genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3541--3710	75	2.3	73	83	8	213	33	22	11	32	1.90
3546--3710	35	4.6	35	85	7	188	33	23	10	32	1.90
5219--5264	24	2.0	24	83	12	60	50	2	4	43	1.34
5374--5406	16	2.1	16	88	11	50	42	0	3	54	1.15
10774--10824	19	2.7	19	81	6	59	29	1	3	64	1.22
10757--10873	9	12.4	9	70	22	55	29	1	2	65	1.15
19944--20063	38	3.1	38	81	4	143	32	23	21	22	1.98
22499--22626	47	2.7	46	80	8	134	33	28	13	25	1.93
30675--30700	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
32114--32166	26	2.0	26	96	0	97	43	5	18	32	1.74
33464--33507	23	1.9	23	90	0	70	59	6	2	31	1.36
42522--42578	20	3.0	19	80	7	62	35	5	8	50	1.56
43175--43202	12	2.3	12	100	0	56	7	7	14	71	1.29
58008--58078	36	2.0	36	83	10	92	49	1	0	49	1.09
61667--61696	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
62090--62198	3	36.3	3	72	10	71	59	1	9	29	1.39
62095--62134	20	2.0	21	85	5	55	57	2	12	27	1.48
63319--63387	33	2.1	33	88	0	102	14	15	52	17	1.75
66496--66547	27	2.0	26	85	10	72	38	0	0	61	0.96
66507--66558	27	1.9	27	88	0	77	38	1	0	59	1.08
70945--71005	30	2.0	30	100	0	122	40	13	13	32	1.82
71243--71277	15	2.2	16	90	5	54	17	11	17	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87774--87798	12	2.1	12	100	0	50	40	16	20	24	1.91
93384--93415	16	2.0	16	93	0	55	0	34	15	50	1.45
98856--98905	3	16.7	3	95	0	91	32	2	0	66	1.03
106154--106202	25	2.0	25	84	11	66	44	0	4	51	1.20
106951--107012	31	2.0	32	84	9	83	33	3	4	58	1.36
110151--110210	30	2.0	30	83	3	77	48	1	6	43	1.39
124828--124888	30	2.0	30	93	0	104	29	3	9	57	1.47
125298--125359	31	1.9	32	83	6	81	37	9	9	43	1.71
129473--129508	18	2.0	18	100	0	72	22	5	16	55	1.62
145155--145184	3	10.0	3	92	0	51	33	0	3	63	1.11
149575--149798	110	2.0	111	94	0	396	34	11	12	41	1.78
164737--164770	12	2.8	12	86	0	50	2	58	0	38	1.13
164735--164782	24	2.0	24	87	0	69	8	52	0	39	1.32
168086--168183	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
169982--170147	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
169982--170152	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
177476--177641	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
177476--177646	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
178903--178927	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
178878--178935	22	2.6	22	76	15	66	58	0	0	41	0.98
180229--180263	17	2.0	18	88	5	54	51	2	25	20	1.61
191219--191257	18	2.2	18	90	0	60	69	10	2	17	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195427--195710	137	2.0	140	93	2	484	37	21	5	34	1.78
198223--198275	26	2.0	26	100	0	106	24	3	11	60	1.47
199518--199585	26	2.7	25	71	24	61	67	4	26	1	1.18
201161--201311	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
208678--208828	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
216461--216521	32	1.9	32	89	0	95	24	19	3	52	1.61
216953--217018	20	3.3	20	78	4	71	57	4	3	34	1.34
217056--217100	20	2.3	19	80	3	54	68	4	0	26	1.08
218444--218468	12	2.1	12	100	0	50	32	28	0	40	1.57
230062--230099	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
232005--232324	46	7.0	46	92	0	489	38	14	24	22	1.92
236541--236627	44	2.0	44	88	4	131	37	4	2	55	1.33
270921--271123	40	5.3	39	66	19	133	26	18	21	33	1.96
270885--271197	75	4.2	75	89	1	441	25	19	23	32	1.97
272426--272607	46	4.0	46	88	1	240	20	21	14	42	1.89
274733--274783	11	4.2	12	78	14	52	58	1	1	37	1.20
