genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58277137--58277183	11	4.4	10	84	12	58	14	2	0	82	0.75
58277137--58277195	22	2.7	21	89	5	82	13	3	1	81	0.90
58277137--58277201	6	11.5	6	82	8	75	13	3	1	81	0.88
58277137--58277183	5	8.8	5	84	13	58	14	2	0	82	0.75
58277137--58277201	17	3.9	16	86	11	87	13	3	1	81	0.88
58287764--58287815	20	2.6	20	93	0	86	25	26	30	17	1.97
58288196--58288232	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
58292605--58292788	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
58300726--58300909	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
58305354--58305380	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
58314410--58314536	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
58314426--58314576	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
58314426--58314575	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
58318569--58318666	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
58334549--58334646	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
58345965--58346091	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
58345981--58346131	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
58345981--58346130	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
58350126--58350223	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
58357796--58357893	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
58361979--58362017	18	2.1	19	90	4	62	20	7	7	64	1.45
58368508--58368574	25	2.7	25	77	13	66	28	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58372093--58372169	38	2.0	38	100	0	154	22	23	18	36	1.95
58383270--58383335	31	2.1	31	88	0	96	24	3	31	40	1.70
58384990--58385260	47	5.8	46	76	10	196	23	27	18	30	1.98
58384988--58385257	46	5.8	47	71	13	150	22	28	18	30	1.98
58391678--58391709	12	2.7	12	95	0	55	6	43	25	25	1.77
58392650--58392826	46	3.8	46	82	7	169	21	28	19	30	1.98
58393145--58393179	17	2.1	17	94	0	61	51	8	5	34	1.56
58409999--58410050	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58410107--58410166	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
58411341--58411743	43	9.4	42	85	6	486	34	24	18	22	1.96
58411341--58411743	129	3.1	129	90	2	589	34	24	18	22	1.96
58411631--58411828	43	4.6	44	83	5	142	29	23	18	28	1.98
58412126--58412167	21	2.0	21	100	0	84	4	57	14	23	1.56
58415513--58415538	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
58417367--58417522	9	16.3	9	76	11	141	32	0	20	46	1.55
58417367--58417522	30	5.4	30	76	10	146	32	0	20	46	1.55
58417369--58417522	39	4.3	36	76	16	149	31	0	20	47	1.55
58417367--58417522	48	3.2	48	81	2	188	32	0	20	46	1.55
58422333--58422385	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
58422799--58422838	21	1.9	21	84	0	53	27	0	25	47	1.52
58430652--58430708	29	2.0	29	82	6	71	10	12	1	75	1.12
58432791--58432961	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58432793--58432960	46	3.6	46	75	13	182	29	29	19	21	1.98
58433206--58433269	31	2.1	31	100	0	128	28	21	6	43	1.77
58438064--58438164	28	3.5	29	86	6	125	28	27	14	28	1.96
58446146--58446244	30	3.5	27	82	12	94	29	28	14	28	1.95
58446146--58446215	29	2.6	27	86	11	90	28	28	14	28	1.95
58448339--58448473	46	2.9	49	78	13	167	30	29	18	21	1.97
58448349--58448492	46	3.1	44	74	16	123	29	29	18	22	1.97
58451952--58452021	27	2.6	27	90	2	113	31	25	14	28	1.95
58465141--58465183	21	2.0	21	82	8	52	53	2	2	41	1.26
58465394--58465442	25	1.9	26	84	12	66	42	2	8	46	1.45
58470558--58470720	70	2.3	71	97	2	319	19	27	17	35	1.94
58472058--58472284	50	4.6	51	77	9	154	29	25	17	26	1.98
58472058--58472284	95	2.4	93	80	6	247	29	25	17	26	1.98
58472058--58472277	51	4.6	47	77	10	221	30	25	17	27	1.97
58478875--58479027	40	3.8	40	80	4	155	24	22	27	25	2.00
