genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64473212--64473281	15	4.6	15	80	3	77	11	17	12	58	1.63
64473203--64473291	31	3.0	30	80	9	92	10	16	15	57	1.65
64475673--64475848	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
64475669--64475840	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
64477234--64477401	3	56.3	3	77	8	137	31	6	1	60	1.33
64477461--64477498	17	2.2	17	86	9	51	31	5	2	60	1.33
64479240--64479750	126	4.0	126	86	4	637	27	19	21	31	1.98
64479494--64479750	140	1.8	139	89	0	406	27	19	21	31	1.98
64481347--64481420	14	5.3	14	76	0	67	21	0	29	48	1.50
64481346--64481421	21	3.6	21	78	0	80	23	0	28	47	1.52
64483082--64483145	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
64483339--64483455	23	5.0	24	90	6	170	29	22	20	28	1.98
64483360--64483454	47	2.1	45	94	4	163	30	21	20	28	1.98
64483505--64483571	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
64483505--64483560	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
64484712--64484747	12	3.0	12	87	0	54	55	0	38	5	1.23
64491152--64491215	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
64491409--64491525	23	5.0	23	88	6	164	29	21	22	27	1.99
64491575--64491641	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
64491575--64491630	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
64491678--64491725	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64498358--64498397	2	20.0	2	89	0	53	52	0	2	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64498418--64498451	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
64498646--64498878	3	75.3	3	71	18	101	61	3	6	29	1.36
64499378--64499493	30	3.9	30	94	2	189	25	6	50	16	1.69
64499410--64499462	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
64500053--64500665	87	7.1	87	89	1	885	21	23	21	34	1.97
64500063--64500652	43	13.7	43	72	8	412	20	23	21	34	1.97
64508905--64508962	30	1.9	30	100	0	116	27	20	24	27	1.99
64512785--64512850	36	2.0	32	83	16	82	62	1	3	33	1.20
64512853--64512878	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
64513373--64513458	30	2.9	30	92	0	136	27	6	48	16	1.71
64513375--64513427	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
64516331--64516380	26	2.0	24	84	7	64	32	0	6	62	1.20
64517623--64518038	36	11.5	36	73	13	275	25	20	15	37	1.92
64517678--64518038	73	5.0	70	78	9	291	25	20	16	37	1.93
64517624--64517836	35	6.0	33	72	14	115	25	20	16	38	1.93
64517654--64518029	72	5.2	73	80	5	356	25	21	15	37	1.92
64524453--64524582	29	4.5	30	86	6	160	28	26	13	31	1.94
64526299--64526346	10	4.8	10	85	10	62	25	6	2	66	1.26
64527865--64527970	20	5.3	20	65	0	77	37	19	27	15	1.92
64527832--64527967	40	3.5	40	87	2	195	36	19	28	14	1.92
64530145--64530277	53	2.5	53	81	7	146	42	17	15	24	1.88
64537247--64537275	10	3.0	10	95	5	51	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64537522--64537562	20	2.1	20	86	4	57	31	7	0	60	1.24
64538986--64539060	37	2.0	37	100	0	150	32	13	20	34	1.91
64543023--64543113	45	2.0	45	95	0	164	38	26	13	21	1.90
64547598--64547636	16	2.5	16	95	4	71	35	7	20	35	1.81
64552975--64553034	30	2.0	30	83	0	75	38	10	20	31	1.85
64553362--64553624	96	2.7	96	80	4	280	27	18	27	25	1.98
64553350--64553624	48	5.7	48	77	6	218	27	18	28	26	1.98
64553349--64553620	144	1.9	144	83	3	359	27	18	27	26	1.98
64573341--64573415	34	2.2	34	90	2	116	33	20	17	29	1.95
64575401--64575466	33	2.1	33	85	5	91	37	3	0	59	1.13
64575445--64575477	17	2.0	16	94	5	57	42	0	0	57	0.98
64576729--64576768	18	2.3	18	91	4	64	20	27	37	15	1.92
64584524--64584642	60	2.0	60	98	0	229	47	15	14	23	1.82
64585763--64585791	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
64587844--64587930	43	2.0	44	95	2	158	39	12	24	24	1.90
64598141--64598183	21	2.0	21	95	0	77	16	18	27	37	1.92
