genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77244798--77244985	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
77248444--77248481	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
77249083--77249110	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
77249502--77249528	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
77250889--77250933	23	2.0	23	90	0	72	22	40	0	37	1.54
77256438--77256585	74	2.0	74	97	0	278	50	17	14	17	1.79
77266719--77266766	19	2.6	17	78	18	51	45	4	14	35	1.64
77270435--77270561	23	5.4	23	79	10	132	27	23	18	30	1.97
77270434--77270564	46	2.8	46	83	10	158	28	23	18	29	1.98
77270446--77270562	24	4.9	24	78	10	107	27	24	17	30	1.97
77272393--77272508	42	2.8	41	75	11	101	24	22	25	27	2.00
77279482--77279519	19	2.0	19	100	0	76	63	5	10	21	1.46
77282581--77282635	27	2.0	27	100	0	110	34	10	21	32	1.89
77295197--77295246	25	2.0	25	96	0	91	32	10	16	42	1.81
77295988--77296124	42	3.3	42	98	0	265	18	30	31	18	1.96
77305975--77306009	10	3.4	10	88	4	52	80	0	20	0	0.72
77307264--77307517	40	6.4	40	92	3	381	22	23	28	25	1.99
77313621--77313804	40	4.6	39	77	8	165	26	26	20	27	1.99
77313621--77313805	80	2.3	81	82	3	223	27	25	20	27	1.99
77316706--77316960	40	6.4	40	90	2	354	22	21	28	27	1.99
77322954--77323112	23	6.8	23	83	5	151	27	23	18	30	1.98
77322954--77323088	45	3.0	45	82	3	164	25	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77322954--77323084	68	1.9	69	87	1	192	26	23	19	30	1.98
77325142--77325186	23	2.0	23	82	8	56	48	2	17	31	1.59
77325400--77325433	13	2.6	13	90	9	52	82	0	17	0	0.67
77326552--77326600	24	2.0	24	92	4	80	36	0	24	38	1.56
77329065--77329125	30	2.0	30	90	0	95	47	22	6	22	1.74
77332626--77332664	2	19.0	2	89	5	60	48	2	2	46	1.29
77334707--77334784	29	2.7	29	79	0	93	21	32	17	28	1.96
77341042--77341144	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
77344173--77344210	19	2.0	20	85	15	53	18	5	21	55	1.62
77356051--77356105	19	3.1	17	79	10	56	41	9	12	36	1.75
77356490--77356544	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
77355829--77360222	439	10.0	439	98	0	8293	42	16	9	31	1.81
77356929--77356983	19	3.1	17	79	10	56	41	9	12	36	1.75
77357368--77357422	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
77357807--77357861	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
77358246--77358300	19	3.1	17	79	10	56	41	9	12	36	1.75
77358685--77358739	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
77359124--77359178	19	3.1	17	79	10	56	41	9	12	36	1.75
77359563--77359617	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
77360002--77360056	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
77361069--77361128	31	1.9	31	96	0	111	25	21	11	41	1.87
77362486--77362580	42	2.2	42	81	1	109	27	13	24	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77367293--77367420	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
77375222--77375388	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
77384385--77384486	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
77387068--77387127	29	2.1	29	90	0	93	20	15	41	23	1.89
77387447--77387757	27	11.6	27	81	7	339	38	19	11	30	1.87
77387630--77387772	27	5.3	27	88	1	112	38	16	12	32	1.86
77387723--77387802	27	3.0	27	83	0	88	37	18	16	27	1.92
77388259--77388284	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
77403659--77403775	31	3.8	31	89	1	173	23	26	17	32	1.96
77403968--77404039	25	3.0	23	82	10	72	27	22	20	29	1.99
77403995--77404065	25	2.8	25	91	0	106	25	21	26	26	1.99
77403982--77404065	25	3.4	24	84	9	98	25	21	23	29	1.99
77408531--77408681	40	3.8	40	79	6	155	27	24	27	21	1.99
77408569--77408697	40	3.2	40	78	4	136	24	24	27	23	2.00
77415320--77415463	40	3.6	40	78	3	130	28	24	27	20	1.99
77415359--77415486	40	3.2	39	75	7	116	25	22	28	24	2.00
