genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27914331--27915155	237	3.5	225	81	11	883	32	16	19	32	1.94
27913766--27915180	635	2.2	633	94	1	2469	31	16	19	32	1.93
27914961--27915191	74	3.1	74	83	5	304	32	16	19	32	1.94
27921763--27921852	46	1.9	46	84	10	121	54	18	11	15	1.70
27922705--27922772	35	1.9	35	93	0	118	35	25	14	25	1.94
27924916--27925051	41	3.5	40	74	9	127	32	25	17	25	1.97
27925913--27925950	20	1.9	20	88	0	58	0	28	0	71	0.87
27925921--27925952	16	2.1	15	94	5	55	0	21	0	78	0.76
27926025--27926071	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
27926092--27926130	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
27928164--27928327	42	3.9	43	82	4	183	31	16	23	28	1.96
27928164--27928327	85	1.9	84	85	3	222	31	16	23	28	1.96
27928164--27928346	85	2.2	84	81	4	190	30	15	24	28	1.96
27933339--27933376	18	2.1	18	95	0	67	26	18	15	39	1.91
27933734--27933770	19	1.9	19	94	0	65	29	18	27	24	1.98
27935227--27935276	15	3.4	15	75	25	61	60	12	0	28	1.32
27935225--27935284	29	2.1	29	100	0	120	58	10	0	31	1.31
27935616--27935656	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
27939734--27939851	55	2.1	55	98	1	227	39	3	5	50	1.43
27939751--27939866	55	2.1	55	88	3	171	41	5	7	45	1.55
27945002--27945046	11	3.9	11	80	11	54	57	4	2	35	1.31
27948311--27948356	23	2.0	23	84	12	60	39	6	15	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27948536--27948592	30	1.9	30	85	0	78	45	3	12	38	1.59
27951421--27951467	15	2.9	16	78	12	60	51	8	0	40	1.33
27953311--27953352	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
27953402--27953440	10	3.8	10	82	3	51	35	2	2	58	1.25
27953388--27953613	109	2.1	110	96	3	420	35	7	6	50	1.57
27953622--27953672	24	2.1	25	85	3	68	35	0	7	56	1.28
27965320--27965356	15	2.3	15	90	9	56	83	0	16	0	0.64
27965319--27965356	8	4.6	8	81	18	51	84	0	15	0	0.63
27966273--27966307	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
27966367--27966525	54	2.9	54	91	0	246	27	15	20	37	1.92
27966543--27966569	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
27966557--27966760	75	2.7	74	89	1	293	28	17	22	31	1.96
27966707--27966891	54	3.4	54	94	0	298	28	15	17	38	1.90
27968848--27968897	24	2.1	24	100	0	100	16	8	12	64	1.49
27969307--27969346	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
27969419--27969469	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
27981421--27981459	12	3.5	11	86	10	53	12	5	5	76	1.11
27981421--27981459	11	3.5	12	90	10	57	12	5	5	76	1.11
27981796--27981843	14	3.4	14	85	2	60	47	8	35	8	1.64
27981795--27981854	14	4.2	14	76	8	50	51	8	30	10	1.64
27985097--27985154	25	2.2	26	78	9	64	50	12	0	37	1.40
27985108--27985155	25	1.9	25	91	0	78	50	12	0	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27987400--27987441	15	2.6	16	85	7	50	80	0	2	16	0.81
27987534--27987576	16	2.6	17	78	10	54	0	53	0	46	1.00
27988013--27988053	3	14.0	3	84	5	57	31	4	0	63	1.15
27988488--27988528	20	2.0	20	90	0	64	36	2	2	58	1.24
27991273--27991377	54	2.0	54	88	1	158	37	20	25	17	1.94
27991277--27991383	27	4.0	27	81	1	126	38	20	24	16	1.93
27992788--27992844	25	2.3	25	90	6	89	21	38	3	36	1.70
27995292--27995409	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
27995315--27995409	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
27995601--27995767	24	7.0	24	91	3	248	26	21	22	29	1.99
27995600--27995767	71	2.3	71	89	4	248	26	21	22	29	1.99
27995818--27995877	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
27995920--27995967	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27997126--27997190	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
27997252--27997418	27	6.1	27	75	6	131	32	8	20	38	1.84
27997368--27997607	27	8.9	27	83	4	288	38	7	25	28	1.84
27997371--27997607	81	2.9	81	91	3	352	39	7	24	28	1.83
