genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21781395--21781661	27	10.0	27	79	2	252	40	17	14	27	1.88
21781393--21781664	134	2.0	134	82	2	332	40	17	13	27	1.88
21781601--21781673	27	2.7	27	78	4	76	36	15	15	32	1.88
21786891--21786974	24	3.5	24	79	9	91	23	22	17	35	1.95
21787155--21787225	35	2.0	35	94	0	124	26	33	25	14	1.94
21787941--21787989	24	2.0	25	88	4	73	12	10	0	77	0.99
21787967--21788003	9	3.9	10	86	13	51	0	16	0	83	0.64
21787952--21787998	17	2.8	16	84	9	58	6	10	0	82	0.82
21787943--21788000	8	7.0	8	80	7	62	6	10	0	82	0.83
21788020--21788055	10	3.6	10	92	0	63	0	2	8	88	0.59
21789381--21789499	27	4.4	28	79	9	113	38	21	10	30	1.86
21789381--21789499	54	2.2	54	82	5	143	38	21	10	30	1.86
21789476--21789714	27	8.9	27	86	3	252	27	20	8	43	1.80
21789692--21789859	27	6.1	27	71	14	76	40	20	8	30	1.83
21789921--21789985	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
21791143--21791190	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
21791233--21791291	19	3.0	20	90	5	102	33	11	20	33	1.89
21791342--21791484	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
21791342--21791484	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
21791342--21791485	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
21791672--21791753	31	2.6	31	98	0	155	41	13	20	24	1.88
21794474--21794588	53	2.2	53	84	6	144	38	21	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21794472--21794577	27	4.0	27	81	7	128	37	20	10	31	1.86
21794472--21794587	26	4.4	25	77	13	101	38	21	9	30	1.85
21794566--21794803	27	8.9	27	87	4	261	27	21	8	43	1.81
21794781--21794945	26	6.1	27	73	10	97	40	20	8	30	1.82
21794869--21794953	27	3.1	27	78	13	84	38	14	10	36	1.80
21795006--21795070	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
21796219--21796266	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
21796314--21796367	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
21796309--21796367	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
21796418--21796560	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
21796418--21796560	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
21796418--21796561	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
21796748--21796829	31	2.6	31	98	0	155	41	13	20	24	1.88
21797964--21798001	17	2.2	17	90	9	60	76	0	2	21	0.91
21804608--21804678	35	2.0	35	94	0	124	28	35	23	12	1.92
21806134--21806177	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
21807971--21808039	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
21814527--21815081	27	20.6	27	86	3	683	27	22	9	40	1.84
21816322--21816369	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
21816412--21816472	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
21816522--21816664	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
21816522--21816664	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21816522--21816665	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
21816856--21816919	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
21818528--21818585	24	2.3	24	82	5	71	27	22	13	36	1.92
21818541--21818597	24	2.4	24	88	2	80	22	26	14	36	1.92
21819108--21819783	338	2.0	338	98	0	1316	27	13	23	34	1.93
21823500--21823573	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
21823441--21823573	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
21826291--21826453	23	6.8	25	73	17	109	23	22	19	34	1.96
21826316--21826451	47	2.9	47	87	3	186	22	22	19	35	1.96
21826291--21826465	70	2.4	71	81	9	178	23	22	18	36	1.95
21826326--21826456	23	5.6	23	73	9	113	22	21	19	37	1.94
21826612--21826659	20	2.4	20	85	0	60	35	6	18	39	1.76
21826629--21826726	20	4.9	20	75	5	76	33	8	18	39	1.80
21831500--21831589	28	3.2	28	74	3	99	25	14	10	50	1.74
