genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71436737--71437228	201	2.4	201	90	2	785	26	2	27	43	1.67
71437118--71437173	21	2.7	21	86	2	78	26	0	33	39	1.57
71437137--71437204	28	2.4	28	83	11	77	26	0	30	42	1.56
71438804--71438854	26	2.0	24	85	7	66	39	1	1	56	1.22
71440293--71440733	210	2.1	214	90	3	703	33	5	4	56	1.43
71440293--71440733	106	4.1	106	90	3	665	33	5	4	56	1.43
71442625--71442649	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
71444980--71445090	47	2.4	47	78	6	127	36	21	15	27	1.93
71448418--71448446	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
71448861--71448915	21	2.6	21	86	11	85	30	20	49	0	1.49
71448861--71448926	21	3.1	21	83	12	73	30	19	48	1	1.58
71454079--71454104	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
71456337--71456379	22	2.0	22	86	9	61	58	13	9	18	1.62
71457419--71457482	29	2.2	30	86	8	87	45	12	7	34	1.71
71462063--71462096	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
71476002--71476110	42	2.6	42	80	2	121	30	23	16	29	1.96
71480265--71480719	46	9.6	48	79	7	353	23	28	19	28	1.98
71480211--71480714	46	10.6	46	78	6	288	23	28	19	28	1.98
71480308--71480672	94	3.9	93	82	6	353	22	29	19	28	1.98
71483253--71483370	42	2.8	42	79	5	114	28	23	18	28	1.98
71485961--71486043	37	2.2	36	81	10	94	37	18	15	28	1.91
71486847--71486876	16	1.9	15	93	6	51	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71493811--71493840	15	2.0	15	93	0	51	43	13	0	43	1.43
71495928--71495953	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
71499339--71499524	84	2.2	84	87	3	268	18	22	13	44	1.85
71499337--71499526	42	4.5	42	81	5	197	19	22	14	43	1.87
71499339--71499526	21	9.0	21	74	4	164	19	22	13	44	1.86
71509032--71509085	22	2.5	22	91	5	85	61	3	0	35	1.14
71509840--71509884	23	2.0	23	86	0	63	33	0	4	62	1.15
71510270--71510299	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
71516496--71516524	14	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
71517582--71517611	14	2.1	14	100	0	60	30	13	6	50	1.67
71518960--71518996	19	1.9	20	88	5	58	35	2	8	54	1.44
71521520--71521599	41	1.9	42	82	12	103	21	32	21	25	1.98
71522288--71522327	18	2.2	18	90	0	62	52	17	15	15	1.75
71527561--71527599	13	3.0	13	88	0	60	25	33	28	12	1.93
71532465--71532504	19	2.1	19	90	0	62	35	25	10	30	1.88
71534449--71534473	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
71534587--71534898	30	10.3	30	77	12	316	19	33	26	20	1.97
71534647--71534927	153	1.8	153	100	0	562	19	32	25	22	1.98
71536362--71536399	18	2.1	18	100	0	76	39	10	5	44	1.61
71555786--71555843	18	3.1	19	75	9	64	48	6	0	44	1.29
71555786--71555844	20	3.0	20	74	16	61	49	6	0	44	1.29
71556113--71556182	19	3.7	18	70	14	52	24	7	2	65	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71557163--71557220	30	1.9	30	83	13	75	36	5	5	53	1.46
71561750--71561809	30	2.0	30	100	0	120	36	26	3	33	1.73
71570164--71570197	10	3.4	10	83	0	50	50	0	5	44	1.26
71570166--71570292	20	6.6	20	68	23	76	44	3	8	42	1.53
71570237--71570310	38	1.9	38	91	0	121	50	4	8	37	1.51
71573413--71573517	45	2.3	45	85	0	120	47	19	14	19	1.82
71573581--71573708	46	2.8	46	86	1	168	48	15	18	17	1.81
71577660--71578026	46	8.0	46	93	0	565	22	24	15	37	1.93
71584681--71584838	43	3.7	44	78	8	139	32	23	15	28	1.95
71587858--71587937	38	2.1	38	90	4	126	25	33	26	15	1.95
71589087--71589322	48	4.9	48	81	7	203	25	27	16	30	1.97
71589087--71589322	96	2.4	96	81	5	260	25	27	16	30	1.97
71592314--71592341	6	4.7	6	100	0	56	0	64	0	35	0.94
71592978--71593033	21	2.7	21	80	0	58	16	33	23	26	1.95
71600660--71600711	25	2.1	25	96	0	95	38	19	21	21	1.94
71601304--71601342	19	2.1	19	85	9	53	38	7	5	48	1.54
