Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  50  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14230285--14230331
20
2.6
18
81
15
60
2
27
0
70
0.99
14234968--14235019
20
2.6
21
84
6
63
32
1
19
46
1.61
14248172--14248220
26
2.0
25
84
8
64
44
0
2
53
1.12
14250728--14250761
17
2.1
16
88
5
50
0
17
0
82
0.67
14261822--14262085
101
2.6
101
95
0
465
31
15
23
29
1.95
14261822--14262079
51
5.1
51
87
1
385
31
15
23
29
1.96
14263426--14263467
22
1.9
23
85
9
61
52
9
0
38
1.34
14263417--14263468
22
2.4
22
75
18
54
50
7
1
40
1.42
14264064--14264111
22
2.1
23
85
11
64
60
0
0
39
0.97
14264078--14264110
17
1.9
17
88
11
50
60
0
0
39
0.97
14264702--14264766
29
2.2
29
88
0
94
63
1
6
29
1.28
14276479--14276522
22
2.0
22
90
0
70
11
13
9
65
1.46
14277868--14277915
25
1.9
25
83
8
62
0
27
4
68
1.07
14277953--14278001
26
1.9
25
83
4
62
36
6
0
57
1.24
14279253--14279290
20
1.9
20
84
10
51
42
10
0
47
1.38
14279779--14279818
18
2.2
18
86
8
55
30
22
0
47
1.52
14279947--14280057
38
2.8
40
75
8
111
28
25
21
24
1.99
14280518--14280548
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
14285160--14285253
7
12.6
7
71
27
52
44
1
1
53
1.14
14285180--14285255
14
5.8
13
79
14
68
46
0
1
52
1.08
14285197--14285254
2
33.5
2
72
27
53
46
0
0
53
1.00
14285198--14285253
5
12.0
5
80
14
66
44
0
0
55
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14287038--14287068
9
3.6
9
91
8
55
87
0
0
12
0.55
14288148--14288374
48
4.7
47
80
3
204
22
31
18
26
1.97
14288148--14288330
96
1.9
96
85
0
249
22
33
18
25
1.97
14288148--14288374
96
2.4
95
81
3
240
22
31
18
26
1.97
14295785--14296067
48
5.9
48
83
4
311
23
28
19
28
1.98
14295787--14296117
144
2.3
143
85
2
412
24
28
18
28
1.98
14295786--14296104
48
6.7
47
79
11
179
23
28
19
28
1.98
14299276--14299347
4
18.0
4
76
18
62
1
25
2
70
1.08
14299268--14299341
22
3.3
21
81
12
69
1
27
2
68
1.10
14299973--14300025
20
2.6
20
81
3
61
50
0
5
43
1.25
14300992--14301024
17
2.0
16
94
5
57
42
15
0
42
1.46
14313415--14313489
21
3.6
21
77
0
60
40
17
26
16
1.90
14313445--14313547
41
2.5
42
82
6
120
40
16
24
18
1.90
14313494--14313567
21
3.6
20
77
12
78
41
17
18
21
1.90
14316473--14316528
9
6.2
9
80
12
62
37
3
0
58
1.15
14316510--14316567
19
2.9
21
79
20
63
31
1
5
62
1.27
14316523--14316585
18
3.3
19
78
17
58
33
0
6
60
1.22
14316798--14316835
3
12.7
3
100
0
76
34
0
0
65
0.93
14316844--14316896
16
3.5
15
78
14
56
33
1
7
56
1.38
14317016--14317061
23
2.0
23
100
0
92
26
8
8
56
1.58
14318437--14318498
31
2.0
31
87
3
90
30
17
14
37
1.90
14339988--14340095
26
4.2
26
90
2
164
33
8
23
35
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14343399--14343428
14
2.1
14
93
0
51
16
0
36
46
1.47
14343794--14343853
25
2.4
25
75
5
59
33
16
25
25
1.96
14345890--14346107
46
4.7
46
93
0
346
19
23
14
43
1.87
14346169--14346324
33
4.7
33
73
10
122
23
24
19
32
1.98
14347943--14347976
13
2.6
13
100
0
68
50
5
0
44
1.26
14347939--14347986
13
3.9
12
89
5
53
54
4
0
41
1.20
14348214--14348282
30
2.3
30
85
7
86
26
20
4
49
1.67
14349464--14349749
148
1.9
148
95
1
520
37
15
12
33
1.86
14351345--14351378
17
2.1
16
89
10
52
50
0
11
38
1.39
14351532--14351757
21
10.9
21
76
2
170
18
21
15
45
1.85
14351530--14351757
42
5.5
42
82
1
253
18
21
15
45
1.86
14357385--14357423
14
2.8
14
84
0
51
25
5
0
69
1.09
14360958--14361009
26
2.2
22
86
13
68
53
0
3
42
1.19
14370534--14370584
25
2.0
25
81
7
59
52
33
3
9
1.53
14375546--14375697
43
3.5
42
77
7
110
27
17
25
30
1.97
14375586--14375703
