genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40217263--40217307	20	2.2	20	88	0	63	51	2	11	35	1.50
40220345--40220369	12	2.1	12	100	0	50	28	8	16	48	1.74
40225280--40225504	40	5.6	40	79	3	211	23	26	24	25	2.00
40225244--40225504	80	3.3	79	80	5	276	23	26	24	26	2.00
40227408--40227660	68	3.8	65	75	12	196	24	28	16	29	1.97
40232014--40232056	21	2.0	23	81	9	54	32	16	11	39	1.84
40254439--40254751	49	6.4	49	93	1	493	28	9	33	28	1.88
40254853--40254937	37	2.3	37	93	0	143	24	18	34	22	1.96
40259250--40259284	17	1.9	19	88	11	56	37	11	11	40	1.77
40261437--40261538	27	3.8	27	73	10	75	23	25	14	36	1.93
40264658--40264806	29	5.3	27	81	4	163	29	14	24	31	1.95
40267853--40268027	93	1.9	93	84	2	235	28	22	23	26	1.99
40267944--40268043	48	2.0	49	88	3	148	28	21	23	28	1.99
40271067--40271157	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
40271197--40271396	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	33	1.82
40271389--40271821	47	9.1	47	91	4	692	28	29	8	33	1.87
40271388--40271821	143	3.0	142	92	2	712	28	29	8	33	1.87
40271388--40271811	96	4.5	96	95	1	757	28	29	8	33	1.87
40274236--40274617	40	9.6	40	88	4	450	26	28	20	24	1.99
40276515--40276594	37	2.2	37	97	0	151	23	30	18	27	1.98
40276634--40276832	48	4.2	48	94	0	346	32	29	6	32	1.82
40276824--40277257	47	9.1	47	90	2	690	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40276825--40277247	143	3.0	143	90	3	672	29	28	8	33	1.87
40276824--40277247	96	4.5	96	95	1	739	29	28	8	33	1.87
40285261--40285363	27	3.8	27	86	0	134	31	25	6	36	1.82
40285342--40285563	27	8.2	27	77	6	119	34	21	9	34	1.86
40285243--40285374	54	2.4	54	75	0	138	34	25	6	34	1.81
40285356--40285456	28	3.6	28	86	4	125	40	22	8	27	1.84
40285542--40285725	27	6.8	26	73	7	136	40	21	9	28	1.85
40285344--40285725	54	7.0	54	72	5	225	36	21	9	31	1.86
40285767--40285818	27	1.9	27	88	7	79	30	19	25	25	1.98
40286546--40286616	20	3.5	20	98	0	133	42	11	16	29	1.83
40286666--40286827	52	3.2	52	92	4	260	27	20	23	28	1.99
40286666--40286827	26	6.3	26	89	2	233	27	20	23	28	1.99
40286960--40287051	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
40287075--40287184	31	3.5	31	91	0	184	30	17	24	27	1.97
40298503--40298584	29	2.9	28	80	8	103	30	31	14	23	1.94
40300517--40300617	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
40304883--40304927	22	2.0	21	87	8	63	20	4	48	26	1.68
40307602--40307872	6	44.8	6	74	15	238	48	14	16	20	1.81
40307602--40307872	30	9.4	30	83	10	350	48	14	16	20	1.81
40307998--40308063	27	2.4	27	82	9	73	34	18	25	21	1.96
40308228--40308286	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
40308374--40308457	27	3.2	26	88	5	96	38	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40308655--40308850	27	7.3	27	85	0	221	27	19	17	35	1.95
40308657--40308850	81	2.4	81	86	0	262	27	20	17	35	1.94
40308855--40309183	27	12.2	27	83	3	403	41	9	21	27	1.85
40311987--40312018	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
40312468--40312682	24	9.0	24	97	0	367	20	17	25	36	1.95
40320183--40320414	24	10.0	24	92	5	354	21	18	25	35	1.95
40325597--40325639	21	2.0	21	100	0	86	51	4	9	34	1.55
40334309--40334492	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
40334349--40334537	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
40342420--40342606	76	2.4	74	84	11	220	26	24	28	20	1.99
40342462--40342637	35	4.7	37	78	12	175	23	25	30	20	1.98
40347035--40347170	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
40347010--40347169	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
40347813--40348107	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
40354952--40355087	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
40354927--40355086	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
