genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.338.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100915059--100915101	17	2.5	17	88	0	68	25	27	27	18	1.98
100915319--100915366	21	2.3	21	88	0	69	10	29	33	27	1.90
100915330--100915379	19	2.5	20	83	6	66	18	28	30	24	1.97
100923885--100923920	17	2.1	17	100	0	72	38	11	11	38	1.76
100926152--100926192	21	2.0	21	85	9	57	65	9	2	21	1.34
100931078--100931112	5	6.8	5	87	6	52	74	0	22	2	0.95
100940329--100940371	18	2.4	18	96	0	77	23	13	32	30	1.93
100959712--100959753	17	2.4	18	80	11	52	59	9	0	30	1.29
100959895--100959954	11	5.5	11	76	7	59	61	3	11	23	1.45
100962923--100962950	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
100963752--100963808	27	2.1	28	90	3	89	43	7	7	42	1.58
100964548--100964587	19	2.1	19	90	0	62	30	15	2	52	1.55
100965668--100965706	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
100966594--100966625	17	1.9	16	93	6	55	65	6	6	21	1.38
100966796--100966846	25	2.0	25	100	0	102	39	7	23	29	1.83
100967006--100967078	23	3.2	23	62	14	60	46	9	6	36	1.63
100967006--100967097	46	2.0	46	100	0	184	43	10	10	34	1.75
100989428--100989457	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
100992254--100992419	40	4.2	40	84	0	145	33	15	28	22	1.95
101000146--101000208	32	2.0	32	96	0	117	47	12	14	25	1.79
101002178--101002250	38	1.9	38	83	10	96	56	2	2	38	1.28
101007638--101007719	37	2.2	38	84	8	105	20	8	2	68	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101007675--101007719	17	2.8	17	83	12	51	24	6	2	66	1.27
101007721--101007838	57	2.2	53	85	10	143	36	2	0	60	1.16
101007725--101007905	58	3.3	54	82	9	165	31	3	1	63	1.20
101007744--101007905	58	2.8	57	84	7	229	29	3	1	64	1.21
101007908--101007962	20	2.7	20	75	13	58	43	0	1	54	1.10
101008041--101008065	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
101008024--101008074	14	3.7	14	81	2	59	45	0	1	52	1.12
101008198--101008245	21	2.2	22	82	14	64	43	0	2	54	1.12
101008158--101008268	52	2.1	52	80	11	129	45	0	2	50	1.22
101008420--101008470	16	3.0	18	86	8	63	68	1	9	19	1.27
101008439--101008474	16	2.2	16	95	0	63	77	2	8	11	1.08
101021058--101021114	28	2.0	28	100	0	114	56	14	21	8	1.65
101022312--101022347	17	2.1	17	89	0	54	38	0	0	61	0.96
101029423--101029551	28	4.7	27	85	4	150	30	14	19	35	1.92
101029500--101029567	28	2.4	28	85	0	82	32	16	20	30	1.94
101039167--101039229	21	3.0	22	81	6	76	53	0	1	44	1.10
101039175--101039232	21	2.8	21	86	5	82	56	0	1	41	1.09
101039222--101039263	16	2.8	15	82	10	50	59	0	2	38	1.10
101039179--101039375	103	1.9	103	82	12	244	57	1	2	39	1.19
101039212--101039286	38	1.9	39	86	10	109	58	0	1	40	1.06
101039240--101039320	22	3.7	22	77	6	74	55	1	3	39	1.25
101039256--101039402	44	3.6	42	73	18	123	54	1	2	41	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101039319--101039360	18	2.5	17	77	11	50	59	2	2	35	1.23
101039240--101039402	20	7.9	20	74	12	100	53	1	3	41	1.24
101039253--101039319	21	3.1	21	75	8	62	55	1	2	40	1.24
101039344--101039417	20	3.5	20	87	5	94	52	0	2	44	1.15
101050413--101050488	39	1.9	39	91	0	125	39	22	23	14	1.91
101058915--101059074	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
101066712--101066871	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
101074575--101074604	14	2.1	14	93	0	51	43	6	3	46	1.46
101076163--101076231	30	2.2	30	84	7	84	23	33	15	27	1.95
101092106--101092143	20	1.9	20	94	0	67	26	0	18	55	1.43
101093762--101093791	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
101105057--101105094	8	4.9	8	81	18	53	10	13	0	76	1.02
101105048--101105103	17	3.4	16	76	11	60	8	10	0	80	0.91
101105049--101105103	16	3.4	16	73	16	51	9	9	0	81	0.87
101105114--101105142	13	2.1	14	93	6	51	24	0	0	75	0.80
101105154--101105222	22	3.0	22	72	17	68	43	0	4	52	1.21
