genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73642485--73642540	7	8.0	7	78	7	51	39	0	28	32	1.57
73643472--73643528	29	2.0	29	89	0	87	31	12	8	47	1.72
73644307--73644361	28	2.0	28	86	10	78	20	25	25	29	1.99
73648081--73648305	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
73648300--73648429	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
73648262--73648429	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
73655894--73655922	14	2.0	15	93	6	51	37	13	6	41	1.72
73659432--73659471	19	2.1	19	100	0	80	32	0	32	35	1.58
73663333--73663485	40	3.8	40	84	0	171	23	22	28	26	1.99
73668849--73669073	124	1.8	124	84	1	308	30	10	23	35	1.89
73669068--73669197	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
73685082--73685164	37	2.2	37	89	0	121	20	32	21	25	1.98
73685282--73686149	47	18.3	47	90	2	1308	27	29	9	33	1.88
73685335--73685410	25	3.2	25	66	17	70	30	28	6	34	1.83
73694741--73694985	27	9.1	27	80	6	142	38	21	10	29	1.86
73694748--73694985	54	4.4	54	78	6	207	39	20	9	30	1.84
73694747--73694985	80	3.0	80	79	6	259	39	20	9	30	1.84
73694911--73694998	27	3.3	27	81	9	99	40	18	13	27	1.88
73709906--73709930	7	3.6	7	100	0	50	56	16	28	0	1.41
73710982--73711006	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
73715946--73716032	43	2.0	43	100	0	174	32	9	22	35	1.86
73723173--73723226	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73731934--73732051	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73731902--73732065	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73741854--73742020	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
73741870--73742020	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
73749850--73749979	40	3.2	40	81	9	158	25	26	23	23	2.00
73749866--73750016	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00
73752502--73752559	29	2.0	29	100	0	116	37	20	17	24	1.93
73756304--73756366	27	2.3	27	94	0	108	49	14	19	17	1.80
73756580--73756713	44	3.1	43	73	13	132	23	20	28	27	1.99
73763667--73763848	43	4.2	42	72	8	134	26	20	26	26	1.99
73768175--73768207	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
73769588--73769648	7	9.0	7	85	3	72	44	27	1	26	1.64
73769675--73769724	7	7.1	7	93	0	64	22	12	36	30	1.90
73774060--73774189	63	2.1	63	92	0	215	35	14	15	34	1.88
73777383--73777544	42	3.8	42	82	4	184	30	17	24	27	1.98
73780067--73780248	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
73780097--73780251	39	3.9	39	93	0	256	24	31	20	23	1.98
73802327--73802423	42	2.3	42	91	3	151	31	15	23	28	1.95
73803905--73804077	46	3.7	46	79	10	208	22	20	27	30	1.98
73803902--73804072	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
73816324--73816474	79	1.9	80	83	6	200	23	28	22	25	1.99
73816283--73816419	40	3.5	40	82	5	136	22	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73816285--73816474	40	4.8	40	71	11	129	23	27	23	25	2.00
73820544--73820676	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
73820574--73820676	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
73827548--73827731	79	2.3	81	82	8	218	23	27	24	24	2.00
73827541--73827731	40	4.8	40	78	7	149	23	28	24	24	2.00
73830994--73831138	6	23.3	6	70	19	93	48	15	17	19	1.82
73831005--73831138	31	4.3	31	95	0	223	48	14	17	19	1.81
73831275--73831348	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
73831507--73831568	22	2.8	23	82	7	74	33	22	22	20	1.97
73832026--73832405	27	14.1	27	91	0	598	24	21	21	33	1.97
73832448--73832787	27	12.6	26	82	5	347	30	9	20	39	1.84
73832416--73832575	81	2.0	81	80	4	180	31	11	20	36	1.88
73832501--73832787	27	10.6	27	85	0	385	30	8	20	40	1.83
73834721--73834870	6	24.3	6	72	17	112	48	15	17	18	1.81
73834721--73834870	19	8.1	18	72	17	112	48	15	17	18	1.81
73834730--73834870	31	4.5	31	96	0	237	48	14	17	18	1.81
73834741--73834842	25	3.8	25	76	20	84	47	16	18	17	1.84
