genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13176856--13176906	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
13176944--13176968	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13176943--13176982	12	3.5	11	84	15	55	70	0	2	27	1.01
13177071--13177108	12	3.2	12	85	10	51	73	0	0	26	0.83
13178016--13178049	15	2.1	17	89	10	54	5	11	5	76	1.14
13181082--13181130	20	2.5	20	86	0	71	36	0	6	57	1.24
13183504--13183530	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13184808--13184837	14	2.1	14	100	0	60	20	13	30	36	1.90
13184954--13184982	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
13189094--13189149	28	2.0	28	83	13	71	3	25	1	69	1.14
13191078--13191138	24	2.5	23	75	19	61	67	4	1	26	1.20
13195552--13195677	39	3.2	39	95	0	216	21	21	30	26	1.98
13195552--13195715	39	4.2	39	88	2	206	21	22	29	26	1.99
13195552--13195742	78	2.5	78	82	5	201	20	22	29	27	1.98
13195570--13195747	39	4.6	38	81	6	148	20	22	29	27	1.99
13202158--13202263	39	2.7	39	95	0	194	21	19	29	29	1.98
13203437--13203587	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
13210952--13211102	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
13213737--13213794	26	2.3	25	85	5	73	31	5	5	58	1.42
13213751--13213812	26	2.3	27	75	13	65	29	8	6	56	1.53
13218064--13218117	27	2.0	27	92	0	90	51	0	3	44	1.19
13218182--13218219	15	2.5	15	87	12	51	78	0	18	2	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13218180--13218220	19	2.1	20	86	13	59	75	0	21	2	0.92
13219157--13219238	37	2.2	37	91	0	128	25	20	21	31	1.98
13220606--13220772	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
13220601--13220772	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
13225995--13226161	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
13225990--13226161	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
13228840--13228883	15	3.0	14	83	6	52	47	0	4	47	1.22
13229016--13229048	17	1.9	17	88	11	50	33	3	6	57	1.38
13237679--13237726	11	4.4	11	83	0	60	2	12	37	47	1.53
13237679--13237737	22	2.7	22	89	0	91	3	13	33	49	1.59
13238389--13238413	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
13241848--13241872	7	3.6	7	100	0	50	12	0	72	16	1.13
13241886--13241961	17	4.4	18	75	17	72	40	0	0	59	0.98
13241882--13241960	23	3.3	24	84	10	74	40	0	0	59	0.97
13242296--13242331	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
13243145--13243180	18	2.1	17	89	5	54	30	0	0	69	0.89
13243140--13243213	23	3.3	23	77	7	71	36	1	0	62	1.04
13243147--13243222	20	3.9	19	73	13	57	32	2	0	64	1.07
13243208--13243288	40	2.0	40	82	0	99	25	2	8	62	1.36
13248389--13248421	5	6.6	5	100	0	66	63	18	18	0	1.31
13248419--13248473	1	55.0	1	87	0	74	92	5	0	1	0.44
13249468--13249672	45	4.6	45	94	0	365	18	47	8	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13249861--13249895	17	2.1	17	100	0	70	14	28	22	34	1.93
13258605--13258678	35	2.1	34	80	11	80	41	1	20	36	1.61
13260333--13260427	25	3.8	23	76	12	73	18	23	22	35	1.96
13260326--13260427	49	2.1	49	83	9	127	19	23	20	36	1.95
13260326--13260448	50	2.5	50	81	9	137	20	21	21	37	1.95
13263796--13263888	39	2.4	39	94	0	159	22	29	22	25	1.99
13265254--13265312	23	2.5	23	78	13	57	32	8	3	55	1.46
13265316--13265350	13	2.6	13	86	4	52	14	5	11	68	1.37
13265392--13265430	16	2.5	15	88	8	60	25	5	0	69	1.09
13265593--13265648	20	2.7	21	76	18	55	28	1	3	66	1.19
13267077--13267130	24	2.2	24	83	6	65	20	24	16	38	1.92
13267091--13267149	5	12.0	5	75	21	54	20	18	20	40	1.91
13267097--13267159	19	3.3	19	93	0	108	20	19	19	41	1.91
13271149--13272715	44	36.4	44	85	4	2070	29	16	31	22	1.96
13271149--13272715	172	9.1	172	87	4	1912	29	16	31	22	1.96
13271144--13272671	256	5.9	257	89	2	2194	29	16	31	22	1.96
13274045--13274079	13	2.6	13	86	4	52	14	5	11	68	1.37
