genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38191981--38192214	94	2.5	94	87	2	292	33	11	29	24	1.91
38192198--38192416	46	4.8	46	92	0	348	36	10	31	22	1.87
38194907--38195308	55	7.8	54	74	14	310	23	24	15	36	1.94
38194932--38195333	199	2.0	199	95	0	723	24	24	15	35	1.94
38195280--38195402	47	2.6	47	94	0	210	26	23	13	35	1.93
38201308--38201438	29	4.6	29	82	3	140	24	16	32	25	1.96
38201308--38201379	28	2.5	29	95	2	128	26	15	30	27	1.96
38203486--38203612	46	2.8	44	84	7	130	20	29	22	26	1.98
38206971--38207024	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
38207269--38207515	49	5.0	50	82	2	300	25	18	26	28	1.98
38207272--38207515	100	2.5	98	83	2	308	25	18	26	29	1.98
38207269--38207545	150	1.8	150	90	4	443	26	18	26	28	1.98
38211346--38211408	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
38213045--38213084	21	1.9	21	100	0	80	15	25	17	42	1.88
38214953--38215225	48	5.8	48	72	13	212	27	20	26	25	1.99
38214949--38215173	90	2.4	91	76	10	224	28	20	24	26	1.99
38214945--38215220	138	2.0	138	83	7	346	28	19	25	26	1.99
38217727--38217817	37	2.4	37	90	1	146	24	31	18	25	1.97
38217913--38218274	49	7.4	49	93	0	589	29	32	8	29	1.87
38224739--38224917	48	3.7	48	79	0	187	30	20	22	26	1.99
38224881--38225115	42	5.6	41	76	12	192	27	16	24	32	1.96
38224956--38225116	43	3.8	43	80	11	195	27	16	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38224847--38225115	85	3.1	85	80	7	303	27	17	24	30	1.97
38228067--38228188	47	2.6	47	90	0	190	37	13	22	25	1.92
38228175--38228471	108	2.7	108	91	0	468	35	17	24	22	1.96
38228167--38228471	55	5.6	54	80	8	352	35	17	24	22	1.95
38232036--38232300	27	9.8	26	85	4	305	29	21	8	41	1.82
38232036--38232300	54	4.9	54	88	0	359	29	21	8	41	1.82
38231982--38232167	81	2.3	81	79	1	185	30	23	9	37	1.87
38232036--38232328	81	3.6	81	86	2	365	30	21	8	39	1.82
38232090--38232428	81	4.2	80	80	5	252	33	20	8	36	1.83
38231936--38232504	27	21.0	27	78	6	166	34	20	8	35	1.84
38232561--38232653	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
38233901--38233957	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
38233899--38233961	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
38234016--38234182	24	7.0	23	86	6	219	29	22	21	26	1.99
38234016--38234182	47	3.5	47	86	4	221	29	22	21	26	1.99
38234016--38234181	71	2.3	71	90	3	253	29	22	21	26	1.99
38234374--38234454	31	2.6	31	86	5	110	33	17	25	23	1.96
38236644--38236685	21	2.0	22	90	4	68	42	4	16	35	1.69
38236647--38236692	21	2.2	21	84	7	58	43	4	13	39	1.63
38238727--38238816	20	4.5	20	95	0	153	24	37	25	12	1.90
38243717--38243824	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
38249536--38249583	25	1.9	25	100	0	96	29	12	20	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38258010--38258426	207	2.0	207	100	0	834	31	18	16	34	1.93
38263002--38263028	13	2.1	13	100	0	54	0	0	14	85	0.61
38265015--38265084	34	2.1	34	91	0	113	50	11	18	20	1.77
38265626--38265797	46	3.7	46	78	7	150	27	19	29	23	1.98
38265626--38265796	93	1.8	95	80	12	210	28	19	29	23	1.98
38268461--38268589	50	2.5	51	91	2	215	34	16	24	25	1.95
38268565--38268713	31	4.8	31	92	0	244	26	20	27	25	1.99
38268825--38268939	42	2.7	43	85	6	155	30	13	26	28	1.94
38273475--38273548	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
38273458--38273718	47	5.6	47	92	0	414	31	11	29	27	1.92
38273606--38273677	22	3.1	22	65	18	56	34	6	29	29	1.83
38273640--38273715	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
38273458--38273752	94	3.1	95	88	3	411	31	11	30	26	1.92
38273732--38273822	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
38275262--38275657	40	9.9	40	94	1	681	24	22	27	25	2.00
38275669--38275796	28	4.5	28	80	5	141	21	20	28	30	1.98
38277744--38278004	47	5.6	47	92	0	414	31	12	29	26	1.92
