genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91904699--91904746	24	2.0	24	95	0	87	33	27	4	35	1.76
91905026--91905134	46	2.3	47	81	4	123	41	9	32	17	1.81
91905216--91905334	41	2.9	42	83	5	145	18	24	16	40	1.91
91911048--91911076	14	2.1	14	100	0	58	6	0	20	72	1.07
91915269--91915315	18	2.6	18	82	0	67	38	14	10	36	1.81
91920470--91920560	44	2.1	44	91	0	146	28	12	12	47	1.76
91924384--91924441	22	2.6	22	97	0	107	18	24	43	13	1.87
91925613--91925871	46	5.6	46	88	0	349	21	25	12	40	1.88
91928228--91928260	16	2.1	16	100	0	66	33	6	0	60	1.21
91931049--91931137	44	2.0	44	88	0	133	31	8	12	47	1.72
91932621--91932679	29	2.0	30	90	3	93	50	11	5	32	1.61
91937839--91937884	19	2.4	19	85	7	58	52	0	6	41	1.27
91954684--91954718	2	18.0	2	88	5	54	54	0	0	45	0.99
91957296--91957352	3	19.7	3	73	20	50	64	0	33	1	1.04
91957296--91957361	26	2.6	26	79	11	66	68	0	30	1	0.99
91957425--91957480	13	4.4	12	74	12	58	19	0	14	66	1.26
91957466--91957533	26	2.7	26	93	2	111	33	7	8	50	1.61
91957517--91957549	16	2.1	16	94	0	57	24	3	12	60	1.46
91957491--91957618	42	3.2	41	75	11	131	35	6	11	46	1.66
91959829--91959862	17	2.0	17	100	0	68	29	23	23	23	1.99
91961327--91961384	17	3.2	17	71	17	53	34	6	12	46	1.68
91961685--91961785	50	2.0	50	94	0	175	28	17	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91964091--91964127	13	2.8	13	87	0	56	21	5	2	70	1.20
91964040--91964577	151	3.6	148	89	4	796	26	5	8	58	1.50
91964611--91964651	17	2.5	16	92	7	73	9	9	4	75	1.17
91965177--91965235	28	2.1	27	85	14	77	3	35	0	61	1.13
91965174--91965235	14	4.5	13	74	18	54	3	37	0	59	1.13
91965511--91965540	11	2.7	11	94	0	51	26	0	6	66	1.16
91965514--91965548	17	2.1	16	89	5	52	25	0	2	71	1.00
91966990--91967019	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
91967933--91967960	6	4.7	6	100	0	56	17	32	50	0	1.47
91970066--91970106	2	21.5	2	87	9	59	46	0	0	53	1.00
91971514--91971618	51	2.1	51	100	0	210	47	14	9	28	1.75
91973597--91973645	24	2.1	22	85	7	62	20	20	16	42	1.89
91985764--91985825	29	2.1	29	82	5	72	46	6	17	29	1.73
91991515--91991593	33	2.3	34	91	6	124	39	7	1	51	1.38
91991613--91991721	52	2.1	52	81	10	134	51	1	1	44	1.22
91998814--91998853	21	1.9	21	90	10	64	82	2	15	0	0.77
91999692--91999797	46	2.3	46	86	0	140	35	18	20	24	1.95
91999722--91999826	46	2.3	46	91	0	174	34	14	26	24	1.94
92002104--92002179	3	25.3	3	100	0	152	32	0	0	67	0.91
92007204--92007260	16	3.3	18	75	20	59	38	1	1	57	1.19
92025568--92025804	44	5.5	42	79	6	224	35	21	24	18	1.96
92025568--92025767	86	2.3	86	84	5	271	36	21	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92025574--92025807	128	1.8	130	86	3	348	35	21	24	18	1.95
92025571--92025804	86	2.7	86	80	7	235	35	21	24	17	1.95
92026094--92026380	86	3.3	86	88	2	364	36	20	22	19	1.95
92028297--92028325	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
92039029--92039074	20	2.2	21	92	3	76	23	6	19	50	1.71
92039522--92039578	20	2.8	20	75	19	57	52	8	1	36	1.43
92040008--92040056	22	2.2	23	85	10	66	6	10	6	77	1.11
92043941--92043978	4	9.2	4	94	5	67	50	26	0	23	1.50
92043942--92043975	17	2.0	17	100	0	68	52	23	0	23	1.47
92044777--92044811	18	1.9	18	88	0	52	22	25	0	51	1.48
92044984--92045026	21	2.0	22	95	4	79	27	18	9	44	1.80
92045394--92045467	36	2.1	36	97	0	139	29	36	14	18	1.91
92045884--92045920	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
92046121--92046305	40	4.6	40	83	4	194	31	24	17	27	1.97
92046121--92046305	81	2.3	80	81	5	203	31	24	17	27	1.97
92046132--92046305	80	2.1	82	83	7	221	32	23	16	27	1.96
92046343--92046450	40	2.7	39	87	7	155	25	25	20	28	1.99
92046196--92046551	143	2.5	146	91	2	585	26	23	19	30	1.98
