genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72671204--72671272	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
72673056--72673099	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
72675462--72675530	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
72677314--72677357	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
72678078--72678124	19	2.5	19	96	0	85	48	0	19	31	1.49
72679589--72679739	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
72687105--72687255	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
72690538--72690589	5	10.2	5	93	2	68	38	0	25	36	1.56
72690998--72691237	45	5.3	45	90	0	327	18	18	21	41	1.91
72691405--72691571	18	9.3	18	73	12	110	37	12	13	35	1.83
72691405--72691651	36	6.7	35	71	14	165	37	12	14	35	1.84
72691405--72691553	72	2.1	72	86	7	205	38	12	12	35	1.82
72691416--72691635	54	3.9	54	74	15	160	36	13	14	35	1.85
72691610--72691651	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
72693368--72693457	45	2.0	45	95	0	162	22	15	20	42	1.89
72694401--72694465	29	2.2	30	86	8	89	46	1	3	49	1.27
72698825--72698870	22	2.1	22	95	0	83	54	0	15	30	1.41
72700087--72700119	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
72700503--72700527	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
72701447--72701508	26	2.3	27	78	10	65	40	1	1	56	1.19
72701531--72701574	22	2.0	22	81	0	52	50	0	0	50	1.00
72701599--72701634	16	2.2	16	90	0	54	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72701667--72701723	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
72702836--72702897	27	2.3	27	88	2	90	64	1	1	32	1.13
72705104--72705158	25	2.3	23	78	12	58	41	3	16	38	1.66
72705213--72705287	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
72705219--72705426	25	8.4	25	69	15	119	57	4	5	32	1.42
72705232--72705363	27	5.0	28	69	19	79	58	4	6	31	1.43
72705302--72705381	27	3.0	26	76	7	81	55	2	6	36	1.39
72705692--72705730	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
72705887--72705985	30	3.3	30	91	0	162	18	7	49	25	1.72
72706620--72706825	87	2.4	86	80	2	205	35	18	14	31	1.91
72706865--72707285	86	5.0	86	74	15	367	35	18	17	28	1.93
72707018--72707050	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
72706865--72707213	86	3.9	90	80	7	385	36	17	18	28	1.93
72706867--72707192	176	1.8	176	83	7	437	34	18	18	29	1.94
72707126--72707726	73	8.2	74	86	4	792	33	20	16	30	1.94
72707126--72707792	147	4.5	147	87	5	803	33	20	16	29	1.94
72707717--72708080	99	3.8	98	83	7	414	38	19	17	24	1.93
72707894--72707937	14	3.4	13	84	9	63	68	6	11	13	1.39
72707906--72708081	90	2.0	87	87	3	253	36	19	18	25	1.95
72720108--72720175	25	2.9	24	82	6	77	57	5	7	29	1.50
72720112--72720319	23	8.6	25	69	15	98	56	4	6	32	1.45
72724594--72724765	40	4.3	40	82	2	204	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72730696--72730794	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
72745109--72745369	46	5.5	48	77	12	181	26	18	29	25	1.98
72763934--72764153	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	24	2.00
72763934--72764153	120	1.8	118	88	3	334	25	26	22	24	2.00
72774191--72774407	40	5.4	40	92	2	316	23	23	27	25	2.00
72784051--72784242	47	4.1	47	90	1	289	32	11	29	25	1.92
72784076--72784151	22	3.3	22	67	22	66	32	13	30	23	1.93
72784125--72784200	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
72784074--72784345	47	5.7	48	84	9	235	34	10	27	27	1.89
72784201--72784345	50	3.0	50	89	5	217	37	8	24	29	1.84
72784213--72784369	50	3.2	50	82	11	189	34	7	27	30	1.85
72784495--72784565	37	1.9	37	100	0	142	23	19	32	23	1.98
72786316--72786545	40	5.8	40	93	1	365	23	22	27	26	1.99
72801390--72801433	22	2.0	22	90	0	70	56	2	9	31	1.43
72808330--72808437	28	3.9	28	87	1	130	21	25	17	35	1.95
72808330--72808437	55	2.0	55	83	3	137	21	25	17	35	1.95
