genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81129860--81129924	25	2.6	25	87	0	94	47	13	18	20	1.82
81130044--81130150	27	4.0	27	78	10	112	37	18	22	21	1.94
81130044--81130150	54	2.0	53	85	5	144	37	18	22	21	1.94
81130044--81130167	54	2.4	54	81	6	121	37	18	22	20	1.94
81130712--81131282	27	21.3	27	83	1	673	26	19	17	36	1.94
81131266--81131555	27	10.9	27	81	3	327	31	8	20	39	1.83
81130713--81131353	54	11.9	53	79	7	336	26	18	17	36	1.93
81131266--81131576	53	5.8	53	79	7	301	30	9	20	39	1.83
81133239--81133405	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
81141243--81141410	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
81144761--81144878	6	19.3	6	68	16	64	49	14	17	18	1.80
81144806--81144912	31	3.5	31	71	14	103	47	14	20	17	1.82
81144806--81144875	25	2.8	25	84	4	88	48	15	20	15	1.81
81144808--81144930	62	2.0	62	88	0	183	48	14	18	17	1.81
81145051--81145158	27	4.0	26	86	5	135	36	21	23	19	1.95
81145316--81145374	22	2.7	22	81	0	64	33	22	23	20	1.97
81146129--81146199	24	2.8	24	85	6	88	28	21	19	30	1.97
81145723--81146338	27	22.9	27	82	5	705	27	20	16	34	1.95
81146330--81146640	27	11.6	27	75	7	258	30	9	20	39	1.85
81145767--81146418	54	12.1	54	82	7	363	28	19	17	35	1.94
81146328--81146620	161	1.8	161	82	5	378	31	10	19	38	1.85
81147970--81148008	20	2.0	20	84	0	51	7	35	25	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81159326--81159427	6	16.7	6	76	15	93	50	15	16	16	1.78
81159347--81159427	25	3.3	25	84	1	101	50	16	17	16	1.78
81159347--81159427	31	2.6	30	80	16	94	50	16	17	16	1.78
81159328--81159456	68	1.9	68	83	3	170	51	13	17	17	1.77
81159574--81159681	54	2.0	53	82	8	130	36	22	22	19	1.95
81159574--81159681	27	4.0	26	84	5	117	36	22	22	19	1.95
81160227--81160824	27	22.3	27	83	2	657	26	19	17	36	1.94
81160808--81161118	27	11.7	27	77	7	278	29	9	20	39	1.85
81160227--81160877	107	6.1	108	78	7	549	27	18	16	36	1.93
81160812--81161118	81	3.8	80	81	5	345	29	9	20	40	1.84
81162664--81162705	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
81163427--81163494	25	2.7	24	80	13	57	35	2	1	60	1.21
81165961--81166068	43	2.6	42	82	4	128	31	28	16	23	1.96
81168022--81168211	6	30.8	6	71	15	129	20	17	13	48	1.80
81168025--81168142	25	4.5	25	77	14	112	22	18	13	45	1.84
81168022--81168211	31	6.4	31	75	12	150	20	17	13	48	1.80
81168022--81168138	56	2.1	56	91	0	189	21	18	13	46	1.84
81168107--81168220	37	3.1	37	79	3	124	19	14	14	52	1.74
81168169--81168220	12	4.3	12	90	4	52	17	11	15	55	1.68
81169565--81169593	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
81172082--81172125	22	2.0	23	90	4	72	34	0	6	59	1.24
81172261--81172299	16	2.4	16	86	0	51	38	0	5	56	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81177156--81177180	12	2.1	12	100	0	50	48	0	52	0	1.00
81182445--81182483	19	2.1	19	100	0	78	38	5	25	30	1.78
81196821--81196846	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
81199532--81199593	25	2.5	25	83	0	79	40	20	9	29	1.84
81200272--81200303	12	2.7	12	95	0	55	53	37	0	9	1.34
81200987--81201066	38	2.1	39	88	2	117	33	30	21	15	1.94
81208363--81208448	45	1.9	44	83	2	109	24	15	24	36	1.94
81220892--81220992	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
81228847--81228947	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
81244280--81244414	41	3.4	39	86	4	162	40	20	17	22	1.92
81245341--81245391	19	2.6	19	84	3	57	25	37	1	35	1.67
81246222--81246285	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
81246498--81246605	24	4.6	23	87	3	81	32	18	21	27	1.97
81246500--81246619	23	5.1	23	90	3	177	31	19	21	27	1.97
81246500--81246621	47	2.6	47	90	0	190	31	18	22	27	1.97
81246671--81246736	20	3.3	20	91	0	105	30	16	13	39	1.87
81246671--81246725	11	5.4	11	79	16	73	30	16	12	40	1.86
81246772--81246820	24	2.0	24	88	0	71	22	22	24	30	1.99