92046704--92046755	21	2.4	21	78	9	52	26	5	25	42	1.77
92046765--92046825	14	4.7	13	78	13	54	19	0	40	39	1.52
92046778--92046825	25	1.9	25	86	0	69	20	0	41	37	1.53
92046803--92046923	7	17.0	7	71	12	68	19	1	37	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92047018--92047098	7	11.4	7	75	7	65	23	1	24	50	1.56
92047018--92047098	21	3.8	20	76	9	72	23	1	24	50	1.56
92047923--92048033	8	14.0	8	87	7	131	77	1	0	20	0.86
92048059--92048103	19	2.5	19	89	7	67	68	0	2	28	1.01
92051335--92051367	15	2.1	16	94	5	59	54	3	6	36	1.41
92052816--92052999	42	4.3	42	86	4	235	25	19	27	28	1.98
92053191--92053242	21	2.4	22	84	12	72	9	11	9	69	1.38
92056592--92056632	21	2.0	21	90	0	64	26	29	17	26	1.97
92058861--92058904	16	2.7	17	86	6	56	70	0	29	0	0.88
92066503--92066545	9	4.8	9	83	8	52	60	6	0	32	1.23
92066511--92066547	3	12.3	3	88	0	56	62	5	0	32	1.18
92066734--92066786	15	3.6	15	80	12	56	67	0	30	1	1.01
92066745--92066798	19	2.8	19	83	5	65	70	0	29	0	0.88
92075532--92075669	47	2.8	49	84	7	174	26	15	31	25	1.96
92075542--92075671	50	2.7	48	88	5	174	26	16	31	24	1.97
92076891--92076930	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
92081409--92081541	50	2.7	50	85	1	169	27	29	17	25	1.97
92084649--92084894	49	5.0	49	81	3	287	28	27	19	24	1.98
92084663--92084894	100	2.3	99	87	2	331	28	27	18	24	1.98
92086805--92086851	24	2.0	24	91	0	76	25	8	25	40	1.84
92088983--92089207	47	4.7	49	73	11	171	25	18	30	24	1.98
92093377--92093490	58	2.0	58	96	0	210	16	7	34	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92105370--92105588	48	4.6	48	94	0	366	26	29	19	25	1.98
92108830--92108860	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
92108914--92108943	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
92110616--92110709	38	2.4	38	91	5	145	26	26	14	31	1.95
92110902--92111113	23	9.0	24	92	5	328	27	21	21	29	1.99
92110923--92111112	47	4.1	47	94	2	330	28	20	21	29	1.98
92110902--92111113	47	4.5	47	91	4	322	27	21	21	29	1.99
92111173--92111229	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
92111169--92111231	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
92111268--92111315	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
92112479--92112556	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
92112574--92112799	27	8.3	27	73	7	152	31	8	21	38	1.84
92112574--92112799	54	4.1	54	74	6	204	31	8	21	38	1.84
92112777--92112988	27	7.9	27	85	5	216	41	8	22	27	1.83
92112779--92112988	81	2.6	81	82	7	239	41	8	22	27	1.83
92112985--92113083	27	3.7	26	78	5	99	30	8	20	41	1.81
92112977--92113083	54	2.0	54	81	3	126	30	8	21	39	1.83
92123731--92123828	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
92123731--92123821	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
92123731--92123844	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
92136141--92136669	78	6.8	78	90	0	767	32	17	23	25	1.97
92135738--92136277	298	1.8	298	90	2	879	33	17	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92136686--92136965	45	6.3	45	85	1	375	30	13	30	26	1.94
92136699--92136957	89	2.9	89	92	0	419	28	13	30	27	1.94
92136686--92136965	134	2.1	134	87	1	391	30	13	30	26	1.94
92137309--92137386	19	4.4	19	87	10	94	37	12	12	37	1.82
92137317--92137388	19	3.9	19	91	8	123	37	11	15	36	1.83
92137587--92137624	20	1.9	20	88	0	58	10	13	5	71	1.30
92139747--92139829	7	11.9	7	100	0	166	27	14	14	43	1.84
92142742--92142770	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
92144171--92144230	24	2.5	24	97	0	111	28	15	6	50	1.69
92153223--92153280	30	1.9	30	82	6	73	37	5	27	29	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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