genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74990033--74990187	43	3.6	43	92	3	267	29	32	25	12	1.92
74990180--74990399	38	5.8	38	88	2	309	30	27	21	20	1.98
74990180--74990399	75	2.9	75	86	2	307	30	27	21	20	1.98
74993897--74994009	48	2.3	48	83	7	131	18	30	21	30	1.97
74997687--74997991	49	6.3	49	93	0	483	32	7	30	29	1.85
75000117--75000459	40	8.1	40	81	11	364	25	20	26	27	1.99
75000227--75000267	20	2.0	20	100	0	82	24	17	19	39	1.92
75000187--75000305	58	2.0	60	96	3	224	23	20	26	30	1.98
75000147--75000345	98	2.0	100	94	1	348	25	20	25	29	1.99
75003883--75004187	49	6.3	49	94	0	492	31	7	30	29	1.86
75005883--75005991	43	2.5	44	95	2	195	30	29	25	14	1.95
75005984--75006166	38	4.8	38	91	1	287	28	26	24	20	1.99
75005984--75006182	75	2.6	76	89	3	292	27	26	24	21	1.99
75009527--75009636	26	4.2	26	94	2	177	33	4	24	37	1.76
75011259--75011417	27	5.9	26	82	7	183	19	24	21	34	1.96
75011259--75011424	54	3.1	54	90	1	244	19	24	21	34	1.96
75016075--75016251	48	3.7	48	81	3	214	27	29	18	24	1.98
75018630--75018837	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
75026824--75026983	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
75032706--75032767	28	2.3	26	86	8	88	20	9	27	41	1.84
75032706--75032773	27	2.5	28	90	4	104	20	10	26	42	1.84
75033406--75033566	27	6.0	27	82	0	205	32	8	19	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75033409--75033559	54	2.8	54	90	0	239	31	7	21	39	1.82
75033552--75033801	27	9.3	28	84	6	295	40	6	22	30	1.80
75033552--75033801	54	4.6	54	89	1	376	40	6	22	30	1.80
75033552--75033801	107	2.3	107	88	0	376	40	6	22	30	1.80
75038024--75038183	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
75039471--75039518	25	2.0	23	84	8	60	8	16	0	75	1.04
75043275--75043339	28	2.3	28	89	0	94	33	26	9	30	1.88
75043445--75043534	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
75043445--75043534	27	3.2	28	79	7	103	20	24	23	32	1.98
75043455--75043545	27	3.2	28	79	4	85	21	26	19	31	1.98
75043445--75043560	55	2.1	56	80	7	130	18	24	21	35	1.96
75052313--75052350	20	1.9	20	88	0	58	42	5	26	26	1.76
75053622--75053677	28	2.0	28	92	0	94	26	19	19	33	1.96
75057179--75057230	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
75066155--75066263	6	17.8	6	73	14	80	47	15	16	20	1.82
75066155--75066269	31	3.7	31	83	5	128	47	15	16	20	1.82
75066178--75066278	31	3.3	31	88	0	130	49	13	16	19	1.79
75066423--75066524	27	3.8	26	84	5	114	36	20	22	20	1.95
75067068--75067428	27	13.4	27	83	1	429	26	18	18	36	1.94
75067070--75067470	81	5.0	78	80	8	319	27	17	18	36	1.93
75067409--75067484	27	2.8	26	86	5	107	32	7	18	40	1.79
75067481--75067601	27	4.5	27	88	0	161	40	8	23	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75067473--75067625	81	1.9	80	82	1	189	37	7	22	32	1.83
75071115--75071247	71	1.9	67	84	6	176	19	27	20	33	1.97
75071216--75071274	27	2.2	26	84	3	73	25	23	16	33	1.96
75074119--75074155	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
75077656--75077697	17	2.4	17	84	11	50	52	9	0	38	1.34
75080375--75080467	43	2.2	43	84	0	114	26	20	16	36	1.93
75080508--75080539	10	3.2	10	90	0	55	34	0	37	28	1.57
75081541--75081584	19	2.3	19	92	0	70	36	36	9	18	1.82
75085982--75086486	251	2.0	251	100	0	1010	40	14	15	30	1.86
75089600--75089637	15	2.5	16	79	12	53	71	7	13	7	1.31
75093281--75093310	14	2.1	14	100	0	60	13	30	43	13	1.82
75106440--75106929	244	2.0	244	95	0	890	36	14	24	24	1.93
75108954--75109023	36	1.9	36	97	0	131	28	22	10	38	1.87
75109088--75109148	26	2.4	25	91	2	95	37	11	11	39	1.78
75113494--75113612	42	2.8	42	78	2	123	30	24	13	31	1.93
75116206--75116235	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
75120177--75120352	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
75120174--75120345	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
