genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88897090--88897256	46	3.6	46	83	6	178	28	19	28	23	1.98
88900970--88901005	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
88902351--88902452	29	3.5	29	98	0	195	38	14	23	23	1.92
88907217--88907388	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
88907210--88907385	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
88914800--88914971	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
88914793--88914968	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
88919040--88919075	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
88920415--88920487	29	2.5	29	97	0	137	36	15	24	23	1.93
88922600--88922912	48	6.5	48	78	5	316	26	20	28	24	1.99
88922600--88922912	143	2.2	144	84	6	413	26	20	28	24	1.99
88924666--88924851	40	4.7	40	91	0	284	25	21	29	23	1.99
88925625--88925689	32	2.1	32	97	2	123	46	0	18	35	1.50
88928547--88928571	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
88931369--88931494	43	3.0	42	80	6	139	34	21	15	28	1.93
88934215--88934255	10	4.4	10	81	12	52	17	19	2	60	1.46
88939813--88940019	53	3.8	53	76	4	182	38	17	23	20	1.93
88939813--88940037	54	4.2	53	70	7	123	40	17	22	19	1.91
88946548--88946726	52	3.5	51	80	8	188	28	29	17	25	1.97
88946591--88946738	52	2.8	52	87	3	190	29	28	17	25	1.97
88947915--88947948	18	1.9	18	88	5	52	32	11	0	55	1.36
88948357--88948390	15	2.2	16	89	5	52	11	20	11	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88977178--88977217	16	2.6	16	84	4	55	57	2	10	30	1.45
88988351--88988420	27	2.6	27	77	8	81	37	18	21	22	1.94
88999425--88999560	43	3.2	43	78	5	150	25	16	22	34	1.95
88999426--88999543	42	2.7	43	81	6	141	27	16	21	34	1.95
88999404--88999560	43	3.7	43	76	7	140	28	17	22	32	1.96
89005655--89005829	46	3.8	46	81	6	201	28	20	30	21	1.98
89005656--89005877	46	4.8	43	77	10	133	29	19	29	21	1.98
89007220--89007314	34	2.9	32	79	7	102	27	25	22	25	2.00
89007252--89007314	32	2.0	33	84	6	85	28	26	19	25	1.98
89007563--89007692	64	2.0	65	95	1	235	43	17	14	24	1.87
89007694--89007740	24	1.9	25	86	4	69	27	14	19	38	1.91
89017541--89017597	11	5.0	11	74	16	53	40	1	0	57	1.09
89017539--89017608	22	3.1	21	74	18	61	42	1	0	55	1.08
89022019--89022062	21	2.1	21	83	8	54	36	0	2	61	1.09
89022784--89022838	24	2.4	22	82	17	60	70	3	0	25	1.03
89024217--89024258	20	2.1	20	95	0	75	35	14	23	26	1.93
89025784--89026059	143	1.9	143	93	1	473	33	14	23	28	1.94
89027343--89027397	27	2.0	27	92	0	92	16	5	25	52	1.65
89032683--89032790	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
89035091--89035222	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
89042835--89042966	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
89045215--89045288	25	2.8	26	81	8	78	35	21	12	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89045393--89045479	27	3.2	27	82	6	97	18	21	24	35	1.95
89045393--89045497	27	3.9	26	81	7	86	20	22	21	35	1.96
89046997--89047051	12	4.6	12	97	0	101	20	49	21	9	1.76
89055580--89055766	40	4.7	40	89	0	275	18	21	27	32	1.97
89059034--89059058	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
89059542--89059628	30	2.9	31	72	3	79	28	16	25	29	1.96
89067941--89067983	23	1.9	22	85	4	59	44	13	4	37	1.65
89075841--89075917	38	2.0	38	89	0	118	32	25	11	29	1.91
89075896--89076004	48	2.3	48	83	1	139	32	21	14	32	1.93
89078341--89078400	30	2.0	30	100	0	120	30	20	20	30	1.97
89081411--89081511	29	3.5	28	81	5	112	21	16	32	28	1.96
89084336--89084438	43	2.4	43	83	6	120	27	18	23	31	1.97
89091450--89091481	10	3.2	10	95	0	55	34	0	0	65	0.93
89091558--89091588	10	3.2	10	90	9	55	38	0	0	61	0.96
89091418--89091636	107	2.0	108	97	0	413	30	19	7	43	1.78