43
2.8
41
82
6
121
24
17
27
30
1.97
14375892--14375922
15
2.1
15
93
0
53
58
6
12
22
1.58
14375890--14375924
15
2.4
14
86
9
52
54
5
14
25
1.62
14380536--14380617
25
3.3
25
85
0
101
32
24
18
24
1.97
14389745--14389790
23
2.0
23
100
0
92
30
17
21
30
1.96
14391632--14391673
2
21.0
2
100
0
84
50
0
0
50
1.00
14391951--14391994
19
2.3
19
84
4
52
36
9
0
54
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14392245--14392297
23
2.3
23
84
9
74
45
3
0
50
1.19
14398653--14398726
31
2.4
31
84
4
96
27
16
10
45
1.80
14400249--14400307
25
2.5
23
82
12
75
40
3
8
47
1.51
14400515--14400540
12
2.2
12
100
0
52
76
0
0
23
0.78
14400705--14400734
8
3.9
8
95
4
53
76
0
0
23
0.78
14400893--14400921
14
2.1
14
100
0
58
44
27
6
20
1.77
14400998--14401029
13
2.4
14
90
10
50
40
0
0
59
0.97
14401000--14401067
31
2.2
32
79
15
79
42
0
0
57
0.98
14401010--14401069
31
2.0
30
87
9
86
46
0
0
53
1.00
14401212--14401261
20
2.7
18
74
20
50
36
2
0
62
1.07
14405154--14405212
31
1.9
31
85
0
82
32
13
13
40
1.84
14416659--14416692
17
2.1
16
88
5
50
55
2
0
41
1.15
14419404--14419504
52
1.9
52
85
0
139
31
27
15
24
1.96
14427362--14427395
17
2.0
17
88
0
50
47
0
0
52
1.00
14434084--14434112
6
4.8
6
100
0
58
86
0
13
0
0.58
14435281--14435325
19
2.4
19
92
0
72
75
0
11
13
1.05
14435919--14435949
2
15.5
2
100
0
62
0
48
0
51
1.00
14443937--14443983
19
2.4
20
85
3
60
70
4
2
23
1.16
14447459--14447538
41
2.0
41
100
0
160
47
16
10
26
1.77
14452880--14452926
15
3.1
15
81
0
67
48
12
2
36
1.53
14453401--14453464
32
2.0
32
85
8
87
46
6
0
46
1.27
14453978--14454006
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14456054--14456091
14
2.8
14
88
4
51
39
0
2
57
1.12
14456080--14456232
26
6.0
26
77
6
152
30
3
3
61
1.32
14456031--14456197
74
2.3
74
82
8
189
34
3
3
58
1.33
14456078--14456219
48
2.8
52
78
7
166
29
3
4
61
1.33
14456152--14456265
50
2.2
52
79
3
133
29
6
4
59
1.41
14457381--14457441
30
2.0
30
87
0
86
19
34
0
45
1.51
14459463--14459518
25
2.2
26
81
9
71
42
3
3
50
1.37
14460298--14460381
42
2.0
42
95
0
150
25
15
32
27
1.95
14466417--14466526
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
14480298--14480337
21
1.9
21
100
0
80
55
25
2
17
1.55
14484925--14485082
44
3.7
43
77
10
162
21
17
27
33
1.95
14484918--14485087
43
4.0
42
76
11
141
21
15
27
35
1.94
14484926--14485074
42
3.5
42
80
4
111
22
17
26
33
1.96
14488295--14488345
25
2.0
25
100
0
102
19
15
3
60
1.50
14501232--14501279
14
3.4
14
79
2
51
20
6
2
70
1.19
14502302--14502359
29
2.0
29
100
0
116
17
34
13
34
1.89
14504247--14504448
51
4.1
51
89
8
319
31
15
24
29
1.95
14504293--14504451
44
3.5
44
86
11
228
32
13
23
30
1.93
14504240--14504451
95
2.2
95
94
0
379
31
15
23
29
1.95
14507493--14507609
40
2.9
41
91
3
175
38
10
15
35
1.81
14507493--14507633
40
3.5
38
83
8
165
37
9
17
35
1.82
14508238--14508262
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14512492--14512525
10
3.3
11
88
12
54
44
17
0
38
1.49
14512710--14512810
44
2.3
44
80
10
109
37
20
18
22
1.94
14513710--14513750
7
5.9
7
83
16
50
56
0
0
43
0.99
14519166--14519196
15
2.1
15
100
0
62
12
12
12
61
1.58
14520460--14520535
30
2.5
30
81
8
84
39
0
1
59
1.06
14522663--14522695
2
16.5
2
93
0
57
48
0
3
48
1.17
14528211--14528306
21
4.8
21
78
7
94
18
26
15
39
1.91
14528257--14528306
19
2.6
19
81
12
66
16
24
18
42
1.89
14533737--14533948
117
1.8
117
86
0
307
40
3
13
42
1.62
14536380--14536431
25
2.1
25
85
0
68
36
9
15
38
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345