genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63263967--63264108	39	3.7	39	88	1	223	26	21	30	22	1.99
63270058--63270095	20	1.9	20	89	10	60	42	10	10	36	1.74
63278031--63278070	21	1.9	21	100	0	80	40	17	37	5	1.72
63279828--63279991	43	3.8	41	76	12	127	32	26	17	22	1.96
63279837--63279994	86	1.8	85	80	9	187	33	26	17	22	1.96
63280398--63280434	9	4.1	9	89	10	58	67	21	0	10	1.21
63284522--63284580	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
63286869--63287039	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
63286861--63287036	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
63293652--63293946	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
63301130--63301424	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
63314215--63314439	40	5.6	40	83	4	274	23	27	23	25	2.00
63320573--63320674	50	2.0	50	90	3	161	50	16	10	21	1.75
63324829--63325088	49	5.3	49	95	0	461	30	28	7	33	1.85
63331222--63331259	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
63332884--63332926	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
63334682--63334865	40	4.7	40	86	8	225	27	27	21	23	1.99
63342801--63342986	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
63346613--63346654	15	2.7	16	82	13	52	54	19	11	14	1.70
63349294--63349321	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
63355047--63355099	11	5.0	11	84	6	74	32	18	13	35	1.90
63355039--63355099	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63355039--63355097	5	11.4	5	75	7	55	35	18	10	35	1.85
63355039--63355105	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
63364812--63365073	49	5.2	49	90	8	427	30	9	29	30	1.88
63364896--63364978	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
63364884--63365073	97	1.9	98	97	1	364	30	8	31	30	1.88
63365049--63365098	25	2.0	25	96	0	91	34	0	30	36	1.58
63364952--63365194	122	2.0	121	93	2	416	32	6	30	30	1.84
63365001--63365147	74	2.0	73	91	1	240	34	6	29	29	1.82
63365074--63365246	49	3.6	49	88	4	264	34	6	30	28	1.83
63366930--63367000	25	2.9	24	78	14	65	29	23	21	25	1.99
63367049--63367107	5	11.4	5	78	7	64	37	18	8	35	1.81
63367049--63367107	21	2.8	21	87	5	84	37	18	8	35	1.81
63367049--63367115	10	6.6	10	81	11	66	37	17	8	35	1.82
63370739--63370843	43	2.5	42	76	7	113	31	18	22	27	1.97
63373921--63373965	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
63373929--63373983	29	2.0	27	85	7	74	30	1	0	67	1.01
63373981--63374073	39	2.3	40	83	3	107	23	1	9	65	1.29
63377214--63377327	36	3.2	36	82	5	151	42	17	7	31	1.78
63377214--63377327	35	3.2	34	82	8	147	42	17	7	31	1.78
63378085--63378142	29	2.0	28	83	6	71	25	12	5	56	1.56
63382372--63382616	49	4.9	49	83	3	301	29	26	17	25	1.98
63382383--63382616	100	2.4	98	84	4	308	30	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63388415--63388511	41	2.4	41	98	0	185	19	21	30	27	1.98
63391859--63392200	47	6.9	47	81	12	378	31	11	29	27	1.92
63391953--63392070	60	2.0	60	96	0	218	27	13	31	27	1.94
63391859--63392164	154	1.9	156	88	3	463	31	12	29	27	1.93
63392183--63392318	46	3.0	47	85	4	188	35	8	30	25	1.86
63397165--63397437	49	5.7	47	90	2	375	27	29	10	32	1.90
63400177--63400203	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
63401342--63401398	20	2.8	20	81	2	60	31	0	8	59	1.28
63401361--63401407	22	2.2	22	88	7	71	34	0	8	57	1.29
63401352--63401408	21	2.7	21	82	12	64	33	0	8	57	1.29
63410546--63410715	93	1.8	93	93	0	295	29	28	20	21	1.98
63410537--63410712	46	3.8	46	76	15	191	30	28	19	21	1.98
63412791--63413418	209	3.0	207	81	6	696	24	17	24	33	1.96
63412784--63413417	279	2.3	279	84	4	841	24	17	24	33	1.96
63412791--63413418	70	9.0	70	81	3	669	24	17	24	33	1.96
63415905--63415944	11	3.7	11	86	3	55	30	2	45	22	1.66
63419989--63420063	18	4.2	18	84	0	87	34	12	20	33	1.89
