Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  2  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
467009--467042
14
2.6
14
90
9
54
44
0
0
55
0.99
467434--467473
11
3.6
11
79
0
53
17
15
10
57
1.64
467411--467472
22
2.8
23
82
4
65
14
14
8
62
1.52
467510--467573
30
2.1
31
85
8
87
31
4
7
56
1.49
467656--467694
18
2.2
18
86
9
53
20
0
10
69
1.17
467649--467695
19
2.5
18
77
19
51
23
0
8
68
1.17
467696--467728
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
470224--470267
22
2.0
22
95
0
79
22
6
22
47
1.75
470993--471259
123
2.2
122
82
2
320
44
19
11
23
1.83
473697--473723
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
479579--479604
6
4.3
6
100
0
52
50
0
15
34
1.45
480835--480866
15
2.1
15
94
0
55
53
0
0
46
1.00
480835--480866
7
4.2
8
92
7
50
53
0
0
46
1.00
495732--495773
18
2.3
18
84
8
50
50
2
0
47
1.14
505581--505613
2
16.5
2
93
0
57
51
0
0
48
1.00
506517--506575
21
2.9
21
80
12
61
27
3
6
62
1.36
507467--507507
18
2.3
18
87
8
57
29
19
0
51
1.47
508659--508689
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
523733--523767
16
2.3
15
90
5
52
20
0
5
74
1.02
523736--523773
16
2.3
17
81
4
51
23
0
5
71
1.07
524367--524405
21
1.9
20
85
15
53
41
7
17
33
1.79
530796--530828
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
532564--532626
21
3.2
21
61
21
55
46
12
6
34
1.68
532562--532653
37
2.5
37
98
0
175
47
14
6
31
1.69
533566--533592
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
534906--534949
21
2.0
22
91
4
72
36
0
15
47
1.46
535677--535742
31
2.1
31
83
5
80
46
6
7
39
1.57
540302--540343
21
2.0
21
95
0
75
33
2
14
50
1.56
541233--541278
22
2.1
22
91
0
74
17
26
8
47
1.76
542632--542692
29
2.2
27
80
11
70
62
3
1
32
1.21
542754--542799
10
4.6
10
78
10
58
63
0
10
26
1.27
542753--542801
11
4.7
11
75
10
50
63
0
10
26
1.26
548203--548236
7
4.9
7
96
0
59
58
0
11
29
1.33
548217--548284
29
2.3
29
78
16
70
54
0
14
30
1.41
551086--551122
17
2.1
17
90
10
56
40
0
0
59
0.97
555976--556012
20
2.0
20
84
10
51
18
8
8
64
1.45
563915--563962
25
1.9
25
83
8
62
54
4
0
41
1.20
564680--564722
12
3.8
12
81
12
54
53
0
0
46
1.00
564666--564740
40
1.9
38
81
7
89
54
0
1
44
1.08
564768--564796
6
5.0
6
95
4
51
31
0
0
68
0.89
568383--568431
24
2.0
24
92
7
82
20
22
30
26
1.98
571496--571673
91
2.0
91
86
3
252
32
21
20
25
1.98
571729--571835
51
2.1
50
82
1
124
29
18
15
35
1.93
571776--571895
59
2.0
60
80
1
134
30
16
12
40
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
573224--573254
3
10.7
3
93
6
55
32
0
0
67
0.91
580857--580944
21
4.1
22
77
10
92
35
26
23
14
1.94
580862--580943
44
1.9
41
82
7
101
32
28
24
14
1.94
581115--581150
13
2.8
13
84
16
56
58
41
0
0
0.98
581125--581209
36
2.3
38
88
9
133
51
36
2
9
1.47
581188--581270
28
3.0
27
91
3
130
45
31
3
19
1.67
584209--584303
27
3.4
27
84
5
127
45
11
23
20
1.83
585049--585091
12
3.6
11
84
12
50
34
0
6
58
1.25
585089--585116
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
585612--585737
57
2.2
59
85
4
166
16
20
22
40
1.91
585873--585908
18
1.9
19
88
5
56
33
11
16
38
1.84
587988--588138
53
2.8
54
87
7
193
26
16
26
30
1.97
588028--588173
53
3.0
48
82
7
125
26
15
28
30
1.96
590853--590906
17
3.5
17
67
27
57
14
3
18
62
1.46
590843--590908
28
2.3
28
92
2
105
16
3
18
62
1.46
591110--591312
54
3.8
54
69
16
150
27
19
16