73834705--73834870	62	2.7	62	89	2	237	49	15	16	18	1.80
73835006--73835079	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
73835238--73835302	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
73835752--73836000	27	9.2	27	90	0	372	25	20	19	33	1.97
73836077--73836349	80	3.4	79	83	5	334	32	8	19	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73836036--73836349	27	11.7	27	84	3	348	31	8	20	39	1.83
73836096--73836349	53	4.8	52	87	3	321	31	7	19	40	1.80
73838255--73838351	6	15.8	6	76	16	92	46	16	18	18	1.84
73838264--73838363	31	3.2	31	95	0	173	47	16	19	18	1.84
73838306--73838363	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
73838511--73838584	27	2.8	26	85	2	94	37	22	22	16	1.93
73838518--73838584	26	2.5	27	85	2	91	37	22	23	16	1.94
73839234--73839617	27	14.3	27	86	0	518	25	21	19	33	1.97
73839601--73839840	27	8.9	27	79	3	103	30	9	22	37	1.85
73839710--73839888	27	6.6	27	86	0	223	30	9	20	39	1.84
73841158--73841233	39	1.9	39	83	0	98	31	5	21	42	1.75
73854806--73854854	23	2.1	23	96	0	89	38	10	14	36	1.80
73859789--73859842	28	2.0	28	88	3	83	35	22	24	18	1.96
73859948--73860012	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
73864562--73864633	38	1.9	37	97	2	135	33	29	12	25	1.92
73865142--73865242	24	4.2	24	92	0	148	34	2	38	23	1.70
73866651--73866755	27	3.9	26	86	7	138	17	24	21	36	1.95
73866651--73866762	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
73869964--73870011	24	2.0	24	84	8	62	43	18	2	35	1.62
73889039--73889189	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
73889075--73889205	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
73891275--73891359	44	1.9	44	90	0	134	30	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73891801--73891857	28	2.0	28	96	0	105	52	14	12	21	1.73
73892675--73892846	46	3.7	47	79	7	181	29	20	27	23	1.99
73906636--73906795	66	2.4	66	81	3	178	36	16	13	33	1.88
73911396--73911425	15	2.1	15	93	6	53	13	13	43	30	1.82
73913732--73913812	38	2.1	38	81	4	92	39	19	6	34	1.77
73913744--73913814	18	3.9	17	70	14	52	38	21	7	33	1.80
73913949--73913999	26	2.0	26	81	11	61	25	21	19	33	1.97
73922996--73923030	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
73924936--73925103	58	2.9	58	84	7	232	52	2	0	44	1.18
73928182--73928280	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
73936194--73936292	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
73940832--73941026	68	2.8	68	89	3	248	22	30	15	32	1.94
73940881--73941026	68	2.1	68	98	0	283	23	30	14	31	1.94
73940881--73941052	68	2.5	67	90	7	249	22	29	14	33	1.94
73945058--73945229	67	2.7	64	76	7	186	28	17	29	24	1.97
73948275--73948446	93	1.8	93	94	0	308	27	29	20	21	1.98
73948268--73948443	46	3.8	46	79	12	207	28	29	20	21	1.98
73952788--73952971	79	2.3	80	79	8	198	24	24	26	24	2.00
73952789--73952994	39	5.2	40	75	10	131	25	23	26	24	2.00
73959083--73959257	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
73959090--73959260	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
73968373--73968542	40	4.2	40	82	5	209	23	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73968531--73968564	11	3.1	11	100	0	68	17	38	26	17	1.92
73976291--73976372	41	2.0	41	97	2	157	35	9	19	35	1.85
73979105--73979276	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
73979098--73979273	46	3.8	46	77	12	198	29	28	20	21	1.98
73979147--73979285	47	3.0	46	73	16	135	30	28	18	22	1.97
73980741--73980948	40	5.2	39	82	1	200	25	25	22	26	2.00
73980741--73980947	80	2.6	80	80	5	222	26	25	22	26	2.00
73988871--73989078	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
73988871--73989076	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
73991893--73992000	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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