81247935--81247968	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
81254318--81254381	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
81254592--81254734	23	6.1	23	92	2	232	30	20	21	27	1.98
81254592--81254734	47	3.1	47	92	1	243	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81254585--81254736	70	2.1	71	92	2	252	28	21	21	27	1.99
81254781--81254851	20	3.5	20	88	0	106	30	19	12	36	1.89
81254786--81254840	11	5.4	11	79	16	73	30	18	12	38	1.88
81254888--81254934	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
81256055--81256088	18	1.9	17	94	5	59	64	5	17	11	1.45
81258385--81258410	7	3.7	7	100	0	52	0	15	15	69	1.20
81259194--81259326	64	2.1	64	94	1	232	37	10	3	48	1.56
81259374--81259420	24	2.0	24	91	0	76	27	23	8	40	1.83
81259783--81260031	9	28.2	9	78	5	213	48	13	2	35	1.57
81259783--81260031	35	6.8	35	77	11	205	48	13	2	35	1.57
81259847--81260031	53	3.5	53	78	5	171	48	13	2	35	1.57
81259833--81260022	88	2.2	89	90	2	303	48	13	3	35	1.58
81259775--81259995	44	5.2	44	87	9	343	48	13	3	34	1.59
81265223--81265251	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
81265666--81265713	21	2.3	21	85	0	69	29	16	52	2	1.56
81265964--81266049	31	2.7	32	83	3	111	16	4	19	59	1.54
81266300--81266384	45	1.9	44	87	2	125	25	16	21	36	1.94
81266587--81266623	11	3.2	12	85	11	51	35	8	29	27	1.85
81270931--81270985	23	2.4	23	87	0	83	47	14	18	20	1.83
81275788--81275860	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
81277756--81277826	32	2.2	33	80	7	83	39	18	14	28	1.89
81277756--81277837	32	2.5	31	77	11	76	39	21	14	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81279246--81279292	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
81279640--81279975	101	3.3	101	86	2	426	24	19	26	29	1.99
81279642--81280025	151	2.5	151	89	1	554	24	19	26	30	1.98
81279844--81280032	101	1.9	100	89	1	297	24	19	25	29	1.98
81282175--81282426	27	9.3	27	78	6	260	29	9	21	39	1.84
81282175--81282426	81	3.1	80	82	3	292	29	9	21	39	1.84
81282156--81282437	27	10.4	27	72	14	181	30	9	20	39	1.85
81283675--81283753	34	2.4	34	84	2	97	54	8	25	11	1.65
81286441--81286498	26	2.2	26	87	6	82	39	22	5	32	1.76
81286449--81286499	26	2.0	26	96	0	93	37	25	3	33	1.74
81286661--81286722	21	3.0	21	83	9	90	41	20	22	14	1.89
81290711--81290809	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
81298725--81298823	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
81303368--81303554	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
81303391--81303554	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81303391--81303588	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
81306934--81307120	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
81306957--81307120	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
81306957--81307154	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
81321279--81321488	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
81329412--81329621	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
81331954--81332052	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81335774--81335914	38	3.7	38	84	1	165	18	21	25	34	1.96
81339922--81340157	40	5.9	40	79	1	240	32	15	30	21	1.94
81339939--81340163	120	1.9	120	84	1	308	30	15	32	20	1.94
81346858--81346940	40	2.0	41	81	6	98	31	26	19	22	1.98
81349958--81349996	20	1.9	21	84	5	53	48	15	7	28	1.72
81352583--81352636	27	2.0	27	100	0	108	18	7	25	48	1.74
81354454--81354497	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
81356875--81356943	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
81362663--81362839	46	3.9	44	78	11	176	22	20	28	28	1.99
81362660--81362831	93	1.8	93	89	0	272	22	21	29	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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