genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14040101--14040218	24	4.9	24	76	11	80	50	3	10	35	1.53
14043255--14043388	60	2.2	63	80	9	161	29	25	17	27	1.97
14043753--14043818	26	2.5	26	80	9	80	27	15	25	31	1.95
14044068--14044096	9	3.3	9	90	9	51	0	17	20	62	1.33
14047112--14047335	40	5.7	40	88	6	273	26	21	26	25	1.99
14047112--14047335	78	2.8	78	85	6	290	26	21	26	25	1.99
14055291--14055476	40	4.7	40	86	5	218	25	22	26	25	2.00
14055291--14055499	80	2.6	80	74	12	189	26	21	26	26	1.99
14056863--14056983	60	2.0	60	98	0	233	23	29	9	37	1.86
14066056--14066111	16	3.4	16	80	2	67	60	0	0	39	0.97
14066056--14066142	9	9.9	9	69	17	58	62	2	0	35	1.08
14066108--14066147	19	2.1	19	86	9	55	70	5	0	25	1.08
14070922--14070950	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
14074803--14074833	16	1.9	16	93	0	53	19	0	9	70	1.14
14076957--14077077	37	3.2	38	82	5	156	14	47	14	23	1.80
14080308--14080363	20	2.8	20	83	2	69	35	23	14	26	1.93
14086151--14086197	21	2.2	21	96	0	85	25	19	55	0	1.43
14086479--14086623	43	3.3	43	86	1	182	37	20	15	25	1.92
14086479--14086627	44	3.4	44	85	3	194	37	20	16	26	1.93
14086628--14086718	43	2.1	43	83	4	112	20	19	19	39	1.93
14094157--14094307	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
14101644--14101809	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14109011--14109041	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
14109028--14109096	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
14113751--14113925	3	56.0	3	70	14	104	30	6	4	58	1.43
14114177--14114244	28	2.7	24	74	24	59	25	8	5	60	1.49
14114298--14114407	3	37.7	3	73	12	86	32	7	0	59	1.31
14114297--14114391	36	2.5	38	78	11	106	32	7	1	58	1.32
14114905--14115040	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
14116491--14116562	26	2.7	26	78	4	72	37	23	9	29	1.87
14127562--14127620	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
14127591--14127650	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
14130374--14130573	43	4.7	42	70	7	134	37	21	22	19	1.94
14131483--14131515	16	2.1	16	100	0	66	12	21	48	18	1.80
14132140--14132392	3	83.3	3	68	14	92	30	9	2	58	1.42
14132766--14132861	3	32.3	3	73	10	72	32	7	1	59	1.32
14134068--14134162	25	3.8	24	75	14	68	28	16	26	28	1.97
14134267--14134319	19	2.6	20	77	20	56	50	11	3	33	1.56
14138201--14138225	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14139215--14139299	31	2.7	31	94	0	143	60	21	4	14	1.52
14139547--14139592	21	2.2	21	84	0	56	4	50	19	26	1.66
14140005--14140036	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
14142829--14142883	26	2.2	25	90	6	85	60	9	0	30	1.28
14142835--14142891	9	6.7	9	80	11	75	61	10	0	28	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14142829--14142891	8	7.5	8	80	7	63	60	9	0	30	1.28
14142844--14142891	16	2.9	17	93	6	89	60	10	0	29	1.30
14144175--14144213	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
14144753--14144796	3	15.3	3	95	4	74	68	0	0	31	0.90
14145223--14145265	11	3.9	11	75	0	50	67	0	32	0	0.91
14146609--14146639	13	2.3	14	94	5	55	70	6	9	12	1.31
14146745--14148003	75	16.5	74	72	13	747	33	20	17	29	1.95
14147364--14147998	73	8.5	73	79	8	645	33	20	16	29	1.95
14147694--14147728	14	2.5	14	85	0	52	60	5	20	14	1.54
14147936--14148188	99	2.7	88	81	13	262	36	16	16	30	1.92
14148116--14149744	73	21.3	76	73	12	781	34	20	16	29	1.94
14148116--14148796	75	9.0	74	80	8	764	33	19	16	30	1.94
14148127--14148882	148	4.9	148	82	9	817	33	20	16	30	1.94
14146745--14149653	793	3.7	776	87	6	3618	33	20	16	29	1.94
14148729--14148980	98	2.7	89	81	11	260	37	18	16	27	1.92
14148909--14149740	73	11.2	73	85	6	1059	32	21	15	29	1.95
14148909--14149740	224	3.7	224	87	5	1184	32	21	15	29	1.95
