genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15511356--15511583	43	5.4	42	76	13	175	32	27	15	24	1.95
15516418--15516471	14	3.8	14	87	12	67	25	0	1	72	0.95
15516425--15516470	7	6.7	7	85	14	69	26	0	0	73	0.83
15516426--15516469	20	2.2	20	92	8	72	27	0	0	72	0.85
15517224--15517333	7	15.4	7	67	14	55	49	28	0	22	1.50
15517218--15517265	15	3.3	15	77	16	55	47	33	0	18	1.49
15517221--15517328	22	5.0	21	70	16	78	47	30	0	22	1.52
15517289--15517333	14	3.2	14	90	0	72	48	31	0	20	1.49
15517427--15517588	7	22.7	7	71	10	87	45	33	0	20	1.56
15517428--15517588	14	11.3	14	75	9	121	45	32	0	20	1.56
15517847--15517953	40	2.7	40	85	5	137	32	19	23	24	1.97
15517840--15518016	40	4.5	38	74	10	124	26	19	21	32	1.97
15524168--15524197	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
15529114--15529319	43	4.8	43	81	1	225	26	16	29	28	1.96
15529758--15529806	21	2.3	21	100	0	98	8	51	16	24	1.71
15530861--15531040	41	4.4	41	87	0	252	25	20	22	32	1.98
15531911--15531959	23	2.1	23	96	0	89	36	26	22	14	1.92
15531917--15531992	25	3.2	24	85	9	84	39	23	21	15	1.92
15534982--15535070	35	2.6	34	87	5	124	23	29	12	34	1.91
15536432--15536460	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
15539972--15540000	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
15542407--15542612	9	22.6	9	75	12	161	32	2	23	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15544466--15544611	37	3.9	37	80	0	184	24	10	47	16	1.78
15545935--15546124	41	4.6	41	80	2	202	25	18	22	34	1.96
15545916--15546124	82	2.5	82	80	1	249	24	17	22	35	1.95
15546972--15547052	23	3.4	23	86	3	99	37	23	23	16	1.94
15546985--15547060	25	3.2	24	87	9	102	38	23	22	15	1.93
15554521--15554847	173	1.9	171	84	6	444	51	5	5	37	1.47
15562981--15563020	21	1.9	21	94	0	71	55	2	7	35	1.42
15563157--15563364	3	70.0	3	74	11	144	62	2	5	29	1.31
15563160--15563207	11	4.5	11	80	10	55	62	0	6	31	1.20
15563128--15563208	15	5.1	15	65	26	51	66	1	6	25	1.22
15563968--15564018	22	2.5	20	79	17	59	70	1	13	13	1.25
15564334--15564367	10	3.4	10	100	0	68	20	23	29	26	1.99
15564812--15564959	44	3.4	44	76	3	163	29	22	19	29	1.98
15564942--15565046	41	2.6	41	87	0	147	27	17	21	33	1.96
15565131--15565363	44	5.2	44	66	19	113	31	20	15	32	1.94
15564981--15565948	181	5.3	181	82	3	1088	31	19	15	33	1.93
15564980--15565909	361	2.6	360	82	5	1104	31	19	15	33	1.93
15569870--15569922	10	5.1	10	79	6	52	5	1	7	84	0.82
15571196--15571232	16	2.3	16	90	0	56	40	10	21	27	1.86
15578451--15578523	17	4.1	17	69	10	56	2	19	5	72	1.16
15578545--15578607	5	13.0	5	74	15	53	55	1	1	41	1.19
15578539--15578607	22	3.2	22	78	17	81	55	1	1	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15582531--15582889	46	7.8	46	92	0	513	39	14	24	21	1.90
15584078--15584264	40	4.6	40	86	1	221	35	26	15	22	1.94
15589827--15589866	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
15591069--15591109	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
15594045--15594106	31	2.0	31	90	3	99	29	4	8	58	1.48
15597901--15597955	29	1.9	28	85	3	74	61	7	5	25	1.44
15602048--15602129	40	2.0	40	100	0	164	23	24	12	40	1.88
15613717--15613749	4	8.2	4	87	12	50	72	24	3	0	0.98
15616477--15616507	9	3.4	9	90	0	53	0	22	0	77	0.77
15621620--15621668	25	2.0	24	92	4	80	55	0	0	44	0.99
15621608--15621664	19	3.1	19	68	29	50	50	0	0	49	1.00
15621819--15621848	12	2.4	13	94	5	53	63	0	0	36	0.95
15622273--15622315	18	2.3	19	88	4	61	25	4	2	67	1.22
15622537--15622581	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
15623458--15623501	18	2.3	20	88	7	65	29	4	2	63	1.26
15624085--15624147	29	2.2	29	85	5	83	39	9	6	44	1.62