36
1.93
591123--591358
109
2.2
107
80
1
274
27
20
16
35
1.95
591414--591553
52
2.7
49
83
5
154
40
19
19
20
1.91
591414--591621
54
4.0
51
74
8
159
40
18
17
23
1.91
592197--592405
109
2.0
105
88
5
312
29
18
16
35
1.93
592320--592581
51
5.0
48
76
13
193
29
20
14
34
1.93
595380--595480
51
2.0
51
98
0
193
32
22
12
31
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
595380--595493
51
2.2
51
93
0
192
29
22
14
33
1.93
597189--597238
21
2.4
22
71
18
52
46
14
4
36
1.63
598110--598197
33
2.7
33
83
1
124
40
12
20
26
1.88
598215--598361
31
4.7
31
87
0
213
26
18
28
26
1.98
598456--598543
27
3.3
27
91
0
131
43
15
20
20
1.88
598598--598671
34
2.2
34
92
0
121
25
13
28
32
1.94
599841--600069
105
2.2
104
83
3
282
28
18
20
31
1.97
600085--600558
238
2.0
238
98
0
912
45
11
14
28
1.80
600651--600778
52
2.5
53
88
3
197
27
18
15
38
1.91
602247--602312
33
2.0
34
93
3
116
30
19
9
40
1.83
603234--603295
19
3.2
20
84
8
74
77
3
1
17
0.98
616324--616424
31
3.3
31
78
0
94
43
10
11
33
1.76
619770--619896
30
4.4
30
73
16
106
40
2
4
52
1.35
620343--620389
16
2.9
16
72
15
51
31
0
0
68
0.90
621343--621444
53
1.9
53
84
6
134
29
3
8
57
1.47
627919--627964
23
2.0
23
83
8
58
47
6
0
45
1.28
648603--648645
22
2.0
21
86
4
59
67
0
0
32
0.91
655556--655622
25
2.7
26
79
9
77
35
2
0
61
1.12
660728--660755
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
660795--660824
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
664302--664357
17
3.4
16
75
9
51
71
5
1
21
1.15
666637--666665
11
2.6
11
100
0
58
58
0
0
41
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
668475--668509
16
2.1
16
89
10
52
60
0
2
37
1.12
668476--668517
21
2.0
21
86
9
59
64
0
2
33
1.07
668498--668542
23
1.9
24
86
4
65
68
0
2
28
1.01
673454--673496
22
2.0
21
86
4
59
39
27
30
2
1.69
677395--677448
24
2.2
25
86
3
74
61
1
0
37
1.07
684367--684392
7
3.7
7
100
0
52
26
30
0
42
1.56
684326--684449
58
2.1
58
92
0
203
30
21
12
34
1.91
690049--690077
4
7.2
4
100
0
58
27
0
24
48
1.51
691290--691314
13
1.9
13
100
0
50
88
8
4
0
0.64
696570--696689
58
2.1
57
82
4
143
42
15
14
27
1.86
706068--706109
13
2.9
14
82
13
50
59
2
0
38
1.10
711144--711272
44
2.8
45
82
4
152
34
13
24
27
1.93
713037--713197
35
4.6
35
88
1
225
28
11
24
35
1.90
719934--720094
35
4.6
35
88
1
216
35
24
11
29
1.90
719972--720094
35
3.5
35
95
0
219
36
25
9
28
1.88
747160--747259
47
2.1
48
94
5
175
35
2
5
58
1.31
747171--747246
24
3.2
24
66
15
68
31
2
3
61
1.28
750515--750562
23
2.1
23
88
3
71
47
2
2
47
1.25
751343--751404
29
2.1
29
84
0
79
45
0
4
50
1.23
752095--752128
15
2.3
15
94
0
59
73
0
0
26
0.83
764575--764619
23
2.0
23
82
8
56
62
0
2
35
1.08
799522--799549
14
2.0
14
100
0
56
28
0
14
57
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
806508--806532
11
2.3
11
100
0
50
76
16
8
0
1.02
812366--812431
25
3.0
21
77
16
78
27
1
16
54
1.51
813861--813902
22
1.9
22
100
0
84
50
0
0
50
1.00
813993--814059
14
4.7
15
81
7
77
38
14
7
38
1.75
813993--814059
29
2.4
28
87
2
89
38
14
7
38
1.75
815274--815353
40
2.0
40
100
0
160
25
5
15
55
1.60
816668--816709
20
2.1
20
95
0
75
47
0
4
47
1.23
832108--832132
13
1.9
13
100
0
50
24
8
0
68
1.16
835724--835837
58
2.0
58
92
0
192
45
11
10
32
1.74
840775--840800
13
2.0
13
100
0
52
23
38
7
30
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345