genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25112762--25112854	18	5.2	17	69	19	55	45	1	2	51	1.20
25112768--25112816	24	2.0	25	88	4	73	55	0	0	44	0.99
25117550--25117627	37	2.1	37	88	2	113	47	6	19	26	1.73
25123171--25123269	51	1.9	51	91	0	162	44	12	5	38	1.64
25123222--25123330	22	5.2	22	64	18	70	44	11	3	40	1.59
25123222--25123346	39	3.1	40	80	8	146	43	12	4	40	1.62
25123290--25123389	51	2.0	51	91	0	164	41	14	5	40	1.67
25124222--25124325	26	4.0	26	92	0	163	34	7	23	34	1.83
25125812--25125864	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
25131283--25131391	26	4.2	26	90	2	173	32	6	23	37	1.80
25131283--25131391	53	2.1	52	92	1	182	32	6	23	37	1.80
25132845--25132896	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
25134049--25134155	26	4.2	26	92	2	180	31	6	24	37	1.81
25134049--25134155	51	2.1	52	94	1	189	31	6	24	37	1.81
25135624--25135675	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
25137177--25137366	95	2.0	96	81	1	220	14	33	16	36	1.89
25139018--25139107	22	3.9	22	66	17	65	41	14	5	38	1.69
25139000--25139098	50	1.9	52	87	4	148	43	14	4	38	1.64
25139052--25139157	22	5.1	22	67	16	82	44	11	4	39	1.61
25139037--25139157	39	3.0	39	77	12	145	43	12	4	38	1.64
25147891--25148426	266	2.0	266	97	0	1018	39	16	14	29	1.88
25150943--25151000	13	4.9	12	75	16	59	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25150942--25150989	21	2.3	22	78	10	55	56	0	0	43	0.99
25158598--25158673	25	3.2	25	62	27	65	42	10	22	25	1.85
25158576--25158786	46	4.6	46	91	4	295	41	11	24	22	1.87
25164934--25164958	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25167884--25167941	29	2.0	29	100	0	116	24	17	27	31	1.97
25168653--25168762	39	2.8	39	84	4	132	55	6	0	37	1.32
25168672--25168780	39	2.8	39	88	0	146	51	4	2	41	1.37
25174560--25174585	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
25177659--25177689	13	2.5	12	90	10	53	90	0	9	0	0.46
25179442--25179466	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
25179822--25179865	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
25180849--25180877	14	2.0	15	93	6	51	10	0	0	89	0.48
25182753--25183605	4	213.2	4	100	0	1706	50	24	0	24	1.50
25187576--25187760	39	4.7	39	92	0	298	29	25	21	23	1.99
25188576--25188604	13	2.2	13	100	0	58	48	6	13	31	1.69
25192734--25192798	29	2.2	29	97	0	121	40	3	12	44	1.57
25193399--25193439	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
25193769--25193797	11	2.5	12	94	5	51	72	0	17	10	1.11
25194240--25194273	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
25194551--25194643	36	2.5	35	77	16	91	44	1	21	33	1.60
25196901--25197062	75	2.2	75	82	4	202	26	24	20	29	1.99
25203023--25203089	28	2.4	28	78	7	73	62	1	1	34	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25204355--25204385	15	2.0	16	93	6	55	64	0	6	29	1.18
25206529--25206587	31	1.9	31	86	6	84	38	8	3	49	1.50
25214830--25215081	131	1.9	130	83	2	326	36	19	17	26	1.94
25215872--25215904	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
25216137--25216161	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25217605--25217684	19	4.3	19	87	9	128	15	5	33	46	1.67
25217602--25217674	37	2.0	37	100	0	146	16	5	31	46	1.70
25218168--25218237	35	2.0	35	94	0	122	48	11	20	20	1.79
25219095--25219123	14	2.1	14	100	0	58	34	24	13	27	1.93
25220682--25220724	2	21.5	2	90	0	68	48	4	0	46	1.22
25221288--25221369	21	3.9	21	76	6	58	46	19	19	14	1.84
25221297--25221445	42	3.5	42	81	1	174	46	17	20	16	1.84
25221311--25221378	21	3.2	20	70	15	57	47	19	19	14	1.83
25223870--25223914	19	2.4	19	96	0	81	22	17	20	40	1.92
25225792--25225834	18	2.4	17	81	11	50	48	2	2	46	1.27
25225819--25225893	35	2.2	34	81	9	91	57	2	6	33	1.39
