genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55252977--55253187	52	4.2	51	77	12	220	39	19	11	28	1.87
55253314--55253345	11	2.9	11	100	0	64	25	0	18	56	1.42
55254662--55254980	47	6.8	45	76	11	250	26	20	28	24	1.99
55254663--55254980	141	2.2	141	84	6	394	26	20	28	24	1.99
55257810--55257843	17	2.0	17	94	0	59	32	2	5	58	1.37
55257828--55257854	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
55257810--55257843	9	3.9	9	88	7	52	32	2	5	58	1.37
55267005--55267068	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
55267009--55267063	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
55267113--55267265	24	6.4	24	90	3	220	28	20	21	28	1.98
55267113--55267265	47	3.2	47	88	5	227	28	20	21	28	1.98
55267113--55267265	71	2.1	71	92	1	252	28	20	21	28	1.98
55267472--55267535	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
55272312--55272354	22	2.0	21	86	4	59	39	23	6	30	1.81
55275235--55275450	27	8.0	27	84	0	225	36	18	19	25	1.95
55275235--55275450	81	2.7	81	86	1	272	36	18	19	25	1.95
55277561--55277707	42	3.4	43	78	10	149	27	16	23	32	1.96
55283094--55283334	47	5.1	47	92	0	383	33	11	29	26	1.91
55283141--55283219	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
55283123--55283241	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
55283215--55283290	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
55283304--55283487	48	3.8	48	88	7	291	35	6	27	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55283305--55283487	97	1.9	96	91	5	298	35	6	27	30	1.82
55283632--55283740	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
55285005--55285367	119	3.0	120	92	0	586	23	21	29	25	1.99
55285005--55285354	159	2.2	159	91	1	585	23	21	29	25	1.99
55285005--55285354	40	8.8	40	93	1	578	23	21	29	25	1.99
55289196--55289434	47	5.1	47	90	0	352	33	10	28	27	1.90
55289243--55289321	25	3.3	25	65	22	69	32	10	27	29	1.89
55289225--55289296	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
55289407--55289590	98	1.9	96	88	4	280	35	6	26	31	1.82
55289406--55289590	48	3.8	48	87	5	273	35	6	25	31	1.82
55289736--55289843	37	2.9	37	90	0	162	24	17	30	27	1.97
55293039--55293068	16	1.9	15	93	6	51	20	16	16	46	1.84
55294072--55294233	85	1.9	86	83	6	213	25	17	24	32	1.97
55294072--55294228	43	3.7	43	80	7	176	25	18	24	31	1.97
55295045--55295317	146	1.9	146	93	1	476	25	12	30	31	1.92
55295854--55295944	40	2.3	40	90	0	137	32	23	18	25	1.97
55300281--55300305	12	2.1	12	100	0	50	32	16	44	8	1.76
55301774--55301814	13	3.2	13	96	3	75	41	0	12	46	1.41
55307169--55307215	6	7.7	6	80	4	58	10	4	2	82	0.88
55307167--55307215	24	2.0	25	88	4	73	10	6	2	81	0.94
55312437--55312587	40	3.8	40	75	13	125	27	23	26	23	2.00
55312474--55312603	40	3.2	40	75	4	129	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55332366--55332528	39	4.2	39	90	0	254	23	32	20	22	1.98
55332335--55332515	78	2.3	79	90	1	274	22	31	23	23	1.98
55338626--55338885	40	6.6	40	81	5	278	23	26	23	26	2.00
55338626--55338885	120	2.2	121	82	6	309	23	26	23	26	2.00
55339292--55339320	13	2.2	13	100	0	58	48	20	6	24	1.74
55346802--55347060	40	6.6	40	83	5	305	23	27	24	25	2.00
55346802--55347060	79	3.3	79	85	3	317	23	27	24	25	2.00
55346802--55347060	119	2.2	121	83	7	327	23	27	24	25	2.00
55352818--55352909	40	2.3	40	88	0	130	34	23	16	25	1.95
55366659--55366720	30	2.1	30	100	0	124	37	17	19	25	1.94
55366729--55367445	49	14.6	49	96	0	1281	27	8	34	29	1.87
55367554--55367665	37	3.0	37	98	0	215	26	18	32	22	1.97
55370567--55370635	26	2.5	28	90	4	115	30	28	14	26	1.95
55378559--55378655	26	3.5	26	83	9	113	31	27	14	25	1.95
55378559--55378655	29	3.5	27	86	6	124	31	27	14	25	1.95
55382248--55382281	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
