genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86297687--86297974	40	7.2	40	87	1	353	25	22	26	25	2.00
86307923--86308097	49	3.5	49	80	3	206	25	18	26	30	1.98
86307916--86308110	49	3.9	49	79	2	201	25	18	26	29	1.98
86307918--86308110	100	1.9	100	89	0	296	25	19	25	29	1.98
86310775--86310845	24	2.9	24	75	4	70	19	23	18	38	1.93
86310902--86310969	26	2.7	24	80	10	73	20	25	17	36	1.94
86322019--86322059	20	2.0	20	95	0	73	39	29	24	7	1.82
86324696--86324841	48	3.0	47	85	5	195	31	23	6	37	1.81
86328492--86328602	57	1.9	58	88	1	170	28	28	18	23	1.98
86328501--86328599	29	3.5	28	72	9	92	30	26	20	23	1.98
86328882--86329155	40	6.9	40	95	0	487	24	31	22	21	1.98
86331062--86331209	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
86332227--86332302	35	2.2	35	100	0	152	34	21	2	42	1.67
86342825--86342853	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
86359845--86359873	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
86361234--86361311	32	2.4	32	89	0	120	19	28	29	23	1.98
86362653--86362682	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
86365236--86365675	215	2.0	215	99	0	862	33	21	10	34	1.88
86365715--86365882	40	4.2	40	77	3	151	23	26	22	27	2.00
86372654--86373093	215	2.0	215	100	0	880	33	21	10	34	1.88
86373149--86373299	40	3.8	39	77	10	119	22	25	23	27	2.00
86373149--86373298	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86378311--86378428	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
86378279--86378442	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
86386819--86386969	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
86386855--86386985	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
86390321--86390423	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
86393060--86393106	23	2.0	23	100	0	94	36	4	12	46	1.62
86398013--86398045	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
86399345--86399389	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
86405980--86406058	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
86407517--86407569	26	2.0	26	100	0	106	33	11	24	30	1.90
86408086--86408182	29	3.4	29	70	8	99	17	15	35	31	1.91
86408056--86408178	57	2.2	57	92	0	201	18	16	34	30	1.93
86408165--86408202	15	2.5	15	95	4	67	13	10	42	34	1.78
86408108--86408254	72	2.0	72	89	0	222	18	14	35	31	1.91
86408219--86408428	28	7.3	29	67	4	129	18	16	34	30	1.93
86408180--86408429	57	4.4	57	89	1	358	19	15	34	30	1.93
86408056--86408311	129	2.0	129	89	1	397	18	14	34	32	1.92
86408187--86408398	28	7.5	28	68	6	131	19	16	33	30	1.94
86412708--86412904	27	7.3	27	85	1	225	27	19	17	36	1.94
86418914--86418965	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
86419618--86419805	27	7.0	27	88	0	259	25	21	18	35	1.96
86421416--86421518	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86429417--86429519	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
86432954--86433175	39	5.7	40	87	7	296	25	21	27	25	1.99
86432954--86433173	79	2.8	77	86	6	266	25	21	27	25	2.00
86439709--86439742	16	2.1	17	88	5	52	73	0	23	2	0.97
86440553--86440775	40	5.7	40	85	6	278	25	21	26	26	1.99
86440553--86440773	79	2.8	79	83	7	272	25	21	26	26	1.99
86440634--86440775	39	3.7	38	90	5	173	23	21	28	25	1.99
86440553--86440808	79	3.3	78	80	8	236	26	20	26	26	1.99
86457121--86457190	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
86464945--86465014	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
86467030--86467252	40	5.7	40	81	6	224	26	26	21	25	1.99
86467032--86467245	117	1.8	119	80	6	265	26	25	21	26	1.99
86476520--86476683	40	4.1	40	78	6	170	25	22	28	24	2.00
86480171--86480234	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
86480426--86480559	24	5.6	24	91	4	191	27	21	23	27	1.99
86480426--86480557	47	2.8	48	89	5	187	27	21	23	27	1.99
