genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97918852--97919531	178	4.0	168	80	7	604	26	26	18	29	1.98
97919286--97919449	45	3.7	45	76	8	140	23	26	18	31	1.98
97919202--97919449	44	5.6	45	70	11	145	25	26	17	29	1.98
97920235--97920263	11	2.6	11	100	0	58	31	27	17	24	1.97
97920902--97920993	46	2.0	46	100	0	184	21	34	10	32	1.88
97928108--97928154	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
97931834--97931871	14	2.7	14	84	11	51	60	10	0	28	1.30
97934193--97934249	5	10.6	5	80	10	60	40	1	1	56	1.20
97935068--97935401	130	2.6	130	82	5	360	34	17	18	29	1.94
97941302--97941338	5	7.8	5	87	6	51	16	0	0	83	0.64
97941300--97941338	18	2.2	17	95	4	69	15	0	0	84	0.62
97945739--97945774	11	3.3	11	85	14	56	16	0	0	83	0.65
97945739--97945773	5	6.6	5	93	6	52	17	0	0	82	0.66
97945739--97945774	16	2.2	17	95	5	65	16	0	0	83	0.65
97948060--97948160	43	2.3	43	82	15	129	28	24	17	28	1.98
97959401--97959473	24	3.0	24	93	0	119	31	5	41	21	1.76
97960903--97960997	28	3.4	27	80	8	77	17	25	22	34	1.96
97960903--97961010	27	3.9	27	78	10	112	18	25	20	36	1.95
97967771--97967810	18	2.2	18	86	0	53	57	2	12	27	1.48
97969642--97969679	18	2.1	19	85	9	53	71	7	2	18	1.23
97969772--97969828	28	2.0	29	89	6	89	45	3	0	50	1.18
97980147--97980205	23	2.6	23	83	0	73	32	18	32	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97981511--97981550	21	2.0	20	85	5	53	60	7	0	32	1.25
97987525--97987585	10	6.5	10	70	21	51	36	1	1	60	1.16
97987533--97987604	18	4.0	17	75	10	63	33	1	2	62	1.18
97987542--97987604	28	2.3	27	86	5	83	33	0	3	63	1.10
97987516--97987604	46	2.0	45	84	2	115	31	1	3	64	1.17
97988031--97988098	9	7.6	9	81	0	73	44	20	7	27	1.78
97988181--97988205	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
97988182--97988219	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
97991925--97992006	26	3.2	27	78	11	75	36	1	2	59	1.18
97991925--97992012	25	3.4	26	77	13	76	36	1	2	60	1.17
97991965--97992080	26	4.8	24	75	18	89	33	4	0	61	1.22
97991961--97992042	5	16.4	5	75	15	55	35	1	1	62	1.11
97992058--97992208	44	3.5	42	70	17	114	38	6	0	54	1.26
97992360--97992403	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
98002900--98002985	15	5.3	15	77	14	82	86	3	9	1	0.75
98002894--98002965	28	2.6	28	86	2	92	87	5	4	2	0.73
98002928--98002985	14	4.3	14	84	4	66	89	0	10	0	0.48
98002900--98002965	1	66.0	1	80	0	69	89	4	4	1	0.64
98002936--98002985	19	2.6	19	87	3	64	88	0	12	0	0.53
98003858--98004401	206	2.7	205	91	2	898	30	18	22	28	1.97
98005978--98006061	25	3.2	27	78	11	77	36	1	2	59	1.18
98006016--98006090	18	4.3	17	74	14	64	34	1	1	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98006014--98006170	24	6.5	24	72	17	112	35	5	0	59	1.24
98006028--98006167	50	2.8	50	80	11	137	35	5	0	58	1.27
98006014--98006097	5	16.4	5	75	15	57	35	1	1	61	1.11
98013450--98013574	6	20.3	6	68	16	69	48	13	18	20	1.81
98013510--98013574	25	2.6	25	82	0	76	46	12	20	21	1.83
98013459--98013552	37	2.5	37	87	0	134	47	13	19	19	1.82
98013690--98013811	27	4.5	27	82	7	140	41	22	18	17	1.90
98013715--98013826	55	2.1	54	84	5	145	40	24	19	16	1.91
98014068--98014112	20	2.2	20	84	0	54	44	33	15	6	1.73
98014389--98014774	27	14.3	27	80	1	380	25	17	19	37	1.93
98014756--98014830	27	2.8	26	82	8	87	29	8	21	41	1.81
98014391--98014774	54	7.1	54	85	1	493	26	17	19	37	1.93
98014816--98014910	27	3.5	27	91	0	145	24	8	20	47	1.77
98014792--98014910	54	2.2	54	84	3	150	26	9	20	44	1.81
98019768--98019812	23	2.0	23	86	8	65	24	0	26	48	1.51
98019793--98019832	15	2.6	16	84	8	55	20	0	27	52	1.46
98019919--98019997	38	2.1	39	88	7	117	29	1	26	43	1.63
