genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74579058--74579146	29	3.1	29	91	1	144	29	31	14	24	1.95
74580369--74580431	25	2.5	25	92	0	108	17	39	23	19	1.92
74582956--74583001	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
74593972--74594022	26	2.0	26	81	14	61	5	37	0	56	1.23
74608525--74608564	11	3.5	11	83	10	53	32	0	2	65	1.06
74611709--74611807	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
74619723--74619821	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
74621929--74622064	46	3.0	46	91	2	202	39	14	23	22	1.91
74624801--74624931	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
74629073--74629102	14	2.1	14	100	0	60	33	40	0	26	1.57
74630866--74630901	17	2.1	17	94	0	63	19	36	11	33	1.87
74631724--74631854	65	2.0	65	93	0	226	42	17	15	24	1.88
74631857--74631913	26	2.2	26	87	3	78	28	19	19	33	1.96
74635846--74636087	40	6.1	40	91	3	357	22	23	27	26	2.00
74635846--74636087	79	3.0	80	89	5	350	22	23	27	26	2.00
74644180--74644383	40	5.1	40	90	2	295	22	24	28	25	1.99
74649857--74650251	27	14.7	27	80	6	230	38	20	8	32	1.82
74649991--74650250	107	2.4	105	78	9	267	41	20	8	30	1.81
74650046--74650223	81	2.3	78	88	3	259	41	19	8	30	1.82
74650046--74650252	81	2.6	76	82	10	254	40	18	9	31	1.82
74649950--74650313	27	13.4	27	75	13	131	39	19	8	32	1.83
74650354--74650426	27	2.7	27	81	12	87	34	21	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74651229--74651411	26	7.2	26	83	1	230	27	20	22	28	1.99
74651229--74651411	52	3.6	52	89	2	284	27	20	22	28	1.99
74651622--74651688	31	2.2	31	94	0	116	34	14	23	26	1.94
74657783--74657934	40	3.8	40	77	12	134	27	24	25	22	2.00
74657823--74657949	40	3.2	40	76	4	123	25	24	27	22	2.00
74661793--74661894	27	3.8	28	86	2	129	33	18	24	23	1.97
74661793--74661898	55	1.9	54	86	5	151	33	18	24	22	1.97
74667022--74667178	40	3.9	40	87	6	196	26	27	22	23	2.00
74673417--74673526	42	2.6	42	73	12	100	28	20	24	27	1.99
74676203--74676368	30	5.2	30	63	23	88	24	16	16	42	1.88
74676186--74676381	65	3.0	65	96	0	365	25	15	16	42	1.87
74680093--74680135	15	2.9	14	81	18	52	72	0	0	27	0.85
74680093--74680135	12	3.4	13	81	15	54	72	0	0	27	0.85
74680382--74680438	26	2.2	26	80	3	60	36	17	17	28	1.93
74680451--74680558	29	3.5	30	66	25	80	23	15	18	42	1.88
74680441--74680571	65	2.0	65	98	0	253	24	14	18	42	1.87
74682538--74682572	14	2.4	14	95	4	61	40	25	0	34	1.56
74682779--74682956	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
74690866--74691043	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
74696115--74696409	39	7.5	39	90	2	432	19	23	27	29	1.98
74702785--74703002	39	5.5	39	91	1	330	18	23	29	28	1.98
74706370--74706503	51	2.6	52	83	9	177	27	29	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74706379--74706498	52	2.3	51	88	4	170	29	30	14	26	1.95
74711226--74711295	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
74711226--74711307	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
74722809--74722882	34	2.2	34	90	4	114	24	20	17	37	1.93
74724747--74724799	23	2.2	23	80	6	61	24	26	15	33	1.95
74728802--74729051	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
74736616--74736865	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
74739804--74740051	40	6.2	40	89	3	367	22	28	23	25	1.99
74739804--74740051	118	2.1	120	88	3	367	22	28	23	25	1.99
74747610--74747859	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
74756712--74756828	41	2.8	43	79	10	134	28	17	24	29	1.98
74760771--74760833	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
74763101--74763316	39	5.5	40	81	9	230	25	21	28	24	1.99
74763097--74763281	79	2.3	78	85	5	239	25	22	28	23	1.99
74763097--74763316	79	2.8	78	78	12	234	26	21	27	24	1.99
74771189--74771371	39	4.6	39	83	9	212	24	21	28	25	1.99
74771185--74771369	79	2.3	78	84	7	232	25	21	28	25	1.99
