genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95450741--95450772	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
95457826--95457879	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
95457865--95457913	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
95457869--95457907	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
95457865--95457906	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
95460036--95460359	46	7.0	46	89	0	470	39	15	22	22	1.91
95469374--95469416	22	1.9	23	85	4	61	9	13	0	76	1.01
95469388--95469441	24	2.2	25	87	9	76	5	14	0	79	0.90
95469395--95469451	18	3.1	18	82	7	62	5	15	1	77	1.03
95469386--95469441	13	4.4	13	82	11	71	5	14	0	80	0.88
95469401--95469447	24	2.0	24	87	8	69	4	17	2	76	1.04
95470697--95470722	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95471377--95471649	137	2.0	137	87	1	395	22	24	15	38	1.92
95471377--95471649	91	3.0	91	87	2	368	22	24	15	38	1.92
95471352--95471649	46	6.5	46	88	3	377	21	23	15	39	1.91
95473813--95473849	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
95476952--95477135	40	4.6	40	83	5	237	25	23	26	25	2.00
95479369--95479422	24	2.2	24	84	12	67	38	5	3	51	1.43
95480827--95480866	20	2.0	20	85	14	55	7	12	0	80	0.91
95481457--95481528	28	2.5	29	71	24	71	20	6	16	55	1.64
95485744--95485785	22	2.0	22	90	4	68	16	21	45	16	1.86
95486991--95487310	49	6.7	49	74	13	213	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95487041--95487311	142	1.9	142	84	6	361	25	29	18	26	1.98
95487644--95487706	29	2.2	28	83	8	74	26	15	15	41	1.88
95494863--95494914	26	2.0	26	96	0	95	36	19	17	26	1.94
95502547--95502580	17	2.0	17	88	0	50	29	26	8	35	1.87
95506062--95506367	37	8.3	37	83	0	371	18	13	26	41	1.88
95508615--95508639	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
95518431--95518462	12	2.7	12	95	0	55	50	28	0	21	1.49
95518576--95518717	73	2.0	72	84	6	189	39	9	16	33	1.82
95529328--95529383	17	3.2	17	84	2	67	42	12	16	28	1.84
95534767--95534811	23	2.0	23	86	0	63	37	17	6	37	1.76
95535594--95535639	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
95540700--95540739	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
95542938--95543048	38	3.0	37	72	18	97	38	1	2	56	1.24
95542998--95543052	20	2.7	20	81	16	67	40	1	1	56	1.21
95542989--95543055	26	2.6	26	79	9	66	37	1	1	59	1.16
95546451--95546626	46	3.8	45	76	10	185	21	21	28	28	1.98
95546448--95546618	93	1.8	93	91	0	279	21	21	29	27	1.99
95551202--95551246	20	2.2	20	88	7	65	42	0	2	55	1.12
95551502--95551531	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
95551538--95551575	13	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
95551832--95551876	17	2.6	17	96	3	81	44	0	24	31	1.54
95552649--95552754	45	2.4	45	88	3	160	23	18	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95559448--95559524	38	2.0	38	100	0	154	32	25	18	23	1.97
95564044--95564091	20	2.8	16	77	20	51	50	0	0	50	1.00
95564062--95564113	16	3.3	15	76	10	50	48	3	0	48	1.20
95564104--95564151	12	3.8	12	81	10	60	58	2	0	39	1.10
95564113--95564168	26	2.2	26	87	6	78	57	1	1	39	1.20
95565099--95565156	19	3.1	19	73	9	64	46	1	0	51	1.11
95572568--95572620	17	3.1	17	77	15	56	56	0	1	41	1.10
95575847--95575932	25	3.4	25	81	0	109	22	24	19	33	1.97
95578403--95578461	27	2.2	25	80	13	73	28	13	18	38	1.89
95578415--95578467	27	2.0	27	100	0	106	26	15	20	37	1.92
95579745--95579885	23	6.0	23	76	9	115	27	24	17	29	1.97
95592321--95592358	20	2.0	20	85	10	53	34	0	5	60	1.19
95592440--95592487	22	2.2	23	78	17	57	66	2	0	31	1.03
95592447--95592489	22	2.0	21	86	13	61	65	2	0	32	1.06
95592953--95592977	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
95601817--95601897	27	3.0	27	87	0	117	28	18	8	44	1.79
