genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38972653--38972861	45	4.7	45	89	2	289	22	21	27	27	1.99
38977830--38978010	40	4.5	40	77	11	174	24	24	23	27	2.00
38977830--38978008	80	2.2	81	84	4	229	24	25	24	26	2.00
38977858--38978010	40	3.8	39	84	4	180	24	26	22	26	2.00
38985907--38986079	80	2.1	81	85	3	224	25	25	23	26	2.00
38985907--38986087	40	4.5	40	81	6	188	24	25	23	25	2.00
38991835--38992043	45	4.7	45	90	2	307	23	22	27	26	1.99
38996688--38996718	9	3.3	9	95	4	53	45	0	0	54	0.99
38996904--38997097	100	1.9	100	94	2	345	58	11	2	27	1.44
39000633--39000676	6	7.5	6	92	2	72	84	0	2	13	0.73
39000781--39000829	17	2.7	19	87	12	84	36	12	14	36	1.83
39004503--39004654	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
39004503--39004654	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
39012484--39012647	40	4.1	40	82	3	172	25	26	21	26	1.99
39012497--39012647	80	1.9	79	84	4	205	24	27	21	26	2.00
39020977--39021048	29	2.5	28	84	4	81	31	33	13	20	1.92
39025337--39025651	44	7.1	45	73	10	256	32	16	23	27	1.96
39025329--39025655	132	2.5	132	88	2	485	33	16	23	26	1.96
39025616--39026185	175	3.3	175	91	0	908	33	18	20	27	1.96
39026477--39026510	11	3.2	10	88	12	50	85	0	0	14	0.60
39026479--39026510	6	5.7	6	85	14	50	84	0	0	15	0.63
39026633--39026711	36	2.1	38	88	9	117	36	10	17	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39026633--39026711	19	4.2	19	88	9	117	36	10	17	35	1.84
39026824--39026902	36	2.1	38	88	9	117	36	10	17	35	1.84
39026824--39026902	19	4.2	19	88	9	117	36	10	17	35	1.84
39026571--39026949	191	2.0	191	100	0	758	35	11	14	38	1.83
39038127--39038259	29	4.6	29	76	7	90	24	31	17	27	1.97
39041883--39041943	26	2.3	26	88	5	88	34	18	13	34	1.89
39041895--39041946	26	2.0	26	100	0	104	30	19	11	38	1.87
39055376--39055445	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
39055376--39055457	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
39059627--39059874	47	5.3	47	94	0	406	27	27	8	36	1.85
39063384--39063771	40	9.7	40	91	0	535	24	28	21	25	1.99
39063825--39063899	38	2.0	38	84	10	100	22	26	18	32	1.97
39066156--39066450	47	6.3	47	92	0	464	27	28	8	35	1.86
39072290--39072334	22	2.0	22	87	8	65	24	2	51	22	1.60
39074894--39074923	12	2.5	12	94	0	51	30	0	26	43	1.55
39088225--39088394	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
39096320--39096489	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
39098272--39098436	40	4.2	39	79	6	165	23	27	23	26	2.00
39106201--39106368	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
39106217--39106366	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
39112785--39112957	93	1.9	93	92	0	292	27	29	21	21	1.98
39112786--39112953	46	3.6	46	77	10	180	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39115347--39115423	15	5.2	15	76	9	86	55	14	15	14	1.69
39115345--39115423	29	2.7	30	76	11	90	55	13	16	13	1.69
39118565--39118664	40	2.5	39	85	9	123	19	30	27	24	1.98
39121663--39121835	93	1.9	93	95	0	310	27	30	21	20	1.98
39121664--39121831	46	3.6	46	79	13	200	27	29	22	20	1.98
39130148--39130371	48	4.7	48	71	13	165	24	29	16	29	1.96
39137130--39137220	28	3.2	28	90	0	146	25	13	32	28	1.93
39138903--39138927	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
39148197--39148279	30	2.7	31	80	7	100	24	24	18	33	1.96
39148492--39148543	25	2.1	25	92	3	88	26	19	21	32	1.97
39148499--39148569	25	2.8	25	89	2	97	28	21	23	26	1.99
39156133--39156215	30	2.7	31	83	3	116	21	22	20	34	1.96
39156409--39156480	25	3.0	23	80	17	67	31	22	18	27	1.97
39156436--39156506	25	2.8	26	82	6	83	30	22	21	25	1.98
39158689--39158722	17	2.1	16	88	5	50	44	11	0	44	1.40
39159395--39159472	40	2.0	38	80	14	88	47	25	6	20	1.74
