genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33477352--33477503	78	1.9	79	94	1	270	34	21	17	27	1.95
33477514--33477542	15	1.9	15	100	0	58	62	6	17	13	1.52
33477023--33477708	178	3.8	178	91	2	1045	37	18	16	27	1.92
33477529--33477682	79	1.9	79	93	0	263	34	20	17	27	1.95
33480288--33480419	29	4.6	29	82	1	149	26	31	16	25	1.96
33482431--33482561	40	3.3	40	83	2	174	25	27	22	24	2.00
33482431--33482598	40	4.2	40	78	7	153	25	27	22	25	2.00
33492713--33492840	40	3.2	40	80	4	152	23	24	27	25	2.00
33499598--33499644	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
33500357--33500421	3	21.7	3	96	0	121	64	1	0	33	1.03
33503336--33503484	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
33503377--33503484	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
33511416--33511564	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
33511457--33511564	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
33516424--33516463	19	2.1	19	86	9	55	15	10	5	70	1.32
33518301--33518423	48	2.6	48	83	7	146	30	18	26	24	1.98
33518532--33518664	49	2.7	48	82	6	142	25	21	30	22	1.99
33520206--33520253	24	2.0	24	95	0	87	37	14	16	31	1.89
33520707--33520762	27	2.1	27	90	3	87	42	5	23	28	1.76
33525734--33525899	46	3.6	46	84	2	199	32	19	25	22	1.97
33525964--33526072	49	2.2	49	86	3	148	30	22	25	21	1.99
33528356--33528380	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33529915--33529940	13	2.0	13	100	0	52	7	23	38	30	1.83
33533199--33533231	13	2.5	13	100	0	66	15	15	15	54	1.71
33534852--33534943	23	4.0	22	83	13	114	23	25	17	33	1.96
33541604--33541826	48	4.7	48	77	11	219	22	29	19	28	1.98
33541651--33541828	94	1.9	94	89	2	277	21	30	19	27	1.98
33544726--33544904	40	4.4	40	80	3	189	25	23	26	24	2.00
33544726--33544918	80	2.4	80	81	2	208	26	23	26	23	2.00
33544847--33544930	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
33547492--33547526	16	2.2	16	95	5	63	20	0	5	74	1.02
33547497--33547557	19	3.3	19	82	14	67	29	0	3	67	1.07
33547734--33547780	20	2.3	20	92	7	78	70	2	0	27	0.99
33547921--33547953	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
33560801--33560858	30	1.9	30	89	6	91	17	27	32	22	1.96
33576357--33576543	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
33576380--33576543	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
33576380--33576577	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
33592049--33592092	17	2.6	17	92	0	79	54	18	0	27	1.44
33593412--33593459	20	2.4	20	82	6	53	60	2	2	35	1.20
33594152--33594218	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
33599419--33599459	16	2.5	16	88	4	55	56	14	2	26	1.51
33600328--33600397	32	2.3	31	82	7	88	50	7	17	25	1.71
33601821--33601880	6	10.0	6	98	0	84	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33602099--33602127	10	2.7	11	94	5	51	17	3	0	79	0.87
33605808--33605865	28	2.1	28	81	12	66	22	5	6	65	1.37
33606030--33606072	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
33608176--33608283	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
33619402--33619433	6	5.3	6	100	0	64	50	15	34	0	1.45
33626645--33626726	26	3.2	26	94	0	137	34	7	23	35	1.82
33628214--33628266	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
33630682--33630716	16	2.2	16	89	0	52	42	2	20	34	1.66
33632171--33632324	44	3.4	46	80	11	156	27	15	23	33	1.95
33637098--33637163	23	2.8	25	76	17	70	69	3	3	24	1.16
33638053--33638100	20	2.4	20	92	0	87	29	12	29	29	1.93
33639331--33639551	64	3.5	64	75	4	169	15	33	22	28	1.94
33642688--33642721	13	2.4	14	85	14	52	76	2	0	20	0.92
33644440--33644505	15	4.4	15	82	0	60	53	6	13	27	1.63
33645565--33645640	38	2.0	38	94	0	134	34	13	10	42	1.78
33647110--33647141	14	2.3	14	100	0	64	21	6	6	65	1.38