13274121--13274160	16	2.6	15	88	7	62	25	5	0	70	1.08
13274345--13274396	26	2.0	27	85	11	72	26	0	1	71	0.97
13274427--13274499	3	24.3	3	100	0	146	32	0	0	67	0.91
13277004--13277085	19	4.3	19	87	0	119	20	18	19	41	1.91
13281096--13281404	44	7.1	44	86	2	428	29	15	32	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13282535--13282706	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
13282540--13282706	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
13290007--13290178	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
13290012--13290178	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
13291545--13292808	44	29.5	44	86	4	1683	28	16	31	23	1.96
13291545--13292764	128	9.5	128	88	3	1699	28	16	32	23	1.96
13291547--13292808	172	7.4	173	88	3	1631	28	16	31	23	1.96
13294072--13294130	23	2.5	23	78	13	57	32	8	3	55	1.46
13294134--13294168	13	2.6	13	86	4	52	14	5	11	68	1.37
13294210--13294249	16	2.6	15	88	7	62	25	5	0	70	1.08
13294432--13294488	22	2.7	21	81	15	64	29	1	0	68	1.00
13294513--13294561	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
13296423--13296457	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
13296418--13296457	10	4.0	10	93	0	53	52	5	0	42	1.23
13301540--13301591	15	3.6	15	76	10	54	65	13	7	13	1.46
13304579--13304616	6	6.3	6	100	0	76	52	0	47	0	1.00
13306120--13306302	93	2.0	90	85	5	242	37	20	18	23	1.94
13310829--13310874	22	2.2	21	81	11	60	54	21	6	17	1.65
13318625--13318741	38	3.0	38	91	2	180	18	23	27	30	1.98
13323545--13323643	51	1.9	51	97	0	189	39	29	15	16	1.89
13323711--13323804	40	2.4	38	73	13	93	37	36	10	15	1.83
13326024--13326067	17	2.4	17	85	14	52	29	4	18	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13326299--13326351	20	2.7	20	84	0	70	22	32	28	16	1.96
13331308--13331362	2	27.5	2	96	0	101	49	0	1	49	1.11
13332304--13332373	21	3.2	21	63	21	54	35	10	15	38	1.81
13332277--13332407	44	3.0	44	97	0	244	34	8	18	38	1.81
13332281--13332352	23	3.2	23	63	21	62	33	9	18	38	1.83
13340711--13340796	43	2.0	43	97	0	163	18	12	15	53	1.73
13344970--13345011	18	2.3	19	80	12	52	38	4	2	54	1.34
13350419--13350476	23	2.5	23	91	0	89	10	1	39	48	1.48
13357831--13357911	23	3.5	23	84	0	108	11	1	39	48	1.47
13367917--13367946	15	2.0	15	100	0	60	20	40	6	33	1.78
13374197--13374228	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
13376327--13376380	20	2.7	20	80	5	65	37	1	0	61	1.07
13376314--13376360	24	2.0	24	87	4	69	34	0	0	65	0.93
13376350--13376429	34	2.3	35	81	12	92	43	3	3	48	1.38
13376472--13376524	22	2.3	23	90	3	81	30	0	0	69	0.88
13377479--13377730	99	2.5	99	91	3	409	32	11	13	41	1.81
13377479--13377764	101	2.9	98	85	5	396	32	12	13	41	1.82
13379001--13379038	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
13379930--13379973	14	3.1	15	81	18	51	79	4	4	11	1.02
13382004--13382053	24	2.2	20	73	26	55	36	4	22	38	1.73
13381993--13382121	25	5.2	25	87	8	176	34	5	24	35	1.78
13382623--13382701	39	2.0	39	100	0	158	34	7	30	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13383939--13384219	133	2.1	135	93	3	478	25	17	24	32	1.97
13389933--13390104	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
13389926--13390101	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
13397907--13397972	25	2.6	25	86	9	82	56	1	9	33	1.40
13397928--13397995	25	2.9	24	84	6	77	57	2	7	32	1.41
13398015--13398148	25	5.5	25	72	15	86	54	2	5	36	1.40
13398013--13398148	49	2.8	48	73	15	118	54	2	5	36	1.40
13398429--13398467	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
13398627--13398721	30	3.2	30	90	0	154	20	5	49	25	1.69
13399059--13399454	76	5.1	74	79	12	365	27	18	21	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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