39161259--39161385	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
39161275--39161425	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
39161275--39161424	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
39167255--39167421	43	3.9	43	74	9	162	29	14	23	31	1.95
39170699--39170813	55	2.1	56	80	11	130	34	21	24	19	1.96
39170724--39170813	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39170919--39170983	28	2.3	28	94	0	112	30	9	27	32	1.88
39176307--39176589	40	7.1	40	82	0	289	31	20	19	28	1.97
39176309--39176615	80	3.9	80	81	0	321	29	20	20	28	1.98
39176307--39176604	120	2.5	119	82	1	346	30	21	20	28	1.98
39177041--39177076	17	2.1	17	100	0	72	25	0	5	69	1.10
39177144--39177247	22	4.9	22	70	13	65	24	0	25	49	1.57
39177144--39177310	7	23.4	7	73	10	88	22	0	29	46	1.56
39177240--39177332	43	2.2	44	86	3	127	21	0	37	40	1.54
39177233--39177330	50	2.0	50	89	4	153	20	0	37	41	1.52
39177214--39177333	7	16.9	7	78	6	80	20	0	36	42	1.53
39178385--39178800	207	2.0	207	96	0	760	27	17	20	34	1.95
39180618--39180724	54	2.0	54	87	3	153	39	18	24	17	1.92
39180623--39180727	27	3.9	27	79	12	117	38	20	24	17	1.93
39182146--39182216	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
39188457--39188567	27	4.1	27	83	10	138	37	23	23	15	1.93
39189981--39190027	24	2.0	24	86	0	67	25	34	0	40	1.56
39192017--39192293	43	6.5	43	84	2	315	24	16	28	30	1.97
39192017--39192293	86	3.2	85	84	1	347	24	16	28	30	1.97
39193083--39193319	118	2.0	118	95	0	429	30	8	22	38	1.85
39194847--39194906	26	2.3	26	85	2	77	23	21	21	33	1.97
39195041--39195091	25	2.1	25	88	3	77	33	13	19	33	1.91
39201970--39202040	26	2.8	26	91	2	108	25	22	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39202173--39202221	25	2.0	25	83	0	62	28	18	20	32	1.96
39205870--39205923	28	1.9	28	88	0	81	20	7	1	70	1.21
39223045--39223169	46	2.7	46	79	0	160	31	16	28	24	1.96
39223540--39223638	45	2.2	45	81	1	119	37	19	19	24	1.94
39223768--39223868	44	2.3	44	83	6	116	33	15	20	29	1.94
39223833--39224142	142	2.2	143	86	2	419	30	18	22	28	1.97
39225580--39225617	19	2.0	19	89	0	58	13	5	2	78	1.02
39233758--39233814	23	2.5	23	100	0	114	42	24	12	21	1.87
39239322--39239355	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
39240401--39240674	151	1.8	151	79	1	325	24	24	26	24	2.00
39243445--39243497	26	2.0	26	100	0	106	24	7	15	52	1.68
39248228--39248264	18	2.0	18	89	5	56	18	35	2	43	1.65
39251552--39251581	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
39255176--39255358	79	2.3	80	85	7	239	25	27	22	24	2.00
39255174--39255358	40	4.7	40	84	7	243	25	28	22	23	1.99
39256183--39256317	66	2.0	66	98	0	261	25	31	8	34	1.87
39266141--39266166	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39269031--39269207	45	4.0	44	80	7	175	24	16	27	31	1.97
39270008--39270201	6	31.8	6	73	18	161	48	14	17	20	1.81
39270008--39270201	31	6.4	30	88	5	275	48	14	17	20	1.81
39270008--39270201	61	3.2	60	93	1	316	48	14	17	20	1.81
39270320--39270395	27	2.8	27	82	4	82	36	22	21	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39270497--39270572	27	2.8	26	88	4	98	35	22	22	19	1.96
39270771--39270966	27	7.3	27	85	0	167	27	19	17	35	1.95
39270800--39270958	81	2.0	81	85	0	219	27	18	16	36	1.93
39270773--39270966	54	3.6	54	85	2	246	27	19	17	35	1.94
39270774--39270966	81	2.4	81	80	3	217	27	19	17	35	1.94
39276917--39277125	45	4.7	45	86	2	289	27	28	21	22	1.99
39277235--39277282	13	3.6	13	73	15	53	25	16	10	47	1.78
39277237--39277292	27	2.1	27	100	0	112	26	16	10	46	1.79
39281633--39281667	17	2.1	17	100	0	70	20	22	22	34	1.97
39288733--39288798	31	2.1	31	100	0	132	57	3	13	25	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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