genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37718654--37718693	18	2.3	18	91	4	64	60	0	7	32	1.25
37734825--37734974	28	5.3	27	83	3	165	28	33	14	24	1.94
37734830--37734975	56	2.6	57	84	1	186	28	33	14	23	1.94
37735194--37735228	16	2.2	16	89	0	52	11	17	17	54	1.71
37738264--37738340	36	2.1	36	85	4	102	28	9	27	35	1.87
37741075--37741136	30	2.1	30	96	0	115	40	20	9	29	1.84
37741080--37741134	16	3.6	15	71	28	53	41	20	9	29	1.82
37742772--37742799	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
37742799--37742840	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
37743047--37743178	39	3.4	39	90	0	192	25	28	17	28	1.97
37744322--37744378	2	29.0	2	83	3	62	47	3	3	45	1.37
37751023--37751154	39	3.4	39	95	0	228	22	28	20	28	1.99
37752296--37752348	2	27.0	2	86	3	72	49	3	1	45	1.31
37754129--37754198	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
37762146--37762215	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
37768851--37769037	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
37768851--37769004	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
37768855--37769037	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
37768855--37769072	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
37776427--37776613	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
37776427--37776580	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
37776431--37776613	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37776431--37776648	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
37784003--37784189	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
37784003--37784156	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
37784007--37784189	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
37784007--37784224	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
37798371--37798404	18	1.9	18	88	5	52	55	5	5	32	1.48
37803074--37803105	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
37815870--37816042	46	3.8	45	72	13	154	21	18	28	31	1.97
37815867--37816037	93	1.8	93	88	0	261	21	18	29	30	1.97
37820770--37820896	37	3.4	37	98	0	245	24	33	18	22	1.97
37820936--37821039	48	2.2	48	98	0	199	33	26	4	34	1.78
37821031--37821325	47	6.1	47	93	3	500	30	27	8	33	1.86
37821112--37821190	25	3.3	25	64	16	67	32	26	5	35	1.78
37821031--37821325	143	2.0	144	96	1	538	30	27	8	33	1.86
37821031--37821325	96	3.1	96	97	1	540	30	27	8	33	1.86
37824186--37824310	40	3.1	40	77	7	101	22	25	24	27	2.00
37825055--37825291	40	5.9	40	90	2	341	27	25	18	28	1.98
37825053--37825383	80	4.2	79	83	6	348	27	25	18	28	1.98
37825246--37825398	40	3.8	40	77	3	121	27	24	20	27	1.99
37825086--37825383	120	2.5	120	81	9	333	28	23	18	29	1.98
37827292--37827418	37	3.4	37	88	0	200	25	30	18	25	1.98
37827458--37827561	48	2.2	48	98	0	199	31	26	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37827553--37827930	96	4.0	94	96	3	677	30	27	8	33	1.86
37827553--37827942	47	8.1	47	92	4	647	30	27	8	33	1.86
37827634--37827712	25	3.3	25	64	16	67	32	26	5	35	1.78
37827552--37827942	143	2.7	143	93	3	671	30	27	8	33	1.86
37843200--37843372	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
37843197--37843367	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
37850109--37850279	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
37850104--37850276	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
37850700--37850759	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
37856954--37857124	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
37856949--37857121	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
37857547--37857606	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
37859880--37860052	46	3.7	46	74	14	176	22	19	27	30	1.98
37859877--37860047	93	1.8	93	91	2	281	22	19	28	29	1.98
37861747--37861879	49	2.7	49	88	0	194	21	27	21	29	1.98
37861905--37862111	46	4.4	48	79	6	210	23	27	20	28	1.99
37861905--37862111	94	2.2	93	85	5	283	23	27	20	28	1.99
37862774--37862812	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
37864623--37864678	24	2.4	24	87	3	87	48	3	7	41	1.48
37865501--37865534	17	2.0	17	100	0	68	41	5	23	29	1.78
37869361--37869415	19	2.8	19	76	17	60	65	1	1	30	1.13
37869340--37869404	27	2.4	25	76	16	67	69	0	1	29	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37869411--37869461	20	2.7	18	75	19	50	64	1	1	31	1.15
37871264--37871316	27	1.9	28	88	3	81	67	0	0	32	0.91
37872041--37872079	11	3.5	11	80	13	53	74	20	2	2	1.06
37872722--37872777	18	3.1	18	73	14	51	41	1	1	55	1.21
37872725--37872779	19	2.8	19	72	2	56	41	1	1	54	1.21
37872768--37872807	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
37886735--37886759	13	1.9	13	100	0	50	28	32	16	24	1.96
37888665--37888747	24	3.5	24	94	0	148	22	16	22	37	1.94
37888665--37888775	48	2.3	48	89	3	161	27	17	21	33	1.96
37891347--37891544	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
37891413--37891530	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37891381--37891544	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37898914--37899111	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
37898980--37899097	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37898948--37899111	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37901654--37901851	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
37901720--37901837	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37901688--37901851	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37909216--37909413	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
37909282--37909399	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37909250--37909413	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37910697--37910736	21	1.9	21	89	0	62	22	17	40	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37914095--37914254	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
37920438--37920524	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
37920438--37920546	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
37920438--37920546	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
37923623--37923794	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
37923615--37923790	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
37932328--37932368	19	2.0	20	86	13	57	39	14	7	39	1.74
37935777--37935905	41	3.2	41	84	3	163	33	17	25	24	1.96
37935769--37935921	82	1.9	81	86	4	218	34	18	24	22	1.96
37935978--37936010	16	2.1	16	88	5	50	48	36	0	15	1.45
37935932--37936053	57	2.2	56	85	2	156	47	31	1	18	1.59
37936181--37936231	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
37936647--37936690	20	2.2	20	92	4	72	68	6	4	20	1.31
37936930--37936960	6	5.2	6	92	0	53	0	51	0	48	1.00
37937948--37938043	47	2.0	47	95	0	174	28	11	14	45	1.79
37938849--37939110	45	5.9	45	89	2	352	24	21	27	26	1.99
37939640--37939672	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
37943788--37943958	46	3.7	46	76	11	181	30	27	19	22	1.98
37943836--37943977	46	3.1	45	73	16	130	29	27	19	23	1.98
37950513--37950926	47	8.7	47	92	3	632	33	7	29	28	1.85
37950798--37950876	25	3.3	25	67	16	76	32	3	30	32	1.76
37955003--37955215	24	9.0	24	91	4	326	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37955003--37955215	47	4.5	47	91	4	331	27	22	21	28	1.99
37955002--37955215	71	3.0	70	89	4	331	27	21	21	28	1.99
37955274--37955330	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
37955262--37955332	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
37955267--37955321	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
37955369--37955415	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
37956642--37956899	27	9.6	27	84	6	319	40	8	22	28	1.83
37956644--37956898	133	1.9	134	91	2	415	40	8	21	29	1.83
37959906--37960117	24	9.0	24	91	5	326	27	22	22	27	1.99
37959905--37960116	70	3.0	69	91	4	336	27	22	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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