genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87728536--87728619	42	2.0	42	97	0	159	39	28	10	21	1.87
87731976--87732133	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
87731976--87732159	68	2.7	67	91	5	264	23	28	14	33	1.94
87742445--87742575	29	4.5	29	84	1	138	25	17	32	24	1.97
87750298--87750372	29	2.6	29	95	0	141	28	14	30	26	1.95
87750298--87750431	29	4.6	29	81	5	128	26	17	32	23	1.97
87752787--87752815	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
87754098--87754218	49	2.5	49	84	2	154	28	18	28	25	1.98
87755351--87755402	22	2.4	22	96	0	95	9	25	34	30	1.88
87760405--87760458	27	2.0	27	92	0	90	48	25	3	22	1.67
87771375--87771412	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
87773026--87773094	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
87782034--87782076	20	2.2	20	82	0	50	25	13	16	44	1.85
87787715--87787754	19	2.1	19	95	0	71	40	7	30	22	1.81
87791756--87791928	57	3.0	56	85	1	220	38	12	10	38	1.78
87805739--87805877	40	3.5	39	82	4	147	25	23	28	22	1.99
87809316--87809423	53	2.0	54	90	1	173	34	16	6	42	1.74
87815256--87815371	57	2.0	57	93	0	196	40	12	9	37	1.75
87816294--87816325	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
87818465--87818539	19	4.4	19	63	35	53	45	0	0	54	0.99
87818448--87818549	49	2.1	49	100	0	204	44	0	0	55	0.99
87829037--87829070	16	2.1	17	94	5	61	58	0	11	29	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87831538--87831617	41	1.9	42	85	7	110	20	28	25	26	1.99
87833529--87833576	3	17.0	3	76	20	50	35	0	2	62	1.07
87840264--87840316	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
87841784--87841839	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
87853385--87853463	31	2.5	31	95	0	140	29	26	17	26	1.98
87853487--87853578	42	2.2	42	92	0	148	40	20	10	28	1.86
87853723--87853845	26	4.8	26	90	1	187	27	22	23	26	2.00
87853723--87853845	52	2.4	51	95	2	221	27	22	23	26	2.00
87853895--87853970	20	3.9	20	83	8	95	32	19	11	35	1.88
87853895--87853949	11	5.4	11	75	16	64	30	20	12	36	1.90
87854668--87854728	27	2.3	27	80	8	72	22	21	19	36	1.95
87854763--87855176	27	15.3	27	78	5	210	32	8	21	37	1.83
87854873--87855080	80	2.6	79	86	2	236	29	8	21	40	1.82
87854763--87855081	81	3.9	81	79	4	277	30	8	20	40	1.82
87854765--87855203	54	8.1	54	77	7	262	32	8	21	37	1.83
87855046--87855312	81	3.3	79	86	4	336	38	8	22	29	1.84
87855074--87855336	27	9.7	27	90	0	373	39	9	22	27	1.85
87857060--87857088	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
87865081--87865538	94	4.9	93	79	8	459	28	20	29	22	1.98
87865081--87865538	189	2.5	186	79	8	484	28	20	29	22	1.98
87865081--87865541	47	9.8	45	72	13	297	28	19	29	22	1.98
87872783--87873140	94	3.8	93	80	11	367	28	20	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87872776--87873140	141	2.6	137	79	11	373	28	20	28	23	1.99
87872783--87873150	47	7.9	46	71	16	249	29	19	27	23	1.98
87876395--87876497	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
87883615--87883717	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
87885244--87885434	39	4.8	40	77	7	176	23	27	24	25	2.00
87887374--87887437	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
87887629--87887766	47	3.0	46	88	5	154	27	23	21	28	1.99
87887641--87887767	24	5.4	23	88	6	184	26	22	21	29	1.99
87887818--87887877	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
87887818--87887872	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
87891332--87891504	27	6.4	27	87	1	213	37	19	20	23	1.94
87891331--87891514	81	2.3	81	84	7	248	36	19	20	23	1.95
87891640--87891703	27	2.4	27	84	2	76	17	21	21	39	1.93
87893016--87893052	20	2.0	20	84	10	51	24	27	2	45	1.66
87893569--87893658	37	2.4	37	90	1	135	23	30	23	23	1.99
87893817--87893942	48	2.6	48	89	0	189	30	25	7	36	1.84
87896475--87896540	33	2.0	34	84	3	89	27	21	25	25	1.99