101105161--101105222	22	2.6	24	78	17	76	43	0	3	53	1.17
101105182--101105223	20	2.0	22	90	9	70	42	0	2	54	1.13
101105167--101105255	33	2.7	31	81	14	108	43	0	2	53	1.13
101105154--101105233	26	3.3	25	69	25	73	43	0	3	52	1.19
101105200--101105233	13	2.7	12	86	13	50	44	0	2	52	1.16
101105202--101105266	31	2.0	33	82	5	80	50	0	1	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101105335--101105419	19	4.3	19	73	16	73	15	5	2	76	1.08
101105462--101105538	23	3.3	23	69	5	66	45	0	3	50	1.20
101105519--101105550	12	2.6	13	90	9	50	40	0	0	59	0.97
101105531--101105607	22	3.7	20	76	21	70	41	1	1	55	1.16
101105657--101105696	21	1.9	21	85	10	55	35	0	2	62	1.09
101105640--101105703	31	2.1	30	85	5	83	32	0	4	62	1.16
101105995--101106038	19	2.2	20	92	4	72	43	0	9	47	1.35
101106040--101106094	20	2.7	19	77	8	56	60	1	3	34	1.25
101106497--101106559	20	3.2	20	70	17	58	34	6	3	55	1.41
101106495--101106579	40	2.1	41	88	2	127	36	7	3	52	1.46
101106504--101106590	40	2.2	40	83	4	104	36	6	3	52	1.45
101106738--101106806	17	3.9	17	75	5	66	53	1	1	43	1.18
101108873--101108949	30	2.6	30	91	0	118	27	25	20	25	1.99
101112232--101112268	15	2.4	16	86	8	51	48	0	0	51	1.00
101112252--101112295	18	2.3	19	80	7	54	59	0	2	38	1.10
101112283--101112466	57	3.2	57	66	24	150	55	4	3	35	1.37
101112534--101112613	20	4.1	20	68	25	64	61	0	1	37	1.04
101112498--101112601	33	3.1	33	86	9	140	59	0	1	37	1.15
101112567--101112613	22	2.1	23	96	4	87	61	0	0	38	0.96
101112643--101112720	4	18.8	4	79	12	77	76	0	2	20	0.90
101112763--101112796	9	3.8	9	85	14	52	79	2	0	17	0.86
101112750--101112792	13	3.2	13	86	3	50	76	4	0	18	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101112749--101112805	24	2.4	24	82	8	64	77	3	1	17	1.00
101112755--101112871	37	3.1	35	80	12	92	76	2	5	15	1.06
101112798--101112867	19	3.8	18	76	10	61	75	1	7	15	1.08
101112963--101112998	7	5.3	7	86	6	56	33	0	0	66	0.92
101112969--101112993	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
101112958--101113010	20	2.7	20	87	0	79	35	0	0	64	0.94
101113267--101113349	13	6.7	13	72	22	54	54	3	0	42	1.18
101113245--101113336	34	2.8	32	79	15	105	57	2	0	40	1.11
101113361--101113398	18	2.1	19	90	5	60	73	0	0	26	0.83
101116536--101116777	119	2.0	119	100	0	484	32	9	19	38	1.85
101123103--101123128	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
101125840--101125868	3	9.7	3	100	0	58	0	0	68	31	0.89
101126295--101126381	42	2.1	42	100	0	174	36	6	6	49	1.57
101128880--101128994	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
101128880--101129013	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
101135211--101135325	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
101135211--101135344	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
101140669--101140706	11	3.2	12	85	7	51	18	2	7	71	1.23
101149938--101149993	27	2.1	27	100	0	112	39	17	14	28	1.89
101152015--101152054	20	2.1	19	85	4	53	37	10	5	47	1.59
101152508--101152533	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
101153618--101153655	20	1.9	20	84	10	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101160160--101160194	18	2.1	17	89	10	54	54	0	17	28	1.43
101163389--101163784	197	2.0	197	92	1	659	36	16	12	34	1.86
101165688--101165756	25	2.7	25	81	4	75	27	26	20	26	1.99
101174506--101174549	16	2.8	16	82	0	61	47	2	29	20	1.62
101174693--101174853	58	2.8	58	78	9	177	50	3	2	43	1.33
101180639--101181012	186	2.0	186	98	0	721	26	11	18	43	1.84
101186679--101186703	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
101188233--101188317	44	1.9	44	80	4	100	30	25	18	24	1.98
101189211--101189247	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
101189246--101189283	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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