genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68596778--68597316	49	11.2	49	93	3	927	31	9	30	29	1.88
68596778--68597316	195	2.8	196	94	3	945	31	9	30	29	1.88
68598951--68599094	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
68603447--68603586	37	3.7	37	82	7	140	24	28	22	24	1.99
68603479--68603625	39	3.8	39	81	10	151	23	27	23	26	2.00
68611582--68611729	77	1.9	79	84	5	203	23	26	22	27	2.00
68611550--68611729	40	4.6	40	81	7	163	23	26	22	26	2.00
68623853--68623921	28	2.5	28	88	2	104	21	10	24	43	1.83
68625737--68625780	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
68628228--68628297	28	2.5	28	85	0	86	32	11	25	30	1.91
68628237--68628299	28	2.2	28	88	0	90	33	11	26	28	1.91
68628414--68628542	44	3.0	43	80	10	129	27	19	27	25	1.99
68638273--68638343	28	2.5	28	84	8	92	25	14	29	30	1.94
68642510--68642610	28	3.5	28	83	6	105	29	27	12	29	1.93
68642510--68642581	29	2.5	29	86	6	103	29	27	12	30	1.93
68645001--68645073	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
68645001--68645133	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
68652709--68652781	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
68652709--68652841	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
68654204--68654370	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
68654204--68654370	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
68655195--68655240	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68662208--68662374	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
68662208--68662374	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
68663200--68663245	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68672006--68672092	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
68672006--68672114	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
68672006--68672114	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
68679144--68679230	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
68679144--68679252	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
68679144--68679252	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
68687790--68687865	31	2.5	31	95	0	134	17	30	31	21	1.96
68695517--68695637	55	2.2	55	76	5	129	20	33	24	20	1.97
68698074--68698098	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
68701649--68701818	49	3.5	49	79	10	222	28	18	29	22	1.98
68701649--68701922	97	2.8	98	83	2	302	28	17	28	25	1.98
68706420--68706459	21	2.0	21	85	5	55	20	40	20	20	1.92
68708969--68709186	40	5.5	39	86	6	271	24	27	22	25	2.00
68708969--68709187	78	2.8	80	84	7	286	25	26	22	25	2.00
68708969--68709187	118	1.8	120	83	7	295	25	26	22	25	2.00
68717140--68717361	116	1.9	118	85	5	308	26	26	21	25	2.00
68717121--68717361	40	6.1	40	85	7	289	26	26	21	25	2.00
68724274--68724361	46	1.9	46	90	0	140	26	22	28	22	1.99
68724421--68724548	49	2.6	49	85	7	154	32	21	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68725578--68725655	22	3.4	22	67	16	68	25	29	10	34	1.89
68725505--68726013	47	10.7	49	92	3	767	29	29	7	33	1.85
68725505--68726013	96	5.3	96	93	1	792	29	29	7	33	1.85
68729021--68729212	40	4.8	40	94	0	321	25	29	21	23	1.99
68731256--68731462	40	5.2	40	82	2	193	25	23	26	25	2.00
68731297--68731462	80	2.1	80	85	4	219	24	24	27	23	2.00
68739263--68739470	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
68739265--68739470	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
68741873--68741981	47	2.3	48	87	4	150	28	31	8	32	1.86
68755135--68755382	40	6.2	40	79	4	259	25	22	27	25	2.00
68755135--68755382	80	3.1	80	90	1	356	25	22	27	25	2.00
68755135--68755362	120	1.9	120	85	1	314	26	22	27	23	2.00
68761006--68761092	43	2.0	43	90	0	138	36	25	13	24	1.92
68769384--68769417	14	2.4	14	85	0	50	44	0	0	55	0.99
68769622--68769686	28	2.3	29	76	7	71	52	0	3	44	1.16
68778850--68779065	40	5.4	40	92	2	330	25	28	22	24	2.00
68784390--68784559	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
68793686--68793834	38	3.8	39	80	10	146	26	23	27	22	2.00
68793725--68793910	78	2.4	78	80	3	194	22	23	30	24	1.99
68798640--68798864	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
68798859--68798988	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
68798821--68798988	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68806288--68806374	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
68806288--68806396	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
68806288--68806396	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
68825408--68825465	24	2.4	24	94	0	98	25	31	15	27	1.96
68832211--68832426	40	5.4	40	91	3	330	25	21	25	27	1.99
68832212--68832426	119	1.8	119	90	4	353	25	20	26	27	1.99
68832211--68832431	79	2.8	80	88	4	331	26	21	25	27	1.99
68836607--68836664	24	2.5	22	76	10	62	25	31	13	29	1.94
68836613--68836673	24	2.5	24	89	0	86	24	32	16	26	1.96
68839006--68839053	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68839164--68839268	24	4.4	24	92	3	176	29	20	21	27	1.98
68839469--68839530	30	2.1	29	90	3	97	37	16	22	24	1.94
68847187--68847306	23	5.1	23	91	4	195	28	20	20	30	1.98
68847186--68847313	24	5.4	23	90	3	184	28	20	21	28	1.98
68847186--68847306	47	2.6	47	95	0	215	28	20	20	29	1.98
68847520--68847580	31	2.0	31	93	0	104	36	16	22	24	1.94
68863461--68863629	46	3.7	46	76	16	177	21	21	28	27	1.99
68863457--68863627	93	1.8	93	91	0	279	21	21	29	28	1.98
68868190--68868426	40	5.9	40	88	5	315	25	24	20	29	1.99
68880826--68880993	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
68884285--68884418	26	5.2	26	95	0	232	36	23	7	32	1.83
68888568--68888777	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68896600--68896809	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
68903812--68903999	38	4.9	38	83	2	198	32	27	19	20	1.97
68903812--68903986	76	2.3	78	85	2	228	34	27	18	20	1.95
68903877--68904019	38	3.7	38	78	7	128	29	25	21	23	1.99
68907478--68907534	25	2.3	25	87	0	78	29	21	19	29	1.97
68907488--68907547	25	2.4	25	86	2	77	28	23	18	30	1.98
68920177--68920211	11	3.3	11	88	4	54	80	0	5	14	0.89
68920181--68920211	16	1.9	16	93	0	53	80	0	6	12	0.89
68921840--68921947	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
68923525--68923664	27	5.2	26	80	11	149	19	23	22	35	1.96
68923524--68923664	54	2.6	53	91	3	212	19	24	21	34	1.96
68926998--68927127	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
68926998--68927165	40	4.2	40	77	7	153	23	26	23	26	2.00
68927014--68927163	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	26	2.00
68935066--68935214	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68935107--68935214	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68943857--68943908	23	2.3	23	86	0	68	50	21	3	25	1.65
68945581--68945634	26	2.1	26	100	0	108	18	18	18	44	1.87
68948798--68948857	31	1.9	31	96	0	111	43	21	11	23	1.85
68952549--68952656	54	2.0	54	94	0	189	26	31	17	24	1.97
68954575--68954761	51	3.8	49	80	9	193	32	24	17	26	1.97
68954581--68954763	101	1.8	100	92	3	314	31	24	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68956403--68956456	28	1.9	28	96	0	99	24	11	38	25	1.88
68958037--68958134	28	3.5	28	84	6	110	30	26	15	27	1.96
68966989--68967086	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
68974669--68974766	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
68976407--68976505	28	3.5	28	81	4	101	31	25	15	28	1.95
68979106--68979248	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
68979107--68979288	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
68984016--68984179	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
68984016--68984213	71	2.8	70	90	3	267	20	27	17	34	1.95
68997962--68998010	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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