58486759--58486911	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
58492550--58492755	55	3.8	54	79	6	238	34	17	25	22	1.95
58492955--58492985	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
58504597--58504916	48	6.6	49	81	9	293	27	16	28	27	1.97
58514233--58514519	48	5.9	48	83	3	299	23	17	31	27	1.97
58514233--58514516	96	2.9	96	83	2	336	23	17	31	27	1.97
58514245--58514517	144	1.9	146	82	3	345	23	17	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58518018--58518060	19	2.2	20	83	4	52	37	2	18	41	1.63
58529038--58529290	39	6.6	39	87	3	291	24	20	25	29	1.99
58529070--58529290	77	2.9	76	84	5	284	25	19	23	30	1.98
58535514--58535762	38	6.6	38	85	6	276	25	20	25	28	1.99
58543602--58543824	39	5.8	40	83	8	189	24	20	24	30	1.99
58543642--58543824	39	4.7	39	89	2	271	24	20	23	31	1.98
58545041--58545178	49	2.8	49	84	5	161	25	27	19	27	1.99
58545051--58545371	46	6.8	47	71	13	182	25	27	18	28	1.98
58548177--58548212	18	2.0	18	94	0	63	30	22	5	41	1.76
58550699--58550838	29	4.9	29	84	2	167	27	30	15	27	1.96
58556436--58556484	23	2.1	23	96	0	89	22	40	12	24	1.88
58558056--58558175	29	4.2	29	82	3	136	27	27	14	30	1.95
58563032--58563174	24	6.0	24	90	4	200	27	22	21	28	1.99
58563032--58563173	47	3.0	48	89	5	198	27	22	21	28	1.99
58563031--58563174	71	2.0	72	87	4	211	27	22	21	29	1.99
58563225--58563284	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
58564613--58564904	27	10.8	27	89	2	363	40	7	22	29	1.82
58564549--58565102	27	20.6	27	82	4	199	35	8	21	34	1.84
58564899--58565102	53	3.8	53	81	7	207	30	8	20	40	1.82
58569953--58569983	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
58570776--58570919	69	2.1	69	97	0	270	34	17	5	42	1.73
58576589--58576637	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58581276--58581340	32	2.0	32	100	0	130	24	18	24	32	1.97
58581956--58581994	20	2.0	20	89	0	60	10	38	20	30	1.86
58587146--58587323	48	3.8	47	80	5	164	23	26	18	30	1.98
58587190--58587309	48	2.6	47	89	5	172	23	25	18	32	1.97
58587190--58587323	46	2.8	46	82	8	155	24	26	17	32	1.97
58591937--58592112	46	3.8	46	81	10	223	21	20	28	29	1.98
58591934--58592105	93	1.8	93	96	0	317	21	20	29	28	1.98
58597163--58597373	46	4.6	46	76	10	189	23	27	18	29	1.98
58600368--58600475	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58602747--58602806	15	4.0	15	75	0	66	11	16	16	55	1.70
58605125--58605310	51	3.7	50	79	5	176	24	16	28	30	1.97
58605125--58605355	51	4.5	51	79	4	173	25	16	29	28	1.97
58612523--58612837	47	6.7	46	74	11	230	28	20	28	22	1.98
58612523--58612841	94	3.4	91	79	8	302	29	20	28	21	1.98
58614717--58614807	45	2.0	45	89	0	137	24	15	25	35	1.94
58618693--58618851	43	3.7	42	72	15	137	30	22	18	27	1.98
58622853--58622914	29	2.1	29	84	0	79	27	30	19	22	1.98
58623150--58623193	16	2.8	16	80	13	54	11	22	18	47	1.80
58629115--58629223	43	2.6	43	76	8	116	33	23	16	26	1.96
58630965--58631108	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
58630966--58631148	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
58638986--58639129	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58638987--58639169	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
58652467--58652590	61	2.0	61	96	0	230	29	13	26	29	1.94
58659945--58660098	43	3.6	42	81	5	175	25	18	25	29	1.98
58665339--58665523	79	2.3	82	81	7	211	24	23	27	24	2.00
58665339--58665523	40	4.7	40	76	6	171	24	23	27	24	2.00
58667384--58667409	12	2.2	12	100	0	52	53	23	0	23	1.46
58668306--58668330	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58674308--58674348	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
58675583--58675624	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
58676969--58677039	3	23.7	3	97	0	133	67	1	0	30	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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