72808700--72808789	40	2.2	40	90	0	135	26	24	28	20	1.99
72812567--72812822	49	5.3	49	94	0	403	31	8	30	29	1.86
72819682--72819764	27	3.0	27	87	1	121	19	24	19	37	1.94
72821177--72821230	22	2.5	21	88	8	74	12	27	37	22	1.91
72830421--72830548	38	3.3	38	86	2	175	19	19	25	35	1.95
72832456--72832615	26	6.2	26	91	0	266	33	6	23	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72832456--72832615	52	3.1	52	96	0	293	33	6	23	35	1.82
72834101--72834153	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
72839581--72839688	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
72845409--72845469	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
72849920--72849980	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
72854419--72854479	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
72862627--72862661	13	2.7	13	90	0	61	65	2	0	31	1.07
72864789--72864995	80	2.6	80	82	4	238	26	22	25	25	2.00
72864788--72864995	40	5.2	39	81	5	211	26	22	25	25	2.00
72867801--72867839	18	2.2	18	85	0	51	7	23	0	69	1.14
72869956--72869990	13	2.7	13	95	0	61	62	5	0	31	1.18
72870220--72870258	20	1.9	21	89	5	62	35	17	23	23	1.95
72870205--72870264	21	3.0	19	74	11	57	40	18	21	20	1.92
72873397--72873459	31	2.0	31	100	0	126	41	3	12	42	1.59
72875884--72876064	87	2.1	87	87	2	256	26	21	29	22	1.99
72886422--72886557	45	3.1	44	81	7	152	31	24	18	25	1.97
72899520--72899566	22	2.1	22	84	7	60	68	0	0	31	0.90
72900366--72900401	13	2.7	13	91	4	54	86	0	11	2	0.68
72903419--72903556	57	2.4	59	73	16	146	35	17	15	31	1.91
72904929--72904968	19	2.1	19	95	0	71	30	22	5	42	1.75
72906152--72906195	23	1.9	23	90	0	70	79	0	18	2	0.83
72906886--72906994	36	3.0	36	98	1	209	50	5	0	44	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72906915--72906976	20	3.3	20	65	17	60	43	6	0	50	1.28
72913125--72913163	9	4.6	8	84	9	51	38	0	0	61	0.96
72913125--72913163	17	2.3	18	86	8	55	38	0	0	61	0.96
72913127--72913172	18	2.4	20	75	17	53	36	2	0	60	1.09
72913631--72913693	8	8.0	8	73	19	53	28	0	1	69	0.97
72918868--72918944	38	2.0	38	100	0	154	36	0	20	42	1.53
72928533--72928700	46	3.6	46	77	6	187	28	17	29	24	1.98
72936236--72936386	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
72936273--72936402	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
72944262--72944412	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
72944299--72944428	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
72947656--72947729	37	2.0	37	100	0	148	32	18	24	24	1.97
72960579--72960781	40	5.1	40	87	3	241	24	23	27	25	2.00
72973278--72973365	45	2.0	45	86	0	122	26	10	25	38	1.87
72974992--72975076	45	1.9	44	85	2	116	24	15	22	37	1.93
72993583--72993665	26	3.2	26	91	0	130	26	37	22	13	1.91
72997045--72997113	28	2.5	28	88	4	95	30	24	15	28	1.96
72998463--72998712	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
73006323--73006571	40	6.2	40	91	2	385	22	28	24	24	1.99
73015787--73015885	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
73018178--73018235	28	2.1	28	100	0	116	24	25	3	46	1.68
73027861--73028143	48	5.9	48	75	2	210	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73030365--73030434	21	3.2	21	66	25	54	22	12	24	40	1.89
73040395--73042186	898	2.0	898	97	0	3404	34	9	20	35	1.85
73046519--73046563	22	2.0	22	100	0	90	42	22	0	35	1.54
73049662--73049746	42	2.0	42	93	0	143	28	32	11	27	1.92
73053162--73053285	47	2.8	44	81	7	133	20	31	20	26	1.98
73053212--73053422	93	2.3	93	79	8	225	21	28	20	29	1.98
73053532--73053563	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
73055606--73055818	46	4.6	46	76	11	152	24	30	18	26	1.98
73057151--73057252	44	2.3	44	96	0	186	30	22	18	28	1.97
73064495--73064542	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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