genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76556954--76557034	17	4.6	17	70	20	60	35	3	3	56	1.35
76583072--76583114	21	2.0	21	91	8	70	37	0	9	53	1.33
76585457--76585657	50	4.0	50	92	1	323	27	10	22	39	1.87
76586219--76586249	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
76586897--76586959	26	2.4	26	83	0	90	20	14	30	34	1.92
76590670--76590741	36	2.0	36	100	0	144	36	13	16	33	1.89
76594332--76594443	27	4.1	27	80	3	100	17	24	23	34	1.96
76601996--76602040	24	1.9	23	82	13	56	33	6	26	33	1.83
76611131--76611298	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
76619184--76619351	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
76623376--76623432	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
76624353--76624380	12	2.3	12	100	0	56	0	28	35	35	1.58
76625198--76625371	48	3.6	48	80	5	149	25	28	18	27	1.98
76628486--76628550	31	2.1	31	94	0	112	36	9	16	36	1.81
76635634--76635721	31	2.9	31	88	5	117	44	15	17	22	1.86
76637701--76637747	10	4.6	10	80	12	51	36	2	2	59	1.21
76641912--76641936	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
76642563--76642775	49	4.5	47	75	8	166	27	26	18	27	1.98
76642761--76642874	48	2.4	47	88	1	165	22	28	20	28	1.98
76648087--76648111	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76648012--76648093	42	2.0	42	85	4	112	26	13	26	32	1.93
76658431--76658656	124	1.8	124	85	1	319	30	10	23	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76658650--76658780	40	3.2	40	80	7	133	22	24	29	23	1.99
76663797--76663841	23	2.0	23	82	8	56	33	20	28	17	1.95
76666790--76666886	47	2.1	47	90	0	149	30	10	30	27	1.90
76666860--76666949	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
76666951--76666977	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
76670656--76670787	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
76670627--76670787	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
76670627--76670787	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
76682280--76682446	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76701300--76701355	27	2.1	27	96	0	103	26	3	35	33	1.74
76702774--76702986	27	7.9	27	77	4	189	39	18	9	32	1.83
76702775--76702960	81	2.3	81	85	3	250	39	18	8	33	1.80
76702942--76703000	27	2.2	27	87	0	82	40	18	15	25	1.90
76708260--76708310	21	2.4	21	90	6	77	13	49	21	15	1.79
76714470--76714568	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
76717267--76717348	38	2.2	38	88	4	121	23	25	23	28	2.00
76717287--76717371	38	2.2	38	91	2	134	22	22	22	32	1.98
76717287--76717408	38	3.1	38	82	4	127	21	20	23	34	1.97
76718474--76718507	16	2.2	16	89	5	52	17	14	0	67	1.23
76718583--76718647	32	2.0	32	100	0	130	32	3	18	46	1.65
76722185--76722241	30	1.9	30	85	0	78	14	24	35	26	1.93
76725675--76725711	3	12.3	3	94	0	65	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76725940--76725983	4	11.5	4	80	9	56	70	0	29	0	0.88
76725935--76726009	15	4.9	15	79	12	73	65	0	32	2	1.07
76725940--76725995	19	2.9	19	85	15	80	67	0	32	0	0.91
76726301--76726326	12	2.2	12	100	0	52	0	15	34	50	1.45
76729299--76729328	15	2.1	15	93	6	53	66	3	6	23	1.30
76729297--76729331	14	2.5	13	86	13	52	71	2	5	20	1.19
76734525--76734667	39	3.7	39	90	0	214	25	20	26	27	1.99
76734525--76734687	78	2.1	78	84	0	209	25	20	26	26	1.99
76738193--76738224	14	2.3	14	94	0	55	68	0	25	6	1.12
76740121--76740171	24	2.1	25	92	3	86	27	1	19	50	1.58
76745531--76745616	41	2.1	41	86	0	118	43	17	17	22	1.88
76745531--76745663	40	3.3	41	81	5	119	38	21	16	23	1.93
76745553--76745663	40	2.8	41	80	6	129	35	22	16	26	1.95
76747194--76747248	8	6.9	8	76	0	56	43	20	23	12	1.86
76747194--76747249	24	2.3	24	93	0	94	44	19	23	12	1.84
76747625--76747763	27	5.1	27	85	6	156	18	24	21	35	1.96
76747625--76747761	54	2.5	55	86	6	174	18	24	20	35	1.95
