genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20804942--20805021	32	2.6	31	78	11	92	30	15	23	31	1.95
20819262--20819372	13	8.4	13	71	11	82	41	1	22	34	1.64
20819281--20819372	40	2.3	40	92	0	148	43	2	20	33	1.64
20823023--20823164	42	3.3	42	78	7	135	33	25	16	23	1.96
20823023--20823175	43	3.6	43	74	8	141	33	25	16	24	1.96
20827165--20827213	19	2.5	19	93	3	80	22	32	0	44	1.53
20829622--20829655	14	2.4	14	85	14	52	23	0	14	61	1.33
20831442--20831556	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
20831442--20831575	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
20833497--20833539	18	2.4	18	84	3	52	4	13	4	76	1.10
20841034--20841088	27	2.0	27	89	0	83	38	12	10	38	1.79
20841087--20841112	9	2.9	9	100	0	52	11	19	23	46	1.82
20846916--20847101	71	2.7	67	92	6	261	18	27	18	34	1.95
20846939--20847101	71	2.3	71	100	0	326	19	27	17	35	1.94
20846939--20847135	71	2.8	70	92	3	274	20	27	17	34	1.95
20849305--20849363	22	2.7	23	74	7	61	15	35	27	22	1.94
20849305--20849387	43	1.9	43	82	0	103	18	37	22	21	1.94
20851203--20851238	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
20853768--20853910	70	2.0	70	98	0	277	31	11	13	44	1.79
20855878--20855922	18	2.5	18	86	10	65	37	0	0	62	0.96
20855841--20856044	95	2.1	95	84	9	268	47	2	4	45	1.36
20856063--20856269	107	1.9	108	81	4	249	49	12	13	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20858463--20858505	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
20876637--20876812	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20876634--20876805	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20884208--20884383	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20884205--20884376	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20891780--20891955	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20891777--20891948	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20896949--20897006	28	2.0	29	86	3	82	36	24	25	13	1.92
20896989--20897108	25	4.9	24	78	8	109	34	18	27	20	1.95
20896978--20897104	50	2.6	48	80	9	141	35	19	26	18	1.95
20902646--20902831	40	4.7	40	86	5	218	26	20	26	26	1.99
20902702--20902854	80	1.9	79	83	9	195	28	19	24	26	1.99
20913210--20913278	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
20914906--20914943	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
20921229--20921292	19	3.4	19	70	12	69	18	9	25	46	1.79
20921248--20921273	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
20929026--20929085	18	3.3	18	85	0	84	40	11	20	28	1.87
20929417--20929496	27	3.0	27	84	0	106	38	21	17	22	1.93
20929613--20929646	18	1.9	18	88	5	52	17	44	26	11	1.83
20932796--20933060	27	9.8	27	88	0	296	28	22	8	40	1.84
20932796--20933060	54	4.9	54	89	0	377	28	22	8	40	1.84
20932796--20933059	81	3.3	81	90	2	386	28	22	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20932796--20933089	81	3.6	80	87	2	372	30	22	8	38	1.84
20932850--20933188	81	4.2	80	81	5	261	33	21	8	36	1.84
20932696--20933264	27	21.0	27	79	6	193	34	20	9	34	1.85
20933321--20933413	27	3.4	27	86	2	116	35	19	24	20	1.96
20934636--20934692	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
20934634--20934696	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
20934752--20935039	24	12.1	23	91	5	425	29	20	21	28	1.98
20936299--20936367	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
20940109--20940188	18	4.6	17	87	3	97	38	10	21	30	1.86
20941900--20942121	67	3.4	64	77	6	221	32	14	28	23	1.95
20942565--20942662	49	2.0	49	100	0	196	30	10	18	40	1.84
20945254--20945310	30	1.9	30	85	0	78	40	8	21	29	1.83
20947687--20947755	27	2.6	27	80	0	75	44	20	15	18	1.86
20950056--20950097	13	3.2	12	93	6	57	14	30	35	19	1.91
20958316--20958499	40	4.6	40	87	5	248	23	23	27	25	2.00
20962168--20962240	35	2.1	35	92	0	119	32	16	20	30	1.95
