genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73994597--73994633	18	2.1	18	90	5	58	40	24	0	35	1.55
73996830--73997141	94	3.3	93	82	5	321	23	29	20	25	1.99
73996831--73997150	48	6.9	46	81	6	288	23	29	20	25	1.99
73996933--73997141	45	4.6	45	81	8	217	24	28	20	26	1.99
73998967--73999218	94	2.7	94	96	0	468	38	19	12	30	1.88
74011802--74011912	58	1.9	58	88	3	170	31	20	18	29	1.96
74026440--74026472	10	3.4	10	87	8	50	30	21	0	48	1.50
74038129--74038214	45	1.9	45	87	0	127	24	13	26	34	1.93
74038224--74038282	27	2.2	27	84	0	73	23	18	33	23	1.97
74039892--74040057	40	4.2	40	80	5	169	25	26	21	26	2.00
74049162--74049231	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74057098--74057167	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74059955--74060122	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
74062567--74062728	38	4.0	38	75	13	162	30	24	12	31	1.93
74062543--74062875	85	3.8	85	85	8	436	31	23	14	30	1.94
74062612--74062914	47	6.6	46	81	7	343	31	22	14	31	1.94
74062697--74062914	48	4.6	47	87	1	319	30	22	16	30	1.95
74062692--74062914	95	2.3	95	95	0	401	30	21	16	31	1.95
74063459--74063515	28	2.0	28	96	0	105	26	8	17	47	1.77
74064324--74064363	19	2.1	19	95	0	71	30	25	0	45	1.54
74064324--74064363	10	4.2	10	84	9	57	30	25	0	45	1.54
74066568--74066637	18	3.7	19	78	12	65	27	4	2	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74068028--74068152	59	2.1	59	88	2	180	51	4	0	44	1.26
74068115--74068181	34	1.9	36	85	11	95	49	2	0	47	1.16
74076754--74076815	26	2.4	25	79	15	65	56	0	3	40	1.15
74077706--74077816	6	17.8	6	72	17	84	48	14	18	18	1.81
74077706--74077816	31	3.5	31	93	1	168	48	14	18	18	1.81
74077748--74077805	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
74077953--74078054	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
74078213--74078277	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
74078722--74079246	27	19.4	27	88	0	744	24	20	20	33	1.97
74079210--74079286	40	1.9	40	100	0	154	23	23	22	31	1.99
74079250--74079451	27	7.5	27	92	0	341	23	23	20	32	1.98
74079406--74079560	27	5.7	27	82	1	150	28	12	21	38	1.89
74081869--74081918	16	3.2	16	80	8	59	82	0	10	8	0.86
74082643--74082691	6	8.7	6	76	13	50	14	2	4	79	0.97
74082657--74082693	15	2.5	15	86	0	56	10	0	5	83	0.79
74082698--74082729	3	10.7	3	93	0	55	37	0	0	62	0.95
74082996--74083042	24	2.0	24	87	8	69	29	6	6	57	1.49
74083062--74083137	22	3.4	21	70	24	57	32	10	3	52	1.54
74083206--74083238	11	3.2	11	87	12	52	42	0	0	57	0.98
74083206--74083235	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
74083209--74083250	20	2.1	20	90	0	66	35	0	4	59	1.19
74083268--74083320	25	2.1	25	86	13	74	24	7	7	60	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74084830--74084889	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
74093261--74093288	13	2.2	13	100	0	56	32	21	14	32	1.93
74094006--74094177	63	2.8	62	78	6	186	45	15	22	16	1.85
74094023--74094188	42	4.0	42	78	6	131	43	15	23	17	1.86
74094079--74094195	41	2.8	41	81	2	117	44	13	22	19	1.86
74094004--74094195	21	9.3	21	71	10	119	43	16	22	17	1.87
74094388--74094415	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
74106023--74106059	8	4.6	8	96	0	65	40	8	0	51	1.32
74106018--74106063	2	23.0	2	81	0	56	41	6	2	50	1.40
74106018--74106059	16	2.6	16	88	0	66	40	7	2	50	1.43
74108912--74108949	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
74116801--74116838	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
74119358--74119407	22	2.3	22	82	6	57	16	2	14	68	1.31
74121175--74121368	50	3.9	50	81	6	232	27	19	29	23	1.98
74121189--74121370	100	1.8	100	89	2	285	28	20	29	22	1.98
74133958--74134030	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
74133958--74134090	58	2.3	59	80	7	139	25	15	31	27	1.96