63419993--63420067	36	2.1	36	89	0	114	34	12	21	32	1.90
63420597--63420638	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
63420597--63420638	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
63423685--63423714	14	2.1	14	100	0	60	30	0	30	40	1.57
63426994--63427169	46	3.8	46	79	10	214	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63426990--63427161	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
63437072--63437129	30	2.0	30	93	3	100	27	15	25	31	1.96
63440666--63440748	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
63440955--63441037	25	3.4	24	86	6	105	25	21	22	30	1.99
63441842--63441906	27	2.4	27	82	5	78	20	26	18	35	1.95
63441959--63442159	27	7.4	27	77	5	136	31	9	20	38	1.84
63441956--63442154	54	3.7	54	78	4	204	31	10	19	39	1.84
63441938--63442159	82	2.7	81	74	6	189	31	9	20	38	1.85
63443565--63443696	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
63443565--63443696	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
63451419--63451550	29	4.5	29	95	1	228	23	24	14	37	1.92
63451419--63451550	59	2.3	59	94	1	230	23	24	14	37	1.92
63453059--63453231	47	3.7	47	93	0	283	28	31	6	32	1.84
63453134--63453209	22	3.3	22	67	16	64	27	31	10	30	1.90
63455636--63455802	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
63463619--63463785	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
63468344--63468500	27	5.8	27	89	0	233	39	8	22	29	1.83
63468333--63468525	81	2.4	81	83	0	251	37	7	22	31	1.83
63469507--63469544	15	2.5	15	100	0	76	28	34	15	21	1.94
63476974--63477089	46	2.5	46	83	8	119	25	30	18	26	1.98
63488168--63488571	55	7.6	55	74	14	312	23	23	16	36	1.95
63488180--63488567	109	3.7	104	75	11	331	24	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63488180--63488576	210	1.9	210	91	0	643	24	22	16	36	1.94
63492947--63493139	40	4.8	40	81	7	196	26	29	20	24	1.99
63497024--63497104	25	3.2	26	66	13	69	25	17	29	27	1.97
63496965--63497196	49	4.7	49	82	2	266	25	18	28	28	1.98
63500034--63500171	50	2.7	49	78	3	141	28	17	26	28	1.98
63501068--63501099	16	2.0	16	100	0	64	18	0	37	43	1.51
63508935--63509068	29	4.5	29	95	3	223	38	14	23	24	1.92
63508935--63509068	59	2.2	60	93	3	227	38	14	23	24	1.92
63508905--63509068	88	1.8	89	88	3	249	36	14	23	25	1.92
63510488--63510613	27	4.7	27	80	7	141	42	22	7	26	1.81
63510480--63510670	54	3.5	54	82	5	215	40	20	8	29	1.83
63510475--63510676	27	7.4	26	77	11	127	39	20	9	30	1.84
63510730--63510794	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
63511600--63511669	25	2.8	25	93	0	113	27	25	21	25	1.99
63511600--63511682	25	3.4	24	86	8	105	30	22	21	25	1.99
63511889--63511971	31	2.7	30	94	3	141	30	16	25	27	1.97
63511985--63512039	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
63511977--63512070	33	2.9	33	74	18	99	23	21	26	28	1.99
63518392--63518425	16	2.1	17	88	5	52	23	0	26	50	1.50
63518787--63518926	42	3.3	43	77	13	135	23	17	26	32	1.96
63528228--63528274	25	1.9	24	82	4	58	23	19	23	34	1.97
63531438--63531564	45	2.9	45	83	5	136	24	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63531881--63532177	43	6.9	43	93	0	495	29	32	24	13	1.93
63538639--63538792	49	3.2	49	78	9	145	29	17	29	23	1.97
63540547--63540657	6	17.8	6	70	20	77	47	14	18	18	1.82
63540547--63540657	31	3.5	31	90	6	161	47	14	18	18	1.82
63540589--63540646	19	3.4	19	69	30	67	44	17	18	18	1.87
63541065--63541341	27	10.3	27	87	1	367	24	20	19	35	1.96
63541323--63541558	27	8.7	27	79	0	121	28	8	23	39	1.84
63541326--63541536	54	3.9	54	78	3	219	28	8	22	40	1.83
63541065--63541372	81	3.8	80	81	6	318	25	19	18	36	1.95
63541325--63541558	81	2.9	80	78	3	236	28	8	23	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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