76749356--76749401	22	2.1	22	83	0	56	26	0	28	45	1.54
76749362--76749422	14	4.2	15	81	8	63	19	1	37	40	1.62
76749375--76749429	28	2.0	28	85	0	74	18	1	43	36	1.61
76753209--76753297	44	2.0	44	100	0	178	26	13	13	46	1.80
76755029--76755085	19	3.0	19	79	20	66	24	0	1	73	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76755043--76755087	20	2.2	20	92	7	74	24	0	2	73	0.95
76755029--76755087	6	9.2	6	76	20	57	25	0	1	72	0.93
76755031--76755099	32	2.2	32	82	10	79	27	0	2	69	1.02
76755248--76755427	43	4.2	43	84	1	227	25	17	29	27	1.98
76755248--76755427	85	2.1	86	85	2	245	25	17	29	27	1.98
76762198--76762368	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
76770229--76770329	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
76770229--76770379	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
76770225--76770396	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
76773066--76773093	14	2.0	14	100	0	56	28	28	0	42	1.56
76775376--76775476	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
76775376--76775552	40	4.5	40	82	4	180	28	22	25	23	1.99
76783266--76783436	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
76795382--76795549	27	6.2	27	83	5	205	41	20	17	20	1.91
76795458--76795823	27	13.6	27	85	3	256	30	16	19	33	1.93
76795540--76795820	54	5.2	54	87	0	382	28	15	19	36	1.92
76795512--76795823	81	3.9	81	86	4	371	28	15	19	36	1.92
76797515--76797559	18	2.5	18	81	0	54	17	15	17	48	1.81
76799108--76799167	28	2.1	28	100	0	120	31	13	20	35	1.91
76800578--76800630	25	2.1	25	85	0	70	20	24	22	32	1.98
76809459--76809518	29	2.1	29	90	6	95	35	8	11	45	1.71
76813542--76813708	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76821550--76821716	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76825423--76825466	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
76825558--76825614	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
76826069--76826107	14	2.8	13	92	7	60	35	20	5	38	1.75
76827069--76827128	28	2.2	27	87	3	84	35	25	21	18	1.96
76827269--76827311	22	2.0	22	85	0	59	34	23	27	13	1.93
76829348--76829391	8	5.6	8	97	2	81	77	0	11	11	1.00
76833137--76833348	39	5.7	38	87	9	321	22	29	21	26	1.99
76833097--76833347	73	3.3	75	86	8	307	23	29	22	25	1.99
76833137--76833343	108	1.9	112	91	4	350	22	29	21	26	1.99
76835341--76835389	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
76836211--76836377	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
76843348--76843396	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
76844217--76844383	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
76851022--76851120	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
76858102--76858200	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
76864307--76864383	29	2.7	29	89	0	118	27	29	16	25	1.97
76864455--76864499	18	2.6	18	82	10	58	20	37	22	20	1.94
76866051--76866136	43	2.0	43	95	0	154	33	23	17	25	1.96
76867951--76868009	26	2.2	27	87	3	84	25	11	13	49	1.76
76870377--76870594	40	5.5	40	88	2	307	25	22	27	24	2.00
76872992--76873424	98	4.5	97	76	5	338	27	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76873085--76873323	96	2.5	97	83	5	286	27	16	28	28	1.97
76872992--76873418	48	8.8	50	68	13	173	27	18	27	25	1.98
76874450--76874508	28	2.1	29	96	3	111	20	23	10	45	1.81
76877744--76877824	40	2.0	40	80	0	90	33	28	13	24	1.93
76881952--76882004	24	2.2	24	86	3	72	22	22	16	37	1.94
76888318--76888480	39	4.2	39	90	0	236	24	19	30	25	1.98
76895364--76895407	19	2.3	19	100	0	88	25	52	4	18	1.64
76895525--76895591	25	2.7	25	95	0	116	23	19	25	31	1.98
76900023--76900086	31	2.1	31	90	0	101	25	21	15	37	1.93
76900279--76900399	24	5.0	24	90	7	183	28	22	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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