genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57649135--57649321	48	3.9	48	82	5	218	27	19	27	25	1.99
57649140--57649328	96	2.0	95	86	5	265	28	19	26	25	1.99
57653417--57653688	49	5.7	49	76	10	201	23	28	20	27	1.99
57653459--57653728	92	2.9	91	76	9	251	23	28	20	27	1.99
57653417--57653723	46	6.5	48	76	11	210	23	28	20	27	1.99
57655784--57655832	23	2.0	24	88	7	73	42	18	14	24	1.87
57663597--57663723	39	3.3	39	92	0	200	25	25	27	20	1.99
57668779--57668842	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
57669054--57669224	24	7.2	24	91	2	265	27	20	21	30	1.98
57669056--57669224	47	3.6	47	93	1	284	27	20	21	30	1.98
57669054--57669225	71	2.4	72	90	1	276	27	20	21	30	1.98
57669282--57669358	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
57669278--57669360	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
57669278--57669349	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
57670667--57671169	27	18.6	27	85	4	550	40	9	21	28	1.84
57670668--57671169	81	6.2	81	83	4	609	40	9	21	28	1.84
57681026--57681063	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
57684730--57684901	43	4.0	43	70	8	116	24	16	23	35	1.95
57690179--57690229	23	2.2	23	96	0	93	21	9	33	35	1.86
57699389--57699649	20	13.1	20	66	7	127	38	18	28	14	1.90
57699389--57699699	40	7.8	40	82	1	311	38	18	27	16	1.91
57699381--57699699	120	2.7	119	81	3	363	38	18	27	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57699748--57699790	21	2.0	21	100	0	86	46	18	4	30	1.69
57702438--57702510	29	2.5	29	100	0	146	24	28	15	31	1.95
57705943--57705981	19	2.1	19	85	0	51	2	30	0	66	1.05
57713116--57713387	40	6.8	39	77	5	242	37	17	27	18	1.93
57713248--57713365	20	5.9	20	70	7	69	36	13	30	19	1.90
57714376--57714425	22	2.3	22	83	10	59	52	18	4	26	1.63
57717443--57717665	40	5.6	40	87	2	288	24	22	26	26	2.00
57720627--57720802	46	3.8	46	76	15	191	22	20	28	28	1.98
57723443--57723498	25	2.2	25	100	0	112	44	14	0	41	1.45
57724338--57724370	17	2.0	16	94	5	57	60	0	3	36	1.12
57730518--57730635	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
57730541--57730635	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
57730827--57730969	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
57730827--57730968	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
57730826--57730969	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
57731019--57731078	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
57731121--57731168	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57732326--57732390	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
57732444--57732499	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
57732452--57732590	27	5.0	27	71	14	95	30	8	20	40	1.83
57732543--57732970	27	15.9	27	78	7	262	38	7	23	30	1.83
57732542--57732970	81	5.3	81	84	3	436	38	7	23	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57732570--57732970	54	7.4	54	81	5	380	39	7	23	29	1.83
57732868--57733144	27	10.3	27	82	7	181	33	8	20	37	1.83
57740884--57741020	69	2.0	68	91	4	222	12	18	19	48	1.80
57741111--57741140	16	1.9	15	93	6	51	66	6	6	20	1.38
57754982--57755105	68	1.9	64	88	9	189	45	5	13	35	1.68
57759188--57759226	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
57761011--57761228	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
57761037--57761228	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
57769026--57769243	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
57769052--57769243	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
57776207--57776276	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
57776207--57776288	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
57784118--57784191	31	2.5	28	82	6	85	25	16	29	28	1.97
57786957--57787042	37	2.3	37	90	4	138	25	33	19	20	1.97
