genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96501930--96501976	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
96502237--96502585	46	8.0	46	82	10	417	23	23	14	38	1.92
96502415--96502574	38	4.0	38	84	12	221	25	26	15	33	1.95
96502369--96502584	84	2.6	84	96	0	387	25	24	14	35	1.94
96504724--96504800	31	2.5	32	77	10	88	54	3	1	40	1.27
96509739--96509821	34	2.5	33	84	4	94	13	16	7	62	1.52
96514505--96514573	36	1.9	36	87	0	102	17	8	31	42	1.80
96518992--96519032	11	3.6	12	80	9	50	75	7	0	17	1.02
96518987--96519041	22	2.5	22	82	5	67	70	7	0	21	1.11
96519017--96519041	10	2.5	10	100	0	50	68	8	0	24	1.16
96522116--96522140	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
96523263--96523287	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
96524577--96524862	144	2.0	144	95	0	518	26	32	9	31	1.89
96524887--96524933	19	2.5	19	92	0	76	31	21	14	31	1.94
96536509--96536533	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
96537075--96537405	170	1.9	171	83	4	429	43	13	8	34	1.74
96538839--96538868	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
96539461--96539666	105	2.0	105	93	0	349	30	19	18	30	1.96
96550115--96550146	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
96551056--96551845	44	18.3	43	78	7	682	28	15	25	29	1.96
96551060--96551845	131	6.1	130	88	4	1148	28	15	25	29	1.96
96553727--96553756	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96554349--96554554	105	2.0	105	93	0	349	30	19	18	30	1.96
96555153--96555193	15	2.7	15	84	3	55	12	9	0	78	0.98
96555867--96555901	15	2.2	16	90	5	54	31	2	2	62	1.24
96555874--96555953	3	27.0	3	71	16	51	30	5	2	62	1.29
96555874--96555962	9	10.9	8	68	20	51	31	5	2	60	1.32
96555924--96555953	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
96556075--96556132	21	2.8	21	81	5	64	24	3	5	67	1.27
96556411--96556455	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
96558755--96558799	19	2.3	20	85	7	58	22	20	13	44	1.85
96560580--96560630	14	3.3	15	75	22	52	52	0	9	37	1.34
96561472--96561508	18	2.1	18	100	0	74	21	16	35	27	1.94
96570092--96570303	105	2.0	105	97	0	397	46	15	20	17	1.84
96577972--96578004	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
96578263--96578650	46	8.5	46	87	2	487	20	23	14	42	1.89
96583425--96583449	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
96584512--96584586	22	3.6	21	70	21	59	48	1	10	40	1.46
96584514--96584596	20	4.1	20	77	11	87	48	1	10	39	1.46
96588796--96588829	17	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
96589665--96589705	11	3.7	11	84	12	57	56	19	12	12	1.67
96589665--96589706	22	1.9	22	95	0	75	54	19	11	14	1.70
96593874--96594058	64	2.9	64	89	0	262	43	12	19	24	1.86
96595277--96595339	25	2.6	25	79	2	65	26	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96599391--96599525	26	5.2	26	92	1	227	33	4	25	36	1.76
96599391--96599525	51	2.6	51	95	2	234	33	4	25	36	1.76
96601119--96601239	27	4.4	27	86	1	161	18	23	23	35	1.95
96601119--96601253	27	5.0	27	83	8	141	19	22	21	36	1.95
96602221--96602252	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
96605122--96605255	26	5.2	26	94	3	218	33	5	24	36	1.78
96606839--96606978	27	5.2	27	82	2	147	18	22	22	36	1.95
96606839--96606978	54	2.6	55	84	6	162	18	22	22	36	1.95
96608133--96608168	18	2.0	18	100	0	72	50	22	5	22	1.70
96615926--96615982	7	8.0	7	92	3	96	43	40	0	15	1.47
96615919--96615982	21	3.1	21	91	6	96	43	39	0	17	1.49
96617113--96617178	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
96619946--96620080	60	2.2	62	77	9	143	31	25	17	25	1.97
96620101--96620146	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
96621823--96622031	104	2.0	104	99	0	409	33	34	11	19	1.88