27997614--27997678	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
27997657--27997754	27	3.7	27	87	4	128	29	7	21	41	1.79
28001104--28001276	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
28001101--28001271	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
28011114--28011224	27	4.1	27	86	5	145	36	23	24	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28011343--28011402	27	2.3	27	82	8	70	30	15	18	36	1.91
28012228--28012268	16	2.6	16	100	0	82	26	31	19	21	1.97
28012649--28012707	25	2.4	25	85	5	84	20	33	5	40	1.74
28012649--28012714	25	2.6	25	83	4	71	18	37	4	39	1.71
28022030--28022417	158	2.5	157	81	6	430	29	15	20	34	1.94
28022402--28022431	13	2.3	13	94	0	51	16	10	6	66	1.41
28022257--28022466	86	2.4	85	85	3	260	30	16	18	35	1.93
28022342--28022608	142	1.9	140	82	7	335	29	15	17	37	1.90
28022849--28022898	21	2.4	21	93	0	82	44	12	20	24	1.85
28024425--28024465	3	14.0	3	84	5	57	31	4	0	63	1.15
28024898--28024968	22	3.2	22	71	13	65	33	4	4	57	1.37
28030503--28030590	21	4.1	22	75	10	92	35	23	23	17	1.95
28030509--28030589	44	1.9	41	85	7	108	33	25	24	16	1.96
28030781--28030841	22	2.8	22	100	0	122	45	32	4	16	1.68
28030795--28030899	28	4.0	28	86	8	125	46	30	3	19	1.67
28034260--28034294	6	5.8	6	86	0	52	28	14	20	37	1.91
28035485--28035538	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
28035528--28035555	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
28037681--28038046	46	8.0	46	94	0	597	39	14	23	23	1.91
28041944--28041981	18	2.1	19	95	5	69	76	0	7	15	1.01
28041935--28041992	18	3.3	17	81	13	64	70	0	12	17	1.16
28042732--28042763	10	3.1	10	95	4	55	53	28	9	9	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28052854--28052923	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
28057401--28057431	12	2.6	12	89	0	53	0	16	45	38	1.47
28057421--28057509	40	2.3	39	74	2	88	20	16	38	24	1.93
28057506--28057723	103	2.1	103	82	1	267	22	22	33	22	1.97
28057949--28057974	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28062775--28062799	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
28064526--28064582	22	2.6	22	94	0	105	26	29	29	14	1.95
28066551--28066816	49	5.6	49	81	7	284	24	29	19	26	1.99
28066557--28066770	93	2.3	94	85	6	272	24	30	19	25	1.98
28067480--28067518	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
28072772--28072843	15	5.1	15	71	19	50	50	2	1	45	1.25
28073603--28073654	15	3.2	15	73	19	50	36	0	13	50	1.42
28073783--28073882	37	2.6	38	73	7	94	26	18	24	32	1.97
28075483--28075513	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28075480--28075519	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28075750--28075957	55	3.8	54	82	5	251	24	24	17	33	1.96
28075706--28075960	55	4.8	54	80	8	231	22	23	17	35	1.95
28075751--28075953	108	1.9	110	88	4	313	24	24	18	33	1.97
28077197--28077296	27	3.7	28	80	9	100	41	20	9	30	1.83
28077197--28077303	54	2.0	54	83	3	135	39	20	9	30	1.84
28077281--28077341	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
28077292--28077502	27	7.8	27	88	2	271	27	23	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28077224--28077513	54	5.4	54	80	3	199	32	22	8	36	1.85
28077238--28077513	81	3.4	81	76	5	216	30	23	9	37	1.86
28078742--28078789	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
28078832--28078891	20	3.0	20	92	0	102	38	10	18	33	1.84
28078942--28079040	23	4.2	24	90	3	157	30	20	22	27	1.98
28078942--28079040	47	2.1	47	90	3	155	30	20	22	27	1.98
28079251--28079345	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
28087199--28087233	16	2.2	16	90	5	54	45	0	2	51	1.16
28088276--28088323	19	2.5	20	74	16	55	58	0	8	33	1.28
28088555--28088615	6	10.2	6	94	0	104	18	14	14	52	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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