genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75657640--75657738	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
75660372--75660397	7	3.7	7	100	0	52	11	15	30	42	1.82
75662202--75662546	27	12.8	26	74	13	190	39	17	9	33	1.82
75662202--75662545	54	6.4	54	78	8	287	39	17	9	33	1.82
75662202--75662411	82	2.6	81	82	8	230	39	18	9	33	1.82
75662205--75662518	109	2.9	107	83	7	352	40	17	9	33	1.81
75662340--75662548	80	2.6	80	80	11	207	40	17	9	32	1.82
75662502--75662560	27	2.2	27	84	6	75	44	20	11	23	1.85
75662948--75663016	27	2.6	27	80	0	75	20	17	18	43	1.88
75663265--75663332	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
75666410--75666701	54	5.4	54	83	3	329	41	19	6	32	1.78
75666410--75666703	81	3.6	80	79	7	308	41	19	6	32	1.78
75666410--75666704	27	11.0	26	79	7	261	41	19	6	32	1.78
75667095--75667170	27	2.8	27	81	0	80	21	14	19	44	1.86
75676619--75676691	38	1.9	39	86	10	107	56	2	5	35	1.37
75681544--75681605	30	2.1	30	100	0	124	30	9	19	40	1.84
75683358--75683420	27	2.3	27	91	0	99	26	17	34	20	1.95
75687059--75687139	40	2.0	40	97	0	153	27	34	8	29	1.87
75693095--75693167	8	9.4	8	83	5	87	38	0	1	60	1.06
75693126--75693173	24	2.0	24	91	0	78	41	0	0	58	0.98
75693473--75693511	21	1.9	20	84	5	51	30	12	0	56	1.37
75697726--75697793	26	2.7	26	80	11	70	19	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75697776--75697830	24	2.2	25	81	12	69	18	21	21	38	1.94
75697762--75697903	74	1.9	73	82	4	178	19	23	21	35	1.96
75697836--75697942	49	2.2	50	85	8	139	15	25	23	35	1.94
75697861--75697943	24	3.4	24	78	9	80	15	26	22	34	1.94
75700744--75700797	23	2.3	24	84	15	69	64	0	3	31	1.11
75702919--75703086	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
75710927--75711093	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
75717356--75717522	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
75725354--75725520	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
75727848--75727908	15	4.1	15	85	4	79	18	31	22	27	1.97
75728039--75728088	17	2.8	18	71	17	50	30	22	18	30	1.97
75728039--75728117	36	2.2	35	84	6	97	30	22	17	29	1.97
75728456--75728515	31	1.9	31	90	6	95	23	13	36	26	1.92
75735935--75735970	18	2.0	18	94	0	63	25	16	16	41	1.89
75749888--75749961	32	2.3	32	79	9	80	24	24	36	14	1.93
75750209--75750262	27	2.0	27	96	0	99	24	18	24	33	1.97
75766795--75766919	56	2.3	52	76	17	121	40	0	34	24	1.56
75767399--75767431	12	2.6	13	95	4	59	9	0	15	75	1.03
75769072--75769162	23	4.0	23	77	9	87	20	20	20	37	1.95
75769107--75769191	23	3.6	22	74	13	71	21	22	23	32	1.98
75772592--75772785	29	6.7	29	86	3	248	41	12	25	20	1.88
75772604--75772773	88	1.9	88	90	2	270	40	11	27	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75775197--75775299	42	2.5	42	90	0	161	30	11	25	33	1.91
75778091--75778221	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
75778091--75778279	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
75787400--75787435	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
75792285--75792354	35	2.0	34	83	8	88	32	2	22	41	1.69
75798209--75798257	20	2.5	20	87	12	66	57	8	0	34	1.29
75798527--75798568	5	8.4	5	82	10	50	23	21	19	35	1.96
75799051--75799077	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
75799743--75799773	15	2.1	14	94	5	53	48	0	12	38	1.42
75805975--75806009	4	8.5	4	96	3	61	77	0	0	22	0.78
75805972--75806182	9	23.1	9	72	13	128	63	2	6	27	1.34
75806005--75806182	3	59.7	3	80	7	130	60	3	7	28	1.41
75806345--75806400	25	2.2	24	81	15	60	51	5	8	33	1.56
75808606--75808630	11	2.3	11	100	0	50	8	24	0	68	1.16
75809815--75809877	31	2.0	32	84	9	85	58	4	6	30	1.43
75811113--75811142	12	2.5	12	100	0	60	50	40	0	10	1.36
75811137--75811183	24	2.0	24	91	0	76	23	44	6	25	1.77