14159950--14159988	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
14160032--14160077	24	1.9	24	86	8	67	60	4	0	34	1.16
14160521--14160558	3	12.3	3	94	5	67	65	0	0	34	0.93
14160986--14161027	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
14161149--14161191	21	2.0	20	82	8	50	32	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14164283--14164423	60	2.4	58	85	9	182	47	2	2	47	1.28
14164189--14164529	147	2.3	147	93	2	594	48	2	2	46	1.29
14164874--14164927	21	2.6	21	81	0	81	53	33	1	11	1.47
14165636--14165670	17	2.0	17	88	5	52	65	14	0	20	1.26
14165798--14166091	41	7.2	41	89	0	390	19	20	25	35	1.95
14167135--14167196	29	2.1	29	100	0	124	40	6	20	32	1.78
14167525--14167563	16	2.5	15	80	8	51	17	0	2	79	0.84
14177697--14177772	30	2.4	33	83	14	99	42	0	3	53	1.19
14182459--14182501	22	1.9	23	95	4	79	55	0	0	44	0.99
14182997--14183028	4	8.0	4	92	0	55	46	25	0	28	1.53
14183673--14183714	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
14183784--14183874	20	4.2	20	77	18	60	14	1	27	57	1.45
14183784--14183850	20	3.2	21	83	10	66	10	1	28	59	1.39
14183814--14183855	20	2.2	20	95	4	77	7	0	28	64	1.20
14183835--14183883	25	2.0	25	91	0	80	20	2	24	53	1.56
14184179--14184264	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
14184178--14184264	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
14184179--14184268	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
14187080--14187126	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
14189911--14189957	6	8.0	6	92	4	78	53	17	29	0	1.44
14189912--14189957	23	2.0	23	95	0	83	54	17	28	0	1.43
14189918--14189963	23	2.0	23	91	0	74	60	15	23	0	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14189963--14189999	8	4.6	8	89	0	56	78	18	2	0	0.87
14189954--14190000	16	2.9	16	77	3	58	80	17	2	0	0.80
14189954--14190000	8	5.9	8	80	9	51	80	17	2	0	0.80
14191139--14191265	66	1.9	66	96	0	236	33	19	11	35	1.88
14191368--14191662	86	3.4	86	76	10	246	35	22	22	19	1.96
14191546--14192043	88	5.7	87	79	4	452	35	23	19	21	1.96
14191546--14192043	219	2.3	219	96	1	919	35	23	19	21	1.96
14191328--14192062	88	8.4	88	75	10	426	36	21	21	20	1.96
14191466--14192101	88	7.3	90	75	9	444	36	21	21	20	1.96
14191328--14192113	131	6.0	132	81	5	747	36	21	21	20	1.96
14192115--14192310	68	2.9	68	85	3	245	29	22	20	27	1.98
14192362--14193468	132	8.4	132	95	0	1908	31	19	23	25	1.98
14193815--14193856	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
14193949--14193999	21	2.4	21	90	3	75	7	0	23	68	1.15
14193961--14194001	21	2.0	21	100	0	82	7	0	19	73	1.07
14194332--14194415	3	28.3	3	71	23	63	30	3	0	65	1.10
14194638--14194677	20	2.0	20	90	0	62	37	0	2	60	1.11
14194638--14194682	18	2.4	18	85	3	54	35	0	4	60	1.17
14194776--14194811	2	18.0	2	88	0	54	47	2	0	50	1.15
14196434--14196470	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
14197182--14197233	17	3.1	17	78	8	52	53	0	0	46	1.00
14197183--14197248	28	2.5	25	85	7	78	53	0	1	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14201440--14201573	53	2.5	53	91	2	207	26	17	27	28	1.98
14204799--14204878	42	1.9	42	94	0	142	36	15	10	38	1.80
14209830--14209879	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
14209850--14209908	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
14210936--14210969	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
14218604--14218644	21	1.9	22	85	5	57	26	19	4	48	1.69
14221680--14221719	18	2.2	19	95	4	73	72	0	27	0	0.85
14226827--14226958	60	2.2	61	86	2	194	56	11	0	31	1.40
14229339--14229653	131	2.4	131	88	4	453	28	17	19	35	1.94
14230290--14230319	3	10.3	3	92	7	53	0	30	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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