38277926--38278001	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
38277744--38278047	94	3.2	95	87	3	411	31	11	30	26	1.92
38278028--38278117	46	1.9	48	84	8	123	36	5	27	30	1.80
38287070--38287394	46	7.0	46	89	1	409	22	23	14	39	1.91
38291710--38291810	29	3.5	29	90	2	168	25	10	10	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38298477--38298608	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
38306218--38306349	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
38308264--38308440	46	3.9	44	78	14	187	29	28	20	20	1.98
38308271--38308442	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	20	1.98
38314689--38314751	30	2.1	31	96	3	119	34	22	12	30	1.91
38315858--38316032	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
38315865--38316035	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
38318331--38318385	3	19.3	3	76	10	53	1	34	0	63	1.05
38318331--38318377	17	2.7	17	83	3	58	2	34	0	63	1.06
38318331--38318383	20	2.7	20	87	0	79	1	33	0	64	1.05
38318678--38318726	16	3.1	16	82	5	55	2	28	0	69	1.00
38319392--38319430	14	2.5	15	88	12	53	87	2	10	0	0.65
38322838--38322891	27	2.0	27	81	0	63	33	9	0	57	1.31
38322918--38322950	16	2.1	16	88	11	50	27	9	0	63	1.24
38322932--38323006	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
38322982--38323011	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
38323001--38323040	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
38323357--38323391	18	1.9	18	100	0	70	34	8	0	57	1.29
38323501--38323560	16	3.9	15	78	10	59	30	3	0	66	1.07
38323501--38323560	21	2.8	22	82	12	72	30	3	0	66	1.07
38323501--38323557	5	11.2	5	74	10	53	29	3	0	66	1.08
38331129--38331406	48	5.8	48	95	1	466	30	28	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38331129--38331406	98	2.9	96	93	2	475	30	28	6	34	1.83
38331381--38331430	24	2.1	24	92	0	82	24	26	10	40	1.86
38331333--38331478	72	2.0	72	94	0	256	28	27	8	36	1.85
38331129--38331406	146	1.9	145	92	1	468	30	28	6	34	1.83
38331405--38331636	48	4.8	48	97	0	428	30	27	6	35	1.83
38331285--38331526	120	2.0	120	95	0	439	28	27	7	35	1.85
38331237--38331574	168	2.0	168	95	0	613	29	27	7	35	1.84
38331187--38331622	216	2.0	217	94	0	766	29	27	7	35	1.84
38340366--38340395	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
38341104--38341322	40	5.4	40	86	2	260	26	23	26	23	2.00
38341104--38341322	120	1.8	121	86	3	316	26	23	26	23	2.00
38341265--38341348	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
38341102--38341348	80	3.1	80	80	1	181	26	23	25	23	2.00
38342809--38343360	206	2.7	206	92	2	910	30	18	22	28	1.97
38343749--38343866	59	2.0	59	100	0	236	42	22	20	15	1.89
38344952--38345007	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
38345032--38345064	16	2.1	16	88	11	50	27	9	0	63	1.24
38345046--38345120	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
38345096--38345125	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
38345115--38345154	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
38345469--38345509	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
38345616--38345676	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38345747--38345787	12	3.4	12	79	0	55	39	0	0	60	0.96
38345742--38345793	24	2.2	24	96	0	95	38	0	0	61	0.96
38350801--38350842	15	2.6	17	75	21	54	61	2	7	28	1.35
38353213--38353275	27	2.3	27	86	5	83	39	25	4	30	1.76
38353226--38353290	27	2.4	27	87	10	105	29	27	6	36	1.81
38353322--38353391	27	2.6	27	82	8	81	42	21	8	27	1.81
38354338--38354429	42	2.2	42	88	3	132	35	20	13	30	1.91
38354577--38354646	25	2.8	26	84	4	90	22	21	28	27	1.99
38355445--38355508	27	2.4	27	83	0	83	20	25	17	37	1.93
38355626--38355682	27	2.1	28	83	9	73	26	3	26	43	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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