33647110--33647147	14	2.8	14	92	4	51	26	5	7	60	1.46
33650172--33650196	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
33651961--33652100	27	5.2	27	78	6	124	41	21	6	30	1.78
33651963--33652100	54	2.5	54	84	3	152	41	21	6	30	1.78
33652083--33652144	27	2.3	27	94	0	106	41	16	14	27	1.87
33651977--33652127	54	2.8	54	84	4	153	41	19	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33651977--33652129	81	1.9	81	86	5	220	41	19	8	30	1.81
33652765--33652860	27	3.5	28	90	4	135	44	25	8	21	1.80
33656328--33656555	115	2.0	115	99	0	447	33	18	12	35	1.89
33656351--33656585	115	2.0	115	84	1	301	36	22	11	29	1.89
33659791--33659856	29	2.2	30	78	5	80	39	18	9	33	1.82
33662655--33662689	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
33677065--33677109	23	2.0	23	90	0	72	37	26	11	24	1.89
33677893--33677950	30	1.9	30	86	6	82	27	36	24	12	1.91
33680716--33680889	45	3.8	46	78	13	189	20	21	29	28	1.98
33680721--33680894	46	3.8	46	79	13	214	20	21	29	28	1.98
33683842--33683910	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
33683833--33683920	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
33686301--33686476	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
33686297--33686468	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33691220--33691274	4	13.8	4	78	14	60	21	3	0	74	0.97
33691220--33691307	17	5.1	17	72	20	67	20	3	1	75	1.02
33691226--33691307	8	9.6	8	74	17	58	19	3	1	75	1.02
33694325--33694361	13	2.6	14	87	12	58	13	40	0	45	1.43
33695861--33695900	17	2.2	17	86	8	53	45	0	7	47	1.31
33695911--33695970	28	2.2	28	88	8	88	25	1	3	70	1.12
33695910--33695970	29	2.2	29	83	13	83	24	1	3	70	1.11
33700444--33700537	44	2.1	44	86	4	125	35	25	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33700805--33700935	49	2.7	49	78	4	131	20	28	23	27	1.99
33700665--33700919	142	1.8	141	83	4	343	21	29	21	27	1.99
33708110--33708265	41	3.6	44	78	6	160	28	28	17	24	1.98
33708110--33708265	45	3.6	45	75	13	148	28	28	17	24	1.98
33710380--33710420	22	1.9	22	90	5	66	19	26	43	9	1.82
33710864--33710890	14	1.9	14	100	0	54	37	0	22	40	1.54
33711048--33711076	12	2.4	12	100	0	58	44	0	0	55	0.99
33712420--33712489	32	2.2	32	92	2	113	51	17	4	27	1.63
33714011--33714042	15	2.1	15	100	0	64	40	18	12	28	1.87
33716200--33717545	448	3.0	448	98	0	2638	34	19	14	31	1.92
33718724--33718783	3	20.0	3	100	0	120	66	0	33	0	0.92
33719850--33720122	49	5.7	49	71	10	181	26	28	17	26	1.98
33736513--33736697	40	4.6	39	80	8	187	26	27	21	25	1.99
33736513--33736698	80	2.3	81	80	10	213	26	26	20	25	1.99
33752258--33752295	18	2.1	19	85	5	51	42	7	2	47	1.46
33752363--33752391	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
33752613--33752637	13	1.9	13	100	0	50	16	12	16	56	1.68
33756038--33756117	42	1.9	42	92	0	133	26	16	25	32	1.96
33760880--33760904	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
33762238--33762448	117	1.8	117	93	0	368	43	22	10	23	1.84
33762635--33762687	16	3.3	16	71	10	54	33	3	18	43	1.68
33763712--33763750	21	1.9	21	89	5	62	48	5	0	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33764828--33764886	29	2.0	29	96	0	109	27	15	16	40	1.89
33772227--33772300	13	5.7	13	74	6	51	35	4	25	35	1.75
33773990--33774486	4	127.8	4	84	5	644	49	30	0	19	1.50
33776183--33776347	43	3.9	42	79	8	163	21	17	27	33	1.96
33776183--33776311	44	3.0	42	81	10	138	20	17	27	34	1.94
33778910--33778948	18	2.2	18	85	0	51	15	20	15	48	1.81
33785623--33785799	47	3.8	47	77	8	173	22	29	18	29	1.98
33785622--33785799	94	1.9	94	84	2	241	22	29	18	29	1.97
33793078--33793118	21	2.1	19	86	9	55	31	0	2	65	1.05
33799014--33799127	60	1.9	60	85	3	158	23	11	15	49	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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