	45	6	13	34	1.69
99398780--99398870	18	5.2	17	76	6	83	49	13	9	27	1.73
99399487--99399552	10	6.7	10	75	16	57	0	22	0	77	0.77
99399489--99399545	8	7.0	8	84	13	64	0	19	0	80	0.71
99399505--99399555	8	5.7	9	80	11	52	0	17	0	82	0.67
99399489--99399541	15	3.3	15	89	7	70	0	18	0	81	0.70
99399488--99399558	23	3.0	24	81	10	83	0	21	0	78	0.74
99399829--99399887	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
99399829--99399887	10	6.3	10	83	13	72	0	33	0	66	0.92
99399829--99399884	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
99399985--99400032	19	2.5	19	86	3	60	12	12	6	68	1.37
99400249--99400365	30	3.9	29	82	7	128	45	2	20	31	1.65
99404363--99404408	22	2.1	22	100	0	92	52	4	13	30	1.59
99409546--99409597	27	1.9	27	84	7	70	59	0	3	36	1.16
99410165--99410209	22	2.0	22	100	0	90	40	22	13	24	1.90
99410970--99411011	14	3.2	13	83	12	50	59	0	4	35	1.19
99412824--99412876	24	2.2	24	83	6	63	47	1	7	43	1.42
99413576--99413613	9	4.2	9	100	0	76	55	0	10	34	1.34
99413968--99414004	15	2.5	15	86	0	56	27	5	37	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99414585--99414617	5	6.8	5	93	6	59	39	0	0	60	0.97
99415725--99415849	40	3.2	39	70	12	112	28	16	21	33	1.95
99416741--99416779	21	1.9	21	84	5	53	30	0	0	69	0.89
99422036--99422078	20	2.0	21	86	8	61	53	2	2	41	1.26
99423269--99423323	28	1.9	29	82	10	69	63	9	14	12	1.51
99424764--99424903	30	4.9	27	74	16	88	57	4	1	37	1.27
99424763--99424911	29	5.2	28	72	17	103	57	4	1	36	1.26
99424790--99424832	19	2.2	20	84	15	56	58	0	2	39	1.11
99424781--99424912	50	2.7	47	78	12	133	57	3	1	37	1.26
99425668--99425723	19	2.8	20	79	10	62	35	1	5	57	1.32
99425648--99425828	10	18.0	10	70	12	86	35	0	6	58	1.27
99432193--99432238	23	2.0	23	83	12	58	39	13	8	39	1.75
99433780--99433875	40	2.4	40	87	5	131	31	29	23	15	1.96
99433865--99433970	46	2.3	46	86	0	149	33	26	20	18	1.96
99436222--99436308	24	3.6	24	90	0	138	26	22	24	26	2.00
99438352--99438404	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
99439887--99439993	26	4.2	26	90	1	171	36	23	7	32	1.83
99441631--99441722	43	2.1	43	82	4	105	34	26	13	26	1.92
99447195--99447232	20	1.9	20	88	0	58	31	13	10	44	1.77
99448010--99448060	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
99448308--99448475	41	4.1	40	85	4	185	22	21	19	36	1.95
99453214--99453317	51	2.0	51	100	0	208	38	7	5	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99453439--99453489	24	2.2	23	89	3	75	37	1	9	50	1.47
99453439--99453501	24	2.7	24	82	7	67	36	3	12	47	1.58
99461627--99461891	47	5.7	45	78	9	212	27	19	30	23	1.98
99466192--99466226	15	2.3	15	95	0	61	22	0	0	77	0.78
99466311--99466394	41	2.1	40	86	2	114	17	17	8	55	1.66
99483145--99483198	28	1.9	28	96	0	99	35	5	22	37	1.77
99487345--99487404	27	2.2	27	90	0	93	20	23	5	51	1.66
99489938--99489970	12	2.5	13	90	9	50	24	9	0	66	1.20
99490740--99490826	43	2.0	43	100	0	174	34	20	22	21	1.97
99502312--99502511	110	1.8	110	85	4	287	30	16	25	28	1.96
99502315--99502552	110	2.2	110	81	3	264	34	15	22	27	1.94
99502625--99502673	23	2.0	24	84	7	64	16	16	22	44	1.86
99516810--99516873	28	2.3	28	86	0	92	6	37	1	54	1.35
99523963--99524044	28	3.0	28	85	5	96	34	21	25	18	1.96
99531741--99531835	27	3.5	26	87	8	136	38	22	23	15	1.92
99538169--99538222	27	2.0	27	92	0	90	46	9	5	38	1.59
99543709--99543763	23	2.4	23	96	0	101	50	7	7	34	1.58
99550942--99551006	34	1.9	34	100	0	130	33	9	35	21	1.85
99553353--99553430	23	3.4	23	83	3	95	20	24	17	37	1.94
99553994--99554035	5	8.6	5	85	15	61	40	0	0	59	0.97
99553997--99554036	7	5.6	7	83	16	55	42	0	0	57	0.98
99554484--99554524	20	2.0	20	100	0	82	36	0	29	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99555220--99555257	20	1.9	19	89	5	58	36	0	5	57	1.21
99555797--99555821	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
99555799--99555909	45	2.5	45	86	2	161	18	18	18	43	1.89
99555889--99555919	6	5.2	6	100	0	62	16	16	16	51	1.77
99556083--99556285	18	11.3	18	73	6	142	37	11	13	37	1.80
99556305--99556365	18	3.4	18	81	0	59	36	6	18	39	1.76
99559314--99559360	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
99559331--99559409	19	4.2	19	87	9	117	35	17	10	36	1.84
99559333--99559419	36	2.4	35	80	16	115	35	17	10	36	1.84
99562624--99562666	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
99564391--99564501	45	2.5	45	80	2	134	20	18	18	41	1.91
99564481--99564505	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
99564687--99564877	18	10.6	18	77	6	145	37	12	13	37	1.82
99564675--99564970	18	16.1	18	71	8	121	36	12	14	36	1.84
99567830--99567867	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
99567830--99567879	19	2.7	19	87	9	59	38	8	10	44	1.68
99569481--99569545	27	2.4	27	86	0	94	26	23	9	41	1.84
99569577--99569755	27	6.7	26	81	5	153	41	21	6	30	1.78
99569603--99569753	81	1.9	81	84	2	205	42	19	7	30	1.79
99569766--99569817	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
99570743--99570812	25	2.8	25	88	0	95	27	25	21	25	1.99
99570768--99570839	25	3.0	23	86	10	90	27	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99570960--99571051	42	2.2	42	92	0	148	31	14	20	33	1.92
99571075--99571220	31	4.7	31	94	2	251	27	17	27	28	1.97
99573509--99573600	27	3.4	27	79	5	105	28	21	8	41	1.83
99573632--99573809	81	2.2	81	84	2	232	41	21	7	29	1.81
99573632--99573785	27	5.7	27	86	3	229	40	21	7	29	1.81
99573632--99573810	54	3.3	52	84	4	205	41	21	7	29	1.81
99573821--99573872	27	1.9	27	88	7	79	40	9	11	38	1.74
99574800--99574869	25	2.8	25	88	0	95	27	25	21	25	1.99
99574825--99574896	25	3.0	23	86	10	90	27	20	23	27	1.99
99575017--99575150	42	3.2	42	96	0	250	32	14	19	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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