21831501--21831590	29	3.1	29	74	3	101	24	14	10	51	1.73
21831499--21831600	29	3.6	27	72	12	80	25	15	8	50	1.73
21842441--21842620	29	6.3	29	76	6	170	23	18	12	46	1.82
21842443--21842595	57	2.7	57	82	2	182	23	18	11	45	1.83
21842953--21842978	11	2.4	11	100	0	52	38	0	26	34	1.57
21852147--21852271	43	2.9	43	84	2	135	32	26	15	25	1.95
21853181--21853232	21	2.5	22	78	15	56	34	13	1	50	1.53
21874375--21874422	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21874466--21874504	20	2.0	20	100	0	78	38	10	20	30	1.86
21874555--21874649	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
21874556--21874649	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
21874841--21875002	38	4.4	38	84	12	232	37	16	22	22	1.93
21874865--21874941	30	2.5	30	93	2	127	41	14	20	23	1.89
21874841--21874979	68	2.0	68	98	0	269	38	15	21	23	1.92
21882424--21882471	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
21882515--21882573	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
21882624--21882718	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
21882625--21882718	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
21896486--21896560	37	2.0	37	92	0	123	30	18	13	37	1.89
21897848--21897877	5	5.8	5	96	4	51	20	0	36	43	1.52
21897999--21898101	20	5.0	21	70	16	63	59	4	0	34	1.25
21915684--21915765	40	2.0	40	97	0	155	35	24	12	28	1.91
21928163--21928190	8	3.5	8	100	0	56	0	10	35	53	1.36
21928678--21928756	19	4.2	19	88	9	117	39	10	15	35	1.81
21928668--21928753	36	2.4	36	78	16	115	39	10	13	36	1.80
21929258--21929306	26	2.0	25	88	8	73	20	6	8	65	1.41
21931535--21931728	19	10.2	19	70	20	88	59	2	1	37	1.18
21931571--21931650	29	2.9	28	74	14	85	57	1	1	40	1.15
21931540--21931650	55	2.0	56	83	13	140	55	0	1	41	1.16
21931644--21931737	30	3.3	28	79	16	97	61	5	0	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21933886--21933982	29	3.3	29	82	5	106	62	18	0	18	1.32
21933886--21933996	29	3.8	29	82	0	96	61	18	0	18	1.40
21951254--21951284	16	1.9	16	93	0	53	16	12	3	67	1.35
21951266--21951298	15	2.3	15	94	5	59	15	12	6	66	1.42
21951369--21951680	92	3.4	92	89	4	472	28	15	18	37	1.91
21951641--21951776	73	1.9	73	87	0	200	28	17	25	28	1.98
21951549--21951870	160	2.0	162	86	4	452	26	17	21	34	1.95
21951712--21952049	87	3.9	86	82	8	369	28	17	19	35	1.94
21951712--21952049	175	1.9	176	83	5	443	28	17	19	35	1.94
21952206--21952249	21	2.1	21	82	0	52	34	13	29	22	1.93
21952568--21952615	25	1.9	25	82	0	60	31	29	10	29	1.90
21953974--21954012	17	2.3	17	86	0	51	28	5	2	64	1.28
21954064--21954098	16	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
21954127--21954226	3	32.3	3	70	16	62	32	6	3	59	1.37
21954172--21954230	24	2.5	24	81	10	75	35	5	0	59	1.20
21954886--21954916	11	2.7	11	95	5	53	38	0	6	54	1.26
21955282--21955306	11	2.3	11	100	0	50	32	16	24	28	1.96
21956801--21957145	49	6.9	49	83	2	411	25	18	26	29	1.98
21956803--21957146	100	3.5	99	88	2	483	25	18	26	29	1.98
21957005--21957088	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
21960334--21960480	45	3.3	45	96	0	267	40	10	15	34	1.81
21963110--21963160	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21963875--21963961	44	2.0	44	86	0	120	20	19	28	31	1.97
21967883--21967973	24	3.8	24	76	5	76	27	20	14	37	1.92
21967920--21967982	24	2.6	25	82	10	76	30	20	9	39	1.84
21968638--21968681	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
21973246--21973412	84	2.0	84	96	0	307	22	20	11	44	1.84
21983927--21983981	22	2.5	22	93	0	92	56	0	3	40	1.17
21983927--21983989	22	2.9	22	88	4	65	57	0	4	38	1.20
21984538--21984630	47	2.0	47	97	0	177	25	26	10	36	1.89
21993513--21993565	15	3.4	16	74	10	65	26	5	3	64	1.33
21993513--21993570	30	1.9	30	89	0	89	29	5	3	62	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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