genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11996374--11996447	37	2.0	37	100	0	148	37	10	18	32	1.86
11998380--11998421	18	2.4	18	92	4	68	47	2	0	50	1.14
11998458--11998497	22	1.9	20	85	10	53	60	2	2	35	1.24
11999952--11999993	21	2.0	21	95	0	75	21	19	16	42	1.89
12001374--12001458	18	4.8	18	71	20	81	56	1	10	31	1.41
12001694--12002114	3	141.7	3	66	15	130	60	2	7	29	1.36
12001984--12002099	47	2.4	47	81	5	135	61	0	6	31	1.26
12004395--12004421	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
12005209--12005236	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
12006606--12006650	22	2.0	22	100	0	90	31	17	22	28	1.97
12007707--12007816	26	4.2	26	94	0	184	34	4	23	37	1.75
12009595--12009880	137	2.1	136	96	0	518	24	18	25	31	1.98
12013000--12013468	253	1.9	253	86	2	674	38	18	13	29	1.89
12014038--12014141	3	34.7	3	82	11	124	63	1	4	29	1.26
12014350--12014388	3	13.3	3	83	5	53	64	2	2	30	1.21
12019955--12020181	40	5.7	40	89	1	330	17	21	28	33	1.96
12023125--12023215	35	2.6	35	96	0	164	27	8	26	37	1.86
12023136--12023252	40	3.0	40	83	10	131	29	10	24	35	1.89
12023125--12023295	75	2.4	75	82	5	201	30	11	23	34	1.90
12024508--12024552	1	45.0	1	100	0	90	100	0	0	0	0.00
12024644--12024727	37	2.2	39	89	6	127	45	8	17	28	1.78
12027514--12027660	43	3.4	43	80	5	111	35	26	10	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12028847--12029181	168	2.0	168	97	0	634	38	19	13	28	1.90
12033596--12033658	14	4.6	14	69	21	53	44	23	1	30	1.63
12033626--12033664	15	2.7	15	80	4	53	43	28	0	28	1.55
12033831--12033916	40	2.1	41	89	2	129	19	22	20	37	1.95
12035300--12035337	19	2.0	20	89	5	60	65	0	2	31	1.06
12035396--12035465	28	2.5	27	77	11	70	38	4	2	54	1.35
12038079--12038107	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
12040463--12040572	24	4.5	25	70	5	75	60	3	7	28	1.40
12040651--12040696	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
12040664--12040780	29	4.0	29	69	8	85	63	2	7	26	1.35
12040645--12040731	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
12040643--12040759	15	8.1	14	71	18	62	64	0	7	26	1.26
12044969--12045006	19	2.1	19	85	5	51	23	2	0	73	0.95
12045532--12045588	26	2.2	25	79	11	62	64	3	0	31	1.10
12045622--12045766	9	15.4	9	69	13	69	60	4	3	31	1.32
12045622--12045772	37	4.0	38	71	13	116	60	4	3	31	1.33
12045622--12045766	19	7.7	19	67	18	72	60	4	3	31	1.32
12045763--12045797	16	2.2	16	90	10	54	60	2	0	37	1.12
12047349--12047401	12	4.5	13	73	20	53	62	5	0	32	1.19
12047474--12047544	12	5.8	12	76	14	65	63	1	4	30	1.22
12047474--12047553	24	3.3	24	72	20	67	66	1	3	28	1.17
12048050--12048135	30	2.9	30	89	0	136	26	5	50	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12048658--12049617	87	11.2	87	85	5	1188	19	22	21	36	1.95
12048658--12050134	44	34.4	44	64	14	421	19	23	21	35	1.96
12048658--12049617	255	3.8	253	90	2	1374	19	22	21	36	1.95
12048648--12049617	173	5.7	173	85	6	1226	19	22	21	36	1.95
12049424--12049832	215	1.9	215	87	2	597	20	23	22	33	1.97
12049605--12050149	86	6.3	86	90	1	824	20	23	22	33	1.97
12049428--12049926	215	2.3	215	81	6	532	21	23	22	33	1.97
12058148--12058194	24	1.9	25	91	4	78	46	14	19	19	1.84
12060080--12060111	14	2.3	14	94	0	55	53	0	3	43	1.16
12060202--12060244	12	3.5	12	83	3	50	58	4	0	37	1.19
12060349--12060408	3	19.0	3	88	10	77	63	3	0	33	1.11
12060481--12060560	12	6.6	12	75	12	74	65	1	3	30	1.18
12060490--12060568	9	8.6	9	71	15	54	68	1	3	26	1.14
12061063--12061148	30	2.9	30	96	0	154	24	6	51	17	1.70
12061095--12061147	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
12063400--12063425	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
12064242--12064293	27	2.0	27	85	7	72	63	7	0	28	1.22
