genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75310339--75310399	17	3.6	17	70	16	54	45	0	1	52	1.10
75314393--75314460	27	2.5	27	92	0	109	20	22	13	44	1.86
75317719--75317748	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
75318041--75318088	25	1.9	25	82	0	60	35	22	22	18	1.96
75320184--75320252	30	2.3	30	94	2	120	31	15	11	40	1.84
75327409--75327491	43	1.9	43	82	4	105	25	15	26	32	1.96
75329992--75330175	39	4.7	40	95	3	320	28	26	20	25	1.99
75329992--75330175	79	2.3	79	94	2	318	28	26	20	25	1.99
75337992--75338180	39	4.8	40	81	10	180	25	24	22	26	2.00
75338038--75338180	39	3.7	40	90	5	231	27	25	21	25	1.99
75340964--75341155	79	2.4	81	83	6	232	24	28	22	23	1.99
75340964--75341155	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
75348951--75349142	79	2.4	80	81	6	221	24	29	22	23	1.99
75348951--75349142	40	4.8	39	79	7	181	24	29	22	23	1.99
75350804--75350837	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75356347--75356380	12	2.8	12	95	0	59	64	2	0	32	1.08
75356749--75356802	23	2.4	23	84	6	76	38	25	22	12	1.90
75357007--75357062	29	2.0	29	92	3	96	48	30	3	17	1.65
75372305--75372358	25	2.2	25	93	0	90	38	16	22	22	1.93
75373805--75373856	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
75377488--75377808	49	6.7	48	77	7	226	24	26	19	29	1.98
75377488--75377808	94	3.3	97	80	3	303	24	26	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75377634--75377817	48	3.9	46	76	10	165	25	26	18	30	1.98
75379542--75379566	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
75393208--75393479	136	2.0	134	88	3	368	36	19	13	30	1.91
75402723--75402750	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
75402934--75402999	34	1.9	34	96	0	123	37	24	3	34	1.71
75403065--75403118	21	2.6	20	71	8	54	29	25	3	40	1.73
75405686--75405791	25	4.3	25	73	3	90	39	18	19	21	1.92
75407976--75408126	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
75408012--75408142	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
75416031--75416160	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
75418917--75419041	42	2.8	42	83	7	115	30	25	14	29	1.95
75418794--75419038	132	1.9	131	82	5	314	27	24	17	30	1.97
75418966--75419134	48	3.5	46	82	3	158	26	28	18	26	1.98
75418794--75419066	132	2.1	131	81	6	309	27	25	17	29	1.97
75419186--75419279	2	47.0	2	97	0	179	1	0	48	50	1.07
75424101--75424322	46	4.7	46	79	8	200	27	18	30	23	1.98
75431708--75431928	46	4.7	46	77	13	209	28	20	28	22	1.98
75439357--75439642	48	6.0	48	79	7	278	28	19	28	23	1.98
75439357--75439642	96	3.0	96	84	5	332	28	19	28	23	1.98
75439370--75439641	144	1.9	143	83	5	352	29	19	28	22	1.98
75440656--75440682	11	2.5	11	100	0	54	7	25	37	29	1.83
75441145--75441174	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75445479--75445533	19	2.9	19	84	10	60	52	9	0	38	1.33
75460763--75461731	325	3.0	324	94	0	1715	37	17	14	30	1.90
75465948--75465993	23	2.0	23	82	4	56	45	8	19	26	1.79
75467184--75467396	52	4.1	52	86	1	302	26	11	23	38	1.89
75467185--75467389	103	2.0	104	90	0	322	26	12	23	38	1.90
75467625--75467852	40	5.7	40	74	5	156	26	21	24	27	1.99
75467785--75467869	43	2.0	43	90	0	134	28	17	25	28	1.98
75472644--75472783	40	3.5	40	80	7	142	26	20	25	27	1.99
75480911--75481067	40	3.9	40	91	0	233	28	26	19	25	1.99
75480874--75481067	80	2.4	80	84	3	230	26	26	20	26	1.99
75483900--75484084	40	4.7	38	83	7	165	24	22	26	25	2.00
75483901--75484084	79	2.3	81	84	7	234	25	22	26	25	2.00
75483934--75484107	79	2.2	78	80	10	192	27	21	24	26	1.99
75485875--75486145	135	2.0	135	99	0	533	40	8	21	28	1.83
75486978--75487103	48	2.6	48	85	0	171	35	7	25	30	1.85
75486989--75487133	48	3.0	47	79	6	150	33	8	26	31	1.86
