genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44015046--44015233	80	2.3	80	78	10	197	26	22	27	23	2.00
44023350--44023396	19	2.5	20	82	6	53	51	6	17	25	1.69
44023422--44023451	14	2.1	14	93	0	51	46	10	13	30	1.75
44027862--44027954	48	1.9	48	86	6	134	56	2	6	34	1.37
44027857--44027955	24	4.0	24	75	12	94	55	2	7	35	1.39
44028131--44028161	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
44038242--44038419	40	4.5	40	83	4	191	25	26	20	26	1.99
44042238--44042411	48	3.6	48	82	1	215	27	18	29	24	1.98
44046670--44046793	50	2.5	51	90	1	187	37	17	20	24	1.94
44046771--44046881	31	3.6	31	83	0	150	27	17	26	28	1.97
44046908--44047127	48	4.7	47	87	7	276	27	15	27	30	1.96
44047000--44047145	42	3.3	42	86	7	161	29	14	28	28	1.95
44047003--44047161	42	3.7	41	82	10	131	30	15	26	28	1.96
44047982--44048141	75	2.1	75	90	0	248	25	21	28	24	1.99
44050767--44050904	53	2.6	53	83	2	168	38	19	22	19	1.94
44079657--44079738	29	2.8	29	96	0	146	35	15	25	23	1.94
44079694--44079852	71	2.2	71	98	0	309	33	16	23	25	1.95
44084256--44084423	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
44090983--44091054	28	2.5	29	97	2	137	29	15	29	26	1.96
44090983--44091114	58	2.3	58	80	6	135	25	16	32	25	1.96
44098633--44098704	28	2.5	29	93	2	128	27	15	30	26	1.96
44098688--44098764	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44098633--44098764	58	2.3	58	81	6	144	25	16	33	25	1.96
44108270--44108320	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
44108282--44108330	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
44108301--44108359	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
44108406--44108438	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
44112088--44112134	19	2.4	20	89	10	71	23	27	0	48	1.51
44112035--44112197	74	2.3	72	87	8	226	25	33	0	41	1.60
44119508--44119775	35	7.7	35	86	2	254	32	24	14	28	1.94
44119512--44119775	105	2.5	105	82	1	307	32	24	14	28	1.94
44123056--44123169	47	2.4	48	85	2	149	33	28	15	22	1.95
44125017--44125246	35	6.6	35	87	2	275	33	24	13	28	1.93
44125271--44125297	12	2.2	12	100	0	54	25	33	7	33	1.84
44129904--44129935	15	2.1	15	94	0	55	34	37	6	21	1.79
44148721--44148852	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
44155895--44156052	45	3.6	44	87	3	194	27	29	19	24	1.98
44158523--44158587	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
44158660--44158960	39	7.7	39	91	1	451	18	22	29	29	1.97
44167715--44167781	25	2.6	25	95	4	116	35	0	20	43	1.53
44172217--44172386	46	3.7	46	81	14	199	27	20	31	21	1.98
44173651--44173685	12	2.9	12	95	0	61	22	14	0	62	1.31
44176441--44176487	17	2.7	17	86	3	67	21	2	0	76	0.89
44177203--44177381	99	1.8	99	87	4	272	23	15	30	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44178977--44179010	12	2.8	12	95	0	59	23	14	0	61	1.33
44181451--44181517	23	2.8	24	90	4	100	29	20	20	28	1.98
44181455--44181517	25	2.6	24	90	5	92	31	20	22	25	1.98
44182917--44183017	29	3.6	28	78	5	105	28	33	16	20	1.95
44190863--44190964	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
44192697--44192735	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
44192698--44192742	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
44198261--44198363	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
44202317--44202379	31	2.0	31	87	0	90	22	19	17	41	1.90
44202591--44202740	25	6.2	24	92	3	232	30	22	19	28	1.98
44202789--44202856	20	3.3	20	91	2	109	32	20	13	33	1.91
44206879--44207046	40	4.2	40	81	3	169	25	25	22	26	2.00
44209329--44209429	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
44212274--44212298	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
44219094--44219147	26	2.1	26	100	0	108	38	7	20	33	1.80
44221277--44221399	40	3.1	40	82	2	149	29	22	25	22	1.99