57787091--57787561	49	9.6	49	94	1	773	29	29	9	32	1.89
57790383--57790523	40	3.5	41	77	12	148	24	26	24	25	2.00
57791268--57791579	40	7.8	40	93	2	511	25	27	21	25	1.99
57794476--57794662	49	3.8	49	95	0	338	32	8	28	29	1.87
57794476--57794692	49	4.6	47	89	5	264	32	9	29	29	1.88
57794741--57794827	37	2.3	37	94	2	147	21	19	31	27	1.98
57796691--57796802	40	2.8	40	94	0	188	25	20	28	25	1.99
57797547--57797647	40	2.5	41	77	7	116	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57799753--57799795	11	3.9	11	75	0	50	76	2	16	4	1.05
57800017--57800048	7	4.6	7	100	0	64	12	0	28	59	1.34
57800919--57800988	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
57803608--57803794	49	3.8	49	94	0	329	32	8	28	30	1.86
57803873--57803959	37	2.3	37	96	2	156	20	19	32	27	1.97
57806718--57806786	28	2.5	28	90	4	106	27	14	28	28	1.95
57814638--57814707	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
57814638--57814719	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
57827639--57827725	25	3.5	25	90	0	138	19	22	18	39	1.93
57827650--57827742	25	4.0	22	78	17	89	19	24	18	37	1.94
57837033--57837113	5	15.8	5	72	23	53	17	6	1	75	1.07
57837032--57837113	16	5.3	15	75	16	78	17	6	1	75	1.06
57837032--57837103	17	4.5	16	75	15	51	16	6	1	75	1.10
57837025--57837115	37	2.5	35	75	12	83	18	5	2	73	1.13
57839965--57839997	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
57854463--57854499	18	1.9	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
57854607--57854666	3	20.3	3	74	16	54	33	0	5	61	1.17
57854604--57854646	20	2.2	19	83	4	50	32	0	6	60	1.23
57855913--57856024	25	4.6	25	81	8	126	18	19	18	42	1.89
57857326--57857399	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
57858830--57858942	27	4.2	26	81	7	127	15	23	23	38	1.92
57858830--57858942	54	2.1	54	86	3	156	15	23	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57861337--57861365	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
57863238--57863458	40	5.6	40	89	1	320	26	28	21	23	1.99
57868399--57868456	28	2.1	28	100	0	116	22	27	18	31	1.97
57871677--57871721	14	3.2	14	81	9	56	84	2	6	6	0.85
57871682--57871721	9	4.3	9	81	6	53	85	2	7	5	0.83
57871671--57871708	20	1.9	20	88	0	58	84	2	5	7	0.86
57871668--57871732	18	3.6	19	76	19	68	80	4	7	7	1.03
57872859--57873113	64	4.0	64	88	2	332	30	16	15	38	1.89
57873293--57873392	45	2.2	44	85	7	130	26	18	25	31	1.97
57873608--57873694	44	2.0	44	86	4	122	32	16	27	24	1.96
57873756--57873842	44	2.0	44	84	8	115	32	14	27	25	1.95
57873560--57873924	148	2.5	147	88	5	565	32	18	23	25	1.97
57873800--57874018	103	2.1	103	92	0	321	34	19	20	25	1.96
57877462--57877517	26	2.2	26	87	6	78	41	23	21	14	1.89
57880312--57880421	33	3.3	33	83	8	125	42	34	7	15	1.75
57885327--57885364	18	2.1	19	90	5	60	23	23	28	23	1.99
57885326--57885375	18	2.5	19	81	15	57	22	22	34	22	1.97
57888601--57888724	40	3.1	40	80	0	149	25	27	21	25	2.00
57893546--57893679	29	4.7	29	86	3	139	28	13	31	26	1.94
57896954--57897245	61	4.8	61	76	5	241	32	13	25	28	1.93
57896954--57897245	122	2.4	122	83	0	361	32	13	25	28	1.93
57897257--57897324	29	2.4	28	78	11	75	29	16	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57902941--57903003	31	2.0	31	81	6	74	41	3	0	55	1.16
57903303--57903362	16	3.9	15	82	6	59	26	25	8	40	1.84
57904868--57905003	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
57905647--57905941	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
57907780--57907836	21	2.7	21	97	0	105	21	26	38	14	1.91
57909022--57909256	48	4.9	48	79	5	260	25	29	19	25	1.98
57909022--57909259	96	2.5	96	87	0	341	25	29	18	25	1.98
57910670--57910725	27	2.1	27	86	6	78	39	21	14	25	1.91
57918253--57918284	15	2.1	15	100	0	64	18	18	6	56	1.62
57918637--57918669	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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