genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23048971--23049009	20	2.0	20	84	0	51	43	0	2	53	1.14
23049432--23049485	6	8.7	6	76	15	56	74	3	1	20	1.07
23049432--23049509	31	2.5	31	82	15	90	70	2	2	24	1.12
23054404--23054455	14	3.7	14	84	0	68	57	28	0	13	1.36
23054396--23054463	28	2.4	28	75	0	73	61	25	0	13	1.32
23054431--23054560	43	3.0	42	70	3	116	51	22	1	24	1.57
23055230--23055386	41	3.8	41	91	0	233	22	20	22	34	1.97
23061131--23061249	59	2.0	62	90	5	190	11	12	14	61	1.57
23061472--23061508	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
23068011--23068037	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23072541--23072593	22	2.3	24	75	18	58	50	3	1	43	1.30
23075862--23075922	25	2.5	24	76	10	70	65	6	4	22	1.36
23079341--23079405	12	5.9	10	83	8	58	50	1	1	46	1.20
23079364--23079409	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
23081295--23081432	35	3.9	35	83	0	168	31	12	23	32	1.92
23082583--23082662	40	2.0	40	95	0	142	36	18	13	31	1.90
23086989--23087032	17	2.6	17	100	0	88	38	13	29	18	1.89
23087157--23087190	9	3.7	9	92	4	50	58	5	0	35	1.22
23087930--23087996	27	2.4	27	85	9	91	76	1	11	10	1.10
23087958--23087996	21	1.9	21	89	5	62	79	0	10	10	0.94
23089230--23089260	16	1.9	16	93	0	53	38	9	9	41	1.71
23089301--23089340	18	2.2	19	86	8	57	47	5	10	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23089311--23089364	18	2.9	18	83	2	54	40	3	9	46	1.54
23090674--23090763	23	4.0	23	84	7	123	37	23	20	18	1.94
23091443--23091500	18	3.2	18	73	9	55	37	3	1	56	1.26
23091491--23091527	17	2.1	18	90	5	58	32	2	2	62	1.23
23091530--23091566	17	2.2	17	90	0	56	13	10	2	72	1.21
23091570--23091609	20	2.0	21	90	5	64	37	7	2	52	1.43
23092063--23092106	23	1.9	23	86	9	63	45	2	0	52	1.13
23097765--23097811	12	3.9	11	86	13	58	34	2	0	63	1.06
23097780--23097825	21	2.2	20	85	11	58	34	4	0	60	1.16
23098345--23098500	71	2.3	69	86	9	221	29	5	12	53	1.59
23101148--23101779	318	2.0	318	95	0	1147	40	14	26	19	1.89
23110172--23110489	44	7.2	44	92	1	469	31	16	26	26	1.96
23110466--23110512	23	2.0	23	95	0	85	34	17	27	21	1.95
23110421--23110556	67	2.0	67	89	0	209	34	16	25	23	1.95
23110337--23110643	155	2.0	155	85	2	420	33	14	25	26	1.95
23110377--23110601	111	2.0	111	87	1	326	34	15	24	24	1.95
23110289--23110655	199	1.8	199	86	1	538	31	15	25	27	1.95
23110490--23110690	88	2.3	89	82	3	237	31	13	26	27	1.94
23110488--23110643	44	3.5	44	90	0	222	31	14	28	25	1.95
23110490--23110730	88	2.7	88	80	9	228	30	13	28	27	1.94
23112219--23112265	12	3.9	11	86	13	58	34	2	0	63	1.06
23112234--23112279	21	2.2	21	88	7	67	34	4	0	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23112802--23112957	71	2.3	69	84	9	203	28	5	12	52	1.62
23125365--23125576	42	5.0	42	79	4	230	28	23	16	32	1.96
23125364--23125576	85	2.5	84	90	3	320	28	23	16	31	1.96
23128660--23128846	51	3.7	51	92	2	297	31	24	13	31	1.93
23128894--23129042	24	5.9	24	81	12	181	24	22	14	38	1.91
23128879--23129054	52	3.4	52	90	1	264	26	23	13	36	1.92
23132313--23132417	44	2.4	44	88	0	165	28	20	17	34	1.95
23132357--23132557	94	2.1	94	80	0	213	31	19	15	32	1.93
23132576--23132724	44	3.3	43	76	18	156	26	26	18	28	1.98
23132357--23132811	238	1.9	238	83	1	590	29	21	18	30	1.97
23132626--23132793	50	3.5	50	73	18	160	27	27	17	27	1.97
23132452--23132715	144	1.8	144	83	3	352	28	21	19	30	1.98
23132578--23132809	94	2.5	94	85	4	315	28	24	19	28	1.99
23134342--23134469	32	3.9	33	77	7	109	31	22	12	33	1.91
23134363--23134430	33	2.1	32	88	2	100	35	23	11	29	1.90
23147213--23147259	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
23149337--23149473	67	2.0	67	95	0	247	44	24	1	29	1.62