74771185--74771404	79	2.8	78	78	13	227	26	20	27	25	1.99
74775791--74775925	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
74775737--74775926	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
74783845--74783979	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
74783791--74783980	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74784721--74784816	37	2.6	37	80	5	95	31	42	10	15	1.81
74785281--74785333	21	2.5	21	84	0	70	24	30	32	13	1.93
74786511--74786562	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
74786613--74786670	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
74789893--74790023	65	2.0	65	98	0	253	42	18	15	23	1.88
74794867--74794921	28	2.0	28	100	0	110	23	0	25	50	1.49
74795095--74795133	20	1.9	21	85	15	55	46	17	10	25	1.80
74812940--74813007	34	2.0	34	94	0	118	39	13	22	25	1.90
74812941--74813015	34	2.2	34	90	0	114	41	13	21	24	1.88
74814977--74815168	79	2.4	80	84	2	260	24	22	27	26	2.00
74814976--74815168	40	4.8	40	81	3	210	24	22	26	26	2.00
74823378--74823555	40	4.5	40	79	6	166	25	28	19	26	1.99
74823378--74823555	80	2.2	80	80	6	184	25	28	19	26	1.99
74826341--74826496	40	3.9	40	87	0	213	25	21	25	27	1.99
74826342--74826527	80	2.3	81	84	0	239	24	21	25	28	1.99
74826352--74826527	40	4.4	39	80	9	167	24	21	25	28	1.99
74829717--74829853	54	2.5	53	80	2	148	27	15	17	39	1.90
74829717--74829853	27	5.1	27	76	5	134	27	15	17	39	1.90
74853972--74854039	27	2.6	27	79	6	68	30	27	19	22	1.97
74854775--74854836	27	2.3	27	88	0	88	30	12	14	41	1.83
74856781--74856997	40	5.5	40	90	3	298	22	23	28	25	1.99
74856781--74856997	79	2.7	80	87	4	298	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74856781--74856997	119	1.8	119	84	5	296	22	23	28	25	1.99
74867612--74867704	40	2.2	42	83	7	109	30	13	25	30	1.94
74873420--74873473	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
74877062--74877246	40	4.7	40	88	6	236	26	27	21	25	1.99
74882809--74882840	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
74883542--74883693	40	3.8	40	81	5	164	23	23	28	25	2.00
74898049--74898118	35	2.0	35	91	0	113	35	7	30	27	1.83
74909297--74909322	12	2.2	12	100	0	52	42	7	15	34	1.75
74911046--74911197	39	3.9	39	90	0	232	23	22	30	23	1.99
74911052--74911227	39	4.5	40	86	0	169	23	23	31	21	1.98
74912713--74912848	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
74912688--74912847	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
74919928--74920056	29	4.6	29	86	5	156	24	31	15	27	1.96
74926283--74926430	38	3.9	38	91	5	221	24	21	31	22	1.98
74926283--74926460	40	4.6	39	86	4	211	24	22	31	21	1.98
74928623--74928739	40	3.0	40	91	1	173	27	29	23	20	1.99
74930116--74930159	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
74946116--74946245	46	2.7	49	76	9	142	23	28	20	28	1.98
74946263--74946433	94	1.8	94	88	2	263	21	25	21	30	1.98
74946263--74946473	48	4.5	48	77	8	195	22	26	20	30	1.98
74947039--74947088	20	2.6	19	84	9	57	36	22	0	42	1.54
74950328--74950422	40	2.3	41	85	3	120	21	20	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74951728--74951771	18	2.4	19	96	3	81	61	4	2	31	1.28
74953049--74953155	43	2.5	42	83	8	128	27	18	24	29	1.98
74957149--74957273	41	3.0	41	91	4	207	34	10	18	36	1.85
74960681--74960719	16	2.4	16	95	0	69	25	12	25	35	1.92
74962490--74962699	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
74969035--74969187	40	3.8	40	100	0	306	25	22	29	22	1.99
74974329--74974511	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
74983964--74984109	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
74983996--74984147	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
74986170--74986201	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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