95601933--95602056	27	4.6	27	81	6	135	42	21	7	28	1.79
95601891--95602032	54	2.7	53	74	10	128	38	21	10	29	1.87
95601953--95602108	54	2.9	54	80	3	143	42	17	8	32	1.79
95602034--95602119	27	3.1	27	75	17	86	38	16	10	34	1.83
95602160--95602233	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
95603047--95603116	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95603059--95603129	25	2.9	25	80	14	76	29	25	19	25	1.99
95603336--95603418	31	2.7	30	87	7	123	30	15	26	27	1.96
95604702--95604740	18	2.2	18	86	4	53	35	25	0	38	1.56
95605619--95605652	16	2.1	16	100	0	68	61	0	0	38	0.96
95605760--95605784	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95605763--95605836	21	3.5	22	76	9	64	55	2	2	39	1.28
95606474--95606513	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
95607795--95607913	46	2.6	43	83	12	132	24	28	19	27	1.98
95612071--95612111	21	2.0	21	95	0	73	26	19	9	43	1.82
95613333--95613741	202	2.0	202	97	0	773	31	15	16	36	1.91
95617806--95617842	19	1.9	19	94	0	65	27	21	13	37	1.91
95627224--95627266	22	2.0	22	86	4	61	51	0	0	48	1.00
95632691--95632744	26	2.1	26	100	0	108	20	5	25	48	1.71
95633971--95633999	14	2.1	14	100	0	58	41	13	6	37	1.72
95637866--95638108	130	1.9	129	82	8	305	32	13	17	36	1.89
95638822--95638860	11	3.4	11	82	10	51	76	0	5	17	0.96
95639133--95639176	21	2.0	22	91	4	72	72	6	2	18	1.17
95639182--95639206	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95645093--95645332	90	2.6	91	86	3	313	40	16	12	31	1.85
95645737--95645827	33	2.8	33	75	9	96	47	30	2	19	1.62
95645786--95645829	7	6.3	7	79	10	54	40	34	0	25	1.56
95645775--95645827	21	2.7	20	79	5	63	43	33	1	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95645925--95645962	7	5.7	7	87	9	53	21	0	28	50	1.49
95650070--95650177	26	4.2	26	89	2	173	33	7	23	36	1.83
95650070--95650177	51	2.1	52	92	1	182	33	7	23	36	1.83
95655563--95655603	19	2.1	20	86	4	57	43	2	0	53	1.13
95660332--95660396	21	3.1	21	73	6	60	38	23	16	21	1.93
95661436--95661474	17	2.4	16	86	4	51	7	20	0	71	1.10
95661526--95661565	7	5.3	7	91	8	53	57	0	0	42	0.98
95661533--95661575	17	2.3	20	84	11	56	62	2	0	34	1.08
95667801--95667878	33	2.4	34	82	6	99	12	17	38	30	1.88
95671304--95671343	20	2.0	21	85	9	57	42	7	5	45	1.54
95675760--95676266	126	4.0	126	98	0	969	33	18	16	31	1.93
95680335--95680442	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
95682830--95682869	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
95683917--95683949	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
95683917--95683950	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
95684049--95684124	39	1.9	39	97	0	143	42	6	23	27	1.79
95684256--95684299	21	2.0	21	86	8	61	38	18	6	36	1.77
95684279--95684331	17	2.9	18	86	8	81	35	15	11	37	1.83
95684681--95684999	45	7.1	45	81	4	320	26	26	15	31	1.96
95684681--95684999	89	3.5	90	81	3	356	26	26	15	31	1.96
95684942--95685233	78	3.7	78	85	2	381	26	22	17	33	1.96
95693764--95693796	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95693764--95693797	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
95694079--95694157	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
95694100--95694155	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
95694086--95694157	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
95694694--95694732	15	2.5	15	80	19	53	43	5	2	48	1.38
95697706--95697749	20	2.1	21	84	12	56	15	13	2	68	1.31
95697814--95697884	3	23.7	3	100	0	142	33	0	0	66	0.92
95698437--95698468	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
95702871--95702902	4	8.0	4	100	0	64	25	25	0	50	1.50
95711247--95711504	139	1.9	136	84	8	349	27	16	20	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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