98020538--98021043	125	4.0	126	87	1	719	36	18	17	26	1.94
98020538--98021043	251	2.0	252	87	1	728	36	18	17	26	1.94
98023596--98023638	18	2.4	18	84	0	59	44	9	25	20	1.81
98024235--98024259	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
98025237--98025347	48	2.3	47	79	10	118	53	6	9	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98025261--98025371	48	2.3	47	83	11	136	46	4	10	37	1.59
98034913--98034952	21	1.9	21	85	10	55	45	5	12	37	1.64
98057914--98058023	29	3.8	29	89	4	150	31	11	24	31	1.91
98058705--98058753	13	3.8	13	81	13	57	32	2	0	65	1.04
98058705--98058754	25	2.0	25	85	14	68	32	2	0	66	1.03
98061717--98061766	25	2.0	25	88	0	73	38	16	10	36	1.82
98064478--98064509	15	2.1	15	94	0	55	40	0	0	59	0.97
98073727--98073856	47	2.8	47	84	2	172	24	16	25	33	1.95
98076517--98076702	55	3.4	54	80	7	234	34	18	25	20	1.96
98078394--98078581	40	4.7	40	81	6	229	24	23	26	26	2.00
98078394--98078607	40	5.4	40	81	6	213	24	23	26	25	2.00
98080038--98080071	16	2.1	16	94	0	59	20	11	23	44	1.84
98087534--98087587	26	2.1	26	100	0	108	18	12	18	50	1.78
98091641--98091703	30	2.1	30	93	0	108	23	4	12	58	1.53
98094625--98094659	18	1.9	18	94	0	61	8	11	5	74	1.22
98099033--98099182	28	5.4	28	97	0	266	26	11	28	34	1.91
98099008--98099182	56	3.1	56	91	1	271	26	11	28	34	1.91
98099033--98099199	28	6.0	27	93	2	111	27	11	26	33	1.92
98107377--98107530	28	5.5	28	96	0	265	25	12	27	33	1.92
98107352--98107530	56	3.2	56	91	1	270	25	12	27	34	1.92
98112812--98112983	46	3.7	46	79	13	208	27	29	22	20	1.99
98112817--98112987	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98113407--98113466	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
98120045--98120074	15	2.0	15	93	0	51	76	0	20	3	0.92
98120163--98120245	17	4.7	16	75	14	67	27	0	3	68	1.06
98120167--98120263	46	2.1	47	81	9	110	25	3	3	68	1.19
98122013--98122055	20	2.2	20	100	0	86	37	9	0	53	1.33
98124899--98124951	26	2.0	26	96	0	97	32	20	22	24	1.98
98130927--98131195	142	1.9	142	86	3	389	40	20	14	24	1.90
98140699--98140746	10	4.8	10	86	0	60	27	6	2	64	1.28
98144424--98144507	25	3.3	26	80	9	86	15	4	3	76	1.10
98145538--98145713	92	1.9	92	86	0	253	24	13	28	33	1.93
98149496--98149525	14	2.1	15	93	6	53	30	23	26	20	1.98
98153747--98153779	12	2.6	13	90	4	50	63	0	0	36	0.95
98158154--98158186	8	3.7	9	88	12	50	0	12	0	87	0.53
98158153--98158191	20	2.0	20	90	10	62	2	10	0	87	0.65
98158320--98158668	118	3.0	118	93	0	572	28	31	17	23	1.97
98159621--98159682	5	10.5	6	81	14	60	80	0	0	19	0.71
98159621--98159680	19	3.4	18	82	14	72	80	0	0	20	0.72
98159621--98159682	12	5.2	12	78	17	60	80	0	0	19	0.71
98166992--98167030	19	2.1	19	95	0	69	10	7	10	71	1.30
98166746--98167815	538	2.0	533	89	2	1646	32	10	13	43	1.77
98170826--98170878	21	2.5	21	82	11	56	18	47	1	32	1.60
98172090--98172203	51	2.2	51	95	0	201	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98175840--98175905	18	3.8	18	67	15	57	27	3	16	53	1.58
98177429--98177561	60	2.2	60	90	0	203	28	12	12	46	1.78
98177981--98178028	14	3.2	14	77	13	51	81	2	8	8	0.96
98183726--98183789	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
98188675--98188735	30	2.0	30	100	0	122	40	13	16	29	1.86
98194743--98194912	21	8.2	21	82	2	128	18	20	15	45	1.85
98194898--98194960	21	3.0	21	68	11	58	17	22	12	47	1.81
98194912--98194977	21	3.2	20	71	12	62	18	19	13	48	1.81
98197284--98197474	50	3.8	50	77	11	185	32	8	16	41	1.80
98197290--98197478	100	1.9	100	83	4	247	32	10	16	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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