23151073--23151108	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
23152415--23152465	24	2.2	23	82	6	59	41	5	9	43	1.62
23152424--23152472	24	2.0	24	96	0	89	38	8	6	46	1.58
23156119--23156202	32	2.8	30	81	16	86	34	2	5	57	1.36
23156122--23156192	33	2.2	33	85	9	94	33	1	5	59	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23156122--23156192	32	2.2	32	85	14	94	33	1	5	59	1.30
23156943--23156967	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
23157032--23157121	44	2.1	43	85	6	119	41	7	20	31	1.80
23157853--23157904	26	2.0	26	100	0	104	46	11	15	26	1.80
23165063--23165107	23	2.0	23	100	0	90	26	26	8	37	1.86
23168874--23168933	29	2.1	29	100	0	120	31	21	13	33	1.92
23169850--23169905	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
23169848--23169926	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
23169848--23169919	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
23169898--23169956	22	2.7	23	81	5	59	33	5	16	44	1.70
23170211--23170245	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
23185092--23185161	3	23.3	3	85	0	68	28	1	40	30	1.65
23188199--23188309	12	8.9	12	66	19	50	59	4	4	31	1.37
23188257--23188331	17	4.2	17	77	12	69	58	2	4	34	1.31
23188427--23188498	27	2.6	27	78	6	74	61	1	2	34	1.19
23188533--23188579	19	2.5	19	79	6	51	40	2	4	53	1.32
23190253--23190834	44	13.3	44	71	11	275	29	25	15	29	1.96
23190253--23190956	175	4.0	175	90	0	1097	29	25	15	29	1.95
23190253--23190957	348	2.0	350	91	0	1144	29	25	15	29	1.95
23190752--23191052	131	2.3	131	91	1	478	30	26	13	29	1.94
23190360--23190956	44	13.7	44	73	12	426	29	25	15	29	1.96
23190927--23191139	87	2.4	87	90	0	318	31	27	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23192101--23192140	8	4.6	8	85	14	53	0	12	0	87	0.54
23192107--23192143	10	3.7	10	92	0	65	0	10	0	89	0.49
23192101--23192142	18	2.3	19	95	4	77	0	11	0	88	0.53
23198470--23198580	47	2.4	47	81	6	136	36	23	14	25	1.93
23199378--23199418	4	10.2	4	94	0	73	2	24	0	73	0.96
23205738--23205835	10	10.2	10	68	24	52	59	3	5	32	1.35
23205738--23205813	17	4.2	17	75	15	62	59	2	3	34	1.30
23205736--23205812	39	2.0	38	82	9	95	61	2	3	32	1.28
23205899--23205994	27	3.7	26	73	13	81	61	1	2	35	1.15
23206016--23206066	19	2.7	19	79	11	52	49	1	1	47	1.24
23210850--23211087	118	2.0	118	98	0	458	23	14	30	31	1.94
23214217--23214261	17	2.9	16	78	15	51	40	24	0	35	1.56
23218834--23218860	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23218896--23218926	13	2.3	14	94	5	55	58	16	0	25	1.38
23219125--23219186	21	3.0	21	80	2	54	46	6	6	40	1.55
23219151--23219192	2	20.5	2	90	4	66	45	0	2	52	1.13
23219478--23219549	25	2.8	25	81	8	83	55	4	4	36	1.38
23219504--23219557	26	2.1	25	82	3	63	57	1	7	33	1.37
23220707--23220752	24	1.9	24	86	8	67	13	0	39	47	1.42
23220726--23220764	21	1.9	20	94	5	69	7	0	46	46	1.31
23220685--23220864	87	2.1	87	97	1	342	15	0	41	43	1.47
23220813--23220851	21	1.9	20	94	5	69	5	0	48	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23220720--23220854	42	3.1	42	68	21	125	13	0	42	44	1.43
23225687--23225738	17	3.3	16	74	20	56	30	50	0	19	1.48
23226195--23226231	10	3.6	10	92	3	56	21	8	0	70	1.13
23226335--23226373	21	1.9	20	84	5	51	28	5	7	58	1.47
23227023--23227104	35	2.4	34	91	2	128	20	51	8	19	1.73
23227613--23227651	18	2.2	18	85	0	51	0	51	0	48	1.00
23227603--23227648	11	4.2	11	91	8	76	0	54	0	45	0.99
23228124--23228393	3	88.0	3	77	13	189	31	2	5	60	1.33
23228609--23228678	33	2.2	30	82	9	86	38	5	2	52	1.40
23232561--23232637	40	1.9	40	97	0	145	37	23	5	33	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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