89092472--89092510	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
89101076--89101215	27	5.2	28	86	5	148	36	22	22	18	1.95
89101833--89101968	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
89105933--89106072	27	5.2	28	87	5	139	35	22	23	18	1.95
89105933--89106072	54	2.6	54	83	2	156	35	22	23	18	1.95
89106690--89106825	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
89112690--89112738	25	2.0	25	95	0	89	40	8	12	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89113373--89113425	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
89118169--89118208	4	10.0	4	86	0	53	67	2	2	27	1.16
89118526--89118622	25	4.3	22	77	13	76	56	10	2	30	1.44
89118571--89118621	21	2.4	22	90	3	77	58	7	1	31	1.37
89120523--89120626	43	2.4	44	80	4	122	18	19	25	37	1.94
89120523--89120969	87	5.2	85	71	11	266	21	22	22	33	1.97
89132851--89132890	4	10.0	4	86	0	53	67	2	2	27	1.16
89133207--89133303	25	4.3	22	77	13	76	57	10	1	30	1.39
89133252--89133302	21	2.4	22	90	3	77	60	7	0	31	1.25
89134633--89134669	19	1.9	19	88	0	56	16	0	45	37	1.47
89136346--89136378	11	3.1	11	91	4	50	15	3	0	81	0.80
89138933--89138975	23	1.9	22	85	4	59	13	9	11	65	1.48
89140885--89140909	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
89146308--89146364	27	2.1	27	90	0	87	36	17	5	40	1.72
89147462--89147508	21	2.2	21	92	0	76	23	29	0	46	1.52
89150637--89150662	7	3.7	7	100	0	52	15	30	23	30	1.95
89158020--89158182	65	2.5	66	82	3	195	32	19	11	36	1.88
89158020--89158182	33	5.0	33	84	1	193	32	19	11	36	1.88
89158175--89158272	29	3.4	29	98	0	187	22	31	13	32	1.92
89164357--89164418	21	3.0	21	81	4	74	17	24	14	43	1.86
89164941--89165010	4	17.5	4	96	0	131	24	1	24	50	1.58
89174372--89174433	26	2.4	26	83	5	72	41	9	20	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89174388--89174441	26	2.1	26	92	0	90	42	7	20	29	1.79
89185192--89185259	35	1.9	35	100	0	136	41	20	19	19	1.91
89187341--89188169	411	2.0	411	96	0	1523	26	22	20	30	1.98
89189660--89189776	43	2.7	43	82	10	141	31	23	22	23	1.98
89190372--89191985	807	2.0	807	99	0	3219	36	19	12	32	1.88
89192844--89192923	40	2.0	40	100	0	160	37	17	15	30	1.90
89198970--89199007	9	4.2	9	100	0	76	42	0	0	57	0.98
89201260--89201320	27	2.3	27	88	2	88	42	11	13	32	1.79
89213386--89213613	48	4.9	48	72	11	193	28	19	24	27	1.99
89218910--89219082	93	1.9	93	91	2	285	29	11	25	33	1.91
89221296--89221523	48	4.9	48	74	7	198	27	20	23	28	1.99
89222580--89222648	30	2.3	30	94	0	120	21	28	31	17	1.96
89225516--89225553	19	2.0	19	89	0	58	44	2	23	28	1.67
89225773--89225835	33	1.9	33	90	0	99	28	9	28	33	1.88
89225897--89225985	11	8.5	11	68	23	50	51	3	1	43	1.25
89225895--89225958	20	3.2	20	84	4	85	54	4	0	40	1.21
89226482--89226543	32	1.9	32	100	0	124	50	9	8	32	1.65
89233117--89233193	38	2.0	38	100	0	154	29	10	12	46	1.76
89239087--89239125	21	1.9	20	89	5	60	43	0	17	38	1.50
89241910--89242092	24	7.6	24	94	0	312	35	25	18	20	1.95
89244268--89244356	44	2.0	44	93	0	151	28	13	23	34	1.93
89251043--89251088	22	2.1	22	100	0	92	47	13	17	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89251411--89251473	6	9.5	6	78	13	54	80	3	12	3	0.94
89251406--89251466	17	3.8	16	83	12	72	80	3	13	3	0.96
89251411--89251474	13	4.8	13	78	14	67	81	3	12	3	0.93
89251438--89251475	14	2.6	14	88	12	51	86	5	7	0	0.69
89251411--89251476	16	3.7	17	70	22	55	81	3	12	3	0.91
89251406--89251485	18	4.2	18	72	16	63	80	2	13	3	0.96
89258139--89258359	85	2.6	86	89	2	311	29	30	16	23	1.96
89258139--89258359	43	5.2	43	86	2	293	29	30	16	23	1.96
89261878--89261907	6	5.0	6	91	0	51	20	0	63	16	1.31
89261879--89261919	18	2.3	18	86	0	55	24	0	56	19	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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