96622390--96622599	46	4.6	46	92	1	332	39	15	25	19	1.91
96622688--96622782	26	3.6	26	75	13	70	38	4	18	37	1.71
96624947--96624996	5	10.0	5	78	8	57	44	0	2	54	1.11
96625397--96625436	3	13.7	3	85	15	57	32	0	0	67	0.91
96626318--96626424	21	5.1	21	74	8	110	15	24	24	35	1.94
96626323--96626421	42	2.4	42	94	0	171	14	25	25	35	1.93
96627300--96627329	14	2.2	13	94	5	51	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96631699--96631728	14	2.2	13	94	5	51	16	0	0	83	0.65
96639895--96639961	24	2.8	24	83	0	98	46	25	14	13	1.82
96642813--96642933	60	2.0	60	98	0	233	32	14	15	37	1.89
96647954--96648023	23	3.0	23	78	4	68	57	0	1	41	1.08
96647962--96648030	23	2.9	23	76	8	66	53	0	1	44	1.09
96649042--96649144	52	2.0	52	98	0	197	33	15	14	36	1.88
96655596--96655659	27	2.4	27	80	15	78	23	21	17	37	1.94
96658078--96658220	73	2.0	73	97	0	268	33	24	10	31	1.89
96658948--96659109	66	2.4	65	87	4	234	30	22	18	28	1.97
96659093--96659149	29	2.0	29	89	0	87	31	15	19	33	1.93
96661293--96661334	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
96661297--96661333	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
96661366--96661422	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
96662991--96663043	21	2.5	21	93	0	88	22	9	37	30	1.86
96665056--96665214	32	5.0	32	87	0	230	44	10	11	33	1.75
96665054--96665214	64	2.5	64	91	1	261	44	9	11	34	1.75
96669951--96670005	21	2.6	21	91	0	83	30	9	30	29	1.88
96670278--96670315	14	2.9	13	84	11	51	47	0	2	50	1.15
96670789--96670825	17	2.1	18	90	5	58	40	0	2	56	1.13
96671809--96671862	21	2.6	21	90	0	63	48	0	0	51	1.00
96671804--96671857	11	4.9	11	79	6	56	48	0	0	51	1.00
96674886--96674954	31	2.2	31	78	0	75	40	8	15	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96680110--96680142	17	1.9	17	88	11	50	39	0	9	51	1.34
96687637--96687676	21	1.9	21	84	0	53	22	17	0	60	1.37
96705422--96705987	44	12.5	45	69	14	245	33	16	19	30	1.95
96705494--96705591	50	2.0	50	84	8	128	32	16	22	28	1.95
96705407--96705655	138	1.8	138	84	6	344	32	16	20	30	1.95
96705632--96706027	138	2.9	138	81	5	401	33	17	17	31	1.94
96705356--96705949	320	1.9	320	90	0	956	32	16	19	30	1.94
96707710--96707748	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
96708996--96709029	17	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
96717012--96717106	40	2.4	40	80	3	111	28	16	31	23	1.96
96717651--96717780	67	2.0	62	84	10	163	50	5	3	41	1.41
96721378--96721478	42	2.3	44	86	6	136	26	13	26	32	1.94
96721411--96721503	44	2.1	44	84	4	116	27	13	23	34	1.93
96721732--96721780	24	2.0	24	96	0	89	40	8	18	32	1.80
96723400--96723488	39	2.2	39	84	4	106	32	14	31	21	1.93
96725047--96725171	19	6.9	18	78	17	100	36	11	15	36	1.83
96725054--96725171	35	3.3	35	95	3	200	37	11	14	36	1.83
96726417--96726564	26	5.8	26	88	2	212	27	22	22	27	2.00
96726411--96726564	51	3.0	50	90	6	231	27	22	22	28	1.99
96726613--96726679	20	3.3	20	89	4	100	34	19	8	37	1.83
96726628--96726680	11	5.2	11	78	15	60	37	18	7	35	1.80
96730673--96730703	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96730737--96730911	26	6.8	26	86	0	237	26	23	22	26	2.00
96730737--96730911	52	3.4	52	92	1	291	26	23	22	26	2.00
96731056--96731147	42	2.2	42	90	0	139	29	13	22	34	1.92
96731175--96731249	31	2.4	31	95	0	132	30	17	21	30	1.96
96732475--96732687	81	2.6	81	75	4	223	35	22	7	34	1.83
96732503--96732847	27	12.8	27	78	5	223	37	20	8	34	1.82
96732629--96732958	54	6.1	54	76	10	235	40	19	8	32	1.82
96732642--96732854	27	7.9	26	81	5	230	41	18	7	31	1.80
96732652--96732849	81	2.5	81	93	0	326	40	19	8	31	1.81
96732886--96732937	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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