274739--274783	11	3.9	11	80	11	54	60	0	2	37	1.09
274733--274788	24	2.3	24	87	3	76	57	1	1	39	1.20
282264--282344	30	2.6	31	77	13	78	32	13	9	44	1.77
286846--286928	40	2.1	41	84	4	107	39	27	12	20	1.88
300498--300589	29	3.4	25	71	25	71	46	2	5	45	1.38
303496--303546	6	8.5	6	86	0	66	13	1	50	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303501--303555	12	4.6	12	86	0	65	18	3	43	34	1.67
303501--303552	18	2.9	18	88	0	59	17	3	44	34	1.67
310506--310530	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
311069--311147	30	2.6	32	80	13	94	65	0	1	32	1.00
311073--311141	21	3.3	21	76	13	63	69	0	0	30	0.89
311250--311291	21	2.0	22	85	4	59	69	2	4	23	1.20
311907--311959	23	2.2	24	77	9	56	45	3	7	43	1.50
312720--312750	12	2.6	12	100	0	62	0	41	0	58	0.98
316970--317003	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
317149--317230	25	3.2	25	70	13	69	54	4	6	34	1.46
321168--321234	31	2.2	31	84	10	84	35	0	10	53	1.35
323259--323304	20	2.2	21	80	7	58	32	2	2	63	1.19
323411--323464	10	5.8	10	75	14	53	25	0	1	72	0.95
323409--323461	27	2.0	27	84	0	70	26	0	1	71	0.96
323427--323463	17	2.2	18	80	14	51	24	0	0	75	0.80
323417--323470	27	2.0	27	82	7	65	24	0	3	72	1.01
325753--325793	17	2.3	19	84	16	61	26	4	4	63	1.35
329815--329886	35	2.1	35	100	0	144	44	5	5	44	1.50
331279--331336	27	2.2	26	96	3	107	32	13	0	53	1.40
334452--334489	19	2.0	19	85	10	51	63	0	0	36	0.95
336731--336768	19	2.0	19	100	0	76	57	0	5	36	1.21
344092--344142	15	3.5	15	69	15	52	43	5	3	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344080--344142	29	2.2	29	97	0	117	39	6	4	49	1.49
348142--348171	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
355169--355336	57	3.0	56	82	9	177	27	19	25	27	1.99
357906--357958	27	2.0	27	85	7	72	37	13	0	49	1.42
358076--358110	7	5.0	7	85	0	52	25	5	0	68	1.11
358242--358286	11	4.1	12	75	21	53	62	0	0	37	0.96
358246--358286	21	2.0	21	90	9	66	60	0	0	39	0.96
371679--371721	22	1.9	22	85	4	59	51	2	4	41	1.35
372470--372510	21	1.9	22	85	5	57	48	0	9	41	1.36
374723--374801	37	2.1	39	92	4	135	60	6	2	30	1.35
376469--376495	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
385517--385572	28	2.0	29	86	10	80	46	1	0	51	1.11
387153--387216	29	2.2	30	82	2	76	39	4	12	43	1.63
390560--390659	51	2.0	51	86	2	139	42	10	5	43	1.60
400293--400394	48	2.1	48	100	0	204	43	17	15	23	1.88
409150--409199	17	3.0	17	80	8	50	70	18	2	10	1.25
409173--409197	12	2.1	12	100	0	50	76	16	0	8	1.02
409420--409539	59	2.0	59	85	3	161	21	21	16	40	1.92
425273--425348	27	2.7	27	80	8	73	32	3	5	57	1.39
426346--426618	136	2.0	137	92	2	460	25	17	21	34	1.96
429713--429741	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
434002--434059	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
437346--437377	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
442444--442490	19	2.6	18	80	6	58	4	25	4	65	1.29
447966--448006	22	2.0	22	85	9	59	19	9	12	58	1.61
447958--448020	22	2.8	22	71	22	58	22	7	7	61	1.49
448683--448722	19	2.1	19	100	0	80	47	5	0	47	1.24
451955--451988	16	2.1	16	94	0	59	41	0	8	50	1.34
457346--457378	16	2.1	16	88	11	50	60	0	9	30	1.27
457653--457709	30	1.9	30	86	13	82	52	3	1	42	1.28
460050--460177	42	3.0	42	88	3	186	29	14	6	49	1.68
466342--466372	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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