71604211--71604330	43	2.8	42	81	12	163	27	25	15	31	1.95
71610604--71610660	28	2.0	28	100	0	114	42	10	14	33	1.79
71611150--71611255	29	3.6	29	77	8	106	25	14	17	42	1.87
71612705--71612758	25	2.1	26	89	6	83	37	0	12	50	1.41
71615543--71615770	46	5.0	46	91	1	332	21	24	14	39	1.91
71617919--71617970	11	4.7	11	79	9	61	65	5	0	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71628891--71628956	13	5.5	13	70	26	65	39	0	12	48	1.40
71628882--71628955	23	3.2	23	98	0	139	41	0	9	48	1.35
71630101--71630132	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
71630745--71630811	24	2.7	25	83	6	91	14	16	14	53	1.73
71631238--71631284	20	2.3	21	78	7	53	23	6	6	63	1.41
71636154--71636208	21	2.6	21	82	0	74	25	7	36	30	1.83
71636320--71636375	18	3.1	18	72	23	55	55	3	1	39	1.28
71643408--71643490	41	2.0	41	97	0	157	24	33	9	32	1.88
71645033--71645309	50	5.5	50	88	1	376	32	28	14	24	1.95
71645033--71645311	150	1.9	148	87	3	416	32	27	15	24	1.95
71651462--71651508	22	2.1	22	100	0	94	21	19	17	42	1.89
71655582--71655622	6	6.8	6	100	0	82	17	0	68	14	1.22
71656123--71656166	17	2.6	16	86	13	54	63	6	4	25	1.38
71656831--71657103	146	1.9	144	81	12	333	40	6	8	45	1.60
71657125--71657166	22	1.9	22	100	0	84	45	9	0	45	1.36
71662382--71662483	36	2.7	37	80	13	118	36	21	16	25	1.94
71672817--71672849	17	2.0	17	88	5	50	33	18	3	45	1.65
71677383--71678217	421	2.0	418	95	1	1510	31	17	7	42	1.77
71678659--71678691	3	11.3	3	93	6	59	69	0	30	0	0.88
71685718--71685754	14	2.6	15	83	12	51	35	0	5	59	1.20
71685977--71686024	22	2.2	21	85	3	69	45	4	2	47	1.33
71686747--71686803	19	2.9	19	78	14	62	33	0	8	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71686774--71686807	15	2.3	15	94	0	59	35	0	11	52	1.38
71686752--71686823	21	3.6	19	81	7	72	30	1	9	58	1.39
71691836--71691879	24	1.9	22	86	9	61	34	0	52	13	1.41
71691901--71691961	17	3.4	17	73	18	61	24	0	65	9	1.23
71698298--71698336	19	2.1	19	95	0	69	33	28	12	25	1.93
71700903--71700933	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
71706268--71706312	22	2.0	22	87	8	65	46	15	2	35	1.58
71710854--71710898	22	2.0	22	86	0	63	51	15	2	31	1.56
71711884--71711921	18	2.1	18	100	0	76	21	10	10	57	1.61
71720361--71720876	258	2.0	257	99	0	1023	32	10	16	40	1.84
71735490--71735534	18	2.5	19	82	10	58	51	0	0	48	1.00
71735500--71735588	42	2.1	44	87	8	130	42	7	1	48	1.39
71753818--71753858	16	2.6	16	96	0	73	39	7	24	29	1.82
71758605--71758671	27	2.5	27	97	2	127	23	22	32	20	1.98
71764234--71764347	42	2.7	42	82	2	122	31	28	14	26	1.94
71765653--71765994	168	2.0	168	96	0	639	38	19	13	28	1.89
71768390--71768575	93	2.0	93	97	0	354	50	19	10	19	1.77
71769076--71769175	42	2.4	42	83	3	130	25	16	15	44	1.85
71769337--71769364	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
71769330--71769393	9	7.8	8	77	16	51	29	0	3	67	1.06
71769323--71769396	7	8.9	8	77	18	55	32	0	2	64	1.07
71769728--71769796	29	2.4	29	100	0	138	55	2	2	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71769728--71769813	29	3.0	29	89	6	104	52	4	4	38	1.43
71769964--71770058	7	13.4	7	68	10	50	49	26	0	24	1.50
71770278--71770312	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
71770322--71770372	21	2.4	21	80	6	59	47	25	1	25	1.63
71770670--71770847	76	2.3	76	85	5	243	32	20	17	30	1.95
71770811--71770948	40	3.5	40	79	3	143	23	19	20	36	1.95
71772250--71772298	10	4.7	10	81	18	64	10	10	2	77	1.07
71772757--71772864	12	8.8	12	74	22	59	29	4	2	62	1.29
71772773--71772918	18	8.1	18	73	15	88	30	8	2	57	1.44
71772846--71772885	20	2.0	21	85	5	55	27	12	2	57	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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