genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88006219--88006264	18	2.5	19	85	7	67	41	2	13	43	1.55
88006232--88006268	18	2.1	18	100	0	74	40	5	10	43	1.63
88007736--88007906	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
88007728--88007903	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
88010273--88010322	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
88010284--88010331	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
88018501--88018592	40	2.3	40	84	5	123	29	14	27	29	1.95
88034643--88034754	38	2.9	39	89	2	163	23	22	31	23	1.99
88034649--88034784	40	3.5	40	85	2	143	22	24	31	21	1.98
88042619--88042731	39	2.9	39	87	1	163	23	22	30	23	1.99
88042619--88042761	39	3.6	39	84	0	160	23	23	30	23	1.99
88045858--88045899	19	2.2	19	100	0	84	33	0	30	35	1.58
88047409--88047480	22	3.3	22	94	3	119	20	12	29	37	1.90
88051987--88052153	46	3.7	46	77	13	152	24	19	31	25	1.98
88062311--88062335	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
88064764--88064935	93	1.8	93	92	2	292	28	29	20	20	1.98
88064760--88064931	46	3.7	46	77	11	190	29	28	20	20	1.98
88066467--88066507	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
88067155--88067231	39	2.0	39	94	0	136	24	23	28	23	1.99
88073252--88073292	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
88073938--88074059	39	3.1	39	93	0	199	23	23	30	22	1.99
88073938--88074087	78	1.9	78	80	2	176	23	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88090943--88091105	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
88090943--88091135	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
88094521--88094630	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
88098734--88098823	44	2.0	44	95	0	162	37	17	2	42	1.62
88104365--88104541	40	4.5	39	77	10	130	23	27	23	25	2.00
88104442--88104541	40	2.5	39	91	1	155	22	29	25	24	1.99
88112461--88112625	40	4.1	40	81	1	177	24	28	22	24	1.99
88112447--88112625	81	2.2	80	79	4	191	24	27	22	25	2.00
88116543--88116603	9	7.0	9	75	14	56	55	4	1	37	1.31
88116545--88116613	34	2.0	34	100	0	138	57	5	2	33	1.37
88134536--88134584	24	2.0	24	96	0	89	32	18	4	44	1.68
88136432--88136498	31	2.1	34	83	8	86	26	17	8	46	1.78
88144402--88144511	42	2.6	42	78	2	114	27	15	26	30	1.96
88146729--88146787	29	2.0	29	100	0	118	30	6	27	35	1.83
88146735--88146793	29	2.0	29	90	0	91	33	8	25	32	1.86
88147033--88147154	46	2.6	48	84	5	151	27	19	31	22	1.98
88173567--88173609	21	2.0	21	95	0	77	18	30	23	27	1.98
88173588--88173807	46	4.7	48	85	6	274	22	30	19	28	1.98
88173591--88173848	46	5.5	47	82	8	246	23	28	18	29	1.98
88173591--88173851	94	2.8	92	83	8	271	23	28	18	29	1.98
88173591--88173848	140	1.8	140	85	3	367	23	28	18	29	1.98
88178333--88178517	79	2.3	81	82	7	218	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88178326--88178517	40	4.8	39	74	8	154	23	27	24	24	2.00
88179889--88180064	46	3.8	46	79	12	216	21	20	28	29	1.98
88179886--88180056	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
88183460--88183562	42	2.4	43	79	6	120	30	18	23	28	1.98
88194948--88194973	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88195707--88195772	27	2.4	27	84	0	78	25	18	18	37	1.93
88202000--88202083	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
88202389--88202413	13	1.9	13	100	0	50	56	20	16	8	1.65
88203508--88203556	25	1.9	26	83	4	64	38	22	14	24	1.91
88205242--88205272	14	2.2	14	100	0	62	32	22	25	19	1.97
88206916--88206976	29	2.1	29	96	0	113	34	9	29	26	1.88
88208959--88209042	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
88210523--88210574	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
88212162--88212205	15	2.7	16	82	13	54	34	0	11	54	1.36
88212176--88212204	15	1.9	15	100	0	58	27	0	17	55	1.42
88217080--88217312	74	3.1	74	98	1	448	33	11	20	35	1.88