75811270--75811324	24	2.2	26	87	6	78	58	9	20	12	1.61
75811697--75811767	20	3.5	20	71	7	63	26	7	0	66	1.17
75811710--75811764	20	2.8	19	78	8	65	27	9	0	63	1.24
75811790--75811842	21	2.6	19	82	8	61	30	5	9	54	1.55
75812109--75812142	8	4.2	8	85	14	52	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75817357--75817389	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
75818114--75818185	25	2.9	25	87	0	90	43	23	20	12	1.86
75819976--75820023	24	2.0	25	87	4	71	37	16	22	22	1.94
75821769--75821918	75	2.0	75	81	5	178	30	14	10	45	1.77
75826385--75826444	30	2.0	30	83	6	77	40	8	25	26	1.84
75828720--75828751	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
75828951--75829290	50	6.8	50	76	4	315	29	25	18	26	1.98
75828954--75829143	101	1.9	101	95	0	344	28	24	20	26	1.99
75828951--75829296	151	2.3	151	89	0	521	29	25	18	26	1.98
75829643--75829689	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
75831216--75831259	14	3.1	15	78	18	58	54	0	0	45	0.99
75833030--75833079	23	2.2	22	80	16	57	40	0	0	60	0.97
75833048--75833080	17	1.9	17	93	0	57	36	0	0	63	0.95
75833039--75833085	23	2.0	24	87	4	69	34	0	0	65	0.93
75833048--75833115	28	2.3	30	78	14	79	36	2	0	60	1.12
75833037--75833116	23	3.8	20	76	9	61	35	2	0	62	1.09
75833102--75833182	40	2.0	40	85	0	108	24	2	9	62	1.38
75834284--75834314	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
75834979--75835052	13	5.5	13	68	13	51	35	1	2	60	1.19
75834995--75835081	43	2.1	42	95	4	158	41	2	2	54	1.26
75837318--75837358	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
75846535--75846631	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75848822--75848848	13	2.1	13	100	0	54	14	29	7	48	1.71
75848877--75848961	30	2.8	30	80	7	109	12	21	1	64	1.34
75848937--75848961	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
75848964--75848994	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
75849055--75849094	6	7.2	6	86	11	50	2	15	0	82	0.77
75857111--75857194	28	3.2	28	64	25	74	22	16	30	29	1.96
75857073--75857251	50	3.6	49	81	3	196	26	18	27	27	1.99
75859949--75860016	5	11.7	6	71	22	56	51	2	1	44	1.25
75859949--75860074	20	6.9	18	69	21	68	52	3	2	42	1.30
75860000--75860075	37	2.1	36	83	11	93	53	2	2	40	1.28
75861568--75861647	33	2.4	33	79	8	99	23	22	25	28	1.99
75868172--75868379	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
75868172--75868378	80	2.6	80	80	5	222	25	25	23	25	2.00
75872782--75872905	23	5.5	22	73	10	108	25	21	18	34	1.96
75872756--75872907	45	3.4	44	81	8	164	26	21	17	34	1.96
75885171--75885195	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
75887601--75887626	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
75887985--75888058	27	2.7	27	85	6	96	25	9	25	39	1.86
75888363--75888416	27	2.0	27	85	3	72	29	35	14	20	1.93
75888662--75888692	16	1.9	16	93	0	53	16	12	16	54	1.71
75889561--75889587	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
75897885--75897962	40	1.9	41	84	7	106	30	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75901663--75901725	28	2.2	28	97	0	117	28	17	28	25	1.97
75901663--75901738	28	2.7	28	91	0	107	28	18	27	25	1.98
75908791--75908820	8	3.8	8	95	0	51	43	23	20	13	1.86
75909012--75909100	29	3.1	29	86	1	126	26	12	30	30	1.93
75911219--75911249	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
75914380--75914547	40	4.2	40	81	1	176	23	26	22	26	2.00
75922032--75922071	20	2.0	20	85	9	55	37	17	7	37	1.78
75922578--75922604	10	2.7	10	100	0	54	33	0	37	29	1.58
75926326--75926496	39	4.3	40	88	3	215	24	21	29	25	1.99
75929769--75929879	34	3.3	34	73	9	86	27	22	24	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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