genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34418858--34418944	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
34431551--34431758	40	5.2	40	82	2	202	25	26	23	25	2.00
34431547--34431758	80	2.7	80	80	2	230	25	25	22	25	2.00
34446434--34446597	71	2.3	71	98	0	319	18	28	18	34	1.95
34446434--34446631	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.96
34450963--34451030	3	23.7	3	83	8	72	69	0	2	27	1.03
34459693--34459804	40	2.8	40	84	2	127	25	27	20	25	1.99
34459712--34459884	40	4.3	40	88	3	154	27	25	18	28	1.98
34459740--34459907	40	4.2	40	90	4	216	26	23	17	31	1.97
34470776--34470834	27	2.2	27	90	0	100	23	22	20	33	1.97
34470785--34470843	27	2.2	27	84	0	73	23	23	18	33	1.97
34471652--34471680	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
34471650--34471700	6	8.3	6	77	10	50	76	1	0	21	0.88
34472035--34472068	17	2.0	17	100	0	68	47	29	11	11	1.76
34477742--34477891	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
34477766--34477945	67	2.8	64	77	9	186	30	17	29	23	1.97
34485767--34485933	43	3.9	43	80	3	185	28	16	23	32	1.96
34488074--34488120	23	2.0	23	100	0	94	34	21	4	40	1.73
34493051--34493077	12	2.2	12	100	0	54	55	25	0	18	1.43
34494140--34494290	43	3.5	43	79	6	171	33	25	13	28	1.93
34496234--34496267	12	2.8	12	100	0	68	44	0	0	55	0.99
34498613--34498669	21	2.7	21	97	0	105	7	3	49	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34508636--34508660	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
34510418--34510456	20	2.0	20	85	10	53	53	0	25	20	1.45
34510424--34510458	16	2.2	16	90	5	54	54	0	25	20	1.45
34511277--34511304	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
34513173--34513233	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
34516056--34516103	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
34516147--34516205	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
34516151--34516205	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
34516256--34516397	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
34516256--34516397	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
34516594--34516654	31	2.0	31	96	0	113	36	16	22	24	1.94
34522801--34522848	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
34522892--34522950	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
34522896--34522950	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
34523001--34523141	24	6.0	24	88	5	182	29	20	22	27	1.99
34523333--34523396	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
34524682--34524786	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
34524720--34524841	58	2.1	59	87	4	178	25	31	15	27	1.96
34524741--34524841	29	3.5	29	95	1	186	26	29	14	28	1.95
34532637--34532741	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
34532675--34532797	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
34532696--34532797	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34538161--34538230	35	2.0	35	100	0	140	37	25	5	31	1.80
34540530--34540615	31	2.8	31	94	1	156	24	26	17	31	1.97
34540820--34540904	25	3.4	24	81	12	91	27	24	22	25	2.00
34540838--34540904	26	2.7	24	84	11	89	26	23	25	23	2.00
34540946--34540983	20	2.0	19	90	10	60	36	21	10	31	1.87
34541034--34541081	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
34544970--34545031	11	5.2	12	88	7	83	16	4	8	70	1.28
34544972--34545030	23	2.5	23	86	10	84	16	5	8	69	1.32
34545011--34545046	14	2.4	16	90	9	58	13	13	5	66	1.41
34551815--34551861	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
34552213--34552557	50	6.8	50	77	2	330	26	17	25	30	1.97
34552213--34552546	101	3.3	101	87	0	434	26	17	25	31	1.97
34552219--34552557	151	2.2	152	81	5	373	26	17	25	30	1.97
34552529--34552586	29	2.0	29	86	0	80	31	24	22	22	1.99
34563352--34563476	47	2.7	47	85	5	164	29	16	24	30	1.96
