genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66796748--66796817	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
66804652--66804721	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
66815509--66815915	47	8.6	48	72	12	197	26	18	29	24	1.98
66815506--66815717	46	4.6	45	77	16	186	27	18	30	23	1.98
66825849--66825888	21	1.9	21	85	10	55	30	30	20	20	1.97
66829837--66830200	46	7.7	47	77	12	256	27	19	29	23	1.98
66837624--66837728	47	2.2	47	94	0	183	34	8	30	26	1.86
66847165--66847327	39	4.2	39	91	0	245	24	31	20	23	1.98
66869570--66869639	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
66869570--66869651	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
66876061--66876114	27	2.0	27	100	0	108	40	14	11	33	1.82
66876469--66876559	45	2.0	45	85	4	121	34	26	14	25	1.94
66891019--66891171	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
66890988--66891170	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
66893092--66893237	40	3.6	41	78	7	147	25	26	24	23	2.00
66894935--66895116	50	3.7	48	83	2	211	29	18	23	29	1.98
66894945--66895128	99	1.8	101	85	2	264	28	18	23	28	1.98
66897284--66897330	12	3.9	12	97	0	85	6	51	25	17	1.69
66898698--66898748	27	1.9	26	91	0	75	37	17	13	31	1.89
66914190--66914330	40	3.5	40	87	0	183	22	27	23	26	2.00
66917871--66917940	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
66924410--66924479	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66928365--66928443	28	2.8	28	86	0	104	32	12	26	27	1.93
66928562--66928674	40	2.8	41	75	12	106	23	19	29	28	1.98
66931529--66931569	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
66940189--66940216	14	2.0	14	100	0	56	14	28	21	35	1.92
66941356--66941451	34	2.8	34	78	9	106	25	27	19	28	1.99
66945046--66945090	18	2.3	20	77	18	58	31	8	13	46	1.74
66945053--66945092	18	2.2	18	95	0	71	27	10	20	42	1.83
66946125--66946306	78	2.3	81	82	9	223	25	28	22	24	2.00
66946123--66946306	40	4.6	39	81	10	196	25	28	22	23	1.99
66956795--66957018	40	5.6	39	86	5	256	25	20	27	26	1.99
66956795--66957016	79	2.8	80	82	9	274	25	20	27	26	1.99
66956802--66957051	79	3.2	79	79	11	262	26	19	26	26	1.99
66965000--66965165	79	2.1	80	87	5	239	25	21	27	24	1.99
66964944--66965168	40	5.7	40	84	5	253	25	21	27	25	2.00
66965012--66965201	79	2.4	79	82	6	217	26	21	26	24	1.99
66975812--66975890	39	2.0	39	100	0	158	36	5	15	43	1.69
66977581--66977707	54	2.4	54	78	2	130	22	23	16	37	1.93
66977612--66977696	27	3.1	27	82	0	107	23	28	14	34	1.93
66977628--66977714	27	3.2	27	81	0	102	25	28	12	33	1.92
66977870--66978037	45	3.7	45	78	1	185	23	17	11	47	1.80
66977872--66978038	90	1.9	90	85	2	237	23	17	11	47	1.81
66977962--66978036	22	3.3	23	67	18	59	22	17	10	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66981697--66981863	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
66982686--66982731	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
66989731--66989897	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
66990725--66990770	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
66992978--66993031	28	1.9	28	92	0	90	35	27	9	27	1.87
66993021--66993115	40	2.3	41	81	1	102	31	28	14	25	1.95
67006241--67006725	241	2.0	241	100	0	970	31	18	20	29	1.96
67007488--67007669	49	3.7	49	85	2	256	28	25	19	26	1.99
67007475--67007667	100	1.9	100	93	0	332	27	24	20	26	1.99
67012658--67012839	49	3.7	49	82	2	247	29	25	18	26	1.98
67012645--67012832	100	1.9	100	92	0	313	29	25	18	26	1.98
67014412--67014474	31	2.0	31	90	0	99	22	23	17	36	1.95
67014669--67014765	24	4.0	24	88	6	133	27	22	19	29	1.98
67014669--67014765	49	2.0	49	86	8	135	27	22	19	29	1.98
67020487--67020520	12	3.0	12	91	8	54	55	0	0	44	0.99
67024139--67024235	51	1.9	51	86	0	140	30	27	16	24	1.96