87900720--87900879	86	1.9	85	84	6	216	23	16	27	32	1.96
87900720--87900879	43	3.7	43	82	3	187	23	16	27	32	1.96
87900721--87900870	44	3.5	43	79	9	164	24	17	27	31	1.97
87901059--87901097	19	2.0	20	85	14	55	46	0	15	38	1.46
87907859--87908018	86	1.9	85	83	6	207	24	16	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87907847--87908018	43	4.0	43	75	10	172	24	15	26	33	1.95
87910571--87910596	12	2.2	12	100	0	52	57	0	42	0	0.98
87915978--87916002	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
87919932--87920040	41	2.7	40	90	4	164	32	20	20	27	1.97
87920402--87920511	26	4.2	26	91	6	179	34	4	22	38	1.75
87920402--87920511	52	2.1	52	96	0	202	34	4	22	38	1.75
87921952--87922026	26	2.8	26	85	4	87	34	21	12	32	1.90
87922128--87922269	27	5.3	27	88	4	189	17	23	23	35	1.95
87922331--87922370	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
87923289--87923444	80	2.0	80	81	7	183	27	16	23	33	1.95
87923672--87923740	29	2.4	28	78	21	72	60	2	4	31	1.31
87923854--87923893	7	5.7	7	84	0	53	17	2	27	52	1.57
87923966--87924051	38	2.3	37	85	2	109	24	1	41	32	1.62
87924048--87924133	7	11.9	7	68	7	55	23	2	26	47	1.63
87924078--87924126	15	3.3	15	79	17	50	22	4	28	44	1.71
87924196--87924239	22	2.0	21	95	4	79	15	4	45	34	1.67
87924323--87924423	26	3.9	26	88	2	141	45	5	3	44	1.46
87927375--87927506	61	2.1	64	90	8	207	40	21	15	23	1.91
87927918--87927964	24	2.0	24	91	0	76	36	17	4	42	1.68
87928199--87928264	29	2.3	29	89	5	98	45	0	0	54	0.99
87928201--87928255	15	3.7	15	71	22	53	47	0	0	52	1.00
87928538--87928685	9	16.4	9	92	0	224	43	23	1	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87934317--87934448	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
87942193--87942266	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
87942250--87942327	31	2.6	29	76	7	84	23	19	34	23	1.96
87943842--87943956	24	4.8	24	88	5	162	26	22	23	27	2.00
87943842--87943956	47	2.4	48	88	5	162	26	22	23	27	2.00
87944147--87944209	31	2.1	31	87	3	92	36	14	23	25	1.93
87949625--87949663	12	3.2	12	85	0	51	7	48	28	15	1.72
87951165--87951300	26	5.3	26	84	4	172	26	24	19	29	1.99
87951165--87951300	52	2.7	52	89	5	208	26	24	19	29	1.99
87951350--87951406	20	2.8	20	94	0	96	33	17	10	38	1.84
87951350--87951425	20	3.9	21	88	6	72	34	15	9	40	1.79
87953660--87953739	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
87953711--87953982	43	6.4	43	93	2	437	12	22	34	30	1.91
87953711--87953969	126	2.0	127	92	3	434	11	23	34	30	1.90
87954298--87954405	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
87958174--87958253	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
87958225--87958440	43	5.1	43	93	2	341	12	23	33	31	1.91
87958225--87958454	85	2.7	86	88	4	344	12	22	33	30	1.91
87958771--87958878	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
87971938--87971966	13	2.2	13	100	0	58	51	6	27	13	1.66
87972842--87972950	54	2.0	54	94	0	191	37	15	22	24	1.93
87980955--87981209	55	4.8	53	80	7	252	36	18	24	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87980962--87981162	108	1.8	110	89	4	318	35	18	24	21	1.96
87982940--87982986	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
87986025--87986507	47	10.3	47	90	0	723	28	31	8	32	1.86
87989675--87989842	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
87992245--87992420	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
87992241--87992412	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
87997418--87997524	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
87997532--87997601	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
87999638--87999777	50	2.8	50	81	3	165	27	17	27	27	1.98
88002735--88002776	17	2.4	17	88	4	66	73	0	0	26	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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