genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53175078--53175143	34	1.9	34	87	6	98	28	21	21	28	1.98
53182460--53182624	40	4.2	40	81	6	178	25	27	21	25	2.00
53183434--53183479	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53190444--53190610	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
53190444--53190610	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
53191428--53191473	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53195342--53195440	39	2.5	39	79	9	101	30	15	23	31	1.95
53199923--53199950	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
53202256--53202402	67	2.3	63	79	11	154	22	29	17	29	1.97
53202910--53202966	30	1.9	30	85	0	78	29	19	8	42	1.81
53212026--53212210	40	4.6	40	81	6	230	23	28	24	24	2.00
53213205--53213465	40	6.6	40	80	5	271	24	27	22	24	2.00
53213205--53213465	80	3.3	79	83	4	303	24	27	22	24	2.00
53215916--53216060	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
53215917--53216105	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53223164--53223347	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53223204--53223392	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53232313--53232558	40	6.2	40	90	2	356	23	20	29	26	1.99
53234213--53234473	40	6.6	40	81	5	271	24	26	23	24	2.00
53236757--53236790	17	2.0	17	88	11	52	20	29	35	14	1.93
53237025--53237134	57	1.9	56	88	1	166	23	14	14	47	1.81
53243774--53243843	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53249558--53249634	38	2.0	38	97	0	145	36	15	27	20	1.93
53251241--53251496	127	2.0	127	93	0	440	26	14	23	35	1.93
53253668--53253830	53	3.0	53	83	6	211	21	25	18	34	1.96
53255123--53255298	46	3.8	46	80	4	210	20	21	29	28	1.98
53255119--53255290	93	1.8	93	92	0	290	20	21	30	27	1.98
53256602--53256753	55	2.8	53	81	8	173	25	23	17	34	1.96
53256740--53256860	47	2.6	47	95	0	215	25	24	14	35	1.93
53258316--53258475	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
53258316--53258475	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
53261723--53261821	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
53269461--53269559	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
53271386--53271445	30	2.0	30	86	0	84	36	20	10	33	1.86
53272968--53273001	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
53273524--53273565	17	2.4	18	80	7	52	35	2	0	61	1.09
53280187--53280225	16	2.4	17	91	4	62	51	38	2	7	1.44
53281454--53281512	8	7.4	8	77	7	66	52	20	20	6	1.69
53281454--53281512	24	2.5	24	88	0	82	52	20	20	6	1.69
53281736--53281842	29	3.8	28	71	9	74	30	15	28	24	1.96
53284826--53284916	42	2.2	42	96	2	166	38	18	19	23	1.93
53286431--53286489	29	2.0	29	87	6	84	35	20	20	23	1.96
53290286--53290331	10	4.7	10	78	5	58	67	0	0	32	0.91
53290286--53290346	29	2.1	30	84	9	81	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53290397--53290440	18	2.4	19	81	7	56	50	4	0	45	1.22
53292465--53292511	22	2.1	22	84	7	60	17	4	4	74	1.14
53303329--53303575	49	5.0	50	77	6	241	25	17	26	29	1.98
53303332--53303561	100	2.3	98	87	3	318	25	17	26	30	1.98
53306292--53306330	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
53308373--53308432	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
53308622--53308679	19	3.2	19	65	22	52	36	1	8	53	1.42
53308625--53308691	35	1.9	35	90	0	107	34	1	11	52	1.48
53309010--53309151	50	2.9	50	88	1	196	25	18	28	28	1.98
53311166--53311202	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
53311172--53311222	21	2.4	21	86	0	66	35	11	21	31	1.90
53311268--53311339	25	2.9	25	87	0	108	27	25	20	26	1.99
53311270--53311366	25	4.0	24	77	12	74	28	22	21	26	1.99
53311558--53311640	31	2.7	31	83	3	107	30	16	24	28	1.97
53313221--53313252	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
53315432--53315471	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
53317653--53317687	18	1.9	18	88	0	52	34	11	14	40	1.82