12064271--12064322	22	2.4	22	84	9	63	71	9	0	19	1.13
12064275--12064322	21	2.3	20	82	10	53	72	10	0	16	1.10
12066249--12066273	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
12070389--12070430	18	2.4	19	84	15	63	35	11	7	45	1.69
12070686--12070733	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12071544--12072027	131	3.7	130	73	8	370	27	19	18	35	1.94
12073837--12073873	17	2.1	19	85	10	51	13	16	2	67	1.34
12077776--12077848	31	2.3	31	80	2	83	58	19	6	15	1.58
12078551--12078645	46	2.1	46	95	0	172	56	4	4	34	1.38
12083778--12083836	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
12083779--12083836	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
12086847--12086955	38	2.8	39	88	5	166	18	21	20	40	1.92
12086847--12086968	38	3.1	40	84	7	160	18	19	18	43	1.88
12086966--12087023	22	2.7	21	82	15	73	31	1	1	65	1.13
12087416--12087447	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
12087594--12087659	28	2.4	28	82	5	80	39	12	4	43	1.62
12087594--12087659	14	4.7	14	83	7	71	39	12	4	43	1.62
12087800--12087932	7	18.7	7	75	9	63	42	36	0	20	1.57
12087803--12087882	21	3.8	20	75	15	72	41	41	0	17	1.49
12087873--12087935	14	4.4	14	86	4	81	47	28	1	22	1.60
12088222--12088268	24	2.0	24	95	0	85	38	4	2	55	1.31
12088888--12089104	41	5.3	41	86	2	303	18	24	22	34	1.96
12089159--12089184	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
12093898--12094014	15	8.1	14	75	17	80	25	8	0	64	1.27
12093928--12094041	29	3.9	27	72	22	81	27	8	0	64	1.23
12093926--12094045	44	2.8	44	79	13	108	26	9	0	64	1.24
12094152--12094200	25	2.0	25	83	0	62	32	6	2	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12097048--12097131	40	2.1	40	88	0	123	14	11	11	61	1.56
12097965--12098081	61	1.9	60	89	5	182	36	17	5	39	1.75
12099123--12099233	54	2.1	54	100	0	222	25	20	18	36	1.95
12106129--12106224	46	2.1	46	100	0	192	27	28	12	32	1.93
12108862--12108886	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12110856--12110880	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12113177--12113244	29	2.4	27	77	15	75	60	4	1	33	1.26
12113196--12113243	14	3.3	14	76	5	51	62	4	2	31	1.26
12113218--12113267	22	2.4	20	86	6	64	66	2	0	32	1.03
12113190--12113253	29	2.2	29	86	13	87	65	3	1	29	1.17
12114315--12114347	17	1.9	17	93	0	57	21	9	3	66	1.33
12117455--12117479	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12119107--12119172	30	2.2	30	79	12	73	51	9	3	36	1.49
12130310--12130339	15	2.0	15	93	0	51	40	10	20	30	1.85
12142068--12142099	2	16.0	2	93	0	55	50	0	46	3	1.17
12142059--12142095	16	2.3	16	90	9	58	51	0	40	8	1.32
12142240--12142332	46	2.0	46	100	0	186	48	15	10	25	1.77
12143336--12143369	17	2.1	17	88	5	52	35	0	5	58	1.22
12148220--12148323	52	2.0	52	100	0	208	40	9	11	38	1.74
12149182--12149215	16	2.2	16	94	5	61	47	2	5	44	1.42
12154387--12154455	29	2.4	29	95	0	120	23	7	39	30	1.82
12156783--12156810	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12159579--12159760	46	4.0	46	90	1	258	40	14	23	21	1.91
12168804--12168873	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
12168804--12168885	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
12176880--12176949	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
12176880--12176959	27	2.9	27	80	9	99	28	13	23	33	1.93
12183120--12183153	17	2.1	17	88	5	52	35	0	5	58	1.22
12186904--12186964	27	2.4	25	83	8	70	13	16	14	55	1.69
12187409--12187458	20	2.5	20	90	3	82	52	12	10	26	1.70
12189714--12189744	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
12190429--12190458	14	2.1	14	93	0	51	86	3	10	0	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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