74134015--74134090	29	2.6	29	75	8	82	22	17	34	26	1.96
74136900--74137120	39	5.6	39	86	0	289	23	30	21	24	1.99
74144915--74145135	39	5.6	39	86	0	289	23	30	21	24	1.99
74153433--74153479	15	3.1	15	90	0	76	23	10	40	25	1.87
74154573--74154812	50	4.9	50	82	8	296	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74154587--74154811	95	2.3	97	88	5	321	27	20	30	22	1.98
74156512--74156617	54	2.0	54	100	0	212	22	29	31	16	1.96
74162260--74162285	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
74171204--74171266	30	2.1	30	90	0	99	36	17	1	44	1.59
74171330--74171359	14	2.1	14	93	0	51	33	6	13	46	1.69
74174289--74174521	48	4.8	48	81	1	277	25	27	18	28	1.98
74174289--74174521	96	2.4	98	88	3	337	25	27	18	28	1.98
74176020--74176071	25	2.1	24	89	3	77	15	23	21	40	1.91
74176033--74176085	23	2.2	25	83	6	65	15	24	20	39	1.91
74179040--74179153	43	2.7	43	84	1	158	21	15	28	33	1.95
74179112--74179224	51	2.2	51	88	0	163	23	14	28	33	1.94
74180781--74180839	30	2.0	30	93	0	100	25	1	13	59	1.44
74183293--74183361	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
74189287--74189415	48	2.6	50	80	3	136	31	15	20	31	1.94
74191438--74191465	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
74195397--74195495	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
74195604--74195631	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
74198232--74198440	102	2.1	98	89	6	312	33	9	26	30	1.87
74198232--74198423	49	3.9	49	95	3	314	34	8	27	29	1.87
74200433--74200802	40	9.2	40	94	0	587	24	21	27	27	1.99
74201536--74201668	40	3.3	40	80	1	131	27	23	24	24	2.00
74204294--74204401	39	2.8	38	88	4	146	24	29	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74212233--74212399	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
74215723--74215873	49	3.0	49	95	3	257	35	7	26	30	1.85
74215728--74215890	53	3.2	51	89	5	249	34	8	25	31	1.86
74215728--74215915	53	3.6	53	88	2	186	34	8	26	30	1.86
74217708--74217790	33	2.4	37	72	17	86	36	4	26	32	1.78
74224189--74224287	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
74227324--74227431	49	2.2	51	94	5	202	35	9	25	30	1.87
74229169--74229267	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
74234996--74235092	48	2.0	48	84	4	124	23	18	25	31	1.97
74242079--74242180	39	2.5	40	80	10	120	34	16	22	26	1.95
74243911--74243962	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
74251268--74251373	40	2.7	40	81	8	117	25	23	26	24	2.00
74259273--74259424	40	3.8	40	79	9	143	23	23	28	25	1.99
74262457--74262714	48	5.4	48	71	14	169	26	19	24	29	1.98
74264525--74264565	21	1.9	22	85	14	59	41	19	7	31	1.79
74266098--74266160	31	2.1	30	90	3	99	23	23	15	36	1.94
74266373--74266512	23	6.1	23	94	4	248	29	21	20	28	1.98
74266352--74266513	47	3.5	47	90	6	260	28	22	20	28	1.99
74266352--74266513	70	2.3	68	91	7	256	28	22	20	28	1.99
74266567--74266619	20	2.7	20	96	0	97	32	18	13	35	1.90
74266662--74266709	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74274868--74275030	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74277183--74277230	25	1.9	25	82	0	60	22	16	25	35	1.95
74279732--74279844	43	2.7	43	82	6	149	37	23	13	25	1.91
74283931--74284018	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
74292518--74292791	46	5.9	47	90	2	378	21	24	14	38	1.92
74295615--74295702	24	3.7	24	90	0	131	18	13	30	37	1.89
74301726--74301902	48	3.7	48	80	6	216	23	28	19	29	1.98
74301689--74301902	48	4.6	48	78	6	199	25	28	17	27	1.98
74301729--74301902	94	1.8	95	91	1	287	23	28	18	29	1.98
74309668--74309702	15	2.4	14	86	9	52	40	5	0	54	1.24
74320415--74320498	43	2.0	43	92	0	141	26	33	21	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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