40355730--40356024	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
40357726--40357970	49	4.9	49	84	3	328	29	26	17	25	1.98
40357739--40357964	101	2.3	98	88	3	319	30	26	17	25	1.97
40359618--40359862	49	4.9	49	85	3	337	28	26	18	26	1.98
40359631--40359862	100	2.3	98	87	2	329	28	26	18	26	1.98
40364436--40364505	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40372448--40372501	27	2.0	27	82	7	65	29	16	24	29	1.97
40378201--40378268	19	3.5	19	69	21	59	41	1	8	48	1.43
40378207--40378287	40	2.0	40	100	0	162	39	2	9	48	1.50
40378364--40378430	22	3.0	22	80	0	80	19	25	17	37	1.94
40379889--40380342	230	2.0	233	84	5	598	45	7	11	35	1.69
40382105--40382205	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
40384865--40384937	20	3.7	19	77	14	76	30	5	0	64	1.16
40384876--40384931	19	2.9	21	79	12	66	26	7	0	66	1.18
40384871--40384939	27	2.6	26	80	11	70	28	5	0	65	1.16
40385156--40385235	34	2.3	35	78	8	83	22	7	5	65	1.38
40387234--40387275	15	2.9	15	86	10	52	2	23	0	73	0.94
40398146--40398416	46	5.8	46	76	9	201	26	18	30	23	1.97
40398148--40398415	94	2.9	94	77	12	241	26	17	30	24	1.97
40398287--40398412	47	2.7	48	82	6	143	29	15	28	26	1.96
40406634--40406736	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
40409746--40409930	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
40409746--40409933	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
40417729--40417850	40	3.1	40	84	3	158	29	23	24	22	1.99
40417694--40417880	79	2.3	80	79	13	206	26	23	26	22	2.00
40420117--40420246	49	2.7	47	83	8	138	32	26	9	32	1.88
40424089--40424232	40	3.6	40	89	0	218	25	29	22	22	1.99
40424089--40424257	40	4.2	40	86	3	200	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40424201--40424349	40	3.7	40	79	5	149	27	28	20	23	1.99
40426210--40426296	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
40426345--40426471	49	2.5	51	82	5	159	28	28	11	32	1.91
40426377--40426480	49	2.1	49	90	0	172	27	28	9	33	1.88
40431432--40431569	24	5.7	24	81	4	134	27	28	15	28	1.96
40431432--40431568	49	2.8	48	82	4	132	27	29	15	27	1.96
40439217--40439518	47	6.3	47	93	1	460	29	31	8	31	1.87
40439267--40439345	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
40447463--40447822	94	3.8	97	78	11	335	21	29	21	28	1.98
40447463--40447824	47	7.7	45	72	11	248	21	29	21	28	1.98
40455137--40455285	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40455178--40455285	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40463259--40463407	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40463300--40463407	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40467902--40468089	40	4.7	40	83	1	198	24	28	22	25	1.99
40467882--40468089	80	2.6	78	81	6	229	25	27	21	24	1.99
40476473--40477109	316	2.0	316	98	0	1220	36	22	7	32	1.83
40495157--40495309	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
40497845--40497977	60	2.3	58	82	5	151	24	31	15	27	1.96
40497895--40497977	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
40499138--40499190	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
40506305--40506457	40	3.8	40	78	5	139	26	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40509206--40509371	40	4.2	40	92	1	271	22	21	26	28	1.99
40510895--40511126	27	8.6	28	81	6	221	40	20	8	30	1.82
40511110--40511181	27	2.7	26	69	14	65	34	25	9	30	1.88
40511165--40511307	27	5.3	27	84	0	187	36	17	20	25	1.94
40511700--40511748	22	2.2	22	85	7	64	24	30	20	24	1.98
40511906--40512012	54	2.0	53	81	1	124	22	22	17	37	1.94
40511907--40512014	27	4.0	27	79	5	94	21	22	19	37	1.95
40512132--40512241	6	17.8	6	69	15	55	22	20	9	47	1.78
40512132--40512229	31	3.4	30	76	16	107	23	21	9	45	1.80
40512132--40512199	25	2.7	25	88	0	100	26	20	7	45	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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