88217783--88217854	28	2.6	27	80	10	83	43	1	6	48	1.38
88219264--88219288	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
88230922--88230960	21	1.9	21	94	5	71	30	20	28	20	1.98
88232356--88232463	54	2.0	54	96	0	198	33	15	8	42	1.77
88234235--88234273	9	4.3	9	83	0	51	51	12	2	33	1.54
88234235--88234273	18	2.2	18	90	0	60	51	12	2	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88234354--88234435	27	3.1	27	78	13	75	57	2	0	40	1.12
88234416--88234457	11	3.7	11	87	3	57	59	2	0	38	1.10
88234419--88234452	10	3.3	10	88	8	50	61	0	0	38	0.96
88234422--88234475	23	2.4	22	84	6	63	64	1	1	31	1.14
88234533--88234570	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
88239262--88239291	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88245294--88245508	48	4.6	47	77	6	204	31	18	28	21	1.97
88245531--88245653	49	2.5	49	90	4	185	29	22	26	21	1.99
88246797--88246836	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
88248968--88249047	40	2.0	40	100	0	160	37	17	5	40	1.72
88249790--88249856	25	2.7	24	81	6	71	11	4	13	70	1.31
88263311--88263486	46	3.8	47	77	12	175	28	21	28	21	1.98
88275740--88275890	67	2.2	67	80	9	164	32	17	28	21	1.96
88277031--88277057	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
88281472--88281502	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
88283772--88283853	40	2.0	40	95	0	146	37	20	13	28	1.90
88291363--88291583	46	4.8	46	72	19	156	28	19	29	23	1.98
88293846--88294029	75	2.5	75	88	2	264	35	27	15	21	1.93
88296604--88296844	92	2.6	92	86	0	356	28	24	16	30	1.97
88301089--88301138	12	4.1	12	72	23	50	50	0	4	46	1.20
88304959--88305031	29	2.5	29	82	10	78	31	19	9	39	1.84
88308041--88308076	19	1.9	18	88	5	54	38	0	2	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88322183--88322226	22	1.9	24	86	9	65	72	15	9	2	1.19
88322597--88322652	24	2.2	25	84	6	69	5	3	19	71	1.21
88322597--88322652	25	2.4	24	80	11	62	5	3	19	71	1.21
88322700--88322744	23	2.0	23	100	0	90	24	8	8	57	1.57
88326362--88326412	20	2.5	20	100	0	102	72	0	0	27	0.85
88331480--88331520	16	2.5	17	76	11	50	63	7	14	14	1.50
88336219--88336267	23	2.1	23	96	0	89	44	16	6	32	1.72
88340034--88340080	19	2.4	19	82	10	51	36	17	8	38	1.80
88340068--88340162	20	4.8	20	70	12	79	40	16	9	33	1.81
88341440--88341464	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
88342096--88342341	49	4.9	50	80	2	271	25	18	27	28	1.98
88342201--88342285	28	3.2	28	66	24	85	23	16	30	29	1.96
88342099--88342341	100	2.4	99	83	3	274	25	18	27	28	1.98
88348628--88348661	17	2.0	17	94	0	59	26	11	26	35	1.91
88353611--88353770	49	3.3	49	96	1	288	31	7	30	30	1.85
88362819--88362918	51	2.0	51	84	11	134	34	27	17	22	1.95
88362877--88362963	43	2.0	43	88	0	129	26	31	19	22	1.98
88368482--88368860	193	2.0	191	87	3	555	31	8	25	34	1.85
88378298--88378329	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
88381526--88381558	16	2.0	17	88	5	50	21	9	18	51	1.73
88382711--88382735	12	2.1	12	100	0	50	20	0	16	64	1.30
88382764--88382809	23	2.0	23	95	0	83	23	8	32	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88399181--88399253	30	2.4	30	81	4	83	41	10	5	42	1.63
88399199--88399255	30	1.9	30	92	0	96	40	10	5	43	1.62
88401030--88401118	44	2.1	42	89	4	133	34	1	5	58	1.29
88401172--88401201	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88401554--88401581	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
88409056--88409231	46	3.8	46	77	12	198	19	20	29	30	1.97
88409053--88409223	93	1.8	93	92	0	288	19	21	29	29	1.98
88412538--88412730	91	2.1	91	98	0	368	29	17	18	35	1.93
88416001--88416154	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
88424167--88424320	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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