15626002--15626031	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15626614--15626645	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
15628323--15628384	29	2.1	30	93	3	108	58	14	3	24	1.51
15630995--15631051	29	2.0	29	92	0	96	19	22	14	43	1.86
15632030--15632091	30	2.0	32	84	6	83	30	4	0	64	1.14
15638245--15638274	9	3.2	9	95	4	51	46	0	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15653660--15653767	26	4.2	26	91	0	171	30	7	25	36	1.84
15655387--15655527	54	2.6	53	92	2	219	18	24	22	34	1.96
15655387--15655527	27	5.2	27	84	10	182	18	24	22	34	1.96
15655387--15655545	27	5.9	27	80	11	175	19	24	21	34	1.96
15660360--15660469	26	4.2	26	91	0	184	34	7	22	35	1.82
15662067--15662203	27	5.1	26	82	10	168	18	24	21	35	1.95
15662067--15662203	54	2.5	53	90	2	211	18	24	21	35	1.95
15665473--15665510	20	1.9	20	89	10	60	44	0	0	55	0.99
15672631--15672655	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
15675287--15675341	22	2.6	21	78	18	62	70	1	25	1	1.06
15676376--15676423	21	2.3	20	80	16	53	6	29	6	58	1.47
15681293--15681344	23	2.2	24	83	10	63	61	0	5	32	1.20
15703518--15703558	20	2.0	20	86	9	57	41	12	9	36	1.76
15707863--15707895	6	5.5	6	100	0	66	15	18	30	36	1.91
15709297--15709342	15	2.9	16	83	3	58	17	23	17	41	1.90
15710901--15710929	6	5.0	6	91	8	51	68	0	0	31	0.89
15713348--15713407	16	3.8	16	88	0	84	43	0	23	33	1.54
15713348--15713417	32	2.2	32	86	0	95	42	1	21	34	1.62
15713348--15713417	16	4.4	16	83	0	77	42	1	21	34	1.62
15713834--15713868	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
15714639--15714711	37	2.0	37	100	0	146	32	12	10	43	1.77
15715973--15716042	34	2.1	34	97	0	131	38	25	11	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15717741--15717793	25	2.1	25	100	0	106	39	18	7	33	1.79
15723925--15723993	16	4.5	15	75	13	61	13	1	5	79	0.97
15723925--15723994	10	6.8	10	77	4	59	12	1	5	80	0.96
15723924--15724017	5	18.0	5	70	20	50	15	3	5	75	1.11
15723924--15723968	20	2.2	20	88	7	65	15	2	2	80	0.92
15726678--15726709	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
15734509--15734555	25	1.9	24	91	4	76	63	2	2	31	1.18
15740478--15740515	16	2.3	17	86	4	51	28	0	0	71	0.87
15741589--15741631	11	4.0	11	84	6	61	20	44	4	30	1.72
15741588--15741630	21	2.0	22	90	4	70	20	44	2	32	1.65
15748425--15748466	22	1.9	22	90	0	66	66	2	7	23	1.28
15748633--15748680	12	3.8	12	76	10	51	62	4	6	27	1.38
15749434--15749466	3	11.7	3	87	12	52	72	0	27	0	0.85
15755634--15755671	19	2.1	18	90	5	58	28	21	0	50	1.49
15757218--15757256	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
15759500--15759573	26	2.9	25	83	15	98	40	14	14	29	1.87
15761131--15761310	31	5.8	31	91	0	288	26	26	18	28	1.98
15761306--15761464	52	3.1	51	90	4	241	25	20	16	37	1.93
15761286--15761464	52	3.5	50	88	5	234	25	20	16	37	1.93
15764077--15764121	21	2.2	20	84	4	54	40	20	13	26	1.89
15764224--15764298	33	2.3	34	77	11	84	32	1	4	62	1.22
15764575--15764662	42	2.1	42	81	8	99	44	4	3	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15764713--15764759	20	2.3	20	75	7	51	61	2	2	34	1.20
15766002--15766028	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
15770244--15770346	51	2.0	51	100	0	206	45	13	11	29	1.79
15772247--15772366	60	2.0	60	98	0	231	24	6	34	35	1.82
15776165--15776201	18	2.1	18	100	0	74	32	21	8	37	1.83
15776429--15776462	18	1.9	17	88	5	50	26	2	5	64	1.30
15781765--15781823	24	2.4	24	76	18	59	64	0	16	18	1.29
15781994--15782043	22	2.3	22	89	6	75	64	0	10	26	1.25
15784019--15784210	87	2.2	85	79	5	206	21	21	20	35	1.96
15784623--15784796	44	4.0	44	73	12	160	22	20	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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