64602401--64602528	40	3.3	39	92	2	195	20	22	27	29	1.98
64602401--64602543	40	3.6	40	90	3	191	20	23	26	29	1.99
64605612--64605756	61	2.3	60	81	8	150	28	25	19	26	1.99
64608182--64608254	15	5.7	12	72	20	51	47	2	2	46	1.31
64609309--64609497	96	2.0	96	96	0	351	37	12	15	34	1.85
64615200--64615225	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64616692--64616845	56	2.8	55	83	4	175	29	32	17	20	1.95
64617765--64617868	51	2.0	51	100	0	208	35	25	9	29	1.88
64623113--64623164	23	2.3	23	80	12	63	44	0	11	44	1.40
64624813--64624889	40	1.9	40	81	5	93	19	14	31	35	1.92
64627242--64627291	25	2.0	25	96	0	91	18	6	32	44	1.74
64633223--64633247	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64635601--64635648	24	2.0	25	83	4	62	60	0	0	39	0.97
64640833--64640884	24	2.2	24	85	0	68	51	7	3	36	1.49
64642810--64642861	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
64647120--64647182	19	3.6	18	79	10	60	9	11	1	77	1.05
64649784--64649817	17	2.0	17	94	0	59	35	38	11	14	1.83
64655472--64655515	23	1.9	23	95	0	79	15	22	22	38	1.92
64656554--64659271	453	6.0	453	94	0	4703	30	24	15	28	1.96
64667626--64667665	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
64668606--64669954	671	2.0	671	97	0	2572	32	11	22	34	1.89
64672336--64672368	15	2.1	17	88	11	52	39	9	6	45	1.61
64674193--64674249	8	6.4	8	78	21	60	78	0	3	17	0.88
64675935--64675979	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
64682022--64682046	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
64692855--64693062	54	3.8	54	85	6	267	36	16	15	31	1.90
64692855--64693062	110	1.9	108	84	5	276	36	16	15	31	1.90
64693019--64693486	258	1.8	256	92	1	803	34	19	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64693338--64693542	71	2.9	72	84	3	272	31	22	15	30	1.95
64703769--64703836	35	1.9	35	82	11	86	51	1	7	39	1.39
64710878--64710945	30	2.3	31	80	17	81	54	7	4	33	1.48
64710874--64710960	27	3.2	26	79	11	77	54	5	5	34	1.48
64712864--64713014	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
64712900--64713030	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
64714508--64714561	24	2.4	22	84	9	65	57	5	3	33	1.40
64714466--64714563	22	4.3	22	68	25	69	54	7	8	30	1.57
64714799--64714835	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
64715534--64715573	18	2.3	17	84	16	55	77	0	5	17	0.94
64718084--64718126	21	2.0	21	100	0	86	48	13	9	27	1.73
64730797--64731013	64	3.3	64	63	18	145	32	25	16	25	1.96
64730763--64731184	136	3.1	136	95	0	745	32	24	17	24	1.97
64731432--64731485	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
64732962--64733004	14	3.2	14	75	24	56	41	16	4	37	1.69
64732962--64733071	26	4.2	26	91	0	166	37	22	5	34	1.78
64732962--64733002	12	3.2	13	77	22	50	41	17	4	36	1.71
64738159--64738192	17	1.9	18	88	5	52	14	8	14	61	1.55
64740169--64740201	3	11.0	3	93	0	57	63	0	0	36	0.95
64741694--64741736	19	2.3	18	80	4	50	72	6	0	20	1.08
64750351--64750464	35	3.2	35	87	1	156	38	30	14	15	1.88
64752381--64752473	35	2.7	34	85	5	114	35	21	12	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64752418--64752494	35	2.2	35	81	4	84	36	23	9	31	1.86
64754298--64754333	16	2.2	16	95	0	63	22	19	5	52	1.66
64756139--64756170	16	2.0	16	100	0	64	56	12	12	18	1.67
64756318--64756541	30	7.5	30	77	9	190	23	23	14	38	1.92
64756343--64756412	29	2.4	30	85	2	88	20	31	10	38	1.85
64758970--64759022	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
64765345--64765375	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
64766965--64767014	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
64768492--64768550	30	2.0	30	100	0	118	38	23	6	30	1.81
64774401--64774446	17	2.7	18	76	10	51	23	17	17	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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