25232921--25233080	24	6.7	24	71	4	117	23	13	30	33	1.93
25233043--25233089	24	2.0	24	91	0	76	21	14	25	38	1.92
25237520--25237642	38	3.3	37	66	20	101	33	5	8	52	1.57
25237494--25237644	75	2.0	75	98	0	293	32	5	8	53	1.54
25237503--25237619	37	3.1	36	66	20	96	33	4	9	52	1.53
25237646--25237753	27	4.0	27	76	10	112	31	8	2	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25237683--25237769	27	3.2	27	80	6	79	33	10	2	54	1.47
25239317--25239433	37	3.4	37	68	17	97	38	4	4	52	1.40
25246810--25247017	67	3.2	64	75	8	177	30	16	29	23	1.96
25249134--25249182	19	2.4	21	76	13	57	34	0	22	42	1.54
25249286--25249333	19	2.5	19	86	6	62	52	6	6	35	1.52
25250808--25250861	27	2.0	28	82	10	67	59	1	5	33	1.31
25251120--25251158	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
25256415--25256447	6	5.5	6	100	0	66	15	51	0	33	1.43
25264990--25265030	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
25269536--25269560	12	2.1	12	100	0	50	48	32	0	20	1.50
25269946--25269982	19	1.9	19	94	0	65	18	32	29	18	1.96
25273035--25273084	9	5.6	9	81	9	66	44	22	8	26	1.80
25273104--25273150	6	7.5	6	86	9	67	17	0	4	78	0.90
25281534--25281592	17	3.3	17	73	17	57	54	3	1	40	1.27
25281534--25281609	37	2.1	36	83	11	93	53	3	1	40	1.27
25283185--25283215	16	1.9	16	93	0	53	70	6	9	12	1.31
25286749--25286806	27	2.1	27	87	0	80	18	29	15	36	1.92
25290440--25290572	43	3.1	42	87	2	176	13	21	31	33	1.92
25290729--25290828	29	3.5	28	73	10	94	24	21	25	30	1.99
25290726--25290891	58	2.9	58	91	0	271	24	19	27	28	1.98
25290756--25290891	29	4.8	28	75	10	132	24	18	28	28	1.98
25290816--25290912	28	3.4	27	76	7	86	21	17	32	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25295835--25295873	20	2.0	20	100	0	78	53	5	10	30	1.56
25295831--25295881	20	2.8	18	83	13	68	50	5	13	29	1.65
25296137--25296181	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
25305092--25305334	126	1.9	126	88	3	364	32	15	27	24	1.95
25310890--25310948	10	5.9	10	82	7	75	23	8	0	67	1.17
25313648--25313681	15	2.2	16	94	5	61	38	11	5	44	1.65
25316858--25316888	16	1.9	16	93	0	53	80	0	0	19	0.71
25318309--25318370	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
25318441--25318486	16	2.8	16	86	6	56	69	0	6	23	1.11
25318437--25318470	4	8.5	4	86	0	50	70	0	5	23	1.09
25321327--25321370	23	2.0	23	86	4	63	47	0	2	50	1.13
25321399--25321510	37	3.0	37	79	19	119	53	3	2	40	1.32
25322717--25322741	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25323060--25323189	43	3.0	43	83	6	172	23	17	27	31	1.97
25327428--25327466	20	2.0	20	90	10	62	41	0	0	58	0.98
25330010--25330039	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25333367--25333392	12	2.2	12	100	0	52	88	0	11	0	0.52
25347341--25347391	3	17.0	3	92	8	86	66	1	0	31	1.03
25349108--25349150	2	22.0	2	80	4	52	44	2	4	48	1.36
25350551--25350596	22	2.1	22	100	0	92	60	13	8	17	1.56
25352628--25352714	43	2.0	44	90	2	140	45	9	9	35	1.68
25354755--25354799	23	2.0	23	82	4	56	71	4	13	11	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25356665--25356736	31	2.3	31	82	0	90	43	5	8	43	1.58
25356907--25356984	40	2.0	40	97	0	147	38	16	14	30	1.88
25359664--25359688	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
25365777--25365825	19	2.6	19	81	12	57	32	0	8	59	1.27
25365968--25366004	14	2.6	14	86	0	56	27	5	21	45	1.73
25368187--25368380	91	2.1	91	84	8	245	36	19	8	36	1.81
25368188--25368403	91	2.4	90	78	8	208	35	18	8	37	1.82
25370594--25370668	28	2.6	29	81	8	82	61	2	4	32	1.28
25370594--25370669	30	2.6	30	82	14	79	60	2	3	32	1.29
25375736--25375773	19	2.0	19	100	0	76	5	15	31	47	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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