genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  274  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81632919--81632986	23	2.9	24	74	12	61	32	17	23	26	1.97
81634803--81634870	35	2.0	34	85	2	91	23	20	22	33	1.97
81655394--81655640	40	6.2	40	91	3	376	23	22	27	26	2.00
81659572--81659789	79	2.7	80	81	7	230	25	26	22	26	2.00
81659586--81659789	40	5.1	40	81	7	236	25	26	22	25	2.00
81664783--81664931	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
81664824--81664931	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
81672340--81672528	41	4.7	39	76	13	159	25	28	22	23	1.99
81680056--81680240	79	2.3	80	79	8	198	27	28	21	23	1.99
81680056--81680240	40	4.7	40	79	10	191	27	28	21	23	1.99
81682983--81683075	40	2.3	40	76	10	100	41	21	26	9	1.84
81682983--81683079	20	4.8	20	76	9	90	43	21	25	9	1.82
81690534--81690565	13	2.5	13	94	0	55	25	9	6	59	1.52
81693094--81693400	49	6.3	49	91	2	460	29	29	7	32	1.86
81701365--81701404	20	2.0	20	95	0	71	12	30	17	40	1.86
81701372--81701416	20	2.2	20	84	0	54	8	37	13	40	1.76
81702291--81702355	32	2.0	32	100	0	130	47	9	12	30	1.72
81706785--81706951	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
81706785--81706951	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
81707775--81707820	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81714786--81714952	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
81714786--81714952	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81715774--81715819	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81726796--81726853	23	2.5	23	83	8	64	77	1	15	5	1.02
81726796--81726873	17	4.5	17	77	4	66	74	2	17	5	1.12
81726796--81726853	6	10.0	6	81	7	66	77	1	15	5	1.02
81726796--81726873	35	2.2	34	82	13	88	74	2	17	5	1.12
81730721--81730912	48	3.9	48	82	9	190	29	18	27	25	1.98
81730804--81730910	54	2.0	54	98	0	205	29	18	24	27	1.98
81730804--81730956	54	2.9	52	86	7	181	28	18	24	28	1.98
81730923--81731128	42	4.8	42	71	10	128	28	16	26	28	1.97
81730963--81731128	90	1.8	90	80	2	199	27	17	27	27	1.98
81733208--81733358	41	3.5	43	76	8	121	27	25	19	27	1.99
81733669--81733698	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
81740661--81740905	49	4.9	50	81	3	262	29	27	17	25	1.97
81740674--81740905	101	2.3	98	82	7	281	30	27	17	25	1.97
81750918--81751502	123	4.8	123	97	0	1107	29	10	25	33	1.90
81751471--81751714	40	6.1	40	87	1	292	24	20	27	27	1.99
81757992--81758154	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
81757992--81758184	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
81761168--81761213	19	2.5	18	79	6	56	73	2	6	17	1.14
81769183--81769350	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
81777196--81777363	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
81781698--81781737	21	1.9	21	85	10	55	32	10	7	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81782045--81782240	100	2.0	100	93	0	338	35	26	13	25	1.93
81784285--81784403	61	2.0	61	94	0	211	40	21	0	37	1.54
81789476--81789627	42	3.5	42	76	11	139	32	23	17	25	1.97
81789476--81789627	43	3.6	41	76	12	119	32	23	17	25	1.97
81791921--81791968	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
81792012--81792070	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
81792016--81792070	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
81792121--81792262	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
81792121--81792262	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
81792121--81792263	71	2.0	71	87	5	209	29	21	22	26	1.99
81792454--81792547	31	3.1	31	96	1	172	39	14	22	23	1.91
81800036--81800083	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
81800131--81800184	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
81800126--81800184	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
81800236--81800351	23	5.0	23	92	4	187	26	23	22	27	1.99