53317726--53317796	18	3.8	19	75	5	74	45	15	8	30	1.76
53317935--53318051	53	2.2	53	84	4	155	45	20	16	17	1.86
53317915--53318051	53	2.4	58	75	15	151	46	18	16	18	1.84
53318027--53318057	12	2.6	12	94	0	53	58	16	9	16	1.63
53318224--53318257	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53319703--53319863	6	26.8	6	75	14	145	49	14	16	18	1.79
53319703--53319863	30	5.6	30	82	8	199	49	14	16	18	1.79
53319981--53320046	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
53319981--53320054	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
53320005--53320062	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
53320219--53320277	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
53320368--53320447	27	3.0	26	90	3	115	35	21	23	20	1.96
53320645--53320838	27	7.3	27	84	2	221	25	19	19	36	1.95
53320645--53320838	54	3.6	54	84	4	250	25	19	19	36	1.95
53320843--53321173	27	12.3	27	82	8	345	41	10	21	26	1.85
53320848--53321161	161	2.0	161	90	1	504	41	10	21	27	1.85
53321099--53321243	26	5.5	27	76	11	115	34	11	20	33	1.89
53321154--53321263	26	4.2	26	77	14	84	29	13	20	36	1.91
53323209--53323334	6	20.8	6	79	13	143	48	14	18	19	1.81
53323209--53323334	24	5.2	24	84	7	175	48	14	18	19	1.81
53323452--53323517	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
53323452--53323525	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
53323476--53323533	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
53323836--53323918	27	3.1	26	87	5	112	36	20	22	20	1.95
53324117--53324312	27	7.3	27	87	0	257	26	19	18	35	1.95
53324317--53324648	27	12.3	27	82	3	373	40	10	21	27	1.86
53324629--53324690	26	2.3	27	86	2	81	30	14	17	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53324656--53324741	26	3.3	25	80	9	84	26	9	22	41	1.83
53327878--53327995	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
53327846--53328009	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
53335457--53335574	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
53335425--53335588	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
53337339--53337388	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
53337432--53337490	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
53337540--53337682	24	6.0	24	90	4	200	29	21	22	26	1.99
53337540--53337682	47	3.0	47	89	5	198	29	21	22	26	1.99
53337540--53337683	71	2.0	72	87	4	211	29	21	22	26	1.99
53337874--53337968	31	3.1	31	96	0	172	38	14	22	24	1.91
53340095--53340250	6	25.8	6	77	13	160	48	14	17	19	1.81
53340074--53340250	30	6.3	29	80	11	174	48	14	17	19	1.81
53340368--53340441	27	2.8	26	77	6	76	35	20	25	18	1.96
53340606--53340664	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
53340752--53340834	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
53341033--53341227	27	7.3	27	82	2	214	26	20	18	34	1.95
53341050--53341227	81	2.2	81	85	2	241	25	19	19	35	1.95
53341232--53341564	27	12.3	27	83	3	393	40	11	21	26	1.87
53341545--53341606	26	2.3	27	86	2	81	30	14	17	37	1.90
53341566--53341655	26	3.5	26	74	15	80	28	10	18	42	1.83
53343613--53343744	6	21.8	6	76	13	128	47	12	18	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53343592--53343744	30	5.3	29	79	10	161	47	13	18	20	1.81
53343862--53343927	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
53343862--53343935	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
53343886--53343943	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
53344100--53344158	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
53344246--53344327	27	3.1	26	85	5	110	37	20	21	19	1.94
53344364--53344532	27	6.3	27	85	0	185	26	18	18	35	1.95
53344365--53344532	54	3.1	54	85	2	212	26	19	18	35	1.95
53344380--53344532	81	1.9	81	86	2	218	26	17	19	35	1.94
53344542--53344869	27	12.1	27	82	2	381	40	11	21	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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