55388733--55388800	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
55388906--55388995	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
55388916--55389006	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
55388906--55389020	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
55389457--55389495	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
55397348--55397565	52	4.2	52	82	3	260	37	20	12	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55397347--55397553	104	2.0	104	86	1	290	37	19	13	29	1.89
55416078--55416109	15	2.1	15	100	0	64	53	0	6	40	1.26
55419658--55419722	24	2.7	24	76	9	60	35	4	33	26	1.77
55421040--55421216	27	6.6	27	82	10	175	38	23	9	28	1.86
55421040--55421217	26	6.6	26	81	10	171	38	23	9	28	1.86
55421648--55421737	27	3.4	26	75	6	83	24	21	16	37	1.93
55428511--55428540	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
55428791--55428852	26	2.3	26	88	2	88	40	25	6	27	1.80
55428955--55429092	28	5.0	28	83	4	174	21	23	18	36	1.95
55431786--55431846	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
55436234--55436294	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
55438308--55438411	40	2.6	40	86	4	138	21	25	27	25	1.99
55442493--55442627	28	4.9	28	91	2	186	36	21	22	20	1.95
55450257--55450351	27	3.5	26	88	7	136	36	21	22	20	1.95
55450305--55450370	28	2.4	28	87	2	89	36	28	18	16	1.93
55450782--55450822	8	5.1	8	90	0	55	4	26	24	43	1.74
55462782--55462949	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	24	2.00
55466309--55466489	55	3.3	52	75	12	168	34	18	25	21	1.96
55491508--55491664	43	3.7	42	72	10	104	26	19	22	31	1.98
55491937--55491976	17	2.6	14	88	11	53	22	2	12	62	1.42
55497618--55498027	49	8.4	49	94	0	687	29	9	32	29	1.88
55497618--55498040	195	2.2	195	91	1	670	30	8	31	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55498129--55498250	37	3.3	37	92	0	208	27	19	31	21	1.97
55500381--55500512	29	4.6	29	96	0	237	26	16	32	24	1.96
55500349--55500512	58	2.8	58	89	3	215	26	17	31	24	1.97
55503933--55504105	49	3.5	49	95	0	283	28	10	31	28	1.91
55504083--55504122	17	2.4	17	95	0	71	20	25	37	17	1.94
55504034--55504172	66	2.1	66	95	0	251	25	13	33	26	1.93
55503990--55504221	115	2.0	115	94	0	401	26	12	33	28	1.92
55503941--55504262	164	2.0	164	91	0	527	28	11	32	27	1.91
55504105--55504262	49	3.2	49	94	0	271	27	11	32	27	1.91
55504371--55504448	37	2.1	37	95	0	138	28	19	30	21	1.97
55504485--55504784	150	2.0	150	100	0	600	34	10	22	32	1.89
55509044--55509145	52	2.0	52	94	0	177	33	15	24	26	1.95
55509175--55509211	19	1.9	19	94	0	65	16	5	5	72	1.21
55510489--55510522	14	2.2	16	90	10	54	64	5	0	29	1.17
55513635--55513814	38	4.7	39	89	4	285	26	20	30	23	1.98
55521557--55521619	31	2.0	31	100	0	126	26	15	28	28	1.96
55521535--55521709	70	2.4	71	87	8	235	26	20	29	24	1.99
55521588--55521709	39	3.1	39	90	1	199	27	19	29	23	1.98
55525045--55525232	40	4.7	40	89	0	268	21	31	13	32	1.93
55525045--55525143	20	4.9	20	68	9	85	21	32	15	31	1.94
55525139--55525203	20	3.2	20	72	8	69	18	35	12	33	1.88
55527197--55527230	18	1.9	17	88	5	50	58	0	5	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55529996--55530050	28	2.0	28	96	0	101	36	9	32	21	1.85
55534639--55534694	27	2.1	27	96	0	103	44	5	19	30	1.73
55538074--55538124	26	2.0	26	88	0	75	23	19	21	35	1.96
55539735--55539802	32	2.1	32	83	5	84	14	25	2	57	1.52
55541203--55541370	43	3.9	43	76	6	153	27	15	25	31	1.96
55552612--55552672	28	2.2	28	88	5	90	27	27	9	34	1.89
55558053--55558089	18	2.1	18	89	0	56	27	8	13	51	1.69
55558145--55558190	9	5.1	9	89	0	74	36	21	10	30	1.88
55558142--55558190	18	2.7	18	100	0	98	38	20	12	28	1.89
55561978--55562145	86	2.0	86	100	0	336	20	17	13	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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