75128939--75128988	20	2.6	19	84	9	57	42	0	22	36	1.54
75129549--75129730	49	3.7	49	79	2	188	26	21	28	23	1.99
75129547--75129727	98	1.9	97	83	3	238	26	20	28	23	1.99
75131524--75131559	13	2.8	13	100	0	72	16	22	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75145574--75145784	67	3.1	65	65	22	153	46	4	5	43	1.48
75145543--75146103	138	4.1	138	89	1	813	46	5	7	40	1.54
75145560--75145773	71	3.1	71	65	24	173	45	4	5	44	1.46
75148661--75148817	43	3.7	43	77	13	164	30	26	19	23	1.98
75156290--75156437	43	3.5	42	76	6	122	29	22	19	27	1.98
75156290--75156437	44	3.5	42	75	8	129	29	22	19	27	1.98
75159738--75159927	30	6.4	30	75	7	120	37	16	25	21	1.93
75159797--75159987	29	6.4	29	74	11	129	40	15	24	19	1.90
75159738--75160021	119	2.4	120	91	0	462	39	15	23	21	1.92
75161473--75161608	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
75161448--75161607	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
75162252--75162546	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
75169434--75169569	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
75169409--75169568	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
75170213--75170507	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
75174318--75174626	49	6.3	49	97	0	568	32	7	29	30	1.85
75184077--75184291	67	3.1	67	66	22	192	45	6	5	41	1.54
75184144--75184362	71	3.1	71	67	22	217	45	6	8	39	1.60
75184050--75184555	139	3.7	138	93	1	784	44	6	7	42	1.56
75201474--75201608	29	4.7	29	86	3	164	22	31	15	30	1.95
75201420--75201609	58	3.3	58	78	4	188	23	33	16	26	1.96
75204873--75204948	27	2.9	27	76	5	84	36	22	9	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75204945--75205038	27	3.5	27	86	2	127	31	20	5	42	1.74
75204938--75205040	54	1.9	53	88	5	154	30	24	5	39	1.79
75205018--75205156	27	5.1	27	80	6	140	41	20	6	30	1.78
75204925--75205049	54	2.3	53	79	4	153	35	24	5	35	1.79
75205084--75205201	27	4.4	27	79	6	98	40	15	12	31	1.84
75205032--75205184	54	2.8	54	86	3	166	41	18	9	30	1.82
75205027--75205186	81	2.0	81	85	4	216	40	18	8	31	1.81
75205822--75205906	28	3.0	28	92	0	143	47	23	9	20	1.79
75217674--75217772	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75222641--75222772	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
75230518--75230649	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
75236292--75236390	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75240203--75240273	25	2.9	25	95	2	126	32	22	21	23	1.98
75240196--75240312	25	4.7	25	84	4	121	35	19	20	24	1.96
75247924--75248024	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
75247953--75248024	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
75258694--75258794	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
75258723--75258794	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
75266518--75266603	42	2.0	42	97	0	163	41	16	5	36	1.72
75273573--75273703	38	3.2	38	71	17	127	32	24	13	29	1.94
75273618--75273722	47	2.2	48	86	1	149	31	20	16	31	1.95
75282203--75282326	48	2.6	48	87	1	178	32	22	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75286985--75287029	21	2.1	21	95	0	81	24	11	17	46	1.81
75288295--75288518	48	4.7	48	86	5	242	28	28	15	27	1.96
75288289--75288518	96	2.4	95	85	5	313	28	28	16	26	1.97
75293330--75293397	30	2.3	29	89	5	100	23	39	22	14	1.91
75294521--75294666	48	3.1	48	83	3	170	27	23	20	28	1.99
75297807--75298000	79	2.5	80	93	2	338	26	22	28	22	1.99
75297807--75298000	40	4.9	40	94	1	338	26	22	28	22	1.99
75305812--75306031	40	5.6	40	90	2	313	27	23	27	21	1.99
75309026--75309059	18	1.9	18	88	5	52	29	8	11	50	1.69
75309229--75310099	431	2.0	433	97	0	1656	33	10	8	46	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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