77422668--77422835	40	4.2	40	80	3	169	23	26	23	26	2.00
77422684--77422833	80	1.9	80	83	8	198	22	27	24	26	1.99
77427808--77427905	43	2.3	43	87	0	133	34	24	15	25	1.94
77427748--77427905	86	1.8	85	82	6	203	32	24	15	27	1.96
77428897--77428947	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
77429202--77429233	8	4.0	8	100	0	64	0	37	37	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77429608--77429763	27	5.8	27	84	0	195	26	21	18	33	1.97
77429610--77429763	54	2.9	54	89	0	218	26	22	17	33	1.96
77431012--77431312	40	7.6	40	90	1	455	31	25	19	23	1.98
77436406--77436557	42	3.6	41	80	8	144	33	26	17	22	1.96
77444022--77444193	43	4.0	43	74	13	156	31	24	18	25	1.97
77449708--77449750	3	14.3	3	95	0	77	30	0	2	67	1.03
77451790--77452007	40	5.5	40	90	2	298	22	23	28	25	1.99
77455069--77455160	37	2.5	37	92	0	139	30	31	15	22	1.95
77455091--77455168	37	2.1	37	97	0	147	26	32	19	21	1.97
77455339--77455524	47	4.0	47	91	0	282	25	29	11	32	1.92
77460960--77461166	40	5.2	40	78	6	134	24	26	23	26	2.00
77460986--77461163	80	2.2	80	85	4	234	24	26	23	25	2.00
77462871--77463182	40	7.8	40	89	0	453	25	28	21	24	1.99
77464451--77464558	37	2.9	37	94	0	180	27	32	18	21	1.97
77464721--77464905	47	4.0	47	91	0	282	25	29	11	32	1.92
77475297--77475431	55	2.5	55	83	0	153	26	30	23	19	1.98
77488605--77488710	51	2.2	46	85	8	131	36	14	24	24	1.92
77493126--77493243	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77493094--77493257	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77500703--77500820	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77500671--77500834	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77505405--77505483	39	2.0	40	82	7	99	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77513671--77513710	21	2.0	20	86	13	57	20	22	0	57	1.41
77521031--77521097	33	2.0	33	100	0	134	38	2	32	25	1.71
77530292--77530483	40	4.8	40	93	0	312	26	20	28	25	1.99
77544571--77544606	18	2.0	18	88	0	54	19	22	38	19	1.93
77554348--77554523	46	3.8	46	78	10	196	19	20	30	28	1.97
77554344--77554516	93	1.9	93	92	0	292	20	20	31	27	1.98
77564857--77564958	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
77568353--77568379	14	1.9	14	100	0	54	11	14	14	59	1.62
77568348--77568413	28	2.3	29	80	12	75	9	12	16	62	1.54
77570592--77570672	26	3.2	26	63	25	64	24	13	32	29	1.94
77570540--77570726	50	3.8	49	83	7	207	25	18	28	27	1.98
77574540--77574597	25	2.4	23	78	15	64	15	6	36	41	1.74
77574588--77574645	22	2.6	22	75	2	62	12	1	37	48	1.51
77575446--77575486	12	3.2	13	83	12	50	31	24	2	41	1.68
77581151--77581283	46	2.9	45	83	6	162	21	29	21	27	1.98
77584451--77584513	28	2.2	29	83	11	85	33	23	20	22	1.97
77584619--77584683	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
77595635--77595744	42	2.6	42	78	7	116	28	25	20	26	1.99
77599641--77599760	49	2.4	49	84	2	161	20	30	23	26	1.98
77599778--77599881	49	2.2	46	83	8	120	23	27	20	28	1.99
77600518--77600568	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
77601280--77601377	26	3.8	26	94	1	153	26	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77601523--77601614	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
77601638--77601716	31	2.5	31	95	0	140	30	18	25	25	1.98
77603545--77603596	20	2.6	20	93	0	86	26	30	28	13	1.94
77607887--77608070	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77607927--77608115	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77610914--77610975	27	2.2	28	82	5	72	20	29	17	32	1.96
77614648--77614814	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
77621944--77622021	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
77625154--77625194	18	2.3	18	95	0	73	29	4	26	39	1.77
77625233--77625270	14	2.7	15	84	12	53	57	5	2	34	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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