67025868--67026075	40	5.2	39	82	1	209	25	25	22	26	2.00
67025868--67026074	80	2.6	80	81	5	231	25	25	22	26	2.00
67026526--67026659	65	2.0	66	95	4	245	37	17	11	33	1.86
67031245--67031339	47	2.0	47	100	0	190	29	31	10	28	1.90
67033520--67033726	40	5.2	39	82	2	209	25	25	22	26	2.00
67033520--67033724	79	2.6	81	81	6	222	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67039832--67039857	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
67041563--67041618	29	1.9	29	92	0	94	42	21	14	21	1.88
67043212--67043263	15	3.4	15	72	15	52	36	3	7	51	1.49
67043197--67043263	31	2.1	33	91	5	111	37	5	5	50	1.51
67045742--67045909	27	6.3	27	79	3	142	38	20	9	31	1.85
67045742--67045993	54	4.7	54	81	3	161	34	21	9	34	1.87
67045862--67046182	27	11.9	27	86	1	410	27	22	9	40	1.84
67045835--67046208	27	13.9	27	82	3	279	29	22	9	38	1.85
67045835--67046197	54	6.7	54	83	3	381	28	22	9	39	1.85
67046159--67046245	27	3.2	27	79	14	90	41	25	6	26	1.80
67046252--67046307	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
67046361--67046421	27	2.3	27	82	5	79	36	19	24	19	1.95
67047571--67047618	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67047662--67047719	20	3.0	20	89	2	91	36	12	18	32	1.88
67047770--67047936	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
67047770--67047937	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
67048128--67048222	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
67056359--67056613	50	5.4	48	67	20	151	29	21	17	31	1.96
67056315--67056560	44	5.3	44	70	19	160	28	21	16	32	1.95
67056177--67057009	282	3.0	282	83	1	1060	28	20	18	32	1.97
67056739--67056989	50	5.3	50	70	21	214	27	23	19	28	1.98
67056785--67056936	44	3.3	44	72	16	164	26	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67056140--67057000	94	9.1	94	83	2	949	28	20	19	32	1.97
67059854--67059912	30	2.0	30	93	6	102	45	10	15	28	1.78
67061412--67061477	25	2.7	25	84	9	75	42	19	21	16	1.89
67066840--67066881	20	2.1	20	100	0	84	26	30	9	33	1.88
67071406--67071745	42	8.0	43	82	3	384	30	25	19	24	1.98
67072625--67072662	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
67083184--67083568	41	9.4	41	93	0	583	19	21	24	34	1.97
67090009--67090049	21	2.0	21	90	0	64	36	19	0	43	1.51
67100111--67100171	24	2.5	24	86	5	88	42	21	19	16	1.89
67102573--67102597	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
67106629--67106884	85	3.0	85	95	0	467	58	7	10	24	1.55
67109714--67109757	16	2.9	16	87	12	58	81	0	15	2	0.78
67111979--67112133	43	3.7	43	71	8	138	30	25	16	26	1.97
67113634--67113855	40	5.6	40	94	1	376	27	26	22	22	1.99
67117281--67117310	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
67117768--67118087	56	5.7	56	85	1	435	34	24	15	26	1.94
67117768--67118087	168	1.9	168	88	0	487	34	24	15	26	1.94
67120087--67120113	7	3.9	7	100	0	54	40	14	0	44	1.46
67120618--67120646	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
67120760--67120799	7	5.7	7	91	8	64	85	2	12	0	0.71
67120760--67120799	13	2.9	14	88	11	64	85	2	12	0	0.71
67120760--67120799	20	2.0	21	95	5	73	85	2	12	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67120945--67121233	152	1.9	153	87	6	424	42	11	4	41	1.61
67121567--67121625	25	2.3	26	86	11	79	54	0	5	40	1.23
67125775--67125945	46	3.7	45	78	12	163	25	30	16	26	1.97
67128584--67128641	30	1.9	30	85	0	80	29	22	5	43	1.75
67131915--67131940	12	2.2	12	100	0	52	0	26	46	26	1.53
67131916--67131957	17	2.5	17	92	0	66	2	23	45	28	1.66
67132925--67133484	179	3.1	179	88	1	795	29	16	20	33	1.95
67133141--67133432	88	3.3	89	70	10	272	28	17	21	32	1.96
67133185--67133570	44	8.7	44	70	7	170	28	18	21	31	1.97
67133498--67133865	143	2.6	143	87	1	497	27	22	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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