75487262--75487332	37	1.9	37	94	0	124	23	22	30	22	1.99
75494690--75494821	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
75494690--75494821	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
75496544--75496582	21	1.9	21	89	5	62	12	33	28	25	1.93
75505690--75505919	40	5.8	39	85	2	257	22	22	28	26	1.99
75505690--75505912	119	1.9	119	85	3	315	22	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75505690--75505929	79	3.0	77	84	6	286	22	22	27	26	1.99
75505690--75505947	119	2.2	119	83	4	308	24	22	27	26	2.00
75513733--75513988	40	6.5	40	88	3	342	22	22	28	25	1.99
75519208--75519250	21	2.0	21	86	0	59	69	9	2	18	1.26
75520068--75520123	28	2.0	28	96	0	103	37	14	19	28	1.91
75521165--75521221	20	2.7	21	78	8	62	21	17	40	21	1.92
75538637--75538689	27	2.0	27	100	0	106	28	26	18	26	1.98
75538943--75538971	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75545260--75545305	23	2.0	24	87	12	69	13	21	26	39	1.90
75548995--75549073	25	3.2	25	71	20	83	25	21	21	31	1.98
75548983--75549098	50	2.3	50	89	0	178	26	22	18	31	1.97
75549030--75549102	25	2.9	25	74	8	67	28	23	16	31	1.96
75553305--75553531	75	3.0	75	84	2	285	47	8	13	30	1.72
75553507--75554069	138	4.1	138	88	3	792	40	8	5	44	1.60
75555815--75555876	25	2.4	25	78	2	70	38	16	1	43	1.57
75559809--75559996	48	3.9	48	83	2	216	32	17	23	26	1.97
75559809--75560042	96	2.4	96	80	0	234	31	17	24	26	1.97
75565554--75565641	43	2.0	43	100	0	176	23	11	22	42	1.86
75566621--75566988	48	7.8	48	79	6	329	29	18	25	26	1.98
75568703--75568805	31	3.3	31	94	0	179	20	35	29	14	1.92
75568703--75568757	18	3.3	18	63	31	50	20	34	32	12	1.90
75571029--75571729	138	5.1	138	90	2	1077	40	7	5	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75571366--75571591	67	3.3	67	66	20	171	42	9	4	43	1.57
75571029--75571729	278	2.5	276	91	1	1136	40	7	5	45	1.58
75572800--75572852	20	2.6	21	82	11	65	41	11	9	37	1.73
75576946--75576986	21	2.0	21	100	0	82	34	9	12	43	1.75
75579322--75579350	15	1.9	15	100	0	58	37	27	6	27	1.82
75582256--75582516	138	1.9	138	90	1	416	21	22	23	32	1.98
75587061--75587170	26	4.2	25	89	6	157	35	5	23	35	1.78
75588599--75588674	26	2.8	26	88	4	98	34	21	13	31	1.91
75588775--75588887	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
75588773--75588896	54	2.3	54	84	2	160	17	24	22	35	1.95
75609489--75609848	47	7.5	47	91	3	549	29	29	8	32	1.87
75609489--75609848	96	3.8	95	91	2	537	29	29	8	32	1.87
75609489--75609848	143	2.5	143	94	0	603	29	29	8	32	1.87
75613650--75614081	40	10.8	40	96	0	774	24	27	22	25	2.00
75616208--75616567	47	7.5	47	92	3	558	29	30	8	32	1.87
75616208--75616567	96	3.8	95	92	2	546	29	30	8	32	1.87
75616208--75616567	143	2.5	143	94	0	612	29	30	8	32	1.87
75622261--75622298	20	1.9	20	94	0	67	42	15	10	31	1.81
75625940--75626054	44	2.7	42	85	6	133	28	25	20	25	1.99
75627792--75627841	6	8.3	6	81	0	64	56	16	0	28	1.41
75627797--75627841	18	2.5	18	92	0	72	57	15	0	26	1.38
75629888--75630161	47	5.9	47	79	7	229	23	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75629888--75630153	140	1.9	141	84	5	360	22	29	19	28	1.98
75629937--75630158	46	4.7	46	76	16	181	22	29	18	28	1.98
75634359--75634517	83	1.9	83	94	0	282	33	27	11	27	1.91
75635136--75635175	21	2.0	21	90	5	64	50	15	0	35	1.44
75638358--75638408	24	2.1	24	100	0	102	33	15	11	39	1.84
75646743--75646796	21	2.5	22	85	5	67	46	7	1	44	1.42
75647419--75647487	9	7.7	9	79	12	79	26	1	15	56	1.48
75647429--75647594	35	4.7	35	72	18	112	22	1	18	56	1.51
75647420--75647589	13	12.4	13	70	20	107	23	1	18	56	1.51
75649615--75649713	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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