genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  230  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67134256--67134452	46	4.3	46	90	1	288	25	26	13	34	1.93
67135260--67135329	6	12.0	6	84	6	63	1	21	0	77	0.85
67135287--67135326	3	13.7	3	94	5	73	0	30	0	70	0.88
67137379--67137585	40	5.2	40	88	4	278	24	22	28	25	1.99
67144507--67144688	78	2.3	77	87	2	238	23	31	22	23	1.99
67144537--67144689	39	3.9	39	92	0	243	23	32	21	22	1.98
67146505--67146665	29	5.6	29	87	1	198	26	16	31	26	1.96
67154010--67154170	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
67158376--67158519	40	3.6	40	88	3	202	24	21	27	26	1.99
67158376--67158552	40	4.5	40	85	4	200	25	21	27	25	1.99
67158379--67158552	79	2.2	79	82	6	201	26	20	27	25	1.99
67164664--67164780	43	2.7	43	73	20	118	27	18	25	28	1.98
67164642--67164798	43	3.7	41	72	15	113	26	20	25	27	1.99
67167365--67167409	19	2.3	20	92	7	76	42	13	20	24	1.87
67169352--67169385	12	2.8	12	86	0	50	58	0	14	26	1.36
67176756--67176929	46	3.8	45	78	11	176	24	31	18	25	1.98
67179673--67179713	18	2.3	18	84	12	50	56	2	0	41	1.13
67179677--67179766	10	9.2	10	70	12	55	57	3	1	37	1.22
67180247--67180344	42	2.5	39	85	12	146	30	0	6	63	1.19
67180262--67180348	42	2.1	40	93	4	147	27	0	5	66	1.14
67181527--67181575	21	2.3	21	96	0	89	18	22	26	32	1.97
67197994--67198176	79	2.3	81	82	9	216	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67197975--67198176	40	5.1	40	80	8	216	24	26	22	25	2.00
67204154--67204537	107	3.6	107	84	6	517	28	22	8	40	1.83
67204144--67204535	27	14.6	27	86	3	506	28	22	9	40	1.84
67204144--67204535	80	4.9	81	85	5	499	28	22	9	40	1.84
67204125--67204579	81	5.6	81	81	4	303	29	22	9	39	1.85
67208519--67208911	27	14.6	27	87	3	515	27	22	9	40	1.84
67208500--67208955	81	5.6	81	82	4	303	29	22	9	39	1.85
67212895--67213287	27	14.6	27	87	3	515	27	22	9	40	1.84
67212876--67213331	81	5.6	81	82	4	303	29	22	9	39	1.85
67227834--67227887	27	2.0	27	85	0	72	33	18	18	29	1.95
67227872--67228268	27	14.7	27	76	6	162	40	19	9	29	1.84
67227924--67228238	81	3.9	80	76	7	251	42	20	9	28	1.82
67227872--67228246	54	6.9	52	74	7	209	40	19	9	30	1.84
67228510--67228667	41	3.9	41	91	0	246	22	23	27	25	2.00
67229076--67229121	22	2.1	22	91	0	74	13	15	26	45	1.82
67239031--67239172	57	2.5	58	78	5	155	30	18	21	30	1.97
67240654--67240702	21	2.2	23	85	7	66	42	26	0	30	1.55
67241534--67241688	43	3.6	43	77	11	156	30	27	18	23	1.97
67257783--67257825	23	1.9	22	85	4	59	48	30	4	16	1.66
67264001--67264215	40	5.3	40	97	1	385	27	27	22	21	1.99
67272035--67272214	40	4.6	40	93	2	301	27	28	21	23	1.99
67276312--67276493	40	4.6	40	95	1	312	26	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67284324--67284548	40	5.6	40	97	0	414	27	28	21	22	1.99
67286205--67286283	29	2.7	29	96	0	140	30	30	12	26	1.93
67291314--67291459	37	3.9	37	95	0	238	26	30	19	23	1.98
67291666--67291859	47	4.1	47	87	2	257	26	28	11	33	1.92
67295927--67296304	40	9.6	40	87	4	516	25	26	22	24	2.00
67297571--67297716	37	3.9	37	95	0	247	26	31	18	23	1.97
67297923--67298116	47	4.1	47	90	0	289	26	28	11	33	1.91
67302155--67302536	40	9.6	40	90	2	570	25	27	21	24	2.00
67303810--67303955	37	3.9	37	95	0	247	26	31	18	23	1.97
67304161--67304354	47	4.1	47	90	0	289	26	28	11	33	1.91
67306008--67306077	26	2.8	26	93	4	117	40	21	1	37	1.62
67306351--67306471	29	4.2	29	88	1	163	31	32	11	24	1.91
67323179--67323215	18	2.1	18	100	0	74	51	16	0	32	1.45
67326867--67326920	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
67327174--67327398	49	4.5	49	80	3	252	26	16	25	30	1.97
67327173--67327408	101	2.4	98	82	3	258	26	16	26	30	1.97
67329628--67329676	16	3.0	17	82	5	66	44	18	22	14	1.85