34563444--34563524	38	2.1	39	83	2	101	30	16	23	29	1.96
34568808--34568851	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
34570664--34570732	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
34572311--34572519	38	5.0	38	74	19	184	31	15	23	29	1.96
34572341--34572479	48	2.9	48	87	3	201	33	15	20	30	1.94
34580736--34580805	35	2.0	35	100	0	140	22	25	11	40	1.88
34582992--34583040	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34590408--34590506	51	1.9	51	91	0	162	39	13	6	41	1.69
34595731--34595783	11	5.2	11	73	17	60	37	13	18	30	1.89
34595731--34595783	20	2.7	20	93	0	88	37	13	18	30	1.89
34595833--34595918	26	3.4	25	74	13	79	32	17	22	27	1.96
34595833--34595898	26	2.6	27	85	7	84	30	19	22	27	1.98
34596852--34596985	47	2.9	47	86	2	180	26	14	26	32	1.94
34603668--34603797	40	3.3	39	81	4	154	23	25	27	23	2.00
34611701--34611908	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
34611703--34611908	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
34616153--34616191	19	2.0	19	85	5	51	25	23	20	30	1.98
34621014--34621051	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
34622774--34622851	24	3.2	24	87	0	102	34	2	41	21	1.67
34623833--34623862	16	1.9	15	93	6	51	46	13	26	13	1.80
34623720--34624039	160	2.0	160	97	0	604	29	15	27	27	1.96
34623992--34624021	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
34624439--34624549	27	4.2	26	82	5	132	18	23	22	36	1.95
34624439--34624558	54	2.2	53	85	4	161	18	25	22	34	1.96
34630357--34630414	30	2.0	30	86	3	82	29	12	24	34	1.91
34632104--34632144	22	1.9	21	85	14	57	12	41	26	19	1.87
34645777--34645900	43	3.0	41	79	10	135	29	27	18	24	1.98
34649433--34649549	46	2.5	46	79	8	121	27	19	29	23	1.98
34651125--34651180	28	2.0	28	82	0	67	44	21	0	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34651326--34651368	6	6.8	6	94	5	68	16	16	0	67	1.24
34653280--34653682	200	2.0	200	93	1	684	47	16	8	27	1.75
34657932--34658187	40	6.4	40	91	2	385	26	26	22	24	2.00
34661626--34662313	344	2.0	344	95	0	1225	34	15	23	26	1.95
34666763--34666800	14	2.7	14	87	0	58	2	13	0	84	0.73
34669325--34669379	23	2.4	22	77	14	58	58	7	3	30	1.43
34679928--34679970	20	2.2	20	83	8	52	23	4	25	46	1.71
34683248--34683454	53	3.8	54	76	1	200	19	21	19	38	1.93
34687344--34687501	40	4.0	40	80	4	160	27	24	25	22	2.00
34687344--34687528	40	4.6	40	80	6	146	26	24	26	22	2.00
34687344--34687531	80	2.3	80	77	12	197	26	23	26	22	2.00
34701825--34701997	45	3.8	45	79	8	206	28	29	20	21	1.98
34701833--34702002	92	1.8	92	93	0	295	27	30	20	21	1.98
34704381--34704469	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
34704381--34704460	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
34704392--34704469	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
34707374--34707546	46	3.8	44	79	11	197	28	28	21	21	1.98
34707382--34707551	92	1.8	93	93	2	299	27	29	21	21	1.99
34710161--34710367	40	5.2	39	85	1	227	25	26	22	26	2.00
34710161--34710367	80	2.6	80	84	2	256	25	26	22	26	2.00
34718275--34718482	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
34718275--34718482	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34721156--34721363	40	5.2	40	82	2	213	25	26	21	25	2.00
34722117--34722141	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
34725408--34725547	31	4.5	31	97	0	253	29	27	17	25	1.98
34725766--34725859	25	3.8	25	88	4	129	24	21	25	28	1.99
34726665--34726729	26	2.5	26	87	5	96	20	23	20	36	1.95
34726785--34726876	27	3.4	27	78	12	82	32	7	19	40	1.80
34726842--34727087	27	9.2	26	75	13	107	28	8	21	41	1.82
34726867--34727073	80	2.6	80	84	4	249	28	8	21	42	1.81
34726761--34727078	53	5.9	54	75	7	236	30	8	20	40	1.82
34727065--34727196	27	4.9	27	84	3	158	42	8	20	28	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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