44221242--44221429	80	2.3	80	79	12	206	26	22	27	23	2.00
44224585--44224750	84	2.0	83	97	1	314	26	25	24	24	2.00
44230927--44231001	30	2.5	30	100	0	150	36	20	25	18	1.95
44244147--44244360	40	5.4	40	90	2	299	25	27	23	24	2.00
44246265--44246290	7	3.7	7	100	0	52	11	26	15	46	1.80
44246296--44246528	31	7.5	31	90	1	360	26	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44246546--44246682	50	2.7	50	93	0	238	28	21	15	35	1.94
44256512--44256608	28	3.4	28	91	8	153	32	25	12	28	1.92
44271235--44271365	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
44271234--44271365	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
44273529--44273589	27	2.3	27	82	5	70	44	21	8	26	1.80
44274158--44274211	23	2.3	23	93	0	90	22	18	18	40	1.91
44286945--44286992	23	2.1	23	92	0	78	20	22	16	39	1.92
44288049--44288087	16	2.4	16	100	0	78	30	5	17	46	1.70
44290748--44290792	18	2.5	18	100	0	90	40	26	4	28	1.75
44296113--44296837	245	3.0	245	98	0	1389	29	12	20	36	1.90
44305555--44305627	23	3.2	22	73	5	65	27	21	26	24	2.00
44307155--44307244	29	3.1	29	93	1	146	31	27	12	28	1.93
44308234--44308265	4	8.2	4	93	6	57	78	0	0	21	0.76
44312677--44312807	56	2.3	56	81	6	158	36	19	12	30	1.90
44317068--44317099	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
44324272--44324478	40	5.2	40	81	6	224	26	26	21	25	2.00
44332459--44332666	40	5.2	40	82	5	233	25	26	22	25	2.00
44335567--44335668	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
44348114--44348272	24	6.5	24	72	9	97	25	12	29	32	1.92
44358764--44358971	40	5.2	40	82	1	240	25	28	22	24	1.99
44368557--44368618	28	2.2	28	88	2	90	41	16	14	27	1.87
44370142--44370264	23	5.2	24	77	13	132	34	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44381293--44381404	27	4.2	26	84	7	134	16	24	22	36	1.94
44381293--44381404	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
44387992--44388141	40	3.8	39	81	5	140	27	24	26	21	1.99
44387990--44388143	80	1.9	80	85	0	209	27	24	26	21	1.99
44388034--44388197	40	4.1	40	77	7	136	27	26	27	18	1.98
44388032--44388201	80	2.1	80	79	3	173	28	25	26	20	1.99
44395058--44395164	39	2.7	38	87	7	135	21	28	26	23	1.99
44395058--44395207	40	3.8	39	79	7	142	22	26	24	26	2.00
44403107--44403255	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44403148--44403255	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44405194--44405230	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
44405202--44405232	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
44405691--44405934	126	1.9	126	94	0	434	29	17	14	37	1.90
44412379--44412447	27	2.5	28	90	2	104	28	28	14	27	1.95
44413785--44413822	20	2.1	18	85	14	51	10	15	0	73	1.09
44420735--44420876	43	3.2	43	80	7	144	32	18	21	28	1.96
44420779--44421427	176	3.7	176	94	0	1145	29	19	22	28	1.98
44421308--44421404	43	2.2	45	79	15	114	30	17	20	30	1.96
44421265--44421502	131	1.8	132	84	4	329	26	19	21	32	1.97
44422771--44422823	3	17.7	3	96	0	97	32	0	1	66	1.03
44423066--44423103	12	3.2	12	81	3	51	28	0	0	71	0.87
44423066--44423110	22	2.0	23	86	4	65	31	0	2	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44424285--44424320	18	2.0	18	100	0	72	22	0	55	22	1.44
44424304--44424374	37	1.9	37	97	0	133	16	1	53	28	1.52
44424341--44424403	29	2.2	29	88	5	92	15	1	50	31	1.54
44424579--44424653	37	2.0	37	94	0	132	28	53	1	17	1.52
44424632--44424667	18	2.0	18	100	0	72	22	61	0	16	1.35
44424735--44424778	11	4.0	11	87	0	52	27	0	31	40	1.56
44438371--44438465	40	2.4	40	94	0	163	20	21	29	29	1.98
44439695--44439724	13	2.3	13	100	0	60	60	6	13	20	1.55
44441604--44441786	63	2.8	62	76	12	174	21	30	18	30	1.97
44442320--44442380	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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