81800235--81800376	24	6.0	24	90	5	200	28	22	22	26	1.99
81800235--81800376	47	3.0	47	90	4	205	28	22	22	26	1.99
81800567--81800630	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
81802594--81802770	35	5.0	35	84	12	220	22	30	21	25	1.99
81802594--81802768	71	2.5	69	88	9	257	22	30	21	24	1.99
81810533--81810761	39	5.8	40	85	1	207	23	31	21	24	1.99
81810569--81810758	39	4.9	39	88	3	258	22	31	21	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81810577--81810761	78	2.4	77	91	3	291	22	30	21	25	1.98
81814701--81814738	8	4.4	9	80	12	53	23	0	18	57	1.40
81814812--81814851	15	2.5	17	76	19	50	42	2	20	35	1.65
81815141--81815234	44	2.1	44	90	0	143	26	18	25	29	1.98
81815135--81815293	44	3.7	44	82	4	128	25	18	24	31	1.97
81815222--81815325	43	2.4	43	80	6	113	27	16	21	34	1.94
81815222--81815348	43	3.0	40	80	10	112	26	15	22	35	1.94
81819203--81819398	38	5.1	38	87	4	236	22	21	25	30	1.99
81819219--81819429	76	2.8	75	83	7	246	20	22	26	30	1.98
81820010--81820042	16	1.9	18	88	11	52	24	9	15	51	1.72
81825444--81825486	21	2.0	21	82	8	52	65	16	18	0	1.28
81827404--81827441	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81827671--81827841	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
81827666--81827838	46	3.7	46	78	10	199	30	27	20	21	1.98
81828259--81828319	30	2.0	30	83	0	77	34	22	6	36	1.81
81833555--81833825	40	6.8	39	83	2	310	22	23	27	26	2.00
81833555--81833837	80	3.5	80	87	2	374	22	23	27	26	2.00
81833559--81833817	120	2.2	120	88	1	376	23	23	26	27	2.00
81847929--81848167	47	5.1	47	92	1	383	32	11	29	26	1.92
81847954--81848076	22	5.3	22	66	24	74	31	12	30	26	1.92
81848126--81848272	50	3.0	50	90	3	226	36	7	25	30	1.83
81848422--81848530	37	2.9	37	91	0	173	22	19	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81849798--81850148	40	8.8	40	89	0	506	25	21	26	26	2.00
81852575--81852644	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
81860508--81860577	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
81864843--81865034	47	4.1	47	90	1	289	33	11	28	26	1.91
81864868--81864943	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
81864993--81865139	50	3.0	50	91	3	226	38	7	23	30	1.83
81865289--81865396	37	2.9	37	94	0	180	23	18	31	26	1.97
81873211--81873264	27	2.0	28	85	3	74	29	14	12	42	1.83
81882070--81882203	48	2.8	49	82	7	175	37	25	15	21	1.93
81884128--81884312	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
81884129--81884320	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
81884128--81884345	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
81888687--81888771	41	2.1	41	97	0	161	24	28	4	42	1.75
81891413--81891443	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
81897092--81897257	43	3.9	44	78	13	184	32	26	18	22	1.97
81897092--81897246	44	3.6	44	75	15	144	30	27	18	23	1.98
81897097--81897257	86	1.9	85	83	8	211	32	25	18	23	1.97
81904549--81904582	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
81911748--81911799	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
81912924--81912975	25	2.1	25	100	0	104	42	30	7	19	1.79
81919126--81919214	27	3.1	27	73	9	70	33	20	23	22	1.97
81919224--81919274	26	2.0	26	88	0	75	33	21	27	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81923581--81923679	28	3.5	28	92	0	162	36	10	24	29	1.88
81923546--81923672	56	2.3	56	80	2	139	31	12	27	28	1.93
81925656--81925810	28	5.5	28	73	3	139	17	19	34	28	1.94
81925684--81925823	29	4.9	29	71	12	128	17	18	35	28	1.93
81925654--81925840	57	3.2	57	91	1	284	18	17	35	28	1.93
81929979--81930110	29	4.6	29	82	0	147	26	15	33	24	1.95
81932887--81933029	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
81932888--81933069	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
81940905--81941047	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
81940906--81941087	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345