20981371--20981455	39	2.2	39	93	2	145	41	9	11	37	1.74
20983210--20983285	26	2.9	27	83	13	95	40	19	10	28	1.85
20983156--20983285	27	4.8	26	72	12	102	39	19	10	30	1.86
20983184--20983417	27	8.7	26	75	10	114	36	21	8	33	1.85
20983206--20983407	54	3.8	53	77	5	183	35	20	8	35	1.84
20983367--20983526	27	5.9	27	84	2	160	41	21	6	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20983358--20983525	81	2.1	81	82	4	196	41	23	7	28	1.80
20983372--20983579	54	3.9	54	82	4	199	41	21	7	29	1.80
20983399--20983579	27	6.7	27	79	5	161	42	20	7	29	1.79
20983825--20983894	25	2.8	25	88	0	104	28	25	21	24	1.99
20983824--20983907	25	3.4	23	77	11	78	30	22	21	25	1.98
20983825--20983919	50	1.9	50	80	8	113	30	24	21	24	1.99
20985184--20985260	6	14.2	5	72	20	50	75	1	5	18	1.06
20985184--20985251	18	3.9	17	76	5	73	75	1	5	17	1.08
20985184--20985251	6	11.7	6	76	4	59	75	1	5	17	1.08
20992249--20992286	18	2.1	18	100	0	76	31	5	31	31	1.80
20996836--20997059	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
20996836--20997059	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
20998536--20998745	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
21006671--21006880	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
21011926--21011969	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
21014353--21014526	46	3.8	45	81	6	206	21	21	29	28	1.98
21017419--21017474	15	3.7	15	83	7	69	14	17	8	58	1.61
21019858--21020031	46	3.8	46	79	4	197	22	20	29	28	1.98
21019854--21020023	93	1.8	92	91	1	277	22	20	29	27	1.98
21024574--21024712	37	3.5	39	78	6	138	30	23	18	27	1.98
21024578--21024713	41	3.5	39	75	9	125	32	23	17	26	1.97
21024849--21024877	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21025937--21025984	25	1.9	25	87	8	71	43	14	0	41	1.45
21031505--21031679	43	4.1	43	80	6	205	32	24	14	29	1.94
21031970--21032003	17	1.9	18	94	5	61	41	17	0	41	1.50
21035679--21035776	48	2.0	48	98	0	187	35	8	14	41	1.75
21039538--21039599	20	3.1	20	69	17	65	43	1	20	33	1.62
21039519--21039599	40	2.0	40	100	0	162	41	2	19	35	1.65
21039851--21039896	21	2.2	20	84	3	56	41	2	10	45	1.51
21043737--21043785	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
21044598--21044631	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
21048455--21048495	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
21054760--21054828	38	1.9	37	85	11	99	57	0	2	39	1.13
21055452--21055477	9	2.9	9	100	0	52	57	11	7	23	1.59
21055515--21055560	23	2.0	23	82	0	56	15	28	23	32	1.95
21060015--21060060	23	2.0	23	82	0	56	15	28	23	32	1.95
21063468--21063502	17	2.1	17	94	0	61	48	5	14	31	1.67
21068142--21068212	29	2.4	28	76	21	74	52	2	5	39	1.40
21078476--21078500	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21085729--21085757	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
21091320--21091411	25	3.7	25	85	5	123	28	21	19	30	1.98
21092704--21092766	20	3.1	21	80	6	78	50	0	1	47	1.10
21092872--21092910	15	2.6	15	100	0	78	46	0	5	48	1.24
21092866--21092934	28	2.5	28	76	15	72	46	1	4	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21092961--21092995	16	2.2	16	90	10	54	77	11	8	2	1.10
21093423--21093474	12	4.5	11	79	11	50	57	0	11	30	1.34
21093919--21093977	21	2.8	21	76	0	73	18	18	23	38	1.93
21094546--21094579	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21110065--21110127	31	2.0	31	93	0	108	34	9	19	36	1.84
21111295--21111330	10	3.8	9	86	13	54	30	0	0	69	0.89
21112052--21112084	18	1.9	18	88	11	52	54	12	0	33	1.37
21126820--21127042	106	2.1	106	89	0	338	24	11	26	37	1.90
21126820--21127083	106	2.5	106	84	1	332	22	12	26	38	1.89
21135010--21135042	14	2.4	14	90	10	50	15	3	36	45	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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