67329867--67329937	29	2.5	28	81	6	90	25	16	30	26	1.97
67329867--67329937	28	2.5	29	81	6	92	25	16	30	26	1.97
67335182--67335362	46	3.9	46	80	9	224	21	21	29	27	1.99
67335184--67335354	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
67338948--67338997	25	2.0	25	100	0	100	44	12	8	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67348065--67348235	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
67348057--67348237	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
67351419--67351621	53	3.8	53	75	3	145	38	18	21	21	1.93
67353129--67353251	45	2.7	45	84	0	138	21	13	29	36	1.91
67353173--67353261	45	2.0	45	81	0	106	23	16	26	32	1.96
67354573--67354688	45	2.5	46	86	5	146	27	18	30	23	1.98
67354573--67354733	47	3.5	47	81	6	152	28	19	29	22	1.98
67360324--67360382	29	2.0	29	100	0	82	28	3	13	54	1.55
67375594--67375720	47	2.7	45	83	11	159	23	29	18	27	1.98
67377291--67377343	27	2.0	27	85	7	72	37	3	0	58	1.16
67378293--67378438	23	6.4	22	75	9	114	21	13	22	41	1.88
67378293--67378432	46	3.0	45	77	8	140	20	14	23	41	1.89
67378290--67378429	69	2.0	68	82	5	165	20	14	24	40	1.90
67379870--67379902	15	2.2	15	94	0	57	36	15	27	21	1.93
67396858--67396996	40	3.5	40	85	4	149	23	29	23	23	1.99
67396858--67397049	79	2.4	81	81	6	214	24	28	22	23	1.99
67402890--67403153	47	5.5	47	91	1	375	32	7	30	29	1.84
67402890--67403153	96	2.8	94	86	4	375	32	7	30	29	1.84
67405122--67405226	27	3.9	27	80	7	106	36	20	22	20	1.95
67412054--67412212	27	5.9	27	82	10	182	33	20	25	20	1.97
67412072--67412215	54	2.7	54	94	2	245	34	22	25	18	1.96
67415142--67415250	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67415295--67415440	48	3.0	48	92	0	229	30	28	6	35	1.81
67418759--67418792	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
67423867--67423985	46	2.6	44	81	7	132	27	17	27	26	1.98
67426860--67426901	18	2.3	18	80	12	50	28	9	2	59	1.41
67428936--67429143	40	5.2	40	80	2	184	25	24	25	25	2.00
67428938--67429143	80	2.6	80	82	3	218	25	24	25	25	2.00
67431313--67431352	21	2.0	21	90	5	64	20	30	40	10	1.85
67432509--67432820	47	6.7	45	75	14	230	23	28	19	28	1.98
67432509--67432818	46	6.7	46	75	12	210	23	28	19	28	1.98
67437015--67437084	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
67444697--67444886	29	6.6	29	84	2	231	25	16	32	25	1.96
67452716--67452785	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
67462120--67462146	14	1.9	14	100	0	54	33	22	22	22	1.97
67467527--67467581	29	2.0	28	83	13	71	49	0	3	47	1.19
67472851--67472882	15	2.1	15	100	0	64	34	18	12	34	1.89
67472951--67473019	34	2.0	34	100	0	138	26	20	8	44	1.80
67474127--67474210	44	1.9	44	100	0	168	35	11	11	40	1.79
67478065--67478124	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
67479058--67479126	26	2.7	26	97	0	129	37	15	7	39	1.76
67480839--67480991	40	3.8	40	80	4	155	23	22	28	26	1.99
67484288--67484345	30	2.0	30	83	10	75	31	0	22	46	1.52
67487164--67487350	49	3.8	49	82	4	250	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67487156--67487334	99	1.8	99	95	2	324	25	16	27	29	1.97
67489605--67489682	24	3.4	24	64	16	65	19	21	24	34	1.96
67489583--67489711	45	2.9	45	92	0	222	20	19	23	36	1.95
67492976--67493012	19	1.9	19	100	0	74	43	16	8	32	1.77
67495338--67495716	109	3.5	108	82	2	440	31	25	18	24	1.98
67498678--67498740	20	3.0	20	76	15	65	42	23	23	9	1.83
67500413--67500464	17	3.4	17	65	25	51	42	1	5	50	1.37
67500411--67500467	29	2.0	29	100	0	114	38	3	7	50	1.46
67502271--67502630	46	7.6	49	78	10	265	27	17	29	25	1.98
67502749--67502808	30	2.0	30	100	0	120	46	10	20	23	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345