86480425--86480559	71	1.9	72	87	4	202	27	21	22	28	1.99
86482017--86482115	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
86489683--86489781	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
86491150--86491210	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
86491253--86491300	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86501996--86502026	14	2.2	14	94	0	53	38	9	12	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86502130--86502175	20	2.4	19	82	10	58	45	4	0	50	1.21
86502136--86502175	20	2.0	20	95	0	71	50	2	0	47	1.14
86502214--86502291	18	4.0	18	72	18	66	58	7	0	33	1.26
86504791--86504820	6	5.0	6	100	0	60	33	0	66	0	0.92
86509122--86509170	16	3.1	16	72	16	57	40	6	20	32	1.77
86509109--86509170	31	2.0	31	96	0	115	43	6	19	30	1.76
86510313--86510369	29	2.0	29	100	0	114	35	14	14	36	1.86
86513329--86513363	16	2.2	16	89	0	52	28	5	11	54	1.59
86513381--86513457	28	2.8	28	82	11	104	35	5	7	51	1.53
86513403--86513480	28	3.0	26	71	22	65	33	3	8	53	1.50
86520364--86520394	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
86520361--86520400	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
86520584--86520837	55	4.8	53	80	8	261	21	25	16	36	1.94
86520630--86520830	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.95
86522923--86522970	25	1.9	25	86	0	69	39	20	20	18	1.92
86523453--86523492	21	1.9	21	89	0	62	35	20	0	45	1.51
86526441--86526648	40	5.2	40	77	2	213	26	21	25	25	2.00
86526441--86526648	80	2.6	80	84	6	296	26	21	25	25	2.00
86536738--86536879	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
86536776--86536905	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
86541660--86541752	28	3.3	28	95	0	159	36	26	7	29	1.84
86541859--86541948	28	3.2	27	86	10	112	20	23	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86541859--86541973	55	2.1	56	82	11	139	19	23	21	35	1.96
86546050--86546106	30	1.9	30	88	0	87	28	22	8	40	1.84
86550662--86550708	20	2.2	22	85	7	62	23	6	8	61	1.48
86551325--86551368	21	2.1	21	91	8	72	38	13	9	38	1.77
86557070--86557259	40	4.7	40	82	5	231	22	27	24	25	2.00
86562955--86562994	21	2.0	20	85	5	53	22	30	35	12	1.91
86564297--86564432	48	2.8	48	96	0	245	23	28	20	27	1.99
86564441--86564611	46	3.7	46	80	4	191	23	28	18	29	1.98
86564444--86564614	94	1.8	92	85	5	236	24	28	18	29	1.98
86564150--86564611	48	9.8	48	75	10	212	24	28	19	28	1.98
86571883--86572117	50	4.8	50	73	8	198	31	15	28	25	1.96
86572511--86572594	41	2.0	41	100	0	168	29	4	23	41	1.75
86578000--86578024	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
86579147--86579211	22	3.0	22	82	8	87	35	21	23	20	1.96
86579639--86579705	27	2.5	27	80	9	66	29	11	14	43	1.82
86579671--86580006	27	12.5	27	76	7	123	30	10	19	40	1.84
86579736--86579948	54	4.0	54	77	7	202	31	11	19	38	1.87
86579743--86580001	81	3.2	80	80	8	222	30	10	19	39	1.86
86579743--86579991	107	2.3	108	81	8	260	30	10	20	38	1.86
86580011--86580090	27	3.0	27	88	0	97	27	22	18	31	1.97
86587701--86587759	6	10.0	6	80	8	68	1	16	3	77	0.98
86590768--86590848	30	2.7	30	94	0	135	38	4	22	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86592292--86592331	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
86594437--86594484	25	1.9	25	91	0	78	33	27	14	25	1.94
86594523--86594579	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
86594521--86594591	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
86594532--86594586	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
86594638--86594850	24	9.1	23	92	3	338	28	22	20	29	1.98
86594638--86594871	47	5.0	46	90	5	337	27	22	21	28	1.99
86594636--86594857	71	3.1	70	93	3	365	28	22	21	28	1.99
86599319--86599362	21	2.0	22	86	4	63	63	0	11	25	1.27
86601095--86601183	46	1.9	48	82	8	114	30	21	6	41	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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